************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 cy4b1.phase.inp cy4b1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST cy4b1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates cy4b1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual cy4b1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters cy4b1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 58 Positions of loci: 222 479 922 994 1284 1513 2062 5315 5383 6081 6091 6127 6414 6774 8328 8390 8975 9193 9535 9575 9929 12514 12560 12871 13032 13518 13674 14007 15261 15452 15629 15787 15965 16286 16355 16579 16878 17293 17346 17543 17655 17680 17979 18098 18331 18382 18576 18578 18623 19422 19568 19684 20301 21322 21368 21946 22162 23324 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file cy4b1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GGACAGCGACCATCGGCGGAAACCCCTCGCGTTGICIIGIGCCGCCACTGCCTCAGCC 3.000000 2 GGACAGCGACCATCGGCGGAAACCCCTCGCGTTGITIIGIGCCGCCACTGCCTCAGCC 1.000000 3 GGACAGCGACCATCGATGGAAACCCCTCGCGTCGICIIGIACCGCCACCGCCTCAGCC 1.000000 4 GGACAGCGACCATCGATGGAAACCCCTCGCGTCGICIIGIGCCATACCCGCCGCGGCC 1.000000 5 GGACAGCGCCCATCGATGGAAACCCCTCGCGTCGICIIGIACCGCCACCGCCTCAGCC 1.000000 6 GGACAGCGCCCATCGATGGAAATCCGTCGCATCGICDDGIGCCATACCCGCCGCGGCC 1.000000 7 GGACAGCGCTCTTCGGCGAAAGCCGCTCGAGTCGICIIGIACCGCCACCGCCTCAGCC 2.000000 8 GGACAGCGCTCTTCGGCAAGAGCCGCTCCCGCTGDCIICIGCTGCCACTGCCTAAGCT 14.000000 9 GGGCAGCGACCATCGATGGAAACCGCTCGCGCTGDCIIGIGCCGCCACCGTCGCGGCC 5.000000 10 GGGCAGCGACCATCGATGGAAATCGCTCGCGCTGDCIIGIGCCGCCACCGTCGCGGCC 1.000000 11 GGGCAGCGCCCATCGGCGGGAGCCGCTCCCGCTGDCIICIGCTGCCACTGCCTAAGCT 1.000000 12 GGGCAGCGCTCTTCGGCGAGAGCCGCTCGCGTCGICDDGIGCCATACACGCCGCGGCC 1.000000 13 GGGCAGCGCTCTTCGGCGGGAGCCGGTCGCGTCGICDDGIGCCATACCCGCCGCGGCC 2.000000 14 GGGTAGCGACCATCGATGGAAACCCGTCGCGTCGICDDGIGCCATACACGCCGCGGCC 12.000000 15 GGGTAGCGACCATCGATGGAAACCCGTCGCGTCGICDDGIGCCATACACGCCGAAGCC 1.000000 16 GGGTAGCGACCATCGATGGAAATCCGTCGCATCGICIICIGCTGCCACTGCCTAAGCT 1.000000 17 GGGTAGCGACCATCGATGGAAATCCGTCGCATCGICDDGIGCCATACCCGCCGCGGCC 76.000000 18 GGGTAGCGACCATCGATGGAAATCCGTCGCATCGICDDGIGCCATACCCGCCGCGGCT 2.000000 19 GGGTAGCGCCCATCGATGGAGGCTCCGCGAGTCCICIIGIACCATCACCACCGCGGAC 1.000000 20 GGGTAGCGCTTTCTGGCGGAGGCTGCGCGAGTCCICIIGIACCATCACCACCGCGGAC 1.000000 21 GGGTAGCAACCATCAATGGAAACCCCTTGAGTCGITIIGDATCATCACCGTTGCGACC 3.000000 22 GGGTATTAACCATCAATGGAAACCCCTTGAGTCGITIIGDATCATCACCGTCGCGGCC 1.000000 23 GGGTATTAACCATCAATGGAAACCCCTTGAGTCGITIIGDATCATCACCGTCGCGACC 9.000000 24 GGGTATTAACCATCAATGGAAACCCCTTGAGTCGITIIGDATCATCACCGTTGCGACC 20.000000 25 TAACCGCGACCATCGATGGAAACCCCTCGAGTCGICIIGIACCGCCACCGCCTCAGCC 1.000000 26 TAACCGCGACCATCGATGGAAACCCCTCGAGTCGDCIIGIACCGCCACCGCCTCAGCC 3.000000 27 TAACCGCGATTTCTGGCGGAAACCCCTCGCGTTGICIIGIGCCGCCACTGCCTCAGCC 1.000000 28 TAACCGCGCTCTTCGGCGAAAACCGCTTGAGTCGICIIGIACCACCACTGCCTCAGCC 2.000000 29 TAACCGCGCTTTCTGGCGAAAGCTGCGCGAGTCGICIIGIACCATCACCACCGCGGCC 1.000000 30 TAACCGCGCTTTCTGGCGAAAGCTGCGCGAGTCGICIIGIACCATCACCACCGCGGAC 5.000000 31 TAACCGCGCTTTCTGGCGGAGGCCCGTCGCATCGICDDGIGCCATACCCGCCGCGGCC 1.000000 32 TAACCGCGCTTTCTGGCGGAGGCTGCGCGAGTCCICIIGIACCATCACCACCGCGGAC 6.000000 33 TAACCGCGCTTTCTGGCGGAGGCTGCGCGAGTCCICDDGIGCCATACACGCCGCGGCC 2.000000 34 TAACCGCAACCATCAATGGAAACCCCTTGAGTCGITIIGDATCATCACCGTTGCGACC 6.000000 35 TGACCGCGCTTTCCGACGGAGGCTGCGCGAGTCCICIIGIACCATCACCGCCGCGGCC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,28) D002: (14,32) D003: (19,27) D004: (9,17) D005: (26,30) D006: (9,14) D007: (17,34) D008: (14,17) D009: (2,9) D010: (10,20) D011: (14,17) D012: (9,34) D013: (14,32) D014: (17,30) D015: (3,26) DY01: (25,26) DY02: (14,33) DY03: (5,14) DY04: (7,32) DY05: (7,33) DY06: (28,32) DY07: (9,30) DY08: (17,30) DY09: (14,30) DY10: (14,32) DY11: (1,18) DY12: (8,32) E101: (17,17) E102: (17,24) E103: (17,17) E104: (17,24) E105: (17,17) E106: (16,24) E107: (8,34) E108: (17,22) E109: (17,17) E110: (17,17) E111: (17,17) E112: (17,17) E113: (8,15) E114: (17,17) E115: (17,17) E116: (24,34) E117: (13,17) E118: (17,34) E119: (11,17) E120: (8,17) E121: (24,24) E122: (17,17) H101: (17,17) H102: (1,17) H103: (17,17) H104: (8,17) H105: (8,23) H106: (17,24) H107: (17,24) H108: (29,31) H109: (17,23) H110: (17,24) H111: (14,24) H112: (14,18) H113: (17,24) H114: (24,34) H115: (8,24) H116: (14,24) H117: (17,24) H118: (17,17) H119: (17,17) H120: (13,17) H121: (17,17) H122: (12,17) X101: (17,17) X102: (4,24) X103: (8,24) X104: (17,21) X105: (17,17) X106: (17,17) X107: (8,21) X108: (17,17) X109: (17,21) X110: (17,23) X111: (8,17) X112: (17,17) X113: (8,17) X114: (6,17) X115: (8,17) X116: (17,17) X117: (17,23) X118: (17,23) X119: (23,23) X120: (8,8) X121: (23,35) X122: (23,24) X123: (24,24) X124: (17,17) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G G A C A G C G A C C A T C G G C G G A A A C C C C T C G C G T T G I C I I G I G C C G C C A C T G C C T C A G C C T A A C C G C G C T C T T C G G C G A A A A C C G C T T G A G T C G I C I I G I A C C A C C A C T G C C T C A G C C 0 D002 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 D003 (G) (G) (G) (T) (A) G C G C C C A T C G A T G G A G G C T C C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C (T) (A) (A) (C) (C) G C G A T T T C T G G C G G A A A C C C C T C G C G T T G I C I I G I G C C G C C A C T G C C T C A G C C 0 D004 G G G C A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C G C T C G C G C T G D C I I G I G C C G C C A C C G T C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 D005 T A A C C G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C C T C G A G T C G D C I I G I A C C G C C A C C G C C T C A G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G A A A G C T G C G C G A G T C G I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 D006 G G G C A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C G C T C G C G C T G D C I I G I G C C G C C A C C G T C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C 0 D007 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C T A A C C G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 D008 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 D009 G G A C A G C G A C C A T C G G C G G A A A C C C C T C G C G T T G I (T) I I G I G C C G C C A C T G C C T C A G C C G G G C A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C G C T C G C G C T G D (C) I I G I G C C G C C A C C G T C G C G G C C 0 D010 G G G C A G C G A C C A T C G A T G G A A A (T) C G C T C G C G C T G D C I I G I G C C G C C A C C G T C G C G G C C G G G T A G C G C T T T C T G G C G G A G G (C) T G C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 D011 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 D012 G G G C A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C G C T C G C G C T G D C I I G I G C C G C C A C C G T C G C G G C C T A A C C G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 D013 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 D014 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G A A A G C T G C G C G A G T C G I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 D015 G G A C A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C C T C G C G T C G I C I I G I A C C G C C A C C G C C T C A G C C T A A C C G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C C T C G A G T C G D C I I G I A C C G C C A C C G C C T C A G C C 0 DY01 T A A C C G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C C T C G A G T C G I C I I G I A C C G C C A C C G C C T C A G C C T A A C C G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C C T C G A G T C G D C I I G I A C C G C C A C C G C C T C A G C C 0 DY02 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C 0 DY03 G G A C A G C G (C) C C A T C G A T G G A A A C C C C T C G C G T C G I C I I G I A C C G C C A C C G C C T C A G C C G G G T A G C G (A) C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C 0 DY04 G G A C A G C G C T C T T C G G C G A A A G C C G C T C G A G T C G I C I I G I A C C G C C A C C G C C T C A G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 DY05 G G A C A G C G C T C T T C G G C G A A A G C C G C T C G A G T C G I C I I G I A C C G C C A C C G C C T C A G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C 0 DY06 T A A C C G C G C T C T T C G G C G A A A A C C G C T T G A G T C G I C I I G I A C C A C C A C T G C C T C A G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 DY07 G G G C A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C G C T C G C G C T G D C I I G I G C C G C C A C C G T C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G A A A G C T G C G C G A G T C G I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 DY08 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G A A A G C T G C G C G A G T C G I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 DY09 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G A A A G C T G C G C G A G T C G I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 DY10 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 DY11 G G A C A G C G A C C A T C G G C G G A A