Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000523 CC 5 13 17 22 57 CT 11 9 5 2 27 TT 10 0 0 0 10 0.383 1.455 0.362 0.045 5.149 000777 CC 23 22 22 24 91 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 000779 GG 27 22 22 22 93 GT 0 0 0 2 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.045 0.011 000780 CC 0 0 0 0 0 CT 1 3 0 3 7 TT 26 19 22 21 88 0.010 0.118 0.000 0.107 0.139 000818 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 000960 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 27 20 20 23 90 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 001126 AA 21 14 14 7 56 AG 6 8 8 12 34 GG 0 0 0 5 5 0.422 1.086 1.086 0.001 0.003 001652 CC 26 22 22 24 94 CG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 001656 CC 0 0 0 0 0 CT 5 3 0 3 11 TT 22 19 22 21 84 0.281 0.118 0.000 0.107 0.359 001761 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 001780 CC 26 18 20 24 88 CT 1 3 2 0 6 TT 0 1 0 0 1 0.010 2.296 0.050 0.000 4.475 001800 AA 25 22 21 24 92 AC 1 0 1 0 2 CC 1 0 0 0 1 11.304 0.000 0.012 0.000 22.739 001853 -- 0 0 0 3 3 +- 1 5 8 13 27 ++ 26 17 14 8 65 0.010 0.362 1.086 0.421 0.009 001865 CC 0 0 0 0 0 CT 5 3 0 3 11 TT 22 19 22 21 84 0.281 0.118 0.000 0.107 0.359 001869 CC 23 22 22 24 91 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 001937 AA 21 14 14 7 56 AG 6 8 8 12 34 GG 0 0 0 5 5 0.422 1.086 1.086 0.001 0.003 002405 AA 0 0 0 3 3 AG 0 5 8 13 26 GG 25 13 14 8 60 0.000 0.468 1.086 0.421 0.008 002621 CC 23 22 22 24 91 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 002661 AA 0 0 0 0 0 AC 0 4 1 0 5 CC 27 18 21 24 90 0.000 0.220 0.012 0.000 0.069 002848 CC 0 5 9 6 20 CT 7 11 12 11 41 TT 19 6 1 6 32 0.629 0.000 1.455 0.043 0.993 002853 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 25 22 22 23 92 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 002963 -- 26 18 21 23 88 +- 0 4 1 0 5 ++ 0 0 0 0 0 0.000 0.220 0.012 0.000 0.071 003121 GG 0 0 0 3 3 GT 1 5 8 13 27 TT 26 17 14 8 65 0.010 0.362 1.086 0.421 0.009 003305 CC 25 22 21 24 92 CT 1 0 1 0 2 TT 1 0 0 0 1 11.304 0.000 0.012 0.000 22.739 003307 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 003419 AA 26 17 14 8 65 AG 1 5 8 13 27 GG 0 0 0 3 3 0.010 0.362 1.086 0.421 0.009 003453 AA 26 17 14 8 65 AG 1 4 8 13 26 GG 0 0 0 3 3 0.010 0.233 1.086 0.421 0.041 003909 CC 26 17 14 8 65 CT 1 5 7 13 26 TT 0 0 0 3 3 0.010 0.362 0.840 0.421 0.041 004005 AA 27 22 21 23 93 AT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 004041 CC 0 0 0 0 0 CG 2 0 0 0 2 GG 25 22 21 24 92 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 004154 AA 27 22 20 23 92 AT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 004568 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 22 20 22 24 88 0.045 0.000 0.000 0.000 0.011 010658 AA 25 19 22 16 82 AG 0 0 0 5 5 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.383 0.076 010694 AA 1 0 0 0 1 AG 2 0 0 0 2 GG 22 19 22 21 84 5.210 0.000 0.000 0.000 20.739 010800 AA 25 14 13 7 59 AT 0 5 9 11 25 TT 0 0 0 3 3 0.000 0.436 1.455 0.159 0.030 010801 AA 0 0 0 3 3 AT 0 5 9 11 25 TT 25 14 13 7 59 0.000 0.436 1.455 0.159 0.030 010892 CC 0 0 0 0 0 CT 2 0 0 1 3 TT 24 22 22 23 91 0.042 0.000 0.000 0.011 0.025 010945 -- 25 18 22 21 86 +- 0 1 0 0 1 ++ 0 0 0 0 0 0.000 0.014 0.000 0.000 0.003 011490 CC 26 22 21 24 93 CT 1 0 1 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 011515 AA 1 0 0 0 1 AC 3 0 0 0 3 CC 23 22 22 24 91 3.099 0.000 0.000 0.000 13.993 011582 CC 27 17 13 8 65 CT 0 5 9 13 27 TT 0 0 0 3 3 0.000 0.362 1.455 0.421 0.009 011603 CC 26 22 22 24 94 CG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 011632 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 011687 AA 0 0 0 0 0 AT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 011703 AA 0 0 0 0 0 AT 4 0 0 0 4 TT 23 22 22 24 91 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 011704 AA 27 17 13 8 65 AT 0 5 9 13 27 TT 0 0 0 3 3 0.000 0.362 1.455 0.421 0.009 011721 GG 27 17 13 7 64 GT 0 5 9 14 28 TT 0 0 0 3 3 0.000 0.362 1.455 0.960 0.001 011723 CC 15 22 20 24 81 CT 8 0 2 0 10 TT 4 0 0 0 4 2.262 0.000 0.050 0.000 14.177 011849 AA 21 13 14 6 54 AT 6 8 8 13 35 TT 0 1 0 5 6 0.422 0.027 1.086 0.174 0.011 011865 AA 26 22 22 24 94 AT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 011878 AA 16 22 21 24 83 AG 8 0 1 0 9 GG 3 0 0 0 3 1.411 0.000 0.012 0.000 11.543 011883 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 011949 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 011981 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 011989 AA 23 22 22 24 91 AT 3 0 0 0 3 TT 1 0 0 0 1 3.099 0.000 0.000 0.000 13.993 012002 AA 12 1 1 5 19 AG 9 11 9 12 41 GG 6 10 12 7 35 2.409 0.889 0.182 0.001 1.184 012069 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 012288 CC 0 0 0 0 0 CT 0 3 0 3 6 TT 27 19 21 20 87 0.000 0.118 0.000 0.112 0.103 013144 CC 27 20 21 22 90 CG 0 2 1 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.012 0.000 0.025 013358 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 21 92 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 013507 AA 24 16 22 21 83 AT 3 6 0 3 12 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.548 0.000 0.107 0.432 013951 AA 26 22 22 24 94 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 013975 AA 24 16 22 21 83 AG 3 6 0 3 12 GG 0 0 0 0 0 0.093 0.548 0.000 0.107 0.432 013985 AA 0 0 0 0 0 AG 3 6 0 3 12 GG 24 16 22 21 83 0.093 0.548 0.000 0.107 0.432 014076 AA 1 0 0 0 1 AT 3 0 0 0 3 TT 23 22 22 23 90 3.099 0.000 0.000 0.000 13.832 014089 AA 0 0 0 0 0 AT 3 6 0 3 12 TT 24 16 22 20 82 0.093 0.548 0.000 0.112 0.437 014264 AA 26 22 22 24 94 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 014297 CC 0 0 0 0 0 CG 0 3 0 0 3 GG 27 19 22 24 92 0.000 0.118 0.000 0.000 0.024 014690 CC 0 0 0 0 0 CG 2 0 0 0 2 GG 25 22 22 24 93 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 014955 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 25 21 22 24 92 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 014989 -- 0 0 0 0 0 +- 0 1 0 0 1 ++ 26 20 21 24 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 015440 -- 0 0 0 0 0 +- 0 0 0 1 1 ++ 23 21 20 22 86 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 015485 CC 24 16 22 21 83 CT 3 6 0 3 12 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.548 0.000 0.107 0.432 015530 AA 26 22 22 24 94 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 015570 AA 17 22 20 24 83 AG 6 0 2 0 8 GG 4 0 0 0 4 4.795 0.000 0.050 0.000 19.583 015684 AA 9 20 19 23 71 AT 8 0 2 0 10 TT 4 0 0 0 4 0.777 0.000 0.053 0.000 12.187 015737 CC 1 0 0 0 1 CG 2 0 0 0 2 GG 18 20 21 23 82 4.203 0.000 0.000 0.000 20.238 016036 AA 24 22 22 24 92 AG 2 0 0 0 2 GG 1 0 0 0 1 5.713 0.000 0.000 0.000 22.739 016234 CC 23 20 22 21 86 CT 3 2 0 3 8 TT 0 0 0 0 0 0.097 0.050 0.000 0.107 0.186 016275 AA 0 1 0 0 1 AG 1 2 1 0 4 GG 25 19 21 24 89 0.010 4.455 0.012 0.000 9.113 016382 CC 24 19 22 21 86 CT 3 3 0 3 9 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.118 0.000 0.107 0.235 016607 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 2 0 2 TT 27 22 20 24 93 0.000 0.000 0.050 0.000 0.011 016966 AA 11 20 20 23 74 AG 9 0 2 0 11 GG 6 0 0 0 6 2.055 0.000 0.050 0.000 18.637 017034 CC 26 22 21 23 92 CT 1 0 1 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 017305 CC 25 20 21 21 87 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 017570 AA 20 21 22 23 86 AG 5 0 0 0 5 GG 2 0 0 0 2 3.000 0.000 0.000 0.000 16.109 017585 AA 27 20 22 23 92 AT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 017623 AA 27 20 21 23 91 AG 0 1 1 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 017735 CC 27 21 22 22 92 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 017736 CC 24 21 22 23 90 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 017940 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 26 21 22 24 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 018144 CC 20 12 17 24 73 CT 6 9 5 0 20 TT 0 1 0 0 1 0.442 0.182 0.362 0.000 0.082 021582 GG 24 22 21 23 90 GT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 021757 AA 0 0 0 0 0 AT 3 0 0 0 3 TT 21 19 19 21 80 0.107 0.000 0.000 0.000 0.028 021838 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 23 19 19 21 82 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 021920 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 23 19 19 21 82 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 021966 AA 24 22 22 24 92 AG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 022122 CC 27 22 22 23 94 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 024136 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 2 3 5 TT 26 22 19 21 88 0.000 0.000 0.053 0.107 0.071 024293 AA 26 22 22 23 93 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 024351 GG 26 22 21 24 93 GT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 024683 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 22 21 24 91 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 024754 AA 0 0 0 0 0 AG 6 4 0 3 13 GG 21 17 21 21 80 0.422 0.233 0.000 0.107 0.525 024796 CC 21 21 21 24 87 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.107 0.000 0.000 0.000 0.026 024804 GG 21 21 21 24 87 GT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.107 0.000 0.000 0.000 0.026 025074 AA 0 0 0 0 0 AT 3 0 0 0 3 TT 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 025565 AA 5 1 0 0 6 AT 10 2 2 0 14 TT 12 19 18 24 73 1.144 4.455 0.055 0.000 13.011 025585 CC 27 22 19 24 92 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.013 0.000 0.003 025967 AA 0 0 0 0 0 AC 2 0 0 0 2 CC 23 20 20 22 85 0.043 0.000 0.000 0.000 0.012 026054 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 22 20 20 22 84 0.102 0.000 0.000 0.000 0.027 026079 AA 25 16 14 7 62 AC 0 4 6 13 23 CC 0 0 0 2 2 0.000 0.247 0.623 1.333 0.006 026172 AA 22 16 20 19 77 AG 3 4 0 3 10 GG 0 0 0 0 0 0.102 0.247 0.000 0.118 0.323 026178 GG 0 0 0 0 0 GT 3 0 0 0 3 TT 22 20 20 22 84 0.102 0.000 0.000 0.000 0.027 026215 CC 22 20 20 22 84 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.102 0.000 0.000 0.000 0.027 026226 AA 22 16 20 19 77 AT 3 4 0 3 10 TT 0 0 0 0 0 0.102 0.247 0.000 0.118 0.323 026638 CC 0 0 0 0 0 CT 3 3 0 3 9 TT 21 18 19 19 77 0.107 0.124 0.000 0.118 0.262 026760 AA 0 0 0 0 0 AG 0 2 0 0 2 GG 25 19 19 22 85 0.000 0.053 0.000 0.000 0.012 026766 AA 25 19 19 22 85 AG 0 2 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.053 0.000 0.000 0.012 026843 CC 22 21 19 17 79 CT 1 0 0 1 2 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.015 0.013 026872 GG 2 0 0 0 2 GT 7 0 1 0 8 TT 14 21 18 18 71 0.616 0.000 0.014 0.000 6.350 026880 CC 20 21 19 18 78 CT 3 0 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.112 0.000 0.000 0.000 0.029 026979 AA 4 0 0 0 4 AC 10 0 1 0 11 CC 9 21 18 18 66 0.175 0.000 0.014 0.000 9.592 026988 CC 9 21 18 18 66 CT 10 0 1 0 11 TT 4 0 0 0 4 0.175 0.000 0.014 0.000 9.592 027004 AA 1 0 0 0 1 AG 8 0 0 0 8 GG 14 21 19 18 72 0.011 0.000 0.000 0.000 1.759 027047 AA 2 0 0 0 2 AG 7 0 1 0 8 GG 14 21 18 18 71 0.616 0.000 0.014 0.000 6.350 027152 AA 25 11 18 24 78 AG 1 10 3 0 14 GG 0 1 0 0 1 0.010 0.468 0.124 0.000 0.169 027241 -- 0 1 0 0 1 +- 2 2 1 0 5 ++ 24 17 20 24 85 0.042 3.951 0.012 0.000 6.017 027258 AA 2 0 0 0 2 AG 5 0 0 0 5 GG 19 19 21 24 83 2.800 0.000 0.000 0.000 15.516 027268 -- 8 1 1 0 10 +- 13 5 1 3 22 ++ 5 14 19 21 59 0.005 0.360 8.629 0.107 9.263 027313 CC 25 20 21 24 90 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 027791 AA 4 0 0 0 4 AG 7 0 1 0 8 GG 16 21 21 24 82 3.381 0.000 0.012 0.000 19.331 027823 AA 27 21 22 23 93 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 028676 AA 6 0 0 0 6 AC 14 2 2 0 18 CC 7 20 19 24 70 0.040 0.050 0.053 0.000 7.693 028747 AA 4 0 0 0 4 AT 7 0 1 0 8 TT 16 22 19 24 81 3.381 0.000 0.013 0.000 19.079 028776 GG 16 22 17 24 79 GT 7 0 1 0 8 TT 4 0 0 0 4 3.381 0.000 0.015 0.000 18.576 028806 CC 1 1 0 0 2 CT 9 2 1 0 12 TT 16 19 17 24 76 0.037 4.455 0.015 0.000 2.814 034888 AA 15 17 18 24 74 AC 8 0 1 0 9 CC 3 0 0 0 3 1.236 0.000 0.014 0.000 10.099 035266 -- 22 21 21 23 87 +- 1 0 0 0 1 ++ 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 035419 -- 3 0 0 0 3 +- 5 0 1 0 6 ++ 14 21 20 23 78 3.414 0.000 0.012 0.000 18.647 035432 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 17 21 21 22 81 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 035446 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 17 21 20 23 81 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 035544 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 21 21 20 20 82 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 035776 CC 5 0 0 0 5 CT 14 0 2 0 16 TT 7 22 18 22 69 0.181 0.000 0.055 0.000 7.092 036026 CC 0 0 0 0 0 CT 11 0 1 0 12 TT 16 22 20 23 81 1.767 0.000 0.012 0.000 0.442 036077 CC 27 20 21 23 91 CT 0 2 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.000 0.000 0.011 036483 CC 0 0 0 0 0 CG 1 0 1 0 2 GG 21 22 20 23 86 0.012 0.000 0.012 0.000 0.012 036520 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 1 2 6 GG 23 22 21 21 87 0.097 0.000 0.012 0.048 0.103 036541 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 1 0 2 TT 25 22 21 23 91 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 036770 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 26 22 20 24 92 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 036796 AA 0 1 0 3 4 AT 6 5 6 12 29 TT 20 16 15 9 60 0.442 0.499 0.583 0.107 0.043 037364 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 1 0 2 GG 26 21 20 23 90 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 037369 AA 27 19 21 23 90 AC 0 2 0 0 2 CC 0 0 0 0 0 0.000 0.053 0.000 0.000 0.011 037880 CC 20 5 1 4 30 CT 6 11 11 12 40 TT 1 6 9 8 24 0.386 0.000 1.068 0.020 1.989 037888 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 1 0 2 TT 26 22 20 24 92 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 037917 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 26 22 21 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 037967 AA 16 22 20 24 82 AG 8 0 1 0 9 GG 3 0 0 0 3 1.411 0.000 0.012 0.000 11.382 038034 CC 27 22 21 24 94 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 038089 CC 16 22 21 24 83 CT 11 0 1 0 12 TT 0 0 0 0 0 1.767 0.000 0.012 0.000 0.432 038126 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 27 22 21 24 94 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 038176 CC 22 18 18 18 76 CT 2 0 1 2 5 TT 0 0 0 0 0 0.045 0.000 0.014 0.055 0.082 038307 CC 7 19 17 21 64 CT 13 0 2 0 15 TT 5 0 0 0 5 0.055 0.000 0.059 0.000 7.315 038370 AA 0 0 0 0 0 AG 4 0 1 0 5 GG 16 18 18 19 71 0.247 0.000 0.014 0.000 0.088 038372 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 20 18 19 18 75 0.000 0.000 0.000 0.014 0.003 038378 GG 1 0 0 0 1 GT 3 0 1 0 4 TT 16 18 18 19 71 1.976 0.000 0.014 0.000 7.113 038853 AA 27 20 22 24 93 AG 0 2 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.000 0.000 0.011 038909 -- 5 0 0 0 5 +- 15 2 1 0 18 ++ 7 20 21 24 72 0.371 0.050 0.012 0.000 5.751 038919 CC 27 21 22 24 94 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 038948 CC 16 22 21 24 83 CT 8 0 1 0 9 TT 3 0 0 0 3 1.411 0.000 0.012 0.000 11.543 039089 AA 24 11 18 24 77 AG 2 10 4 0 16 GG 0 1 0 0 1 0.042 0.468 0.220 0.000 0.027 039359 -- 13 22 21 24 80 +- 8 0 1 0 9 ++ 3 0 0 0 3 0.897 0.000 0.012 0.000 11.061 039451 CC 16 22 22 24 84 CT 8 0 0 0 8 TT 0 0 0 0 0 0.960 0.000 0.000 0.000 0.190 039473 AA 3 0 0 0 3 AG 8 0 1 0 9 GG 13 22 21 24 80 0.897 0.000 0.012 0.000 11.061 039483 CC 0 0 0 0 0 CT 8 2 0 0 10 TT 16 20 22 24 82 0.960 0.050 0.000 0.000 0.304 039506 AA 0 0 0 0 0 AG 8 2 0 0 10 GG 16 20 22 24 82 0.960 0.050 0.000 0.000 0.304 040266 GG 7 20 21 24 72 GT 15 2 1 0 18 TT 5 0 0 0 5 0.371 0.050 0.012 0.000 5.751 040399 -- 6 2 0 0 8 +- 12 10 4 0 26 ++ 8 10 17 24 59 0.133 0.050 0.233 0.000 3.735 040506 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 25 22 22 24 93 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 040663 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 27 22 21 24 94 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 040776 CC 23 22 22 24 91 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 040812 GG 7 20 21 24 72 GT 16 2 1 0 19 TT 4 0 0 0 4 1.080 0.050 0.012 0.000 3.069 040857 AA 27 22 22 23 94 AC 0 0 0 1 1 CC 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 040890 AA 5 0 0 0 5 AG 15 0 1 0 16 GG 7 22 21 24 74 0.371 0.000 0.012 0.000 7.828 040903 CC 4 0 0 0 4 CT 16 2 1 0 19 TT 7 20 21 24 72 1.080 0.050 0.012 0.000 3.069 040910 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 040945 GG 12 0 0 0 12 GT 11 2 2 0 15 TT 4 20 20 24 68 0.308 0.050 0.050 0.000 25.299 041094 AA 3 0 0 0 3 AG 8 0 1 0 9 GG 15 22 21 24 82 1.236 0.000 0.012 0.000 11.382 041096 AA 0 0 0 0 0 AC 2 0 1 0 3 CC 24 22 21 24 91 0.042 0.000 0.012 0.000 0.025 041207 CC 4 19 20 23 66 CT 8 1 0 0 9 TT 3 0 0 0 3 0.077 0.013 0.000 0.000 8.815 041235 -- 0 0 0 0 0 +- 0 0 1 0 1 ++ 15 20 20 23 78 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 041332 CC 9 20 19 23 71 CT 4 0 1 0 5 TT 3 0 0 0 3 2.798 0.000 0.013 0.000 20.664 041530 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 27 21 22 24 94 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 041597 AA 4 22 20 24 70 AG 10 0 2 0 12 GG 13 0 0 0 13 0.750 0.000 0.050 0.000 34.803 041638 AA 23 22 22 24 91 AG 4 0 0 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 041757 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 041760 AA 10 0 0 0 10 AG 12 0 2 0 14 GG 5 22 20 24 71 0.171 0.000 0.050 0.000 23.607 042031 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 27 21 22 24 94 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 042110 AA 1 0 0 0 1 AG 4 0 1 0 5 GG 22 22 21 24 89 1.688 0.000 0.012 0.000 6.343 042236 AA 16 22 21 24 83 AG 10 0 1 0 11 GG 1 0 0 0 1 0.138 0.000 0.012 0.000 0.799 042316 CC 26 21 18 21 86 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 042344 * 042372 CC 0 0 0 0 0 CG 1 0 1 0 2 GG 25 22 17 21 85 0.010 0.000 0.015 0.000 0.012 042417 AA 13 13 15 12 53 AC 6 8 3 6 23 CC 7 1 0 3 11 6.829 0.027 0.149 1.890 8.393 043603 GG 24 21 20 24 89 GT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 043701 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 043713 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 043720 CC 1 0 0 0 1 CT 4 0 0 0 4 TT 22 22 22 24 90 1.688 0.000 0.000 0.000 9.224 043743 CC 26 22 21 24 93 CT 1 0 1 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 043805 CC 27 22 19 19 87 CT 0 0 3 5 8 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.118 0.324 0.184 044148 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 26 22 22 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 044596 GG 0 0 0 0 0 GT 3 0 1 0 4 TT 24 22 21 24 91 0.093 0.000 0.012 0.000 0.044 044972 AA 16 22 20 24 82 AG 9 0 1 0 10 GG 1 0 0 0 1 0.037 0.000 0.012 0.000 1.109 044986 CC 0 1 0 3 4 CT 1 8 4 9 22 TT 25 13 17 12 67 0.010 0.027 0.233 0.389 1.468 045072 CC 0 0 0 0 0 CT 3 0 1 0 4 TT 23 22 20 24 89 0.097 0.000 0.012 0.000 0.045 045265 CC 1 0 0 0 1 CT 3 0 0 0 3 TT 23 22 22 24 91 3.099 0.000 0.000 0.000 13.993 045376 CC 9 2 2 3 16 CT 9 9 5 11 34 TT 5 7 13 7 32 0.857 0.126 1.604 0.159 1.560 045519 AA 23 17 20 21 81 AG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.015 0.000 0.000 0.003 045573 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 26 22 22 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 045616 GG 0 0 0 0 0 GT 2 0 0 0 2 TT 24 22 22 24 92 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 045701 AA 22 20 21 24 87 AG 4 0 1 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.181 0.000 0.012 0.000 0.072 045801 CC 24 20 21 24 89 CT 2 0 1 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.012 0.000 0.025 045975 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 046152 CC 0 0 0 0 0 CT 0 3 2 0 5 TT 27 19 20 24 90 0.000 0.118 0.050 0.000 0.069 046275 CC 26 21 20 24 91 CG 1 1 2 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.012 0.050 0.000 0.044 046680 CC 0 1 0 2 3 CT 1 8 5 10 24 TT 26 13 17 12 68 0.010 0.027 0.362 0.002 0.237 046755 AA 1 0 0 0 1 AG 3 0 0 0 3 GG 23 22 22 24 91 3.099 0.000 0.000 0.000 13.993 046776 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 046899 AA 26 22 22 24 94 AC 1 0 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 047118 CC 0 0 0 0 0 CT 3 0 0 0 3 TT 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 047449 * 048680 CC 26 22 20 20 88 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 048796 AA 0 0 0 0 0 AT 0 0 1 0 1 TT 26 22 19 21 88 0.000 0.000 0.013 0.000 0.003 049469 CC 27 21 22 24 94 CG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 049632 AA 27 22 22 23 94 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 049839 AA 0 0 0 0 0 AC 1 2 0 0 3 CC 26 20 21 23 90 0.010 0.050 0.000 0.000 0.025 049925 CC 0 0 0 0 0 CT 2 0 0 0 2 TT 25 22 21 23 91 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 049978 AA 27 21 21 23 92 AG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 050038 AA 0 0 0 0 0 AC 0 1 0 0 1 CC 27 21 21 24 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 050157 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 3 1 5 TT 27 20 18 22 87 0.000 0.012 0.124 0.011 0.072 050285 AA 26 21 21 23 91 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 050442 CC 27 21 22 24 94 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 050482 CC 0 0 0 0 0 CG 2 0 0 0 2 GG 25 22 22 24 93 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 050763 AA 25 20 20 24 89 AC 2 2 2 0 6 CC 0 0 0 0 0 0.040 0.050 0.050 0.000 0.101 050779 CC 1 0 0 0 1 CT 2 0 0 0 2 TT 24 22 22 24 92 5.713 0.000 0.000 0.000 22.739 050814 AA 26 21 22 24 93 AC 1 1 0 0 2 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.012 0.000 0.000 0.011 050897 CC 26 19 22 24 91 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.013 0.000 0.000 0.003 051073 CC 1 0 0 0 1 CT 3 0 0 0 3 TT 22 20 22 24 88 2.938 0.000 0.000 0.000 13.512 051074 AA 10 0 0 0 10 AG 12 3 5 5 25 GG 4 17 17 19 57 0.016 0.131 0.362 0.324 6.441 051105 AA 26 19 20 24 89 AG 0 1 2 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.013 0.050 0.000 0.025 051129 -- 11 20 20 24 75 +- 11 0 2 0 13 ++ 4 0 0 0 4 0.200 0.000 0.050 0.000 8.346 051185 AA 24 20 22 24 90 AC 2 0 0 0 2 CC 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 051218 CC 21 21 21 23 86 CG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 051313 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 24 19 20 24 87 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 051463 CC 26 20 17 20 83 CT 0 0 2 3 5 TT 0 0 2 1 3 0.000 0.000 7.843 2.617 24.249 051626 CC 15 17 17 19 68 CT 8 3 4 5 20 TT 3 0 0 0 3 1.236 0.131 0.233 0.324 0.957 051628 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 26 20 20 24 90 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 051670 CC 3 0 0 0 3 CT 8 3 4 5 20 TT 16 17 17 19 69 1.411 0.131 0.233 0.324 0.999 051980 AA 0 0 0 0 0 AT 3 0 1 0 4 TT 23 21 21 24 89 0.097 0.000 0.012 0.000 0.045 052158 CC 26 21 22 23 92 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 052166 CC 20 21 21 24 86 CT 5 0 1 0 6 TT 1 0 0 0 1 0.793 0.000 0.012 0.000 4.351 052518 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 25 22 22 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 052572 CC 26 22 20 24 92 CT 0 0 2 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.050 0.000 0.011 052580 AA 25 13 17 12 67 AC 1 9 5 10 25 CC 0 0 0 2 2 0.010 1.455 0.362 0.002 0.035 052594 -- 5 10 14 8 37 +- 10 9 5 13 37 ++ 11 2 2 3 18 0.914 0.000 1.802 0.421 2.350 052626 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 15 20 18 79 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 052760 CC 25 21 22 24 92 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 052830 CC 0 0 0 0 0 CG 0 2 0 0 2 GG 26 19 22 24 91 0.000 0.053 0.000 0.000 0.011 052875 CC 26 12 17 12 67 CT 0 9 5 10 24 TT 0 0 0 2 2 0.000 1.562 0.362 0.002 0.008 053007 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 25 20 22 24 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 053151 CC 26 13 17 12 68 CT 1 9 5 10 25 TT 0 0 0 2 2 0.010 1.455 0.362 0.002 0.029 053222 CC 23 22 22 24 91 CT 3 0 0 0 3 TT 1 0 0 0 1 3.099 0.000 0.000 0.000 13.993 053223 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001853: t 002963: a 010945: A 014989: c 015440: ATTT 027241: t 027268: t 035266: t 035419: c 038909: caa 039359: TTA 040399: G 041235: a 051129: a 052594: tttg Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 042344 AA 0 0 0 0 0 042344 AC 0 1 0 0 1 042344 AT 2 0 1 0 3 042344 CC 4 1 0 3 8 042344 CT 8 7 3 6 24 042344 TT 12 13 14 12 51 047449 AA 27 19 19 24 89 047449 AC 0 3 2 0 5 047449 AG 0 0 1 0 1 047449 CC 0 0 0 0 0 047449 CG 0 0 0 0 0 047449 GG 0 0 0 0 0