Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000523 T 0.60 0.20 0.11 0.04 0.25 C 0.40 0.80 0.89 0.96 0.75 0.48 0.33 0.20 0.08 0.38 000777 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 000779 T 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 000780 C 0.02 0.07 0.00 0.06 0.04 T 0.98 0.93 1.00 0.94 0.96 0.04 0.13 0.00 0.12 0.07 000818 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 000960 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 001126 G 0.11 0.18 0.18 0.46 0.23 A 0.89 0.82 0.82 0.54 0.77 0.20 0.30 0.30 0.50 0.36 001652 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001656 C 0.09 0.07 0.00 0.06 0.06 T 0.91 0.93 1.00 0.94 0.94 0.17 0.13 0.00 0.12 0.11 001761 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 001780 T 0.02 0.11 0.05 0.00 0.04 C 0.98 0.89 0.95 1.00 0.96 0.04 0.20 0.09 0.00 0.08 001800 C 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 A 0.94 1.00 0.98 1.00 0.98 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 001853 - 0.02 0.11 0.18 0.40 0.17 + 0.98 0.89 0.82 0.60 0.83 0.04 0.20 0.30 0.48 0.29 001865 C 0.09 0.07 0.00 0.06 0.06 T 0.91 0.93 1.00 0.94 0.94 0.17 0.13 0.00 0.12 0.11 001869 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 001937 G 0.11 0.18 0.18 0.46 0.23 A 0.89 0.82 0.82 0.54 0.77 0.20 0.30 0.30 0.50 0.36 002405 A 0.00 0.14 0.18 0.40 0.18 G 1.00 0.86 0.82 0.60 0.82 0.00 0.24 0.30 0.48 0.29 002621 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 002661 A 0.00 0.09 0.02 0.00 0.03 C 1.00 0.91 0.98 1.00 0.97 0.00 0.17 0.04 0.00 0.05 002848 C 0.13 0.48 0.68 0.50 0.44 T 0.87 0.52 0.32 0.50 0.56 0.23 0.50 0.43 0.50 0.49 002853 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002963 + 0.00 0.09 0.02 0.00 0.03 - 1.00 0.91 0.98 1.00 0.97 0.00 0.17 0.04 0.00 0.05 003121 G 0.02 0.11 0.18 0.40 0.17 T 0.98 0.89 0.82 0.60 0.83 0.04 0.20 0.30 0.48 0.29 003305 T 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 C 0.94 1.00 0.98 1.00 0.98 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 003307 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003419 G 0.02 0.11 0.18 0.40 0.17 A 0.98 0.89 0.82 0.60 0.83 0.04 0.20 0.30 0.48 0.29 003453 G 0.02 0.10 0.18 0.40 0.17 A 0.98 0.90 0.82 0.60 0.83 0.04 0.17 0.30 0.48 0.28 003909 T 0.02 0.11 0.17 0.40 0.17 C 0.98 0.89 0.83 0.60 0.83 0.04 0.20 0.28 0.48 0.28 004005 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 004041 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 004154 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 A 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 004568 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 010658 G 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 A 1.00 1.00 1.00 0.88 0.97 0.00 0.00 0.00 0.21 0.06 010694 A 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 010800 T 0.00 0.13 0.20 0.40 0.18 A 1.00 0.87 0.80 0.60 0.82 0.00 0.23 0.33 0.48 0.29 010801 A 0.00 0.13 0.20 0.40 0.18 T 1.00 0.87 0.80 0.60 0.82 0.00 0.23 0.33 0.48 0.29 010892 C 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 T 0.96 1.00 1.00 0.98 0.98 0.07 0.00 0.00 0.04 0.03 010945 + 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 - 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 011490 T 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 011515 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 011582 T 0.00 0.11 0.20 0.40 0.17 C 1.00 0.89 0.80 0.60 0.83 0.00 0.20 0.33 0.48 0.29 011603 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011632 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 011687 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 011703 A 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 011704 T 0.00 0.11 0.20 0.40 0.17 A 1.00 0.89 0.80 0.60 0.83 0.00 0.20 0.33 0.48 0.29 011721 T 0.00 0.11 0.20 0.42 0.18 G 1.00 0.89 0.80 0.58 0.82 0.00 0.20 0.33 0.49 0.29 011723 T 0.30 0.00 0.05 0.00 0.09 C 0.70 1.00 0.95 1.00 0.91 0.42 0.00 0.09 0.00 0.17 011849 T 0.11 0.23 0.18 0.48 0.25 A 0.89 0.77 0.82 0.52 0.75 0.20 0.35 0.30 0.50 0.37 011865 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011878 G 0.26 0.00 0.02 0.00 0.08 A 0.74 1.00 0.98 1.00 0.92 0.38 0.00 0.04 0.00 0.15 011883 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 011949 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 011981 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011989 