A C C C C T C G C G T T G I C I I G I G C C G C C A C T G C C T C A G C (C) G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C (T) 0 DY12 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G A C 0 E101 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E102 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 E103 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E104 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 E105 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E106 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 E107 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T T A A C C G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 E108 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C [A] C C G [T] [C] G C G G C C 0 E109 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E110 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E111 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E112 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E113 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C (T) G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G A A G C (C) 0 E114 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E115 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E116 G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C T A A C C G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 E117 G G G C A G C G C T C T T C G G C G G G A G C C G G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E118 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C T A A C C G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 E119 G G G C A G C G (C) C C A T C G G C G G G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A G C G (A) C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E120 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 E121 G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 E122 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H101 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H102 G G A C A G C G A C C A T C G G C G G A A A C C C C T C G C G T T G I C I I G I G C C G C C A C T G C C T C A G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H103 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H104 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H105 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C 0 H106 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H107 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H108 T A A C C G C G C T T T C T G G C G A A A G C T G C G C G A G T C G I C I I G I A C C A T C A C C A C C G C G G C C T A A C C G C G C T T T C T G G C G G A G G C C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H109 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C 0 H110 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H111 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H112 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C (C) G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C (T) 0 H113 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H114 G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C T A A C C G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H115 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H116 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H117 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 H118 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H119 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H120 G G G C A G C G C T C T T C G G C G G G A G C C G G T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H121 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 H122 G G G C A G C G C T C T T C G G C G A G A G C C G C T C G C G T C G I C D D G I G C C A T A C A C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X101 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X102 G G A C A G C G A C C A T C G A T G G A A A C C C C T C G C G T C G I C I I G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 X103 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 X104 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 X105 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X106 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X107 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 X108 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X109 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 X110 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C 0 X111 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X112 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X113 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X114 G G A C A G C G C C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X115 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X116 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C 0 X117 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C 0 X118 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C 0 X119 G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C 0 X120 G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T G G A C A G C G C T C T T C G G C A A G A G C C G C T C C C G C T G D C I I C I G C T G C C A C T G C C T A A G C T 0 X121 G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C T G A C C G C G C T T T C C G A C G G A G G C T G C G C G A G T C C I C I I G I A C C A T C [A] C C G C C G C G G C C 0 X122 G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T C G C G A C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 X123 G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C G G G T A T T A A C C A T C A A T G G A A A C C C C T T G A G T C G I T I I G D A T C A T C A C C G T T G C G A C C 0 X124 G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C G G G T A G C G A C C A T C G A T G G A A A T C C G T C G C A T C G I C D D G I G C C A T A C C C G C C G C G G C C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 ? G = = A = = = A C = A = = = = = = G = = ? ? = C ? ? C = C = = T = = ? ? = = = G = = G = = = = = = = = = = = = = = ? A = = C = = = C T = T = = = = = = A = = ? ? = G ? ? T = A = = C = = ? ? = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = = 0 D002 G G G T A = = = A C C A T C = A T = = = A A = ? C ? ? = = C = = = G = = D D = = G = = = = A C A = G = = = = = = C = T A A C C = = = C T T T C T = G C = = = G G = ? G ? ? = = A = = = C = = I I = = A = = = = C A C = A = = = = = = A = 0 D003 (G) (G) (G) (T) (A) = = = C C C A T C = A T = = = G G = ? = = G = = A = = C C = = = = = = A = ? A T = ? = C A = = G = G = ? = (T) (A) (A) (C) (C) = = = A T T T C T = G C = = = A A = ? = = T = = C = = T G = = = = = = G = ? G C = ? = T G = = T = A = ? = 0 D004 = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = G C = = = = G C T = D = I ? ? ? = = = G C C A = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = C G = = = = A T C = I = D ? ? ? = = = A T A C = = = C = = = = = = = 0 D005 = ? = = = = = = A C C A T ? = A T = G = = A = C C = ? = ? ? ? ? ? = D = ? = = = = = = G C = = = = G = = T = A = C = = ? = = = = = = C T T T C ? = G C = A = = G = T G = ? = ? ? ? ? ? = I = ? = = = = = = A T = = = = A = = G = G = A = 0 D006 = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = C T = D = I I = = = = = G C C A C = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C G = = = = = T C = I = D D = = = = = A T A C A = = C = = = = = = = 0 D007 G G G T A = = G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C C = = = G = = T A A C C = = A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 D008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = ? ? ? = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = ? ? ? = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 D009 = = A = = = = = = = = = = = = G C = = = = = = = C = = = = = = T = = I (T) = = = = = = = = = = = = T = C = T = A = = = = = G = = = = = = = = = = = = A T = = = = = = = G = = = = = = C = = D (C) = = = = = = = = = = = = C = T = G = G = = = 0 D010 = = = C = = = = A C C A T C = A T = = = A A (T) C = = T = = C = C T G D = = = = = G = = G C = = = = G T = = = = = C = = = = T = = = = C T T T C T = G C = = = G G (C) T = = G = = A = T C C I = = = = = A = = A T = = = = A C = = = = = A = 0 D011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = 0 D012 G G G = A = = G = = = = = = G = = = = = = = = = G = = C = C = C T = D C = = = I G C = G C = = = = = = C = = = G = = T A A = C = = A = = = = = = A = = = = = = = = = C = = T = A = T C = I T = = = D A T = A T = = = = = = T = = = A = = 0 D013 G G G T A = = = A C C A T C = A T = = = A A = C C G T = = C = = = G = = D D = = G = = = = A C A = G = = = = = = C = T A A C C = = = C T T T C T = G C = = = G G = T G C G = = A = = = C = = I I = = A = = = = C A C = A = = = = = = A = 0 D014 G G G T A = = = A C C A T C = A T = G = = A T C C G T = = C A = = = = = D D = = G = = = = A C = = G = = = = = = C = T A A C C = = = C T T T C T = G C = A = = G C T G C G = = A G = = = = = I I = = A = = = = C A = = A = = = = = = A = 0 D015 G G = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T A = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY01 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY02 G G G T A = = = A C C A T C = A T = = = A A = C C ? ? = = C = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T A A C C = = = C T T T C T = G C = = = G G = T G ? ? = = A = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY03 = = A C = = = = (C) = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = I I = = A = = G C C A C = = = = T = A = = = = = G T = = = = (A) = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = D D = = G = = A T A C A = = = = G = G = = = 0 DY04 ? G = = A = = = = = C = T C ? ? = = A = A = = C = = T = = = = = = G = = ? = = = = = = G C = = = = G = = T = A = C = ? A = = C = = = = = T = C T ? ? = = G = G = = T = = G = = = = = = C = = ? = = = = = = A T = = = = A = = G = G = A = 0 DY05 ? G = = A = = = = ? C = T ? ? ? = = A = A = = C = = T = = = = = = G = = I I = = A = = G C C A C = = = = T = A = = = ? A = = C = = = = ? T = C ? ? ? = = G = G = = T = = G = = = = = = C = = D D = = G = = A T A C A = = = = G = G = = = 0 DY06 = = = = = = = = = = C = T C = = = = A = A ? ? C = = T T = = = = = G = = = = = = = = = = C = = = T G = = T = A = C = = = = = = = = = = = T = C T = = = = G = G ? ? T = = G C = = = = = C = = = = = = = = = = T = = = C A = = G = G = A = 0 DY07 G G G = A = = = A C C A T C = A T = G = = A = C = = T = = C = C T = D = = = = = G = = G C = = = = G T = = = = = C = T A A = C = = = C T T T C T = G C = A = = G = T = = G = = A = T C = I = = = = = A = = A T = = = = A C = = = = = A = 0 DY08 G G G T A = = = A C C A T C = A T = G = = A T C C G T = = C A = = = = = D D = = G = = = = A C = = G = = = = = = C = T A A C C = = = C T T T C T = G C = A = = G C T G C G = = A G = = = = = I I = = A = = = = C A = = A = = = = = = A = 0 DY09 G G G T A = = = A C C A T C = A T = G = = A = C C G T = = C = = = = = = D D = = G = = = = A C A = G = = ? = = = C = T A A C C = = = C T T T C T = G C = A = = G = T G C G = = A = = = = = = I I = = A = = = = C A C = A = = ? = = = A = 0 DY10 G G G T A = = = A C C A T C = A T = = = A A = C C G T = = C = = = G = = D D = = G = = = = A C A = G = = ? = = = C = T A A C C = = = C T T T C T = G C = = = G G = T G C G = = A = = = C = = I I = = A = = = = C A C = A = = ? = = = A = 0 DY11 = = A C = = = = = = = = = = = G C = = = = = C = = C = = = = G = T = = = I I = = = = = G C C A = T = = = T = A = = (C) = = G T = = = = = = = = = = = A T = = = = = T = = G = = = = A = C = = = D D = = = = = A T A C = C = = = G = G = = (T) 0 DY12 G G = = A = = = = = C = T C = = = A A G A ? ? C = = T = C C = C T G D = = = C = G = T G C = = = T G = = T A A = C T T A = = C = = = = = T = C T = = = G G A G ? ? T = = G = G A = T C C I = = = G = A = C A T = = = C A = = G C G = A C 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C C = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E104 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C C = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 E105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E106 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C = = C I G C T G C = ? = T = C C T A A G = T = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T = = G D A T C A T = ? = C = T T G C G A = C 0 E107 G G ? ? ? = ? G C T = T = = G G C A A G = G = = G = = C C C = C T = D C = = C I G C T G C = = = T = C C T A A G = T T A ? ? ? = ? A A C = A = = A A T G G A = A = = C = = T G A = T C = I T = = G D A T C A T = = = C = T T G C G A = C 0 E108 = ? ? ? = ? ? G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = ? = C A = = ? ? C D D ? I G C = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = ? ? ? = ? ? A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = ? = A G = = ? ? T I I ? D A T = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 = = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 E111 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E113 = = A C = = = = C T = T = = = G C A A G = G = = G C = = C = = C T = D = I ? ? ? = = T G C C A C T = = = T = = = = (T) = = G T = = = = A C = A = = = A T G G A = A = = C G = = G = = T C = I = D ? ? ? = = C A T A C A C = = = G = = = = (C) 0 E114 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 E115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E116 G G G T A T T = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T A A C C G C = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E117 = = = C = = = = C T = T = = = G C = = G = G C = G = = = = = G = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A C = A = = = A T = = A = A T = C = = = = = A = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E118 G G G T A = = G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C C = = = G = = T A A C C = = A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 E119 = = = C = = = = (C) = = = = = = G C = = G = G C = G C = = C = G C T = D = I I ? = = = T G C C A = T ? ? = T A A = = T = = = T = = = = (A) = = = = = = A T = = A = A T = C G = = G = A T C = I = D D ? = = = C A T A C = C ? ? = G C G = = C 0 E120 = = A C = = = = C T = T = ? = G C A A G = G C = G C = = C = G C T = D = I I C = = = T G C C A = T = = = T A A = = T = = G T = = = = A C = A = ? = A T G G A = A T = C G = = G = A T C = I = D D G = = = C A T A C = C = = = G C G = = C 0 E121 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H102 = = A C = = = = = = = = = = = G C = = = = = C = = C = = = = G = T = = = I I = = = = = G C C A = T = = = T = A = = = = = G T = = = = = = = = = = = A T = = = = = T = = G = = = = A = C = = = D D = = = = = A T A C = C = = = G = G = = = 0 H103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = 0 H104 ? = ? C = = = = C ? ? ? = = = G C A A G = G C = G C = = C = G C T = D = I I C = = = T G C C A = T = = = T A A = = T ? = ? T = = = = A ? ? ? = = = A T G G A = A T = C G = = G = A T C = I = D D G = = = C A T A C = C = = = G C G = = C 0 H105 = = A ? = ? ? G C T = T = = G G C A A G = G = = G = = C C C = C T = D C = = C I G C T G C = = = T = C = T A A G = T = = G ? = ? ? A A C = A = = A A T G G A = A = = C = = T G A = T C = I T = = G D A T C A T = = = C = T = G C G A = C 0 H106 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C C = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 H107 = = = = = G ? G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C C = = = G = = = = = = = T ? A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 H108 = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = A = = T G C G = = A G = = = = = I I = = A = = = = C A = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = G = = C C G T = = C A = = = = = D D = = G = = = = A C = = G = = = = = = = = 0 H109 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = ? ? D ? I G C = = = A C = = = C = = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = ? ? I ? D A T = = = C A = = = T = = = = A = = 0 H110 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = ? ? D ? I G C = = = A C = = = C C ? = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = ? ? I ? D A T = = = C A = = = T T ? = = A = = 0 H111 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = = = = G = C = ? = = = = = ? ? D ? I G C = = = A C A = = C C = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = = = = C = T = ? = = = = = ? ? I ? D A T = = = C A C = = T T = = = A = = 0 H112 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = (C) = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = (T) 0 H113 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C C = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 H114 G G ? T A T T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = T A ? C C G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = 0 H115 = = A C = G C G C T = T = = G G C A A G = G = = G = = C C C = C T = D ? = = C I G C T G C = = = T = C C T A A G = T = = G T = T T A A C = A = = A A T G G A = A = = C = = T G A = T C = I ? = = G D A T C A T = = = C = T T G C G A = C 0 H116 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = = = = G = C = C = = = = = C D ? ? ? G C = = = A C A = = C C = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = = = = C = T = A = = = = = T I ? ? ? A T = = = C A C = = T T = = = A = = 0 H117 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C C = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 H118 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 H119 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H120 = = = C = = = = C T = T = = = G C = = G = G C = G = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = A C = A = = = A T = = A = A T = C = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H121 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H122 = = = C = = = = C T = T = = = G C = A G = G C = G C = = = = G = = = = = = = = = = = = = ? ? = A = = = = = = = = = = = = = T = = = = A C = A = = = A T = G A = A T = C G = = = = A = = = = = = = = = = = = = ? ? = C = = = = = = = = = = 0 X101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X102 = = A C = G C G = = = = = = G = = = = = = = = = = = = C = C = = = = = C = = = I G C = = = A C = = = C C = = = G = = = = G T = T T A = = = = = = A = = = = = = = = = = = = T = A = = = = = T = = = D A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 X103 = = A C = G C G C T = T = = G G C A A G = G = = G = = C C C = C T = D C = = C I G C T G C = = = T = C C T A A G = T = = G T = T T A A C = A = = A A T G G A = A = = C = = T G A = T C = I T = = G D A T C A T = = = C = T T G C G A = C 0 X104 = = = = = = = G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = ? ? C = = = G = = = = = = = = = A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = ? ? T = = = A = = 0 X105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 0 X106 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? 0 X107 = = A C = = = G C T = T = = G G C A A G = G = = G = = C C C = C T = D C = = C I G C T G C = = = T = C C T A A G = T = = G T = = = A A C = A = = A A T G G A = A = = C = = T G A = T C = I T = = G D A T C A T = = = C = T T G C G A = C 0 X108 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X109 = = = = = = = G = = = = = = ? = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D ? ? ? G C = = = A C = = = C C = = = G = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I ? ? ? A T = = = C A = = = T T = = = A = = 0 X110 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = C D D ? I G C = = = A C = = = C = = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = T I I ? D A T = = = C A = = = T = = = = A = = 0 X111 = = A C = = = = C T = T = ? ? ? C A A G = G C = G C = = C = G C T = D = I I C = = = T G C C A = T = = = T A A = = T = = G T = = = = A C = A = ? ? ? T G G A = A T = C G = = G = A T C = I = D D G = = = C A T A C = C = = = G C G = = C 0 X112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X113 = = A C = = = = C T = T = = ? G C A A G = G C = G C = = C = G C T = D = ? I C = = = T G C C A = T = = = T A A = = T = = G T = = = = A C = A = = ? A T G G A = A T = C G = = G = A T C = I = ? D G = = = C A T A C = C = = = G C G = = C 0 X114 = = A C = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = G T = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = ? = = = = = 0 X115 = = A C = = = = C T = T = = = G C A A G = G C = G C = = C = G C T = D = I I C = = = T G C C A = T = = = T A A = = T = = G T = = = = A C = A = = = A T G G A = A T = C G = = G = A T C = I = D D G = = = C A T A C = C = = = G C G = = C 0 X116 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X117 = = = = = G C G = = = = = = ? ? = = = = = = T = = G = C = C A = = = ? C D D ? I G C = = = A C = = = C = = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = ? ? = = = = = = C = = C = T = A G = = = ? T I I ? D A T = = = C A = = = T = = = = A = = 0 X118 = = = = = G C G = = = = = = G = = = = = = = T = = G = C = C A = = = = ? D D ? I G C = = = A C = = = C = = = = G = = = = = = = T T A = = = = = = A = = = = = = = C = = C = T = A G = = = = ? I I ? D A T = = = C A = = = T = = = = A = = 0 X119 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X121 G = G T A T T A A C C A T = A = T = = = A A = C C = T T = = = = = G = T = = = D = T = = = = ? ? ? = T = = = = A = = T = A C C G C G C T T T C = G = C = = = G G = T G = G C = = = = = C = C = = = I = C = = = = ? ? ? = C = = = = G = = 0 X122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = 0 X123 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = 0 X124 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? ? = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 0.72 0.72 0.72 0.72 0.72 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? = ? ? ? ? ? = 1.00 = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 0.61 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 0.91 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 0.54 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 0.57 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = = 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 0.83 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = ? ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 0.66 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = 0.91 = = = = 0.86 = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = ? = ? 1.00 = = = = 1.00 ? ? ? = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? = ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 0.84 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = ? ? ? ? ? ? = = = ? = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? ? = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = END PHASEPROBS