************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 chrna.phase.inp chrna.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST chrna.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates chrna.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual chrna.phase.out_recom : estimates of recombination parameters chrna.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 95 Number of Loci: 58 Positions of loci: 45 446 545 943 952 1009 1038 1070 1326 1484 2706 3357 3410 3570 3772 3833 3837 4128 4530 4959 5134 5211 5318 5601 6651 6890 7583 7763 7849 8451 10395 10580 10956 11163 11196 11198 11401 11489 11831 11892 12588 12627 13158 13176 13578 13608 13721 14451 14587 14919 15152 15488 15612 15838 15839 16188 17156 20232 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file chrna.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GCT 3 GGDGT 3 GGGCTAGGAAACGGCAAGCGGCGADACGGACCGCCGACGCCCCCGGCC 1.000000 2 GCT 3 GGDGT 3 GGGCTAGGAAACGGCAAGCGGCGADACGGATCGCCGACGCCCCCGGCC 5.000000 3 GCT 3 GGDGT 3 GGGCTAGGAAACGGCAAGCGGCGADACGGATCGCCGACGCCCCCGGCT 5.000000 4 GCT 3 GGDGT 3 GGGCTAGGAAACGGCAAGCGGCGADACGGATCGCCGACGCGTCAAGCC 2.000000 5 GCT 3 GGDGT 3 GGGCTAGGAAACGGCAAGCGGCGADACGGATCGTCGACGCCCCCGGCC 1.000000 6 GCT 3 GGDGT 3 GGGCTAGGAAACGGCAAGGGGCGADACGGATCGCCGACGCCCCCGGCC 1.000000 7 GCC 2 AGDGT 2 AGTCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCGCCGACGCCCCCGACC 1.000000 8 GCC 2 AGDGT 3 GCGCCGGCGGGCAACGGGGAGTAGIACGAGCCTCCGACACGTCCGGCC 1.000000 9 GCC 2 AGDGC 3 GGGCTAGGAAACGGCAAGCGGCGADACGGATCGCCGACGCCCCCGGCC 1.000000 10 GCC 2 AGDAT 3 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIATGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 1.000000 11 GCC 2 AGDAT 3 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 13.000000 12 GCC 2 AGDAT 3 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTT 1.000000 13 GCC 2 AGDAT 4 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 2.000000 14 GCC 2 AGDAC 3 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 2.000000 15 GCC 2 AGIGT 2 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTT 1.000000 16 GCC 2 AGIGT 2 ACGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTT 1.000000 17 GCC 2 AGIGT 3 GCGCCGGCGGGCAACGGGGAGTAGIACGAGCCTCCGACGCCCCCGGCT 1.000000 18 GCC 2 AGIGT 3 GCGCCGGCGGGCAACGGGGAGTAGIACGAGCCTCCGACACGTCCGGCC 1.000000 19 GCC 3 AGDGC 4 GGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCCGATATGTCAAGCT 4.000000 20 GCC 3 AGDGC 4 GGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCTTCCGATATGTCAAGCT 2.000000 21 GCC 3 AGDGC 4 AGGCTAGGAAACGGCAAGCGGCGADACGGATCGCCGACGCCCCCGGCC 1.000000 22 GCC 3 AGDGC 4 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCCGATATGTCAAGCT 2.000000 23 GCC 3 GADGC 3 GGTCCGACGGGTAACGGAGAGTGGIGCAGGTTGTCGACGCCCCCGACC 3.000000 24 GCC 3 GADGC 3 GCGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTT 1.000000 25 GCC 3 GADGC 4 GGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 1.000000 26 GCC 3 GADGC 4 GGTCCGACGGGTAACGGAGAGTGGIACAGGTTGTCGACGCCCCCGACC 1.000000 27 GCC 3 GADGC 4 GGTCCGACGGGTAACGGAGAGTGGIGCAGGTTGTCGACGCCCCCGACC 12.000000 28 GCC 4 AGIGC 3 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTC 1.000000 29 GCC 4 AGIGC 3 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIATGAGCCTCCGATATGTCCGGCC 5.000000 30 GCC 4 AGIGC 3 AGGCCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 3.000000 31 GCC 4 AGIGC 3 AGGCCGACGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 1.000000 32 GCC 4 AGIGC 3 AGGTCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCCAATATGTTCGGTC 1.000000 33 GCC 4 AGIGC 3 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGCC 1.000000 34 GCC 4 AGIGC 3 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 34.000000 35 GCC 4 AGIGC 3 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTTCGGTC 1.000000 36 ACT 3 GGDGT 3 GGGCTAGGAAACGGCAAGCGGCGAIACGGATCTCCGACGCCCCCGGCC 1.000000 37 ACC 2 AGIGT 2 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCCAATATGTTCGGTT 1.000000 38 ATT 2 AGIGT 2 ACGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTT 1.000000 39 ATC 2 AGIGT 2 GGTCCGACGGGTAACGGAGAGTGGIGCAGGTTGTCGACGCCCCCGACC 1.000000 40 ATC 2 AGIGT 2 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCCAATATCCCCGGCT 1.000000 41 ATC 2 AGIGT 2 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCCAATATGTTCGGTC 5.000000 42 ATC 2 AGIGT 2 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTC 4.000000 43 ATC 2 AGIGT 2 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTT 44.000000 44 ATC 2 AGIGT 2 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIATGAGCCTCTAATATGTTCGGTC 1.000000 45 ATC 2 AGIGT 2 AGGCCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 1.000000 46 ATC 2 AGIGT 2 AGGCCGACGGGTAACGGAGAGTGGIGCAGGTTGTCGACGCCCCCGACC 1.000000 47 ATC 2 AGIGT 2 AGGTCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCCAATATGTTCGGTT 1.000000 48 ATC 2 AGIGT 2 AGGTCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTT 1.000000 49 ATC 2 AGIGT 