Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000025 CC 0 0 0 0 0 CG 0 1 0 0 1 GG 25 16 15 23 79 0.000 0.016 0.000 0.000 0.003 000222 GG 8 19 19 22 68 GT 13 3 1 1 18 TT 3 0 1 0 4 0.421 0.118 8.629 0.011 3.277 000466 GG 25 21 21 24 91 GT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 000479 AA 2 0 1 0 3 AG 16 3 1 0 20 GG 8 18 20 24 70 2.340 0.124 9.075 0.000 1.040 000501 CC 24 21 19 24 88 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 000680 -- 24 21 21 23 89 +- 2 0 0 0 2 ++ 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 000810 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 25 20 21 24 90 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 000870 CC 27 19 19 24 89 CG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.013 0.000 0.003 000922 AA 8 0 1 1 10 AG 14 4 3 8 29 GG 5 14 15 15 49 0.068 0.281 1.815 0.003 2.845 000994 CC 11 0 1 1 13 CT 14 6 6 8 34 TT 2 13 14 15 44 0.750 0.668 0.114 0.003 2.176 001198 AA 27 22 22 23 94 AT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 001284 AA 8 18 20 23 69 AC 16 2 1 1 20 CC 3 0 1 0 4 1.395 0.055 9.075 0.011 2.355 001513 GG 27 15 11 15 68 GT 0 4 10 6 20 TT 0 1 0 3 4 0.000 0.930 2.051 2.667 2.282 001689 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 27 20 20 24 91 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 001736 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 25 18 20 24 87 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 001813 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 25 20 21 24 90 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 002057 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 20 21 23 91 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 002062 CC 27 14 11 15 67 CT 0 4 9 6 19 TT 0 1 0 3 4 0.000 0.825 1.686 2.667 2.666 002071 AA 25 20 20 24 89 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 002093 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 2 0 2 TT 27 20 20 24 91 0.000 0.000 0.050 0.000 0.011 005307 AA 27 21 21 24 93 AG 0 1 1 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 005315 AA 0 2 1 3 6 AG 2 6 10 9 27 GG 25 14 11 12 62 0.040 1.099 0.468 0.389 1.578 005383 AA 10 17 16 16 59 AC 13 5 5 7 30 CC 4 0 1 1 6 0.005 0.362 0.499 0.044 0.655 005578 AA 27 21 22 24 94 AG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 006081 CC 11 18 16 17 62 CT 12 4 4 6 26 TT 3 0 1 1 5 0.010 0.220 1.037 0.240 1.015 006091 CC 12 22 20 23 77 CT 15 0 0 1 16 TT 0 0 1 0 1 3.994 0.000 21.000 0.011 0.027 006092 GG 0 0 0 0 0 GT 2 0 0 0 2 TT 25 22 21 24 92 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 006127 AA 11 18 16 17 62 AT 12 4 4 6 26 TT 4 0 1 1 6 0.060 0.220 1.037 0.240 1.908 006414 CC 0 0 1 0 1 CT 15 0 0 1 16 TT 12 22 21 23 78 3.994 0.000 22.000 0.011 0.031 006438 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 26 22 22 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 006445 -- 23 22 21 24 90 +- 4 0 0 0 4 ++ 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 006457 CC 27 21 22 24 94 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 006598 CC 20 17 21 19 77 CG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.112 0.000 0.000 0.000 0.029 006774 CC 12 20 21 22 75 CT 13 0 0 0 13 TT 0 0 1 0 1 3.086 0.000 22.000 0.000 0.255 006776 CC 23 17 21 23 84 CT 2 3 1 0 6 TT 0 0 0 0 0 0.043 0.131 0.012 0.000 0.107 007106 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 21 21 22 22 86 0.048 0.000 0.000 0.000 0.012 008328 