************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ddb1x.phase.inp ddb1x.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ddb1x.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ddb1x.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ddb1x.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ddb1x.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 33 Positions of loci: 1684 1704 2195 2709 3525 3876 3877 4612 5611 5998 6413 8536 10825 12744 13641 13651 14299 14775 18066 21224 22606 22793 24145 25010 25409 25767 26257 26493 30452 32425 32794 32901 34529 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ddb1x.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 TTICADTGCAATAAATIATGCGTCATGDGACTA 105.000000 2 TTICADTGCAATAAATIATGCGTCATGDGACTG 2.000000 3 TTICADTGCAATAAATIATGCGTCATGDGATTA 10.000000 4 TTICADTGCAATAAATIATGCGTCATGDGGCTA 10.000000 5 TTICADTGCAATAACTIATGCGTCGTGDGGCTA 2.000000 6 TTICADTGCAATAACCIATGCGTCGTAIGGCTA 1.000000 7 TTICADTGCAATGAATIATGCGTCATGDGACTA 15.000000 8 TTICAITGCAATAAATIATGCGTCATGDGACTA 3.000000 9 TTITADTGCAATAAATIATGCGTCATGDGACTA 5.000000 10 TTITADTGCAATAAATIATGCGTCATGDGGCTA 4.000000 11 TCICADTGCAACAACCIATACGCCGTAIGGCTA 1.000000 12 TCDCADTGCGGCAGCCDATATACTGTAIGGCTA 3.000000 13 TCDCADTACGGCAGCCDAAACACCGTAIGGCTA 2.000000 14 TCDCAICGCGGCAGCCDATATACTGTAIGGCTA 1.000000 15 TCDCAICGTGGCAGCCDATATACTGTAIGGCTA 9.000000 16 TCDCGDTACGGCAGCCDGAACACCGCAIGGCAG 4.000000 17 CCDCGDTACGGCAGCCDGAACACCGCAIAGCAG 12.000000 18 CCDCGDTACGGCAGCCDGAACACCGCAIGGCAG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,1) D002: (15,17) D003: (1,3) D004: (9,17) D005: (12,15) D006: (15,17) D007: (17,18) D008: (3,13) D009: (1,16) D010: (3,5) D011: (3,7) D012: (9,13) D013: (5,17) D014: (1,6) D015: (1,16) DY01: (1,15) DY02: (15,17) DY03: (3,12) DY04: (3,17) DY05: (14,17) DY06: (3,15) DY07: (11,17) DY08: (3,3) DY09: (3,17) DY10: (4,15) DY11: (12,16) DY12: (15,16) E101: (1,1) E102: (1,7) E103: (1,1) E104: (1,7) E105: (1,10) E106: (1,10) E107: (1,1) E108: (1,4) E109: (1,1) E110: (7,7) E111: (7,9) E112: (7,10) E113: (1,1) E114: (1,1) E115: (1,9) E116: (1,4) E117: (1,7) E118: (1,1) E119: (1,1) E120: (1,7) E121: (1,1) E122: (1,1) H101: (1,4) H102: (7,7) H103: (1,10) H104: (1,2) H105: (1,7) H106: (1,4) H107: (1,1) H108: (1,1) H109: (1,1) H110: (4,7) H111: (1,4) H112: (1,1) H113: (1,7) H114: (4,7) H115: (1,9) H116: (1,1) H117: (2,4) H118: (1,1) H119: (1,4) H120: (1,1) H121: (1,15) H122: (1,1) X101: (1,1) X102: (1,1) X103: (1,8) X104: (1,1) X105: (1,1) X106: (1,1) X107: (1,1) X108: (1,1) X109: (1,1) X110: (1,1) X111: (1,8) X112: (1,1) X113: (1,1) X114: (1,8) X115: (1,1) X116: (1,1) X117: (1,1) X118: (1,1) X119: (1,1) X120: (1,1) X121: (1,1) X122: (1,17) X123: (1,1) X124: (1,17) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 D002 T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 D003 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A 0 D004 T T I T A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 D005 T C D C A D T G C G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A 0 D006 T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 D007 C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I G G C A G 0 D008 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A T C D C A D T A C G G C A G C C D A A A C A C C G T A I G G C T A 0 D009 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I G G C A G 0 D010 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A T T I C A D T G C A A T A A C T I A T G C G T C G T G D G G C T A 0 D011 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 D012 T T I T A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T C D C A D T A C G G C A G C C D A A A C A C C G T A I G G C T A 0 D013 T T I C A D T G C A A T A A C T I A T G C G T C G T G D G G C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 D014 T T I C A D T G C A A T A A A (T) I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A C (C) I A T G C G T C G T A I G G C T A 0 D015 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I G G C A G 0 DY01 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A 0 DY02 T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 DY03 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A T C D C A D T G C G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A 0 DY04 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 DY05 T C D C A I C G C G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 DY06 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A 0 DY07 T C I C A D T G C A A C A A C C I A T A C G C C G T A I G G C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 DY08 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A 0 DY09 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A T T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 DY10 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A 0 DY11 T C D C A D T G C G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A [T] C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I G G C A G 0 DY12 T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A [T] C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I G G C A G 0 E101 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E102 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E103 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E104 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E105 T T I (C) A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I (T) A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 E106 T T I (C) A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I (T) A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 E107 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E108 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 E109 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E110 T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E111 T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I T A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E112 T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G (A) C T A T T I T A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G (G) C T A 0 E113 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E114 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E115 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I T A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E116 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 E117 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E118 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E119 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E120 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E121 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 E122 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H101 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 H102 T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H103 T T I (C) A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I (T) A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 H104 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T G 0 H105 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H106 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 H107 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H108 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H109 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H110 T T I C A D T G C A A T (A) A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A T T I C A D T G C A A T (G) A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H111 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 H112 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H113 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T G A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H114 T T I C A D T G C A A T (A) A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A T T I C A D T G C A A T (G) A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H115 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I T A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H116 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H117 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G (A) C T G T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G (G) C T A 0 H118 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H119 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G G C T A 0 H120 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 H121 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T C D C A I C G T G G C A G C C D A T A T A C T G T A I G G C T A 0 H122 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X101 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X102 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X103 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A I T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X104 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X105 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X106 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X107 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X108 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X109 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X110 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X111 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A I T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X112 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X113 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X114 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A I T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X115 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X116 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X117 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X118 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X119 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X120 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X121 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X122 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G 0 X123 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A 0 X124 T T I C A D T G C A A T A A A T I A T G C G T C A T G D G A C T A C C D C G D T A C G G C A G C C D G A A C A C C G C A I A G C A G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = 0 D002 T = = = A I C ? T = = = = = = = = A T = T = = T = T = = ? = ? ? A C = = = G D T ? C = = = = = = = = G A = C = = C = C = = ? = ? ? G 0 D003 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = T ? = 0 D004 T T I T A = = G = A A T ? A A T I A T G = ? T = A T G D G A = T A C C D C G = = A = G G C ? G C C D G A A = ? C = G C A I A G = A G 0 D005 = = = = = D T = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I C = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D006 T = = = A I C G T = = = = = = = = A T = T = = T = T = = G = = ? A C = = = G D T A C = = = = = = = = G A = C = = C = C = = A = = ? G 0 D007 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = G = = = = 0 D008 = T I = = = = G = A ? T ? ? A T I ? T ? ? G T = A = G D = A T ? = = C D = = = = A = G ? C ? ? C C D ? A ? ? A C = G = A I = G C ? = 0 D009 = T I = A = = G = A A T ? A A T I A T G = G T = A T G D = A = T A = C D = G = = A = G G C ? G C C D G A A = A C = G C A I = G = A G 0 D010 = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = ? = A = = = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = ? = G = = = = G C = = 0 D011 = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = ? T = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = = 0 D012 = T I T = = = G = A A T = A A T I = T G = G T = A = G D = A = = = = C D C = = = A = G G C = G C C D = A A = A C = G = A I = G = = = 0 D013 T T I = A = = G = A A T ? A = T ? A T G = G T = = T G D G = = T A C C D = G = = A = G G C ? G = C ? G A A = A C = = C A I A = = A G 0 D014 = = = = = = = = = = = = = = A (T) = = = = = = = = A = G D = A = = = = = = = = = = = = = = = = = C (C) = = = = = = = = G = A I = G = = = 0 D015 = T I = A = = G = A A T = A A T I A T G = G T = A T G ? = A ? T A = C D = G = = A = G G C = G C C D G A A = A C = G C A ? = G ? A G 0 DY01 = T I = = D T = C ? ? T = A A T I = = G C G T C A = G D = A = = = = C D = = I C = T ? ? C = G C C D = = A T A C T G = A I = G = = = 0 DY02 T = = = A I C G T = = = = = = = = A T = T = ? T = T = = G = = T A C = = = G D T A C = = = = = = = = G A = C = ? C = C = = A = = A G 0 DY03 = T I = = = = = = A A T = A A T ? ? = G ? G T C A = G D = A T = = = C D = = = = = = G G C = G C C ? ? = A ? A C T G = A I = G C = = 0 DY04 T T I = A = = G = A A T ? A A T I A T G = G T = A T G D G A T T A C C D = G = = A = G G C ? G C C D G A A = A C = G C A I A G C A G 0 DY05 T = = = A I C G = = = = = = = = = A T = T = = T = T = = G = = T A C = = = G D T A = = = = = = = = = G A = C = = C = C = = A = = A G 0 DY06 = T I ? = D T = C A A T = A A T I ? = G C G T C A = G D = A T = = = C D ? = I C = T G G C = G C C D ? = A T A C T G = A I = G C = = 0 DY07 T = I = A = = G = A A = = A = = ? A T = = G = = = T = = G = = T A C = D = G = = A = G G = = G = = ? G A = = A = = = C = = A = = A G 0 DY08 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 DY09 T T I = A = = G = A ? T = A A T I A T G = G T = A T G D G A T T A C C D = G = = A = G ? C = G C C D G A A = A C = G C A I A G C A G 0 DY10 = T I = = D T = C A A T = A A T I ? = G ? G ? C A = G D = = = = = = C D = = I C = T G G C = G C C D ? = A ? A ? T G = A I = = = = = 0 DY11 ? ? = = A = = G ? = = = = = = = ? ? T = ? = ? T = ? = = = = = T A ? ? = = G = = A ? = = = = = = = ? ? A = ? = ? C = ? = = = = = A G 0 DY12 ? ? = = A I C ? T = = = = = = = = A T = ? = = T = T = = = = = T A ? ? = = G D T ? C = = = = = = = = G A = ? = = C = C = = = = = A G 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 E102 = = = = = = = = = = = = A = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 E103 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0 E104 ? ? ? = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0 E105 = = = (C) = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = A = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = G = = = 0 E106 = = = (C) = = = ? = ? ? = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = A = = = = = = (T) = = = ? = ? ? = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = G = = = 0 E107 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = G = = = 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = 0 E111 ? ? = C = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = T = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E112 = = = C = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = T = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = 0 E113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E114 = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 E115 ? ? ? C ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? T ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 E116 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? G = = = 0 E117 = = = = = = = = ? = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E118 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E119 = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 E120 = = = = = = = = ? = = = A = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = G = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 E121 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = 0 E122 ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H101 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = G = = = 0 H102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H103 = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = 0 H104 = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = G 0 H105 = = = = = = = = = = ? = A = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = G = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H106 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? = G = = = 0 H107 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H108 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 H109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 0 H110 = = = = = = = = = = = = (A) = = = ? = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = ? = = = = = = = = = = = = A = = = 0 H111 = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = G = = = 0 H112 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 H113 = = = = = = = = = ? ? = A = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = G = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H114 = = = = = = = = = = = = (A) = = = = = = = = ? = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = ? = = = = = = = A = = = 0 H115 ? ? ? C = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? T = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H116 = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? ? = = = = ? 0 H117 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = (A) = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = (G) = = A 0 H118 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H119 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = 0 H120 = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = 0 H121 = T I = = D T = C A A T = A A T I = = G C G ? C A = G D = A = = = = C D = = I C = T G G C = G C C D = = A T A ? T G = A I = G = = = 0 H122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 X101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = 0 X102 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X103 = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X104 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 0 X105 ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X106 = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = 0 X107 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = = = = = 0 X108 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X109 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X110 ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X111 = = = = = D = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 X112 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X113 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 X114 = = = = = D = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = I = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 X115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = 0 X116 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X117 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X118 = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = 0 X119 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X120 = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 X121 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = ? = = = = = = = = 0 X122 T T I = A = = G = A A T = A A T I ? T ? ? G ? = ? ? G D G A = T A C C D = G = = A = G G C = G C C D ? A ? ? A ? = ? ? A I A G = A G 0 X123 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = 0 X124 ? ? I = A = = G = A A T = A A T I A T G = ? ? = A T G D G A = T A ? ? D = G = = A = G G C = G C C D G A A = ? ? = G C A I A G = A G END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = ? = ? ? 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 0.98 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 0.99 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 0.99 = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 1.00 0.98 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 0.98 0.50 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 0.99 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 0.99 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? ? = = 1.00 = = 1.00 ? = = = = = = = ? ? 1.00 = ? = ? 1.00 = ? = = = = = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0.67 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = 0.67 = = = ? = ? ? = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = 0.94 = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.96 = = = = = = = = 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = 0.86 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? 1.00 ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? = ? ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.67 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? ? ? ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.88 = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.87 = = = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? 1.00 = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = ? ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0.89 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = ? = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? 1.00 ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 END PHASEPROBS