************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ctna1.phase.inp ctna1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ctna1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ctna1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ctna1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ctna1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 63 Positions of loci: 145 1444 1844 2906 11585 12051 13557 23286 23480 23935 25060 31572 42827 42852 43374 45637 45725 46280 47085 47168 47225 52733 53073 53992 54933 60834 61903 83968 84077 84301 84444 84453 94406 105500 105841 106105 106505 107144 107303 114139 115466 115598 116038 116285 136736 142956 143055 145061 145184 145503 146183 147571 150059 150596 150890 151329 153815 154063 154126 154253 155669 155771 155808 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ctna1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 DGGTCCATTIGTCCACIACAICACCDACTCCTCGAACAACTTGIICTTCAACGTGADTICTTA 10.000000 2 DGGTCCATTIGTCCACIACAICACCDACTCCTCGAACAACTTGIICTTCAACGTGADTICTTC 3.000000 3 DGGTCCATTIGTCCACIACAICACCDACTCCTCGAACAACTTGDICTTCAACGTGADTICTTA 94.000000 4 DGGTCCATTIGTCCACIACAICACCDACTCCTCGAACAACTTGDICTTCAACGTGADTDCTTA 1.000000 5 DGGTCCATTIGTCCACIACAICACCDACTCCTCGAACAACTTGDICTTCAACGTGGIADGCCC 1.000000 6 DGGTCCATTIGTCCACIACAICACCDACTCCTCGGACAACTTGDICTTCAACGTGADTICTTA 16.000000 7 DGGTCCATTIGTCCACIACAICACCIACTCCTCGAACAACTTGDICTTCAACGTGADTICTTA 1.000000 8 DGGTCCATTIGTCCACIGCAICACCDACTCCTCGAACAACTTGIICTTCAACGCGGDTIGTCC 4.000000 9 DGGTCCATTIGTCTATIGCAICACCDACCCCTCGAACAACTTGIICTTCAGTGTGADTIGTCC 6.000000 10 DGGTCCATTDGCCTATIGTADCGTTIAGCCCCACAGGGGTGCGIDTAGTGGTACAGIADGCCC 1.000000 11 DGGACCATTIGTCTATIGCAICACCDACCCCTCGAACAACTTGIICTTCAATGCGADTIGTCC 1.000000 12 IGGACCATGDGTCTATIGTADCGTTIAGCCCCACAGGGGTGCGIITAGTGGTACAGIADGTCC 3.000000 13 IGGACCATTIGTCTATIGTAICACTDACCCCTCGAACAACTTGIDCTTCAGTATGADTIGTCC 1.000000 14 IGGACCATTIGTCTATIGTAICACTIACCCCCCGAACGACTTGIICTTCAATACAGDTDGTCC 3.000000 15 IAGACCATGDGTCTATIGTADCGTTIAGCCCCACAGGGGTGCGIITAGTGGTACAGIADGCCC 5.000000 16 IAGACCATTIGTCCACIACAICACCDACTCCTCGAACAACTTGDICTTCAACGTGADTICTTA 1.000000 17 IAGACCATTDGTCTATIGTADCGTTIAGCCCCACAGGGGTGCGIITAGTGGTACAGIADGCCC 1.000000 18 IAGACCAGGDGTCTATIGTADCGTTIAGCCCCACAGGGGTGCGIDTAGTGGTACAGIADGCCC 2.000000 19 IAGACCAGGDGCCTATIGTADCGTTIAGCCCCACAGGGGTGCGIDTAGTGGTACAGIADGCCC 22.000000 20 IATACCATTIGTCTATIGTAICACTIACCCCCCGAACGACTTGIICTTCAATACAGDTDGTCC 1.000000 21 IATATTCTTITTGTGTDGTTITACTIGCCTTCCGAAGGACTTAIICTTCAACGTGADTICTTA 3.000000 22 IATATTCTTITTGTGTDGTTITACTIGCCTTCCGAAGGACTTAIICTTTAATACAGDTDGTCC 9.000000 23 IATATTCTTITTGTGTDGTTITACTIGCCTTCCGAAGGACTTAIITAGTGGTACAGIADGTCC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (1,3) D002: (3,9) D003: (3,12) D004: (3,15) D005: (17,22) D006: (9,11) D007: (3,22) D008: (3,22) D009: (9,20) D010: (2,23) D011: (2,22) D012: (3,14) D013: (3,15) D014: (6,22) D015: (3,12) DY01: (15,22) DY02: (3,22) DY03: (3,3) DY04: (13,14) DY05: (2,3) DY06: (3,9) DY07: (14,22) DY08: (3,9) DY09: (3,9) DY10: (12,19) DY11: (3,3) DY12: (3,22) E101: (1,3) E102: (3,6) E103: (3,6) E104: (19,19) E105: (6,19) E106: (18,18) E107: (6,6) E108: (3,3) E109: (10,16) E110: (3,6) E111: (3,19) E112: (3,15) E113: (3,19) E114: (7,19) E115: (1,19) E116: (3,19) E117: (3,3) E118: (6,19) E119: (6,19) E120: (1,3) E121: (3,19) E122: (3,6) H101: (3,19) H102: (3,3) H103: (1,3) H104: (3,3) H105: (3,3) H106: (3,19) H107: (3,19) H108: (6,19) H109: (3,3) H110: (3,6) H111: (3,3) H112: (3,6) H113: (3,3) H114: (3,5) H115: (3,19) H116: (1,6) H117: (19,19) H118: (1,19) H119: (3,3) H120: (3,6) H121: (6,19) H122: (3,19) X101: (3,3) X102: (3,8) X103: (3,4) X104: (3,3) X105: (3,3) X106: (3,21) X107: (3,21) X108: (3,3) X109: (3,3) X110: (3,3) X111: (3,3) X112: (3,3) X113: (3,8) X114: (3,3) X115: (3,8) X116: (3,15) X117: (3,3) X118: (3,8) X119: (3,21) X120: (1,3) X121: (1,3) X122: (1,3) X123: (3,3) X124: (3,3) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 D002 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C T A T I G C A I C A C C D A C C C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A G T G T G A D T I G T C C 0 D003 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I G G A C C A T G D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G T C C 0 D004 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A T G D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 D005 I A G A C C A T T D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G C C C I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 D006 D G G (T) C C A T T I G T C T A T I G C A I C A C C D A C C C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A G T G T G A D T I G T C C D G G (A) C C A T T I G T C T A T I G C A I C A C C D A C C C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A [T] G C G A D T I G T C C 0 D007 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 D008 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 D009 D G G T C C A T T I G T C T A T I G C A I C A C C D A C C C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A G T G T G A D T I G T C C I A T A C C A T T I