Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000045 AA 1 8 5 3 17 AG 2 11 10 9 32 GG 24 2 4 9 39 5.713 0.416 0.059 0.093 4.425 000446 CC 24 2 4 10 40 CT 3 12 12 10 37 TT 0 8 5 4 17 0.093 0.702 0.444 0.296 2.486 000545 CC 19 20 21 21 81 CT 4 2 0 2 8 TT 3 0 0 1 4 6.624 0.050 0.000 4.959 19.079 000943 * 000952 AA 3 16 18 14 51 AG 5 2 0 2 9 GG 4 0 0 1 5 0.310 0.062 0.000 3.192 12.885 001009 AA 2 0 0 0 2 AG 6 0 0 0 6 GG 11 19 18 24 72 0.655 0.000 0.000 0.000 10.368 001038 -- 17 1 0 1 19 +- 3 3 5 2 13 ++ 0 15 13 21 49 0.131 1.815 0.468 4.959 31.943 001070 AA 1 0 0 0 1 AG 8 1 3 0 12 GG 13 18 13 23 67 0.027 0.014 0.171 0.000 0.294 001326 CC 9 1 3 6 19 CT 8 6 8 9 31 TT 8 14 10 5 37 3.222 0.114 0.429 0.191 5.679 001328 CC 25 22 21 24 92 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 001484 * 002706 AA 4 17 20 20 61 AG 13 4 2 1 20 GG 10 1 0 1 12 0.005 1.144 0.050 9.075 15.225 002839 CC 27 21 22 23 93 CG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 002878 AA 0 0 0 0 0 AG 0 2 1 0 3 GG 27 20 21 23 91 0.000 0.050 0.012 0.000 0.025 002972 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 22 22 22 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 003050 CC 24 22 22 20 88 CG 0 0 0 3 3 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.112 0.026 003357 CC 0 3 0 0 3 CG 2 5 2 0 9 GG 18 11 16 13 58 0.055 2.466 0.062 0.000 7.531 003410 GG 9 18 16 11 54 GT 7 1 0 0 8 TT 1 0 0 0 1 0.057 0.014 0.000 0.000 1.082 003570 CC 14 16 8 6 44 CT 10 5 12 12 39 TT 1 1 2 6 10 0.233 0.499 0.702 0.000 0.095 003772 CC 18 20 22 21 81 CT 6 2 0 2 10 TT 3 0 0 1 4 3.444 0.050 0.000 4.959 14.177 003824 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 003833 AA 3 0 0 1 4 AG 6 2 0 2 10 GG 18 20 22 21 81 3.444 0.050 0.000 4.959 14.177 003836 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 003837 AA 3 0 0 0 3 AG 10 2 0 1 13 GG 14 20 22 23 79 0.338 0.050 0.000 0.011 5.461 003980 AA 0 0 0 0 0 AC 1 2 0 0 3 CC 26 20 22 24 92 0.010 0.050 0.000 0.000 0.024 004128 CC 17 20 22 21 80 CG 6 2 0 2 10 GG 3 0 0 1 4 3.185 0.050 0.000 4.959 13.978 004165 AA 0 0 0 0 0 AG 1 1 0 0 2 GG 26 21 22 24 93 0.010 0.012 0.000 0.000 0.011 004300 CC 2 0 0 0 2 CT 4 0 1 0 5 TT 20 22 21 24 87 4.351 0.000 0.012 0.000 16.307 004530 AA 2 0 0 1 3 AG 6 2 0 2 10 GG 18 20 22 21 81 1.719 0.050 0.000 4.959 9.438 004959 AA 3 0 0 1 4 AG 6 2 0 2 10 GG 18 20 22 21 81 3.444 0.050 0.000 4.959 14.177 005054 CC 27 20 21 24 92 CG 0 2 1 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.012 0.000 0.024 005134 AA 3 0 0 1 4 AG 6 2 0 2 10 GG 18 20 22 21 81 3.444 0.050 0.000 4.959 14.177 005211 CC 14 20 22 23 79 CT 9 2 0 0 11 TT 3 0 0 0 3 0.639 0.050 0.000 0.000 7.706 005264 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 23 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 005318 AA 18 20 22 20 80 AG 6 2 0 2 10 GG 3 0 0 1 4 3.444 0.050 0.000 4.707 13.978 005374 CC 21 22 21 23 87 CT 4 0 1 0 5 TT 2 0 0 0 2 4.606 0.000 0.012 0.000 16.307 005601 AA 18 20 22 20 80 AG 6 2 0 2 10 GG 3 0 0 1 4 3.444 0.050 0.000 4.707 13.978 006651 CC 12 14 6 5 37 CT 9 5 9 7 30 TT 1 1 2 5 9 0.182 0.360 0.248 0.529 0.569 006782 CC 0 0 0 0 0 CT 0 2 1 0 3 TT 24 19 19 21 83 0.000 0.053 0.013 0.000 0.027 006890 AA 2 0 0 1 3 AG 5 2 0 2 9 GG 17 17 17 18 69 2.400 0.059 0.000 4.203 9.296 007583 AA 3 0 0 1 4 AG 6 2 0 2 10 GG 18 20 21 20 79 3.444 0.050 0.000 4.707 13.779 007664 CC 0 0 0 0 0 CG 2 0 0 0 2 GG 24 22 21 24 91 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 007762 CC 26 20 20 24 90 CT 0 2 1 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.012 0.000 0.025 007763 AA 17 19 20 21 77 AG 6 2 1 2 11 GG 3 1 0 1 5 3.185 4.455 0.012 4.959 15.597 007849 CC 3 0 0 1 4 CG 6 1 0 2 9 GG 18 21 21 21 81 3.444 0.012 0.000 4.959 16.421 007925 CC 0 0 0 0 0 CG 0 1 0 0 1 GG 27 21 22 24 94 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 008103 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 25 20 21 24 90 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 008318 CC 24 21 21 23 89 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 008451 AA 10 9 16 16 51 AG 5 1 0 1 7 GG 2 0 0 0 2 1.016 0.028 0.000 0.016 5.379 010211 CC 25 22 22 24 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010245 CC 25 22 22 24 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010250 CC 26 22 22 23 93 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 010382 CC 23 20 22 23 88 CG 1 2 0 1 4 GG 0 0 0 0 0 0.011 0.050 0.000 0.011 0.045 010395 AA 7 17 21 21 66 AG 11 4 1 2 18 GG 6 1 0 1 8 0.160 1.144 0.012 4.959 11.308 010455 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 2 2 GG 26 22 22 22 92 0.000 0.000 0.000 0.045 0.011 010580 CC 2 0 0 1 3 CT 4 2 0 1 7 TT 17 20 22 20 79 3.584 0.050 0.000 9.075 15.633 010778 CC 0 0 0 0 0 CG 0 2 0 0 2 GG 23 20 21 22 86 0.000 0.050 0.000 0.000 0.012 010811 CC 24 19 21 23 87 CT 0 2 1 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.053 0.012 0.000 0.026 010956 AA 7 18 22 21 68 AG 12 4 0 2 18 GG 8 0 0 1 9 0.326 0.220 0.000 4.959 13.944 011163 AA 3 0 0 1 4 AG 6 2 0 2 10 GG 18 20 22 21 81 3.444 0.050 0.000 4.959 14.177 011196 -- 3 0 0 1 4 +- 5 2 0 2 9 ++ 19 19 19 20 77 4.973 0.053 0.000 4.707 15.528 011198 AA 7 13 7 5 32 AG 7 8 13 12 40 GG 10 1 2 6 19 3.984 0.027 1.333 0.048 0.957 011401 CC 14 13 7 6 40 CT 12 7 11 12 42 TT 1 2 4 6 13 0.667 0.505 0.008 0.000 0.138 011402 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 25 22 22 24 93 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 011489 AA 2 0 0 0 2 AG 10 1 0 0 11 GG 12 18 19 21 70 0.002 0.014 0.000 0.000 3.118 011520 CC 0 0 0 0 0 CG 0 1 0 0 1 GG 24 18 20 21 83 0.000 0.014 0.000 0.000 0.003 011753 CC 0 0 0 0 0 CG 0 1 0 0 1 GG 24 18 19 21 82 0.000 0.014 0.000 0.000 0.003 011831 AA 5 16 18 18 57 AG 12 3 0 1 16 GG 7 0 0 1 8 0.001 0.140 0.000 8.183 11.508 011892 AA 2 0 0 1 3 AG 4 2 0 1 7 GG 12 12 12 16 52 2.296 0.083 0.000 7.289 9.845 012588 CC 7 18 21 21 67 CT 12 3 0 2 17 TT 5 0 0 1 6 0.001 0.124 0.000 4.959 8.165 012627 CC 12 20 20 24 76 CT 10 2 1 0 13 TT 3 0 0 0 3 0.164 0.050 0.012 0.000 5.168 012630 AA 0 0 0 0 0 AC 0 0 1 0 1 CC 24 21 20 24 89 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 013107 CC 27 22 21 24 94 CG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 013109 AA 27 22 21 24 94 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 013158 GG 8 0 0 1 9 GT 12 4 0 2 18 TT 7 18 22 21 68 0.326 0.220 0.000 4.959 13.944 013176 CC 13 20 22 24 79 CT 11 2 0 0 13 TT 3 0 0 0 3 0.084 0.050 0.000 0.000 5.461 013350 CC 26 21 22 24 93 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 013499 CC 27 22 22 23 94 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 013578 CC 23 3 5 14 45 CT 4 10 11 9 34 TT 0 9 6 1 16 0.173 0.007 0.000 0.091 4.216 013608 AA 0 9 6 5 20 AG 4 10 11 10 35 GG 23 3 5 9 40 0.173 0.007 0.000 0.490 4.981 013717 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 20 22 20 24 86 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 013718 CC 20 20 20 24 84 CT 0 2 1 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.012 0.000 0.027 013721 AA 10 15 7 6 38 AG 9 6 13 12 40 GG 1 1 1 6 9 0.330 0.153 2.545 0.000 0.103 014379 CC 27 22 22 23 94 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 014390 CC 27 22 22 23 94 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 014451 CC 8 1 0 1 10 CT 13 4 1 2 20 TT 6 17 21 21 65 0.027 1.144 0.012 4.959 12.772 014587 AA 6 18 21 21 66 AG 12 4 1 2 19 GG 8 0 0 1 9 0.133 0.220 0.012 4.959 12.227 014608 CC 27 22 22 23 94 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 014701 CC 27 22 22 22 93 CT 0 0 0 2 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.045 0.011 014919 CC 8 1 0 1 10 CT 13 4 1 2 20 TT 6 17 21 21 65 0.027 1.144 0.012 4.959 12.772 015062 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 26 21 22 24 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 015089 AA 26 21 21 24 92 AG 0 1 1 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 015152 CC 6 0 0 1 7 CG 14 4 1 3 22 GG 6 18 21 20 65 0.154 0.220 0.012 2.617 5.603 015365 CC 27 21 22 24 94 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 015384 CC 27 21 22 24 94 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 015488 CC 6 0 0 1 7 CT 15 4 1 3 23 TT 6 18 21 20 65 0.333 0.220 0.012 2.617 4.941 015612 CC 23 3 5 9 40 CT 4 10 11 10 35 TT 0 9 6 5 20 0.173 0.007 0.000 0.490 4.981 015838 AA 2 0 0 0 2 AC 5 0 1 0 6 CC 18 20 21 24 83 2.600 0.000 0.012 0.000 12.131 015839 AA 2 0 0 0 2 AG 5 0 1 0 6 GG 18 20 21 24 83 2.600 0.000 0.012 0.000 12.131 016048 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 23 20 22 24 89 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 016074 CC 23 18 20 24 85 CT 1 2 2 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.055 0.050 0.000 0.073 016165 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 23 18 22 23 86 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 016188 AA 2 0 0 0 2 AG 4 1 0 0 5 GG 5 9 15 14 43 0.505 0.028 0.000 0.000 7.585 016423 GG 23 22 22 23 90 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 016483 AA 1 0 0 0 1 AG 5 0 0 0 5 GG 18 22 22 23 85 0.644 0.000 0.000 0.000 6.017 016878 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 21 21 21 87 0.093 0.000 0.000 0.000 0.026 016891 AA 27 21 21 20 89 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 016898 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 21 21 20 89 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 016989 CC 27 19 21 21 88 CT 0 2 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.053 0.000 0.000 0.011 017018 CC 27 20 21 20 88 CT 0 1 0 1 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.012 0.011 017059 CC 27 21 21 20 89 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 017072 CC 27 20 21 21 89 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 017077 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 21 21 20 89 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 017156 CC 11 1 0 2 14 CT 13 6 4 2 25 TT 2 14 17 17 50 0.482 0.114 0.233 7.843 9.593 017281 AA 2 0 0 0 2 AG 4 0 1 0 5 GG 20 22 21 24 87 4.351 0.000 0.012 0.000 16.307 017300 CC 26 22 22 23 93 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 017312 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 26 22 21 24 93 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 017339 CC 25 20 20 24 89 CT 1 2 2 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.050 0.050 0.000 0.070 017344 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 26 22 22 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 017346 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 24 22 22 24 92 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 017377 CC 0 0 0 0 0 CT 1 4 2 0 7 TT 25 18 20 24 87 0.010 0.220 0.050 0.000 0.141 017394 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 1 0 2 CC 25 22 21 24 92 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 017663 CC 26 20 20 24 90 CG 1 2 2 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.050 0.050 0.000 0.069 017697 AA 0 0 0 0 0 AG 1 2 2 0 5 GG 26 20 20 24 90 0.010 0.050 0.050 0.000 0.069 017792 AA 26 20 20 24 90 AG 1 2 2 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.050 0.050 0.000 0.069 018182 AA 0 0 0 0 0 AG 1 2 2 0 5 GG 25 20 20 24 89 0.010 0.050 0.050 0.000 0.070 018541 CC 23 22 22 24 91 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 018680 CC 0 0 0 0 0 CT 1 2 2 0 5 TT 24 20 20 23 87 0.010 0.050 0.050 0.000 0.072 018684 CC 24 20 20 22 86 CT 1 2 2 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.050 0.050 0.000 0.073 018948 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 24 19 20 24 87 0.000 0.013 0.000 0.000 0.003 019039 AA 24 20 20 23 87 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 019088 CC 23 20 18 23 84 CG 1 2 2 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.011 0.050 0.055 0.000 0.074 019621 CC 0 0 0 0 0 CT 0 4 2 0 6 TT 22 18 20 23 83 0.000 0.220 0.050 0.000 0.108 019628 CC 0 0 0 0 0 CT 1 4 2 0 7 TT 24 18 20 23 85 0.010 0.220 0.050 0.000 0.144 019724 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 22 20 20 20 82 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 019726 GG 22 18 20 21 81 GT 0 2 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.055 0.000 0.000 0.012 019742 CC 18 18 20 20 76 CT 0 2 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.055 0.000 0.000 0.013 019850 AA 0 0 0 0 0 AG 1 1 1 0 3 GG 20 20 20 20 80 0.012 0.012 0.012 0.000 0.028 019880 CC 0 0 0 0 0 CT 0 2 0 0 2 TT 22 19 22 20 83 0.000 0.053 0.000 0.000 0.012 019981 CC 0 0 0 0 0 CT 0 2 0 0 2 TT 22 19 21 19 81 0.000 0.053 0.000 0.000 0.012 020048 CC 21 21 21 21 84 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 020232 CC 16 4 4 8 32 CT 5 10 12 8 35 TT 1 8 6 3 18 0.499 0.079 0.220 0.172 2.003 020531 CC 14 20 22 13 69 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.071 0.000 0.000 0.000 0.014 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001038: G 011196: aggc Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 000943 CC 2 9 9 1 21 000943 CG 6 2 0 0 8 000943 CT 0 3 5 3 11 000943 GG 3 0 0 0 3 000943 GT 0 0 0 0 0 000943 TT 0 0 1 5 6 001484 CC 1 9 4 2 16 001484 CG 2 9 12 8 31 001484 CT 0 0 0 0 0 001484 GG 6 2 3 9 20 001484 GT 5 0 1 0 6 001484 TT 5 0 0 0 5