AA 0 2 1 3 6 AG 2 6 10 7 25 GG 23 14 11 10 58 0.043 1.099 0.468 0.818 1.924 008390 AA 9 17 15 17 58 AG 13 5 6 4 28 GG 3 0 1 1 5 0.268 0.362 0.153 1.144 0.430 008436 CC 0 0 0 0 0 CG 0 0 0 1 1 GG 25 22 22 21 90 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 008841 AA 25 21 22 24 92 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 008975 CC 5 0 1 1 7 CT 13 5 6 6 30 TT 9 15 15 17 56 0.006 0.408 0.153 0.240 1.063 009193 AA 0 0 0 1 1 AG 1 3 3 5 12 GG 26 19 19 18 82 0.010 0.118 0.118 0.644 0.530 009252 CC 27 21 22 24 94 CG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 009287 AA 0 0 0 0 0 AG 4 0 0 0 4 GG 23 22 22 24 91 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 009535 AA 0 0 0 1 1 AG 10 3 5 5 23 GG 17 19 17 18 71 1.395 0.118 0.362 0.644 0.335 009575 AA 26 17 17 18 78 AG 1 5 5 5 16 GG 0 0 0 1 1 0.010 0.362 0.362 0.644 0.031 009581 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 009929 AA 17 22 21 22 82 AG 10 0 1 1 12 GG 0 0 0 0 0 1.395 0.000 0.012 0.011 0.437 009952 CC 27 21 22 23 93 CG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 012219 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 22 22 22 24 90 0.045 0.000 0.000 0.000 0.011 012302 CC 0 0 0 0 0 CG 2 0 0 0 2 GG 22 22 22 24 90 0.045 0.000 0.000 0.000 0.011 012465 CC 0 0 0 0 0 CG 0 1 0 0 1 GG 24 21 22 24 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 012514 AA 11 17 16 17 61 AG 11 5 5 6 27 GG 2 0 1 1 4 0.107 0.362 0.499 0.240 0.206 012533 CC 24 22 21 24 91 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 012536 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 24 21 22 24 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 012560 CC 16 4 6 8 34 CT 8 8 11 8 35 TT 0 10 5 8 23 0.960 1.010 0.000 2.667 4.787 012725 CC 0 0 0 0 0 CT 2 0 0 0 2 TT 25 22 22 24 93 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 012871 CC 12 22 21 23 78 CT 13 0 1 1 15 TT 0 0 0 0 0 3.086 0.000 0.012 0.011 0.716 012952 CC 0 0 0 0 0 CT 3 0 1 0 4 TT 22 22 21 24 89 0.102 0.000 0.012 0.000 0.045 012984 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 4 5 GG 27 22 21 20 90 0.000 0.000 0.012 0.198 0.069 013032 CC 8 17 16 17 58 CG 13 5 6 6 30 GG 6 0 0 1 7 0.027 0.362 0.548 0.240 1.207 013072 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 013518 CC 12 3 3 8 26 CG 10 8 12 8 38 GG 2 11 7 8 28 0.002 0.577 0.362 2.667 2.770 013609 AA 0 0 0 0 0 AG 8 0 0 0 8 GG 16 21 22 24 83 0.960 0.000 0.000 0.000 0.192 013611 CC 23 21 22 24 90 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 013674 GG 0 0 0 0 0 GT 12 0 1 1 14 TT 11 21 21 23 76 2.865 0.000 0.012 0.011 0.640 013729 AA 22 21 22 24 89 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.045 0.000 0.000 0.000 0.011 013774 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 23 20 22 24 89 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 013794 AA 0 0 0 0 0 AC 3 0 1 0 4 CC 21 21 21 24 87 0.107 0.000 0.012 0.000 0.046 013896 CC 24 22 22 24 92 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 014007 CC 23 14 10 11 58 CT 4 5 10 9 28 TT 0 2 0 3 5 0.173 1.802 2.222 0.277 0.430 014047 CC 25 21 20 23 89 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 014341 CC 23 22 22 24 91 CT 2 0 0 0 2 TT 2 0 0 0 2 10.547 0.000 0.000 0.000 40.857 014357 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 014621 CC 17 22 22 23 84 CT 6 0 0 0 6 TT 0 0 0 0 0 0.517 0.000 0.000 0.000 0.107 014959 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 24 22 21 