G T C T A T I G T A I C A C T I A C C C C C C G A A C G A C T T G I I C T T C A A T A C A G D T D G T C C 0 D010 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T C I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I T A G T G G T A C A G I A D G T C C 0 D011 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T C I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 D012 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I G G A C C A T T I G T C T A T I G T A I C A C T I A C C C C C C G A A C G A C T T G I I C T T C A A T A C A G D T D G T C C 0 D013 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A T [G] D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 D014 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 D015 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I G G A C C A T G D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G T C C 0 DY01 I A G A C C A T G D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G C C C I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 DY02 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 DY03 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 DY04 I [G] [G] A C C A T T I G T C T A T I G T A I C A C T D A C C C C T C G A A C A A C T T G I D C T T C A G T A T G A D T I G T C C I [G] [G] A C C A T T I G T C T A T I G T A I C A C T I A C C C C C C G A A C G A C T T G I I C T T C A A T A C A G D T D G T C C 0 DY05 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T C D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 DY06 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C T A T I G C A I C A C C D A C C C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A G T G T G A D T I G T C C 0 DY07 I G G A C C A T T I G T C T A T I G T A I C A C T I A C C C C C C G A A C G A C T T G I I C T T C A A T A C A G D T D G T C C I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 DY08 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C T A T I G C A I C A C C D A C C C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A G T G T G A D T I G T C C 0 DY09 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C T A T I G C A I C A C C D A C C C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A G T G T G A D T I G T C C 0 DY10 I G G A C C A T G D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G T C C I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 DY11 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 DY12 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T T A A T A C A G D T D G T C C 0 E101 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E102 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E103 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E104 I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E105 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E106 I A G A C C A G G D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C I A G A C C A G G D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E107 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E108 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E109 D G G T C C A T [T] D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C I A G A C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E110 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E111 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E112 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I [A] G A C C A T G D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G [C] C C 0 E113 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E114 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C I A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E115 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E116 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E117 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E118 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E119 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E120 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 E121 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 E122 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H101 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 H102 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H103 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H104 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H105 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H106 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 H107 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 H108 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 H109 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H110 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H111 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H112 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H113 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H114 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G G I A D G [C] C C 0 H115 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 H116 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H117 