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 A 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 012002 A 0.61 0.30 0.25 0.46 0.42 G 0.39 0.70 0.75 0.54 0.58 0.48 0.42 0.38 0.50 0.49 012069 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012288 C 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 T 1.00 0.93 1.00 0.93 0.97 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 013144 G 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 C 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.04 0.00 0.03 013358 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 013507 T 0.06 0.14 0.00 0.06 0.06 A 0.94 0.86 1.00 0.94 0.94 0.10 0.24 0.00 0.12 0.12 013951 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 013975 G 0.06 0.14 0.00 0.06 0.06 A 0.94 0.86 1.00 0.94 0.94 0.10 0.24 0.00 0.12 0.12 013985 A 0.06 0.14 0.00 0.06 0.06 G 0.94 0.86 1.00 0.94 0.94 0.10 0.24 0.00 0.12 0.12 014076 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 014089 A 0.06 0.14 0.00 0.07 0.06 T 0.94 0.86 1.00 0.93 0.94 0.10 0.24 0.00 0.12 0.12 014264 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014297 C 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 G 1.00 0.93 1.00 1.00 0.98 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 014690 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 014955 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014989 - 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 + 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 015440 - 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 015485 T 0.06 0.14 0.00 0.06 0.06 C 0.94 0.86 1.00 0.94 0.94 0.10 0.24 0.00 0.12 0.12 015530 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015570 G 0.26 0.00 0.05 0.00 0.08 A 0.74 1.00 0.95 1.00 0.92 0.38 0.00 0.09 0.00 0.15 015684 T 0.38 0.00 0.05 0.00 0.11 A 0.62 1.00 0.95 1.00 0.89 0.47 0.00 0.09 0.00 0.19 015737 C 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.90 1.00 1.00 1.00 0.98 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 016036 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 016234 T 0.06 0.05 0.00 0.06 0.04 C 0.94 0.95 1.00 0.94 0.96 0.11 0.09 0.00 0.12 0.08 016275 A 0.02 0.09 0.02 0.00 0.03 G 0.98 0.91 0.98 1.00 0.97 0.04 0.17 0.04 0.00 0.06 016382 T 0.06 0.07 0.00 0.06 0.05 C 0.94 0.93 1.00 0.94 0.95 0.10 0.13 0.00 0.12 0.09 016607 C 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 016966 G 0.40 0.00 0.05 0.00 0.13 A 0.60 1.00 0.95 1.00 0.87 0.48 0.00 0.09 0.00 0.22 017034 T 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 017305 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 017570 G 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 A 0.83 1.00 1.00 1.00 0.95 0.28 0.00 0.00 0.00 0.09 017585 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 017623 G 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 A 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 017735 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 017736 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 017940 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 018144 T 0.12 0.25 0.11 0.00 0.12 C 0.88 0.75 0.89 1.00 0.88 0.20 0.38 0.20 0.00 0.21 021582 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 021757 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.04 021838 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 021920 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 021966 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 022122 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 024136 C 0.00 0.00 0.05 0.06 0.03 T 1.00 1.00 0.95 0.94 0.97 0.00 0.00 0.09 0.12 0.05 024293 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 024351 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 024683 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 024754 A 0.11 0.10 0.00 0.06 0.07 G 0.89 0.90 1.00 0.94 0.93 0.20 0.17 0.00 0.12 0.13 024796 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 024804 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.03 025074 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 025565 A 0.37 0.09 0.05 0.00 0.14 T 0.63 0.91 0.95 1.00 0.86 0.47 0.17 0.10 0.00 0.24 025585 T 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 025967 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 026054 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 026079 C 0.00 0.10 0.15 0.39 0.16 A 1.00 0.90 0.85 0.61 0.84 0.00 0.18 0.26 0.47 0.26 026172 G 0.06 0.10 0.00 0.07 0.06 A 0.94 0.90 1.00 0.93 0.94 0.11 0.18 0.00 0.13 0.11 026178 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 026215 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 026226 T 0.06 0.10 0.00 0.07 0.06 A 0.94 0.90 1.00 0.93 0.94 0.11 0.18 0.00 0.13 0.11 026638 C 0.06 0.07 0.00 0.07 0.05 T 0.94 0.93 1.00 0.93 0.95 0.12 0.13 0.00 0.13 0.10 026760 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 026766 G 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 026843 T 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 C 0.98 1.00 1.00 0.97 0.99 0.04 0.00 0.00 0.05 0.02 026872 G 0.24 0.00 0.03 0.00 0.07 T 0.76 1.00 0.97 1.00 0.93 0.36 0.00 0.05 0.00 0.14 026880 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.04 026979 A 0.39 0.00 0.03 0.00 0.12 C 0.61 1.00 0.97 1.00 0.88 0.48 0.00 0.05 0.00 0.21 026988 T 0.39 0.00 0.03 0.00 0.12 C 0.61 1.00 0.97 1.00 0.88 0.48 0.00 0.05 0.00 0.21 027004 A 0.22 0.00 0.00 0.00 0.06 G 0.78 1.00 1.00 1.00 0.94 0.34 0.00 0.00 0.00 0.12 027047 A 0.24 0.00 0.03 0.00 0.07 G 0.76 1.00 0.97 1.00 0.93 0.36 0.00 0.05 0.00 0.14 027152 G 0.02 0.27 0.07 0.00 0.09 A 0.98 0.73 0.93 1.00 0.91 0.04 0.40 0.13 0.00 0.16 027241 - 0.04 0.10 0.02 0.00 0.04 + 0.96 0.90 0.98 1.00 0.96 0.07 0.18 0.05 0.00 0.07 027258 A 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 G 0.83 1.00 1.00 1.00 0.95 0.29 0.00 0.00 0.00 0.10 027268 - 0.56 0.17 0.07 0.06 0.23 + 0.44 0.82 0.93 0.94 0.77 0.49 0.29 0.13 0.12 0.36 027313 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027791 A 0.28 0.00 0.02 0.00 0.09 G 0.72 1.00 0.98 1.00 0.91 0.40 0.00 0.04 0.00 0.16 027823 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 028676 A 0.48 0.05 0.05 0.00 0.16 C 0.52 0.95 0.95 1.00 0.84 0.50 0.09 0.09 0.00 0.27 028747 A 0.28 0.00 0.03 0.00 0.09 T 0.72 1.00 0.97 1.00 0.91 0.40 0.00 0.05 0.00 0.16 028776 T 0.28 0.00 0.03 0.00 0.09 G 0.72 1.00 0.97 1.00 0.91 0.40 0.00 0.05 0.00 0.16 028806 C 0.21 0.09 0.03 0.00 0.09 T 0.79 0.91 0.97 1.00 0.91 0.33 0.17 0.05 0.00 0.16 034888 C 0.27 0.00 0.03 0.00 0.09 A 0.73 1.00 0.97 1.00 0.91 0.39 0.00 0.05 0.00 0.16 035266 + 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 - 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 035419 - 0.25 0.00 0.02 0.00 0.07 + 0.75 1.00 0.98 1.00 0.93 0.38 0.00 0.05 0.00 0.13 035432 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 035446 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 035544 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 035776 C 0.46 0.00 0.05 0.00 0.14 T 0.54 1.00 0.95 1.00 0.86 0.50 0.00 0.10 0.00 0.25 036026 C 0.20 0.00 0.02 0.00 0.06 T 0.80 1.00 0.98 1.00 0.94 0.32 0.00 0.05 0.00 0.12 036077 T 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 036483 C 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 036520 A 0.06 0.00 0.02 0.04 0.03 G 0.94 1.00 0.98 0.96 0.97 0.11 0.00 0.04 0.08 0.06 036541 C 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 036770 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 036796 A 0.12 0.16 0.14 0.38 0.20 T 0.88 0.84 0.86 0.62 0.80 0.20 0.27 0.24 0.47 0.32 037364 A 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 037369 C 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 037880 T 0.15 0.52 0.69 0.58 0.47 C 0.85 0.48 0.31 0.42 0.53 0.25 0.50 0.43 0.49 0.50 037888 C 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 T 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 037917 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 037967 G 0.26 0.00 0.02 0.00 0.08 A 0.74 1.00 0.98 1.00 0.92 0.38 0.00 0.05 0.00 0.15 038034 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 038089 T 0.20 0.00 0.02 0.00 0.06 C 0.80 1.00 0.98 1.00 0.94 0.32 0.00 0.04 0.00 0.12 038126 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 038176 T 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 C 0.96 1.00 0.97 0.95 0.97 0.08 0.00 0.05 0.10 0.06 038307 T 0.46 0.00 0.05 0.00 0.15 C 0.54 1.00 0.95 1.00 0.85 0.50 0.00 0.10 0.00 0.25 038370 A 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 G 0.90 1.00 0.97 1.00 0.97 0.18 0.00 0.05 0.00 0.06 038372 A 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 038378 G 0.12 0.00 0.03 0.00 0.04 T 0.88 1.00 0.97 1.00 0.96 0.22 0.00 0.05 0.00 0.08 038853 G 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 038909 - 0.46 0.05 0.02 0.00 0.15 + 0.54 0.95 0.98 1.00 0.85 0.50 0.09 0.04 0.00 0.25 038919 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 038948 T 0.26 0.00 0.02 0.00 0.08 C 0.74 1.00 0.98 1.00 0.92 0.38 0.00 0.04 0.00 0.15 039089 G 0.04 0.27 0.09 0.00 0.10 A 0.96 0.73 0.91 1.00 0.90 0.07 0.40 0.17 0.00 0.17 039359 + 0.29 0.00 0.02 0.00 0.08 - 0.71 1.00 0.98 1.00 0.92 0.41 0.00 0.04 0.00 0.15 039451 T 0.17 0.00 0.00 0.00 0.04 C 0.83 1.00 1.00 1.00 0.96 0.28 0.00 0.00 0.00 0.08 039473 A 0.29 0.00 0.02 0.00 0.08 G 0.71 1.00 0.98 1.00 0.92 0.41 0.00 0.04 0.00 0.15 039483 C 0.17 0.05 0.00 0.00 0.05 T 0.83 0.95 1.00 1.00 0.95 0.28 0.09 0.00 0.00 0.10 039506 A 0.17 0.05 0.00 0.00 0.05 G 0.83 0.95 1.00 1.00 0.95 0.28 0.09 0.00 0.00 0.10 040266 T 0.46 0.05 0.02 0.00 0.15 G 0.54 0.95 0.98 1.00 0.85 0.50 0.09 0.04 0.00 0.25 040399 - 0.46 0.32 0.10 0.00 0.23 + 0.54 0.68 0.90 1.00 0.77 0.50 0.43 0.17 0.00 0.35 040506 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 040663 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 040776 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 040812 T 0.44 0.05 0.02 0.00 0.14 G 0.56 0.95 0.98 1.00 0.86 0.49 0.09 0.04 0.00 0.24 040857 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 040890 A 0.46 0.00 0.02 0.00 0.14 G 0.54 1.00 0.98 1.00 0.86 0.50 0.00 0.04 0.00 0.24 040903 C 0.44 0.05 0.02 0.00 0.14 T 0.56 0.95 0.98 1.00 0.86 0.49 0.09 0.04 0.00 0.24 040910 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 040945 G 0.65 0.05 0.05 0.00 0.21 T 0.35 0.95 0.95 1.00 0.79 0.46 0.09 0.09 0.00 0.33 041094 A 0.27 0.00 0.02 0.00 0.08 G 0.73 1.00 0.98 1.00 0.92 0.39 0.00 0.04 0.00 0.15 041096 A 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 041207 T 0.47 0.03 0.00 0.00 0.10 C 0.53 0.97 1.00 1.00 0.90 0.50 0.05 0.00 0.00 0.17 041235 - 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 + 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 041332 T 0.31 0.00 0.03 0.00 0.07 C 0.69 1.00 0.97 1.00 0.93 0.43 0.00 0.05 0.00 0.13 041530 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 041597 G 0.67 0.00 0.05 0.00 0.20 A 0.33 1.00 0.95 1.00 0.80 0.44 0.00 0.09 0.00 0.32 041638 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 041757 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 041760 A 0.59 0.00 0.05 0.00 0.18 G 0.41 1.00 0.95 1.00 0.82 0.48 0.00 0.09 0.00 0.29 042031 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 042110 A 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 G 0.89 1.00 0.98 1.00 0.96 0.20 0.00 0.04 0.00 0.07 042236 G 0.22 0.00 0.02 0.00 0.07 A 0.78 1.00 0.98 1.00 0.93 0.35 0.00 0.04 0.00 0.13 042316 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 042344 * 042372 C 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 G 0.98 1.00 0.97 1.00 0.99 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 042417 C 0.38 0.23 0.08 0.29 0.26 A 0.62 0.77 0.92 0.71 0.74 0.47 0.35 0.15 0.41 0.38 043603 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 043701 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 043713 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 043720 C 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.89 1.00 1.00 1.00 0.97 0.20 0.00 0.00 0.00 0.06 043743 T 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 043805 T 0.00 0.00 0.07 0.10 0.04 C 1.00 1.00 0.93 0.90 0.96 0.00 0.00 0.13 0.19 0.08 044148 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 044596 G 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 T 0.94 1.00 0.98 1.00 0.98 0.10 0.00 0.04 0.00 0.04 044972 G 0.21 0.00 0.02 0.00 0.06 A 0.79 1.00 0.98 1.00 0.94 0.33 0.00 0.05 0.00 0.12 044986 C 0.02 0.23 0.10 0.31 0.16 T 0.98 0.77 0.90 0.69 0.84 0.04 0.35 0.17 0.43 0.27 045072 C 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 T 0.94 1.00 0.98 1.00 0.98 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 045265 C 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 045376 C 0.59 0.36 0.23 0.40 0.40 T 0.41 0.64 0.78 0.60 0.60 0.48 0.46 0.35 0.48 0.48 045519 G 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 045573 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 045616 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 045701 G 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 A 0.92 1.00 0.98 1.00 0.97 0.14 0.00 0.04 0.00 0.05 045801 T 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 C 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 045975 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 046152 C 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 T 1.00 0.93 0.95 1.00 0.97 0.00 0.13 0.09 0.00 0.05 046275 G 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 C 0.98 0.98 0.95 1.00 0.98 0.04 0.04 0.09 0.00 0.04 046680 C 0.02 0.23 0.11 0.29 0.16 T 0.98 0.77 0.89 0.71 0.84 0.04 0.35 0.20 0.41 0.27 046755 A 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 046776 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 046899 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 047118 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 047449 * 048680 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 048796 A 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.97 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 049469 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 049632 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 049839 A 0.02 0.05 0.00 0.00 0.02 C 0.98 0.95 1.00 1.00 0.98 0.04 0.09 0.00 0.00 0.03 049925 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 049978 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 050038 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 050157 C 0.00 0.02 0.07 0.02 0.03 T 1.00 0.98 0.93 0.98 0.97 0.00 0.05 0.13 0.04 0.05 050285 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 050442 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 050482 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 050763 C 0.04 0.05 0.05 0.00 0.03 A 0.96 0.95 0.95 1.00 0.97 0.07 0.09 0.09 0.00 0.06 050779 C 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 050814 C 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 A 0.98 0.98 1.00 1.00 0.99 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 050897 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 051073 C 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 051074 A 0.62 0.07 0.11 0.10 0.24 G 0.38 0.93 0.89 0.90 0.76 0.47 0.14 0.20 0.19 0.37 051105 G 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 A 1.00 0.97 0.95 1.00 0.98 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 051129 + 0.37 0.00 0.05 0.00 0.11 - 0.63 1.00 0.95 1.00 0.89 0.46 0.00 0.09 0.00 0.20 051185 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 051218 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 051313 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 051463 T 0.00 0.00 0.14 0.10 0.06 C 1.00 1.00 0.86 0.90 0.94 0.00 0.00 0.24 0.19 0.11 051626 T 0.27 0.07 0.10 0.10 0.14 C 0.73 0.93 0.90 0.90 0.86 0.39 0.14 0.17 0.19 0.24 051628 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 051670 C 0.26 0.07 0.10 0.10 0.14 T 0.74 0.93 0.90 0.90 0.86 0.38 0.14 0.17 0.19 0.24 051980 A 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 T 0.94 1.00 0.98 1.00 0.98 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 052158 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 052166 T 0.13 0.00 0.02 0.00 0.04 C 0.87 1.00 0.98 1.00 0.96 0.23 0.00 0.04 0.00 0.08 052518 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 052572 T 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 052580 C 0.02 0.20 0.11 0.29 0.15 A 0.98 0.80 0.89 0.71 0.85 0.04 0.33 0.20 0.41 0.26 052594 + 0.62 0.31 0.21 0.40 0.40 - 0.38 0.69 0.79 0.60 0.60 0.47 0.43 0.34 0.48 0.48 052626 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 052760 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 052830 C 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 052875 T 0.00 0.21 0.11 0.29 0.15 C 1.00 0.79 0.89 0.71 0.85 0.00 0.34 0.20 0.41 0.26 053007 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 053151 T 0.02 0.20 0.11 0.29 0.15 C 0.98 0.80 0.89 0.71 0.85 0.04 0.33 0.20 0.41 0.26 053222 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 053223 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001853: t 002963: a 010945: A 014989: c 015440: ATTT 027241: t 027268: t 035266: t 035419: c 038909: caa 039359: TTA 040399: G 041235: a 051129: a 052594: tttg Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 042344 A 0.04 0.02 0.03 0.00 0.02 C 0.31 0.23 0.08 0.29 0.24 T 0.65 0.75 0.89 0.71 0.74 047449 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 A 1.00 0.93 0.93 1.00 0.97