2 AGGTCGGCGGGCAATGGAGAATAGIGTGAGCCTCCGGTATGTCCGGTC 1.000000 50 ATC 2 AGIGT 2 ACGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTT 10.000000 51 ATC 2 AGIGT 3 AGGCCGGCGGGCAACGGAGAATAGIACGAGCCTCTAATATGTTCGGTC 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY D001: (3,4) D002: (1,2) D003: (27,29) D004: (11,20) D005: (11,27) D006: (36,43) D007: (22,22) D008: (27,27) D009: (19,27) D010: (4,21) D011: (27,27) D012: (50,7) D013: (11,23) D014: (2,38) D015: (23,27) DY01: (19,19) DY02: (11,23) DY03: (13,27) DY04: (2,10) DY05: (2,26) DY06: (11,27) DY07: (5,11) DY08: (19,34) DY09: (9,27) DY10: (13,28) DY11: (11,11) DY12: (25,27) E101: (43,50) E102: (43,46) E103: (34,43) E104: (16,50) E105: (18,49) E106: (14,34) E107: (24,50) E108: (29,50) E109: (43,43) E110: (2,8) E111: (50,50) E112: (15,43) E113: (30,43) E114: (34,44) E115: (43,43) E116: (11,43) E117: (6,43) E118: (34,43) E119: (42,43) E120: (39,43) E121: (29,50) E122: (43,43) H101: (34,50) H102: (12,43) H103: (42,43) H104: (11,43) H105: (11,43) H106: (34,34) H107: (43,50) H108: (34,43) H109: (17,43) H110: (43,43) H111: (14,34) H112: (43,43) H113: (34,43) H114: (11,20) H115: (42,43) H116: (34,43) H117: (43,43) H118: (34,43) H119: (11,43) H120: (34,43) H121: (29,34) H122: (29,45) X101: (3,3) X102: (3,34) X103: (34,47) X104: (34,37) X105: (34,43) X106: (31,34) X107: (30,34) X108: (41,43) X109: (34,43) X110: (3,33) X111: (34,34) X112: (34,42) X113: (34,34) X114: (30,41) X115: (43,43) X116: (41,43) X117: (34,34) X118: (32,43) X119: (34,34) X120: (35,48) X121: (34,51) X122: (40,43) X123: (34,41) X124: (34,41) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 D001 G C T [3] G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C T G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C G T C A A G C C 0 D002 G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A C C G C C G A C G C C C C C G G C C G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C C 0 D003 G C C 3 G A D G C [4] G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C G C C [4] A G I G C 3 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A T G A G C C T C C G A T A T G T C C G G C C 0 D004 G C C 2 A G D A T [3] A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C [3] A G [D] G C [4] G G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C T T C C G A T A T G T C A A G C T 0 D005 G C C 2 A G D A T [3] A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 3 G A D G C [4] G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 D006 A C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A I A C G G A T C T C C G A C G C C C C C G G C [C] A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T [T] 0 D007 G C C 3 A G D G C 4 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C G A T A T G T C A A G C T G C C 3 A G D G C 4 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C G A T A T G T C A A G C T 0 D008 G C C 3 G A D G C [4] G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C G C C 3 G A D G C [4] G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 D009 G C C 3 A G D G C 4 G G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C G A T A T G T C A A G C T G C C 3 G A D G C 4 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 D010 G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C (G) (T) C (A) (A) G C C G C C [3] A G D G C 4 A G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C (C) (C) C (C) (G) G C C 0 D011 G C C 3 G A D G C 4 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C G C C 3 G A D G C 4 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 D012 (A) (T) C 2 A G (I) [G] T 2 A (C) (G) C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C (T) C T A A T A T G T T C G G T T (G) (C) C 2 A G (D) [G] T 2 A (G) (T) C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C (G) C C G A C G C C C C C G A C C 0 D013 G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 3 G A D G C 3 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 D014 G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C C A T T 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 D015 G C C 3 G A D G C 3 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C G C C 3 G A D G C 4 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 DY01 G C C 3 A G D G C 4 G G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C G A T A T G T C A A G C T G C C 3 A G D G C 4 G G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C G A T A T G T C A A G C T 0 DY02 G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 3 G A D G C 3 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 DY03 G C C 2 A G D A T 4 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 3 G A D G C 4 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 DY04 G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C C G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I A T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 DY05 G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C C G C C 3 G A D G C 4 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I A C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 DY06 G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 3 G A D G C 4 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 DY07 G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G T C G A C G C C C C C G G C C G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 DY08 G C C 3 A G D G C 4 G G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C G A T A T G T C A A G C T G C C [4] A G [I] [G] [C] 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 DY09 G C C 2 [A] [G] D G C [3] G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C C G C C 3 G A D G C [4] G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 DY10 G C C 2 A G D A T (4) A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C [4] A G [I] G C (3) A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T C 0 DY11 G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 DY12 G C C 3 G A D G C 4 G G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 3 G A D G C 4 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 E101 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E102 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C 0 E103 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E104 G C C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E105 G C C 2 A G I G T 3 G C G C C G G C G G G C A A C G G G G A G T A G I A C G A G C C T C C G A C A C G T C C G G C C A T C 2 A G I G T 2 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 E106 G C C 2 A G D A C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A [G] C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 E107 G C C [3] [G] [A] D G C 3 G C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E108 G C C [4] A G I G C 3 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A T G A G C C T C C G A T A T G T C C G G C C A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E109 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E110 G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C C G C C 2 A G D G T 3 G C G C C G G C G G G C A A C G G G G A G T A G I A C G A G C C T C C G A C A C G T C C G G C C 0 E111 A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E112 [G] C C [2] A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E113 G C C 4 A G I G C 3 A G G C C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E114 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A T G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T C 0 E115 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E116 G C C 2 A G D A T [3] A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E117 G C T 3 G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G G G G C G A D A C G G A [T] C G C C G A C G C C C C C G G C C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E118 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E119 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E120 A T C 2 A G I G T 2 G G T C C G A C G G G T A A C G G A G A G T G G I G C A G G T T G T C G A C G C C C C C G A C C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E121 G C C [4] A G I G C 3 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A T G A G C C T C C G A T A T G T C C G G C C A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 E122 A T C 2 A G I G T 2 A [G] G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H101 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H102 G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H103 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H104 G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H105 G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H106 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 H107 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A C G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H108 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H109 G C C 2 A G I G T 3 G C G C C G G C G G G C A A C G G G G A G T A G I A C G A G C C T C C G A C G C C C C C G G C T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H110 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H111 G C C 2 A G D A C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A [G] C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 H112 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H113 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H114 G C C 2 A G D A T (3) A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C [3] A G [D] G C (4) G G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C T T C C G A T A T G T C A A G C T 0 H115 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H116 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H117 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H118 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H119 G C C 2 A G D A T 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H120 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 H121 G C C [4] A G I G C 3 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A T G A G C C T C C G A T A T G T C C G G C C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 H122 G C C [4] A G I G C 3 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I (A) T G A G C C T C C G (A) T A T G T C C G G (C) C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A [T] G G A G A A T A G I (G) T G A G C C T C C G (G) T A T G T C C G G (T) C 0 X101 G C T [3] G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C T G C T [3] G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C T 0 X102 G C T [3] G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C T G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 X103 (G) (C) C (4) A G I G (C) (3) A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T (C) (A) (T) C (2) A G I G (T) (2) A G G T C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C A A T A T G T T C G G T (T) 0 X104 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T (C) A C C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C A A T A T G T T C G G T (T) 0 X105 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 X106 G C C 4 A G I G C 3 A G G (C) C G A C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G (T) C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 X107 G C C 4 A G I G C 3 A G G C C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 X108 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C A A T A T G T T C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 X109 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 X110 G C T [3] G G D G T 3 G G G C T A G G A A A C G G C A A G C G G C G A D A C G G A T C G C C G A C G C C C C C G G C T G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G C C 0 X111 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 X112 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T C 0 X113 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 X114 G C C 4 A G I G C 3 A G G C C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C A A T A T G T T C G G T C 0 X115 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 X116 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C A A T A T G T T C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T T 0 X117 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 X118 G C C 4 A G I G C 3 A G G (T) C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C (C) A A T A T G T T C G G T (C) A T C 2 A G I G T 2 A G G (C) C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C (T) A A T A T G T T C G G T (T) 0 X119 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C 0 X120 (G) (C) C (4) A G I G (C) (3) A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T T C G G T (C) (A) (T) C (2) A G I G (T) (2) A G G T C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T (T) 0 X121 (G) (C) C (4) A G I G [C] 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C (A) (T) C (2) A G I G [T] 3 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C T A A T A T G T T C G G T C 0 X122 A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C (C) A A T A T C C C C G G C T A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C (T) A A T A T G T T C G G T T 0 X123 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C A A T A T G T T C G G T C 0 X124 G C C 4 A G I G C 3 A G G T C G G C G G G C A A T G G A G A A T A G I G T G A G C C T C C G G T A T G T C C G G T C A T C 2 A G I G T 2 A G G C C G G C G G G C A A C G G A G A A T A G I A C G A G C C T C C A A T A T G T T C G G T C END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 D001 = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? = = = = ? ? = = = = ? = = = ? C = C G ? ? T = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? = = = = ? ? = = = = ? = = = ? T = A A ? ? C 0 D002 = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = C = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = T = = = = = ? = = = = = = = = ? = = 0 D003 = = = ? ? ? ? ? = ? G = ? = = = A = = = = T = = ? = = = = ? G = G = = G C A G ? T T G T = = ? C G C C C = = = ? = = = = = ? ? ? ? ? = ? A = ? = = = G = = = = C = = ? = = = = ? A = A = = A T G A ? C C T C = = ? T A T G T = = = ? = = 0 D004 = = = ? ? ? ? A T ? A ? ? ? = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = G T = = = = C = = = = ? = = = = = = C G ? T ? = = = ? ? ? ? G C ? G ? ? ? = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = A C = = = = T = = = = ? = = = = = = A A ? C ? 0 D005 = = = 2 A G = ? T ? A = G T = = G = = = = C = = ? ? = = = ? ? = A = = = T G A = ? ? T C = = ? T A T G T = = = G T ? = = = 3 G A = ? C ? G = T C = = A = = = = T = = ? ? = = = ? ? = G = = = C A G = ? ? G T = = ? C G C C C = = = A C ? 0 D006 = C T ? G = D ? = 3 G = = = T A = G A A A = G G = A A G C G G C G A = = = = G ? T = = = C G = C G C C C C = = ? C ? = T C ? A = I ? = 2 A = = = C G = C G G G = A A = G G A G A A T A G = = = = A ? C = = = T A = T A T G T T = = ? T ? 0 D007 = = = ? ? = = = = ? = ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = ? = ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? 0 D008 = = = ? ? ? ? = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = ? = = = ? ? ? ? = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = ? 0 D009 = = = ? ? ? ? = = = = = G = = = G = = = = C = = = = = = = = A = A = = A = G A = C C T C = = = T A T G T = A A ? = T = = = ? ? ? ? = = = = = T = = = A = = = = T = = = = = = = = G = G = = G = A G = T T G T = = = C G C C C = C G ? = C 0 D010 = = T ? ? = ? = T 3 G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = (G) (T) = (A) (A) ? = = = = C ? ? = ? = C 4 A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = (C) (C) = (C) (G) ? = = 0 D011 = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 D012 (A) (T) = = = = (I) ? = = = (C) (G) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = T A = T A T G T T = = G T T (G) (C) = = = = (D) ? = = = (G) (T) = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (G) = C G = C G C C C C = = A C C 0 D013 = = = ? A G = A T = A ? ? T = = G = = = = C = = T = = = = ? A = A = = = T G A = C C T C = = G T A T G T = = = ? T = = = = ? G A = G C = G ? ? C = = A = = = = T = = C = = = = ? G = G = = = C A G = T T G T = = A C G C C C = = = ? C = 0 D014 G C = 3 G = D = = 3 G G = = T A = G A A A = G G = A A G C G G C G A D = = = G A T = G = C G = C G C C C C = = ? C C A T = 2 A = I = = 2 A C = = C G = C G G G = A A = G G A G A A T A G I = = = A G C = T = T A = T A T G T T = = ? T T 0 D015 = = = ? = = = = = 3 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 4 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY01 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 DY02 = = = 2 ? G = A T = A = G T = = G = = = = C = = T = = = = = A ? A = = = T G A = C C T C = = G T ? T G T = = = ? T = = = = 3 ? A = G C = G = T C = = A = = = = T = = C = = = = = G ? G = = = C A G = T T G T = = A C ? C C C = = = ? C = 0 DY03 = = = 2 ? G = A T = A ? ? T = = G = = = = C = = ? = = = = = A = A = = = T G A = C C T C = = G T A T G T = ? ? ? T = = = = 3 ? A = G C = G ? ? C = = A = = = = T = = ? = = = = = G = G = = = C A G = T T G T = = A C G C C C = ? ? ? C = 0 DY04 = = T 3 ? = = G = = G = = C T A = G A A A = G G C A A G C G G ? G A D = C = G A T = G = = = A C G C C C = = = ? C = = = C 2 ? = = A = = A = = T C G = C G G G = A A T G G A G A A ? A G I = T = A G C = T = = = G T A T G T = = = ? T = 0 DY05 = = ? = = G = = T 3 = = G = T A G G A A A ? G G = A A G C ? = C = A D = = G = A = C = C = = = = = = = = = = = G = = = = ? = = A = = C 4 = = T = C G A C G G G ? A A = G G A G ? = T = G I = = A = G = T = T = = = = = = = = = = = A = = 0 DY06 = = = ? A G = A T 3 A = G T = = G = = = = C = = T = = = = ? A = A = = = T G A = C C T C = = G T A T G T = = = ? T = = = = ? G A = G C 4 G = T C = = A = = = = T = = C = = = = ? G = G = = = C A G = T T G T = = A C G C C C = = = ? C = 0 DY07 = = T ? ? = = G = = G = = C T A = G A A A = G G C A A G C G G C G A D A C = G ? T = G T = = A C G C C C = = = = C = = = C ? ? = = A = = A = = T C G = C G G G = A A T G G A G A A T A G I G T = A ? C = T C = = G T A T G T = = = = T = 0 DY08 = = = ? ? ? ? ? ? ? G = = C = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = A C ? ? ? = = = = = = A = = = = = = A A = C T = = = ? ? ? ? ? ? ? A = = T = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = G T ? ? ? = = = = = = G = = = = = = C G = T C 0 DY09 = = = 2 ? ? = = = ? = ? ? = T A G G A A A C G G ? ? A G C G = ? = A D A = G = A = C = C = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = 3 ? ? = = = ? = ? ? = C G A C G G G T A A ? ? G A G A = ? = G I G = A = G = T = T = = = = = = = = = ? ? ? = = 0 DY10 = = = ? ? ? ? A ? (4) = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = ? = = = = C G G = = = = = C = = = = = = = = ? ? ? ? G ? (3) = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = ? = = = = T A A = = = = = T = = = = = 0 DY11 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 DY12 = = = = = ? = = = = = = G T = = G = = = = C = = T = = = = = A = A = = = T G A = C C T C = = G T A T G T = = = G T = = = = = = ? = = = = = = T C = = A = = = = T = = C = = = = = G = G = = = C A G = T T G T = = A C G C C C = = = A C = 0 E101 = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E102 = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = C = = = ? = = = = A = A = = A = G A = C C T C T A = T A T G T T = = G T T = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = T = = = ? = = = = G = G = = G = A G = T T G T C G = C G C C C C = = A C C 0 E103 G C = 4 = = = = C 3 = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = C A T = 2 = = = = T 2 = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 E104 G C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = A T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 0 E105 G C = = = = = = = 3 G C = C = = = = = = = = = = C = = G = ? G = = = = A C = = = = = = = = = A C = C = = = = = ? C = A T = = = = = = = 2 A G = T = = = = = = = = = = T = = A = ? A = = = = G T = = = = = = = = = G T = T = = = = = ? T = 0 E106 = = = ? = = D ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? = = I ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 0 E107 G C = ? ? ? ? = C 3 G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = A T = ? ? ? ? = T 2 A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E108 G C = ? ? ? ? ? C 3 = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = C G = = = = = = C = = ? C C A T = ? ? ? ? ? T 2 = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = T A = = = = = = T = = ? T T 0 E109 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 E110 = = T 3 G = = = = = = G = = T A = G A A A = G G = A A = C ? = C G A D = = = G A T = G = = = = = G = C C = = = = = = = = C 2 A = = = = = = C = = C G = C G G G = A A = G G = G ? = T A G I = = = A G C = T = = = = = A = G T = = = = = = 0 E111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 E112 ? C = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? T = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 E113 G C = 4 = = = = C 3 = ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = C A T = 2 = = = = T 2 = ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 E114 G C = 4 = = = = ? 3 = ? ? T = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = G = = = = = = = = C G G = = = = = C = = ? = = A T = 2 = = = = ? 2 = ? ? C = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = A = = = = = = = = T A A = = = = = T = = ? = = 0 E115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 0 E116 G C = ? = = D A = ? = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = C A T = ? = = I G = ? = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 E117 G C T 3 G = D ? = 3 G = = = T A = G A A A = G G = A A G = G G C G A D = = = G A ? = G = C G = C G C C C C = = = C C A T C 2 A = I ? = 2 A = = = C G = C G G G = A A = G G A = A A T A G I = = = A G ? = T = T A = T A T G T T = = = T T 0 E118 G C = ? = = = = C 3 = = = T = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = ? = C A T = ? = = = = T 2 = = = C = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = ? = T 0 E119 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 E120 = = = = = = = = = = G = T = = = A = = = = T = = = = = = = ? G = G = = G = ? ? ? T T G T C G = C G C C C C = = ? C C = = = = = = = = = = A = G = = = G = = = = C = = = = = = = ? A = A = = A = ? ? ? C C T C T A = T A T G T T = = ? T T 0 E121 G C = ? ? ? ? = C 3 = G = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = T = = = = = = = C G = = = = = = C = = ? C C A T = ? ? ? ? = T 2 = C = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = C = = = = = = = T A = = = = = = T = = ? T T 0 E122 = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 H101 G C = 4 = = = = C 3 = G = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = ? ? = = C G G = = = = = C = = ? = C A T = 2 = = = = T 2 = C = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = ? ? = = T A A = = = = = T = = ? = T 0 H102 G C = = = = D ? = 3 = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = = A T = = = = I ? = 2 = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = = 0 H103 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 H104 G C = = = = D A = 3 = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = C A T = = = = I G = 2 = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 H105 G C = = = = D A = 3 = = = T = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = ? G T = = ? = = = = C G G = = = = = C = = = = C A T = = = = I G = 2 = = = C = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = ? A C = = ? = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 H106 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H107 = = = = = = = = = = = G ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H108 G C = 4 = = = = C 3 = ? ? T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = ? ? C A T = 2 = = = = T 2 = ? ? C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = ? ? T 0 H109 G C = ? = = = = = 3 G ? ? = = = = = = = = = = = = = = G = = G = = = = = = = = = = = = = C G = C G C C C C = = ? C = A T = ? = = = = = 2 A ? ? = = = = = = = = = = = = = = A = = A = = = = = = = = = = = = = T A = T A T G T T = = ? T = 0 H110 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H111 = = = ? = = D A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = I G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 H112 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 H113 G C = 4 = = = = C 3 = = = T = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? G T = ? ? = = = = C G G = = = = = C = = ? = C A T = 2 = = = = T 2 = = = C = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? A C = ? ? = = = = T A A = = = = = T = = ? = T 0 H114 = = = ? ? ? ? ? T (3) A ? ? T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T ? ? ? = C = = = = G = = = = = = C G = T C = = = ? ? ? ? ? C (4) G ? ? C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C ? ? ? = T = = = = A = = = = = = A A = C T 0 H115 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = T 0 H116 G C = ? = = = = C 3 = ? ? T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = ? = C A T = ? = = = = T 2 = ? ? C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = ? = T 0 H117 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 H118 G C = 4 = = = = C 3 = = = T = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = C A T = 2 = = = = T 2 = = = C = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 H119 ? C = = = = D ? = 3 = = = T = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G T = = ? = = = = C G G = = = = = C = = = = C ? T = = = = I ? = 2 = = = C = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A C = = ? = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 H120 ? C = 4 = = = = C 3 = = ? T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = ? = C ? T = 2 = = = = T 2 = = ? C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = ? = T 0 H121 = = = ? ? ? ? ? = = = = = C = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = A = = = ? = = = = = = A = = = = = = = = = C = = = = ? ? ? ? ? = = = = = T = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = G = = = ? = = = = = = G = = = = = = = = = T = 0 H122 G C = ? ? ? ? ? C 3 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = (A) = ? ? ? = = = = = = (A) = = = = = = = = = (C) = A T = ? ? ? ? ? T 2 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = (G) = ? ? ? = = = = = = (G) = = = = = = = = = (T) = 0 X101 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 0 X102 = = T ? G = D ? T = ? ? ? C T A = G A A A = G G C A A G C G G ? G A D A C = G A T = G = = = A C G C C C = = = ? C T = = C ? A = I ? C = ? ? ? T C G = C G G G = A A T G G A G A A ? A G I G T = A G C = T = = = G T A T G T = = = ? T C 0 X103 (G) (C) = (4) = = = = (C) (3) = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G T = = = = = = = = G G = = = = = C = = ? = (C) (A) (T) = (2) = = = = (T) (2) = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A C = = = = = = = = A A = = = = = T = = ? = (T) 0 X104 G = = ? = = = = C 3 = = = T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = = G G = = = = = C = = = = (C) A = = ? = = = = T 2 = = = C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = = A A = = = = = T = = = = (T) 0 X105 G C = ? = = = = C 3 = ? = T = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = C A T = ? = = = = T 2 = ? = C = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 X106 = = = = = = = = = = ? = = (C) = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = (T) = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X107 = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X108 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = C = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = T = = = = = = = = = = ? = ? 0 X109 G C = ? ? = = = C ? = = = T = = = = = = = = = = ? = ? = = ? = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = C A T = ? ? = = = T ? = = = C = = = = = = = = = = ? = ? = = ? = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = T 0 X110 = = T ? G = D = T = G = = C T A = G A A A = G G C A A G C ? G C G A D A C = ? ? T = G = = = A C G C C C = = = = = T = = C ? A = I = C = A = = T C G = C G G G = A A T G G A G ? A T A G I G T = ? ? C = T = = = G T A T G T = = = = = C 0 X111 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X112 G C = ? ? = = = C 3 = = = T = = = = = = = = = = ? = = = = ? = ? = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = = = = A T = ? ? = = = T 2 = = = C = = = = = = = = = = ? = = = = ? = ? = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = = = = 0 X113 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 0 X114 ? C = ? = = = = ? 3 = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = G T = = = = = = = = G G = = = = = C = = ? ? ? ? T = ? = = = = ? 2 = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = A C = = = = = = = = A A = = = = = T = = ? ? ? 0 X115 = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X116 = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = C = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = T = = = = = = = = = = ? ? ? 0 X117 = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 X118 ? C = ? = = = = ? 3 = ? ? (T) = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = = = = = = = = (C) ? T = ? = = = = ? 2 = ? ? (C) = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = = = = = = = = (T) 0 X119 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 X120 (G) (C) = (4) = = = = (C) (3) = ? ? = = = = = = = = = = = T = = = = ? = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = = = = ? = (C) (A) (T) = (2) = = = = (T) (2) = ? ? = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = = = = ? = (T) 0 X121 (G) (C) = (4) = = = = ? = = ? ? T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = C G G = = = = = C = = ? = = (A) (T) = (2) = = = = ? = = ? ? C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = T A A = = = = = T = = ? = = 0 X122 ? = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (C) = = = = = C C C = = ? C = ? = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = (T) = = = = = G T T = = ? T = 0 X123 G C = ? = = = = ? 3 = ? ? T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T = = = = = = = = G G = = = = = C = = = = = A T = ? = = = = ? 2 = ? ? C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C = = = = = = = = A A = = = = = T = = = = = 0 X124 G C = ? ? = = = C ? = = ? T = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = G T ? ? ? = = = = = G G = = = = = C = = ? = ? A T = ? ? = = = T ? = = ? C = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = A C ? ? ? = = = = = A A = = = = = T = = ? = ? END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = = = = ? = = = = ? ? = = = = ? = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = ? ? ? ? ? = ? 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = = = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = = = = ? ? ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 ? = = = 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? ? = = = ? ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 ? = = = ? ? = = = = ? = ? ? ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = ? = = = ? ? ? ? = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = ? = = = ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 ? ? = ? = 1.00 1.00 0.95 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = 0.57 0.57 = 0.57 0.57 ? = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.52 0.52 = = = = 0.52 ? = = = 0.54 0.51 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.61 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 0.97 1.00 1.00 = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 0.97 = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = ? = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 0.92 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 = = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.99 ? ? = = = ? = ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = ? ? ? ? 1.00 ? 0.56 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = 0.98 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = ? 1.00 = = = = ? = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 1.00 0.99 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 0.97 0.97 = 0.97 = = = = ? 0.97 = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 0.92 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = ? 1.00 1.00 = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = ? ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 0.98 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = ? 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 0.98 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = = 1.00 1.00 ? ? = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = ? ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = = ? ? ? ? ? 1.00 0.74 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 0.97 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 = = = ? ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 0.84 = ? ? ? = = = = = = 0.84 = = = = = = = = = 0.84 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? 1.00 0.95 0.64 0.64 = 0.64 = = = = 0.64 0.64 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = 0.81 1.00 = = ? = = = = 1.00 1.00 = = = 0.93 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 0.82 1.00 1.00 = ? = = = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = 0.50 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = 0.98 = = = = = = = = = = ? = ? 1.00 1.00 = ? ? = = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = ? = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.99 0.99 = ? ? = = = 0.99 0.99 = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? = = = = ? = ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? 1.00 = ? = = = = ? 1.00 = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = ? ? = = = = ? = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = ? = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? = = = = = = = ? ? ? = = = = 0.99 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? 1.00 = ? = = = = ? 1.00 = ? ? 0.83 = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.50 = = = = = = = = = = = = 0.54 = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.77 0.77 = 0.77 = = = = 0.77 0.77 = ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = 0.82 0.70 0.70 = 0.70 = = = = ? = = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = = ? = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0.88 = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = 1.00 1.00 = ? = = = = ? 1.00 = ? ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = ? ? = = = 1.00 ? = = ? 0.98 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = ? END PHASEPROBS