I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 H118 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 H119 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H120 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 H121 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G G A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 H122 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A G G D G C C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I D T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 X101 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X102 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I G C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G C G G D T I G T C C 0 X103 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T D C T T A 0 X104 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X105 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X106 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X107 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X108 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X109 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X110 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X111 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X112 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X113 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I G C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G C G G D T I G T C C 0 X114 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X115 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I G C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G C G G D T I G T C C 0 X116 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A G A C C A T [G] D G T C T A T I G T A D C G T T I A G C C C C A C A G G G G T G C G I I T A G T G G T A C A G I A D G C C C 0 X117 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X118 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I G C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G C G G D T I G T C C 0 X119 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A I A T A T T C T T I T T G T G T D G T T I T A C T I G C C T T C C G A A G G A C T T A I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X120 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X121 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X122 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G I I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X123 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A 0 X124 D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A D G G T C C A T T I G T C C A C I A C A I C A C C D A C T C C T C G A A C A A C T T G D I C T T C A A C G T G A D T I C T T A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = = = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = I = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = D = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = 0 D002 = = = ? = = = ? ? ? = = = C ? C = ? = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = ? = ? = = D = = = = = = A C = = = = = = = C = T A = = = ? = = = ? ? ? = = = T ? T = ? = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = ? = ? = = I = = = = = = G T = = = = = = = G = C C 0 D003 D = = T = = = = T I = = = C = C = A C ? I = A C C ? = C T = = T C G = A C A A C T T = D = C T T C A A C G T G A ? ? ? C = T A I = = A = = = = G D = = = T = T = G T ? D = G T T ? = G C = = C A C = G G G G T G C = I = T A G T G G T A C A G ? ? ? G = C C 0 D004 D G = T = = = = T I = = = C = C = A C = I = A C C ? = C T = = T C G = A C A ? C ? T = D = C T T C A A C ? T G A D ? I C T T A I A = A = = = = G D = = = T = T = G T = D = G T T ? = G C = = C A C = G G G ? T ? C = I = T A G T G G T ? C A G I ? D G C C C 0 D005 = = G = C C A = = ? G = C = A = I = = A D C G T = = A G = C C = A C = G = = G T ? C G = = T A G = G G ? = = = = I A = = C = = = = T = T T C = = ? T = G = G = D = = T I T A C = = G C = T T = C G = A = = A C ? T A = = C T T = A A ? = = = = D T = = T = = 0 D006 = = = (T) = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G ? ? T = = = = = = = = = = = = (A) = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A ? ? C = = = = = = = = = 0 D007 D G G T C C A = = = G = C C A C I A C A = C = = C ? A = T C C T = = = = C A = = = = G D = = = = C = = C G T G A = = I C = T A I A T A T T C = = = T = G T G T D G T T = T = = T ? G = C T T C = = = = G G = = = = A I = = = = T = = T A C A G = = D G = C C 0 D008 D G G T C C A ? ? = G = C C A C I A C A = C = = C ? A = T C C T = = = = C ? ? = = = G D = = = = C = = C G T G A ? ? I C = T A I A T A T T C ? ? = T = G T G T D G T T = T = = T ? G = C T T C = = = = G ? ? = = = A I = = = = T = = T A C A G ? ? D G = C C 0 D009 D G G T = = = = ? = = = = = = = = = C = = = = = C ? = = = = = T = = = = = A = = = = = = = = = = = = G = G T G A = = I = = = = I A T A = = = = ? = = = = = = = = = T = = = = = T ? = = = = = C = = = = = G = = = = = = = = = = = = A = A C A G = = D = = = = 0 D010 D G G T C C A ? ? = G = C C A C I A C A = C = = C D A = T C C T = = = = C A = = = = G = = C T T C A A C G T G ? D ? I C = T = I A T A T T C ? ? = T = G T G T D G T T = T = = T I G = C T T C = = = = G G = = = = A = = T A G T G G T A C A ? I ? D G = C = 0 D011 D G G T C C A = = = G = C C A ? I A C A = C = = C D A = T C C T = = = = C A = = = = G = = = = = C = = C G T G A ? ? ? C = T = I A T A T T C = = = T = G T G ? D G T T = T = = T I G = C T T C = = = = G G = = = = A = = = = = T = = T A C A G ? ? ? G = C = 0 D012 ? = = T = = = = ? = = = = C = C = A C = = = = = C D = = T = = T = = = = = ? ? = = = = D = = = = = = = C G T G A = = I C = T A ? = = A = = = = ? = = = = T = T = G T = = = = = T I = = C = = C = = = = = ? ? = = = = I = = = = = = = T A C A G = = D G = C C 0 D013 D G = T = = = = ? ? = = = C = C = A C = I = A C C D = C T = = T C G = A C ? ? C ? T = D = C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = = ? ? = = = T = T = G T = D = G T T I = G C = = C A C = G G ? ? T ? C = I = T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 D014 D G G ? C C A = ? = G = C C A ? I ? C A = C = = C D A = T C C T = = G = C ? ? = = = G D = = = = C = = C ? T G A = = I C = T A I A T ? T T C = ? = T = G T G ? D ? T T = T = = T I G = C T T C = = A = G ? ? = = = A I = = = = T = = T ? C A G = = D G = C C 0 D015 D = = T = = = ? T I = = = C = C = A C = I = A C C D = C T = = T C G = A C A A C ? T = D = C T T C A A C G T G A D ? I C = T A I = = A = = = ? G D = = = T = T = G T = D = G T T I = G C = = C A C = G G G G T ? C = I = T A G T G G T A C A G I ? D G = C C 0 DY01 = = G ? C C A = G D G = C = A ? I = = A D C G T ? = A G = C C = A C = G = ? ? T ? C G = = T A G = G G = = = = = I A = = C = = = = T ? T T C = T I T = G = G ? D = = T I T A C ? = G C = T T = C G = A = ? ? C ? T A = = C T T = A A = = = = = D T = = T = = 0 DY02 D G G T C C A = ? = G = C C A ? I A C A = C = = C ? A = ? C C T = = = = C A = = = = ? D = = = = C = = C G ? G A = = I C = T A I A T A T T C = ? = T = G T G ? D G T T = T = = T ? G = ? T T C = = = = G G = = = = ? I = = = = T = = T A ? A G = = D G = C C 0 DY03 = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY04 = ? ? ? = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = D = = = = = T = = = = = A = ? = = = = D = = = = = G = = T G ? ? ? ? ? = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = I = = = = = C = = = = = G = ? = = = = I = = = = = A = = C A ? ? ? ? ? = = = 0 DY05 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = A 0 DY06 = = = ? = = = = = ? = = = C = C = A = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = A C = = = = = = = C = T A = = = ? = = = = = ? = = = T = T = G = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = G T = = = = = = = G = C C 0 DY07 = G G = C C A = = = G = C = A ? I = = A = C = = = = A = = C C = = = = = C = = = = = G = = = = = C = = = = = = = = = ? = = = = = A T = T T C = = = T = G = G ? D = = T = T = = = = G = = T T = = = = = G = = = = = A = = = = = T = = = = = = = = = ? = = = = 0 DY08 = = = = = = = = = = = = = C = C = A = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = A C = = = = = = = C = T A = = = = = = = = = = = = = T = T = G = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = G T = = = = = = = G = C C 0 DY09 = = = = = = = ? ? = = = = C = C = A = = = = = = ? = = = T = = = = = = = = ? ? = = = = D = = = = = = A C ? = = = = = = C = T A = = = = = = = ? ? = = = = T = T = G = = = = = = ? = = = C = = = = = = = = ? ? = = = = I = = = = = = G T ? = = = = = = G = C C 0 DY10 ? G = = = = = T = = = T = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = I = = ? = = = ? = = ? = = = = = ? = ? ? A = = = = = G = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = D = = ? = = = ? = = ? = = = = = ? = ? 0 DY11 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY12 D G G ? C C A = ? = G = C C A ? I A C A = C = = C D A = T C C T = = = = C A = = = = G D = = = = C = = C G T G A ? ? ? C = T A I A T ? T T C = ? = T = G T G ? D G T T = T = = T I G = C T T C = = = = G G = = = = A I = = = = T = = T A C A G ? ? ? G = C C 0 E101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 E102 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E103 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E104 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E105 D G = T = = = T ? I = T = C = C = A C = I = A ? C ? = C T = = T C G G A C A A C T T = D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = G ? D = C = T = T = G T = D = G ? T ? = G C = = C A C A G G G G T G C = I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 E106 = ? = = = = = = = = ? = = = = ? = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = ? = = = = ? = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? 0 E107 = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = 0 E109 D G = T = = = = ? D = C = T = T = G T = D = G T T I = G C = = C A C = G G G G T ? C = I ? ? ? ? T G G T A C A G I ? ? ? ? C ? I A = A = = = = ? I = T = C = C = A C = I = A C C D = C T = = T C G = A C A A C ? T = D ? ? ? ? C A A C G T G A D ? ? ? ? T ? 