23 90 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 015159 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 3 0 3 GG 23 22 18 24 87 0.000 0.000 0.124 0.000 0.026 015261 CC 0 0 0 1 1 CG 1 4 3 5 13 GG 25 18 19 18 80 0.010 0.220 0.118 0.644 0.318 015312 CC 0 0 0 0 0 CT 4 0 0 0 4 TT 22 22 21 23 88 0.181 0.000 0.000 0.000 0.045 015332 CC 25 22 21 23 91 CG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 015452 AA 4 2 1 4 11 AC 15 6 10 8 39 CC 7 14 10 11 42 0.746 1.099 0.583 1.252 0.175 015603 CC 25 22 22 24 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 015629 AA 0 10 5 8 23 AG 7 8 12 8 35 GG 19 4 5 8 36 0.629 1.010 0.182 2.667 5.450 015787 CC 0 0 0 1 1 CT 7 4 3 5 19 TT 19 16 18 18 71 0.629 0.247 0.124 0.644 0.047 015845 CC 0 0 0 0 0 CG 0 1 1 0 2 GG 26 19 20 24 89 0.000 0.013 0.012 0.000 0.011 015890 CC 20 20 21 24 85 CG 6 0 0 0 6 GG 0 0 0 0 0 0.442 0.000 0.000 0.000 0.106 015965 CC 16 16 17 18 67 CT 9 4 4 5 22 TT 1 0 0 1 2 0.037 0.247 0.233 0.644 0.015 016193 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 21 20 22 90 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 016222 AA 25 21 20 23 89 AC 2 0 0 0 2 CC 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 016251 AA 0 0 0 0 0 AG 5 0 1 0 6 GG 22 21 19 23 85 0.281 0.000 0.013 0.000 0.106 016286 CC 0 0 0 0 0 CG 10 0 0 1 11 GG 17 21 20 22 80 1.395 0.000 0.000 0.011 0.377 016355 -- 0 0 0 1 1 +- 10 4 3 5 22 ++ 17 17 17 16 67 1.395 0.233 0.131 0.499 0.300 016579 CC 23 13 11 11 58 CT 3 6 6 8 23 TT 0 2 0 3 5 0.097 0.948 0.781 0.577 1.627 016627 AA 23 20 18 20 81 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 016688 CC 22 20 18 21 81 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.045 0.000 0.000 0.000 0.012 016719 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 24 20 18 19 81 0.000 0.000 0.000 0.013 0.003 016744 CC 24 19 17 20 80 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.015 0.000 0.003 016821 AA 22 20 18 20 80 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.045 0.000 0.000 0.000 0.012 016878 -- 3 9 8 6 26 +- 12 7 8 7 34 ++ 9 4 2 8 23 0.107 1.284 0.000 2.249 2.679 017155 CC 16 17 19 18 70 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.062 0.000 0.000 0.000 0.014 017165 AA 2 0 0 0 2 AT 3 0 0 0 3 TT 14 18 18 19 69 4.281 0.000 0.000 0.000 22.397 017206 AA 16 20 19 19 74 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.062 0.000 0.000 0.000 0.014 017293 -- 2 10 7 8 27 +- 11 6 10 7 34 ++ 12 4 3 8 27 0.057 2.321 0.035 3.522 4.545 017346 CC 0 0 0 1 1 CG 1 3 3 5 12 GG 23 12 10 13 58 0.011 0.185 0.221 0.294 0.171 017481 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 23 16 13 19 71 0.011 0.000 0.000 0.000 0.004 017543 -- 0 2 1 3 6 +- 2 6 9 8 25 ++ 23 12 10 12 57 0.043 0.800 0.330 0.733 1.837 017626 AA 25 20 21 24 90 AG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 017648 AA 21 22 21 24 88 AC 6 0 0 0 6 CC 0 0 0 0 0 0.422 0.000 0.000 0.000 0.102 017655 AA 5 2 1 4 12 AG 15 6 11 8 40 GG 7 14 9 12 42 0.371 1.099 1.068 1.500 0.258 017680 CC 25 14 10 12 61 CT 2 6 10 9 27 TT 0 2 1 3 6 0.040 1.099 0.583 0.389 1.504 017723 GG 0 0 0 0 0 GT 6 0 0 0 6 TT 21 22 21 24 88 0.422 0.000 0.000 0.000 0.102 017823 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 22 21 24 91 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 017979 CC 25 16 18 18 77 CT 1 5 3 5 14 TT 0 0 0 1 1 0.010 0.383 0.124 0.644 0.160 018098 AA 11 17 18 17 63 AG 13 5 4 5 27 GG 3 0 0 1 4 0.084 0.362 0.220 0.571 0.255 018331 CC 4 0 0 1 5 CT 13 5 4 5 27 TT 10 16 15 17 58 0.005 0.383 0.263 0.571 0.597 018335 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 26 21 19 23 89 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 018382 AA 3 11 6 7 27 AC 12 6 11 9 38 CC 12 4 2 7 25 0.000 2.679 0.851 1.087 2.166 018576 AA 11 3 2 5 21 AC 12 6 11 9 38 CC 3 10 8 5 26 0.010 1.377 0.416 0.053 0.898 018578 AA 1 0 0 0 1 AC 9 1 4 0 14 CC 17 19 18 19 73 0.020 0.013 0.220 0.000 0.124 018623 CC 21 16 18 14 69 CT 5 5 4 5 19 TT 1 0 0 1 2 0.868 0.383 0.220 0.360 0.252 018713 CC 26 21 22 19 88 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.013 0.003 018989 CC 25 21 20 24 90 CG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 019031 CC 26 21 20 24 91 CT 0 0 0 0 0 TT 1 0 0 0 1 27.000 0.000 0.000 0.000 92.000 019422 AA 0 0 0 0 0 AG 13 0 1 0 14 GG 14 20 21 23 78 2.714 0.000 0.012 0.000 0.624 019499 GG 27 20 22 22 91 GT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 019568 CC 20 13 11 12 56 CT 6 5 10 8 29 TT 1 2 1 3 7 0.386 1.604 0.468 0.733 1.323 019684 CC 25 14 13 17 69 CT 2 5 8 6 21 TT 0 2 1 1 4 0.040 1.802 0.027 0.240 1.943 019801 CC 0 0 0 0 0 CT 0 2 2 0 4 TT 27 19 20 24 90 0.000 0.053 0.050 0.000 0.044 020140 GG 24 21 22 24 91 GT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 020301 GG 13 16 15 16 60 GT 9 5 4 5 23 TT 3 0 0 1 4 0.510 0.383 0.263 0.499 0.822 020423 CC 25 21 19 21 86 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 020501 CC 26 21 22 24 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 020530 GG 27 21 22 23 93 GT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 020938 AA 26 22 22 24 94 AC 1 0 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 020940 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 021038 AA 27 22 22 23 94 AC 0 0 0 1 1 CC 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 021039 CC 24 22 22 24 92 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 021191 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 021322 AA 0 1 0 1 2 AC 1 4 3 5 13 CC 26 17 19 18 80 0.010 1.144 0.118 0.644 2.437 021368 AA 3 1 0 1 5 AG 9 4 4 5 22 GG 15 17 18 18 68 0.773 1.144 0.220 0.644 2.852 021474 CC 23 20 20 21 84 CG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.097 0.000 0.000 0.000 0.027 021719 CC 1 0 0 0 1 CT 4 0 1 0 5 TT 22 22 19 24 87 1.688 0.000 0.013 0.000 6.180 021946 AA 0 2 1 3 6 AG 2 5 10 9 26 GG 25 15 11 12 63 0.040 2.001 0.468 0.389 1.990 022124 CC 25 21 21 24 91 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 022162 AA 0 0 0 0 0 AC 12 0 0 0 12 CC 14 22 22 24 82 2.340 0.000 0.000 0.000 0.437 022271 CC 27 20 17 22 86 CT 0 0 5 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.362 0.000 0.073 022374 AA 25 20 22 22 89 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 023065 AA 0 0 0 0 0 AG 6 0 1 0 7 GG 21 22 21 24 88 0.422 0.000 0.012 0.000 0.139 023194 CC 0 0 0 0 0 CG 0 0 0 1 1 GG 27 22 22 22 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 023324 CC 25 17 18 17 77 CT 2 5 4 5 16 TT 0 0 0 1 1 0.040 0.362 0.220 0.571 0.027 023325 AA 1 0 0 0 1 AG 4 0 2 0 6 GG 22 22 20 23 87 1.688 0.000 0.050 0.000 4.413 023368 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 2 0 5 GG 24 21 20 23 88 0.093 0.000 0.050 0.000 0.071 023456 CC 21 21 18 23 83 CG 4 0 1 0 5 GG 1 0 0 0 1 1.578 0.000 0.014 0.000 5.854 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000680: T 006445: T 016355: cct 016878: CT 017293: TAAC 017543: at