0 E110 ? = = = ? ? = ? ? ? = = ? = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = A = = ? ? = = = = = = ? = ? ? = = ? = = = = = = = = ? = = ? = = = ? ? = ? ? ? = = ? = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = G = = ? ? = = = = = = ? = ? ? = = ? = = = = = = = = ? = = 0 E111 D G = T = = = ? ? I = T = C = C = A C ? I = A C C D = C T = = T C G = A C A A C ? T = D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = ? ? D = C = T = T = G T ? D = G T T I = G C = = C A C = G G G G T ? C = I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 E112 D ? = T = = = = ? I = = = C = C = A C = I = A C C D = C T = = T C G = A C ? ? C T T = D = C T T C A A C G T G A D ? I C ? ? ? I ? = A = = = = ? D = = = T = T = G T = D = G T T I = G C = = C A C = G G ? ? T G C = I = T A G T G G T A C A G I ? D G ? ? ? 0 E113 D G = ? = = = T ? ? = T = C = C = A C ? I = A ? C ? = C T = = T C G = A C ? ? ? ? T ? D I C T T C A A C G T G ? D ? I C T T A I A = ? = = = G ? ? = C = T = T = G T ? D = G ? T ? = G C = = C A C = G G ? ? ? ? C ? I D T A G T G G T A C A ? I ? D G C C C 0 E114 D G = T = = = T ? I = T = C = C = A ? ? I = A C C = ? C ? = = T C G = A C A A C ? T ? D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = G ? D = C = T = T = G ? ? D = G T T = ? G ? = = C A C = G G G G T ? C ? I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 E115 ? G = T = = = T T I = T ? ? = C = A C ? I = A C ? D = C T = = T C G = A C A A C T T = = I C T ? ? A A C G T G A D ? I C T T A ? A = A = = = G G D = C ? ? = T = G T ? D = G T ? I = G C = = C A C = G G G G T G C = = D T A ? ? G G T A C A G I ? D G C C C 0 E116 D G = T = = = ? ? I = T = C = C = A C ? I = A C ? D = C T = = T C G = A C A A C T T = D I C T T C A A C G T G A ? ? ? C T T A I A = A = = = ? ? D = C = T = T = G T ? D = G T ? I = G C = = C A C = G G G G T G C = I D T A G T G G T A C A G ? ? ? G C C C 0 E117 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E118 D G = T = = = T ? ? = T = C = C = A C = I = A C C D = C T = = T C G G A ? A A C T T = D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = G ? ? = C = T = T = G T = D = G T T I = G C = = C A C A G ? G G T G C = I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 E119 D ? = T = = = T ? I = T = C = C = A C = I = A C C D = C T = = T C G G A C A A C T T = D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I ? = A = = = G ? D = C = T = T = G T = D = G T T I = G C = = C A C A G G G G T G C = I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 E120 = ? ? = ? ? = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = ? ? = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = 0 E121 D G = T = = = T T I = T = C = C = A C = I = A ? C ? = C T = = T C G = A C ? ? C T T ? D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = G G D = C = T = T = G T = D = G ? T ? = G C = = C A C = G G ? ? T G C ? I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 E122 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H101 D G = T = = = T T I = T = C = C = A C ? I = A C C D = C T = = T C G = A C A A C T T = D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = G G D = C = T = T = G T ? D = G T T I = G C = = C A C = G G G G T G C = I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 H102 = ? = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = 0 H103 = = = = ? ? = = = = = ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H104 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H105 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = 0 H106 ? G = T = = = T T I = T = C = C = A C ? I = A ? C D = C T = = T C ? ? ? C A A C T T = D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A ? A = A = = = G G D = C = T = T = G T ? D = G ? T I = G C = = C A ? ? ? G G G T G C = I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 H107 D ? ? T = = = T T I = ? ? C ? ? ? A ? ? I = A C C ? = C T = = T C G = A C A A C T T = D I C T T C A A C ? T G A D ? I C T T A I ? ? A = = = G G D = ? ? T ? ? ? G ? ? D = G T T ? = G C = = C A C = G G G G T G C = I D T A G T G G T ? C A G I ? D G C C C 0 H108 D G = T ? = = T ? I = T = C = C = A C = I = ? C C ? = C ? = = T C G G A C A A C ? T ? D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A ? = = G ? D = C = T = T = G T = D = ? T T ? = G ? = = C A C A G G G G T ? C ? I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 H109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H110 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 0 H111 = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H112 = = ? = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = 0 H113 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 H114 = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = A D ? I C ? ? ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = G I ? D G ? ? ? 0 H115 D ? ? T = = = T T I ? ? = C ? C = A C ? I = A ? C ? = C T = = T C G = A C A A C T T = D I C T T C A A C ? T G A D ? I C T T A I ? ? A = = = G G D ? ? = T ? T = G T ? D = G ? T ? = G C = = C A C = G G G G T G C = I D T A G T G G T ? C A G I ? D G C C C 0 H116 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = A = = = = = = = ? I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = G = = = = = = = ? D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H117 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H118 D G = T = = = T T I = T = C = C = A C = I = A C C D = C T = = T C G = A C A A C T T = = I C T ? ? A A C G T G A ? ? ? C T T A I A = A = = = G G D = C = T = T = G T = D = G T T I = G C = = C A C = G G G G T G C = = D T A ? ? G G T A C A G ? ? ? G C C C 0 H119 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H120 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H121 D G = T = = = T ? I = T = C = C = A C ? I = A C C D = C T = = T C G G A C A A C T T = D I C T ? ? A A C G T G A ? ? I C T T A I A = A = = = G ? D = C = T = T = G T ? D = G T T I = G C = = C A C A G G G G T G C = I D T A ? ? G G T A C A G ? ? D G C C C 0 H122 D G = T = = = T T I = T = C = C = A C ? I = A C ? D = C T = = T C G = A C A A C T T = D I C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = G G D = C = T = T = G T ? D = G T ? I = G C = = C A C = G G G G T G C = I D T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 X101 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = 0 X102 = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? D = = = = = = = = = T = A = = = C = T A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? I = = = = = = = = = C = G = = = G = C C 0 X103 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = 0 X104 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 0 X105 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X106 D G G T C C A = ? ? G = C C A C I A C A = C = = ? D A = T C C T = = = = C A = = = = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I A T A T T C = ? ? T = G T G T D G T T = T = = ? I G = C T T C = = = = G G = = = = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X107 D G G T C C A = ? = G = C C A C I A C A = C = = ? D A = T C C T = = = = C A = = = = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I A T A T T C = ? = T = G T G T D G T T = T = = ? I G = C T T C = = = = G G = = = = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X108 = = ? = = = = ? ? = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 X109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 0 X110 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X111 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 0 X113 = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = T = A = = = C = T A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = C = G = = = G = C C 0 X114 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X115 = = = = = = = ? ? = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = T = A = = = C = T A = = = = = = = ? ? = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = C = G = = = G = C C 0 X116 D G = T = = = = ? I ? = = C = C = A C ? I = A C ? D = C T = = T C G = A C A A C T T = D = C T T C A A C G T G A D ? I C T T A I A = A = = = = ? D ? = = T = T = G T ? D = G T ? I = G C = = C A C = G G G G T G C = I = T A G T G G T A C A G I ? D G C C C 0 X117 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 X118 = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = T = A = = = C = T A = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = C = G = = = G = C C 0 X119 D G G T C C A = = = G = C C A ? I A C A = C = = C ? A = T C C T = = = = C A = = = = G D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = I A T A T T C = = = T = G T G ? D G T T = T = = T ? G = C T T C = = = = G G = = = = A I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X120 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 0 X121 = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 X122 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = I = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = D = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X123 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X124 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = ? = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? = = = 1.00 ? 1.00 = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = ? = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = 0.72 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 0.99 0.99 0.98 0.99 = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 ? = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 = = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = ? = = = ? = = ? = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = ? = = = = ? = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = ? ? ? = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 ? ? = = = ? ? = ? ? ? = = ? = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = ? ? = = = = = = ? = ? ? = = ? = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? ? ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? = ? ? = = = = = = ? = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 ? ? ? 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 1.00 ? = 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? ? = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? ? = = ? = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = ? 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS