************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 chc1l.phase.inp chc1l.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST chc1l.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates chc1l.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual chc1l.phase.out_recom : estimates of recombination parameters chc1l.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 27 Positions of loci: 1776 4737 6080 7544 7597 10439 10473 11209 11240 14248 15337 16071 20012 20160 20992 21922 22575 25295 27099 29152 29490 29541 30131 30256 31253 34706 35753 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file chc1l.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 GTGTGAGGTCGAAAGTDGCCADDGATA 84.000000 2 GTGTGAGGTCGTAAGTDGCCADDGATA 6.000000 3 GTGCGAGGTCGAAAGTDGCCADDGATA 11.000000 4 GTGCCGGCTCGAAAGTIGCCGDDAGTA 1.000000 5 GCGTGAGGTCGAAAGTDGCCADDGATA 1.000000 6 GCGCCGGCTCGAAAGTIGCCGDDAGTA 18.000000 7 GCGCCGGCTCGTAAGTIGCCGDDAGTA 5.000000 8 GCGCCGACTCGAAAGTDGCCADDGATA 1.000000 9 GCGCCGACTCGAAAGTIGCCGDDAGTA 20.000000 10 CTGCCAGCTCAAAAGCIGCCGDDAATA 3.000000 11 CTGCCAGCTCAAAAGCIGCGGIIAATA 1.000000 12 CTGCCAGCTCAAAAGCIGCGGIIAATG 5.000000 13 CTGCCAGCTCAAGAGCIGCGGIIAATG 2.000000 14 CTGCCAGCTTAAGAGCIGCGGIIAATA 4.000000 15 CTGCCAGCTTAAGAGCIGCGGIIAATG 3.000000 16 CTGCCAGCTTATGAGCIGCGGIIAATA 2.000000 17 CTGCCAGCGTAAGAGCITCGGIIAATA 1.000000 18 CTGCCAGCGTAAGAGCITCGGIIAAGA 2.000000 19 CTACCAGCGCAAGGACITTGGIIAAGA 1.000000 20 CTACCAGCGTAAGGACITTGGDIAAGA 1.000000 21 CTACCAGCGTAAGGACITTGGIIAAGA 7.000000 22 CCGCCGACTCGAAAGTIGCCGDDAGTA 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (1,1) P002: (1,9) P003: (6,13) P004: (15,21) P005: (1,2) P006: (1,1) P007: (1,1) P008: (1,3) P009: (8,9) P010: (1,3) P011: (12,19) P012: (6,7) P013: (1,6) P014: (1,1) P015: (1,1) P016: (1,1) P017: (1,15) P018: (6,14) P019: (1,3) P020: (1,1) P021: (12,15) P022: (1,9) P023: (1,3) P024: (3,9) P025: (1,7) P026: (6,17) P027: (2,9) P028: (1,1) P029: (6,12) P030: (1,2) P031: (1,2) P032: (1,2) P033: (1,1) P034: (9,21) P035: (1,3) P036: (1,1) P037: (9,9) P038: (6,12) P039: (2,3) P040: (1,3) P041: (1,21) P042: (13,18) P043: (1,4) P044: (1,6) P045: (1,6) P046: (1,1) P047: (1,10) P048: (1,1) P049: (9,9) P050: (1,21) P051: (1,1) P052: (1,1) P053: (1,7) P054: (1,1) P055: (1,6) P056: (1,6) P057: (1,21) P058: (1,1) P059: (1,16) P060: (1,1) P061: (6,14) P062: (1,1) P063: (1,1) P064: (6,20) P065: (1,14) P066: (1,9) P067: (1,9) P068: (1,1) P069: (1,9) P070: (1,9) P071: (1,10) P072: (1,3) P073: (6,7) P074: (1,1) P075: (1,10) P076: (1,3) P077: (1,7) P078: (1,9) P079: (9,18) P080: (12,16) P081: (5,6) P082: (1,9) P083: (1,6) P084: (9,9) P085: (1,14) P086: (1,3) P087: (6,11) P088: (1,6) P089: (21,21) P090: (9,22) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P002 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P003 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T G C C A G C T C A A G A G C I G C G G I I A A T G 0 P004 C T G C C A G C T T A A G A G C I G C G G I I A A T G C T A C C A G C G T A A G G A C I T T G G I I A A G A 0 P005 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G T A A G T D G C C A D D G A T A 0 P006 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P007 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P008 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P009 G C G C C G A [C] T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P010 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P011 C T G C C A G C T C A A A A G C I G C G G I I A A T G C T A C C A G C G C A A G G A C I T T G G I I A A G A 0 P012 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A G C G C C G G C T C G T A A G T I G C C G D D A G T A 0 P013 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P014 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P015 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P016 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P017 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T G C C A G C T T A A G A G C I G C G G I I A A T G 0 P018 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T G C C A G C T T A A G A G C I G C G G I I A A T A 0 P019 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P020 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P021 C T G C C A G C T C A A A A G C I G C G G I I A A T G C T G C C A G C T T A A G A G C I G C G G I I A A T G 0 P022 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P023 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P024 G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P025 G T G T G A G G T C G (A) A A G T D G C C A D D G A T A G [C] G C C G G C T C G (T) A A G T I G C C G D D A G T A 0 P026 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T G C C A G C G T A A G A G C I T C G G I I A A T A 0 P027 G T G T G A G G T C G T A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P028 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P029 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T G C C A G C T C A A [A] A G C I G C G G I I A A T G 0 P030 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G T A A G T D G C C A D D G A T A 0 P031 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G T A A G T D G C C A D D G A T A 0 P032 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G T A A G T D G C C A D D G A T A 0 P033 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P034 G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T A C C A G C G T A A G G A C I T T G G I I A A G A 0 P035 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P036 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P037 G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P038 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T G C C A G C T C A A A A G C I G C G G I I A A T G 0 P039 G T G T G A G G T C G T A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P040 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P041 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T A C C A G C G T A A G G A C I T T G G I I A A G A 0 P042 C T G C C A G C T C A A G A G C I G C G G I I A A T G C T G C C A G C G T A A G A G C I T C G G I I A A G A 0 P043 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C C G G C T C G [A] A A G T I G C C G D D A G T A 0 P044 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P045 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P046 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P047 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T G C C A G C T C A A A A G C I G C C G D D A A T A 0 P048 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P049 G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P050 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T A C C A G C G T A A G G A C I T T G G I I A A G A 0 P051 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P052 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P053 G T G T G A G G T C G (A) A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G (T) A A G T I G C C G D D A G T A 0 P054 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P055 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P056 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P057 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T A C C A G C G T A A G G A C I T T G G I I A A G A 0 P058 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P059 G T G T G A G G T C G (A) A A G T D G C C A D D G A T A C T G C C A G C T T A (T) G A G C I G C G G I I A A T A 0 P060 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P061 G C G C C G [G] C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T G C C A G C T T A [A] G A G C I G C G G I I A A T A 0 P062 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P063 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P064 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T A C C A G C G T A A G G A C I T T G G D I A A G A 0 P065 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T [G] C C A G C [T] [T] A A [G] [A] [G] C I [G] [C] G G I I A A [T] [A] 0 P066 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P067 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P068 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P069 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P070 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P071 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T G C C A G C T C A A A A G C I G C C G D D A A T A 0 P072 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P073 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A G [C] G C C G G C T C G T A A G T I G C C G D D A G T A 0 P074 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P075 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T G C C A G C T C A A A A G C I G C C G D D A A T A 0 P076 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P077 G T G T G A G G T C G (A) A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G (T) A A G T I G C C G D D A G T A 0 P078 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P079 G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T G C C A G C G T A A G A G C I T C G G I I A A G A 0 P080 C T G C C A G C T C A A A A G C I G C G G I I A A T (G) C T G C C A G C T [T] A T G A G C I G C G G I I A A T (A) 0 P081 G C G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P082 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P083 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P084 G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P085 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A C T G C C A G C T T A A G A G C I G C G G I I A A T A 0 P086 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G T G C G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A 0 P087 G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C T G C C A G C T C A A A A G C I G C G G I I A A T A 0 P088 G T G T G A G G T C G A A A G T D G C C A D D G A T A G C G C C G G C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A 0 P089 C T A C C A G C G T A A G G A C I T T G G I I A A G A C T A C C A G C G T A A G G A C I T T G G I I A A G A 0 P090 G C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A C C G C C G A C T C G A A A G T I G C C G D D A G T A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 P002 = T = T G A G G = = = = = = = = ? = = = A = = G A = = = C = C C G A C = = = = = = = = ? = = = G = = A G = = 0 P003 G C = = = G = = = = G ? A = = T = = = C = D D ? G = A C T = = = A = = = = A ? G = = C = = = G = I I ? A = G 0 P004 = = G = = = = = T = = ? = A G = = G C = = = = = = T G = = A = = = = = G = = ? = G A = = T T = = = = = = G A 0 P005 = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = 0 P006 = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P008 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P009 = ? = = = = = ? ? = = ? ? ? ? ? D ? ? ? ? ? = G A = = = ? = = = = = ? ? = = ? ? ? ? ? I ? ? ? ? ? = A G = = 0 P010 = = = T = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 P011 = = G = = = = = T = = = A A G = = ? C = = = = = = T G = = A = = = = = G = = = G G A = = ? T = = = = = = G A 0 P012 = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = 0 P013 = T = T G A = G = = = = = = = = D = = = A = = ? A = = = C = C C G = C = = = = = = = = I = = = G = = ? G = = 0 P014 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P015 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = 0 P016 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P017 G = = T G = = ? ? C G = A = = ? D = = C A D D ? = = A C = = C C = = ? ? T A = G = = ? I = = G G I I ? = = G 0 P018 G C = = = G = ? ? C G = A = = ? = = = C = D D ? G = = C T = = = A = ? ? T A = G = = ? = = = G = I I ? A = = 0 P019 = = ? T = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? C = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P020 = ? = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = ? = ? = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = ? 0 P021 = = = = = = = = = C = = A = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = T = = G = = = = = = = = = = = ? = = 0 P022 = T = T G A G G = = = = = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G A C = = = = = = = = I = = = G = = A G = = 0 P023 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P024 ? T = = G A G G = = = = = = = ? ? = = = A = = G A = = ? C = = C G A C = = = = = = = ? ? = = = G = = A G = = 0 P025 = ? = T G A = G ? = = (A) = = = = D = = = A = = G A = = = ? = C C G = C ? = = (T) = = = = I = = = G = = A G = = 0 P026 G C = = = G = = T C G = A = = T ? G = C = D D ? G = = C T = = = A = = G T A = G = = C ? T = G = I I ? A = = 0 P027 = T = T G A G G = = = T = = = = D = = = A ? = G A = = = C = C C G A C = = = A = = = = I = = = G ? = A G = = 0 P028 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P029 G ? ? = = G = = = = G ? ? = = T = = = C = D ? ? G = A C ? ? = = A = = = = A ? ? = = C = = = G = I ? ? A = G 0 P030 = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = ? = = 0 P031 = = = = = = = ? ? = = A = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = T = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 P032 = = = = = = = ? ? = = A = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = T = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 P033 = = = = = = = ? ? = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = 0 P034 G C G = = G A = T C G = A A G T ? G C C = D D ? G T = C T A = = A G = G T A = G G A C ? T T G = I I ? A G = 0 P035 = = = T = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = C = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 P038 G ? = = = G = = = = G = = = = T = = = C = D D ? G = A C ? = = = A = = = = A = = = = C = = = G = I I ? A = G 0 P039 = = = T = = = = = = = T = = = = ? = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = 0 P040 = = = T = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = 0 P041 G ? G T G = = ? ? C G ? A A G ? ? G C C A D D ? ? T ? C ? A C C = = ? ? T A ? G G A ? ? T T G G I I ? ? G ? 0 P042 = = = = = = = = T C = = = = = = ? G = = = = = = = T G = = = = = = = = G T = = = = = = ? T = = = = = = = G A 0 P043 = = = T G A = ? ? = = ? = = = = D = = = A = = G A = = = = = C C G = ? ? = = ? = = = = I = = = G = = A G = = 0 P044 = T = T G A = G = = = = = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G = C = = = = = = = = I = = = G = = A G = = 0 P045 = T = T G A = G = = = ? = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G = C = = = ? = = = = I = = = G = = A G = = 0 P046 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P047 G = = T G = = G = = G = = = = ? ? = = = A = = G = = = C = = C C = = C = = A = = = = ? ? = = = G = = A = = = 0 P048 = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = 0 P049 = ? = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = 0 P050 ? ? G T G = = ? ? C G = A A G ? ? G C C A D D ? = T = ? ? A C C = = ? ? T A = G G A ? ? T T G G I I ? = G = 0 P051 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P052 = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = 0 P053 = T = T G A = G = = = (A) = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G = C = = = (T) = = = = I = = = G = = A G = = 0 P054 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P055 = T = T G A = G = = = ? = = = ? ? = = = A = = G A = = = C = C C G = C = = = ? = = = ? ? = = = G = = A G = = 0 P056 = T = T G A = ? ? ? = = = = = ? ? = = = A = = G A = ? = C = C C G = ? ? ? = = = = = ? ? = = = G = = A G = ? 0 P057 G ? G T G = = ? ? C G ? A A G ? ? G C C A D D ? = T = C ? A C C = = ? ? T A ? G G A ? ? T T G G I I ? = G = 0 P058 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = 0 P059 G = = T G = = ? ? C G (A) A = = T D = = C A D D ? = = = C = = C C = = ? ? T A (T) G = = C I = = G G I I ? = = = 0 P060 = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = ? = = = ? ? = = = 0 P061 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? A = = T = = = C = D ? ? G = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? G = = C = = = G = I ? ? A = = 0 P062 = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P063 = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = 0 P064 G C G = = G = = T C G ? A A G ? ? G C C = = D ? G T = C T A = = A = = G T A ? G G A ? ? T T G = = I ? A G = 0 P065 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? C A D ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? G G I ? ? ? ? ? 0 P066 = T = T G A G G = = = = = = = ? ? = = = A = = G A = = = C = C C G A C = = = = = = = ? ? = = = G = = A G = = 0 P067 = T = T G A G G = = = = = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G A C = = = = = = = = I = = = G = = A G = = 0 P068 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P069 = T = T G A G G = = = = = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G A C = = = = = = = = I = = = G = = A G = = 0 P070 = T = T G A G G = = = = = = = ? D = = = A = = G A = = = C = C C G A C = = = = = = = ? I = = = G = = A G = = 0 P071 G = = T G = = G = = G = = = = T ? = = = A ? = G = = = C = = C C = = C = = A = = = = C ? = = = G ? = A = = = 0 P072 = = = T = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = C = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 0 P073 = ? = = = = = = = = = A = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = T = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P074 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 P075 G = = T G = = G = = G = = = = T ? ? = = A ? = G = = = C = = C C = = C = = A = = = = C ? ? = = G ? = A = = = 0 P076 = = = T = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P077 = T = T G A = G = = = (A) = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G = C = = = (T) = = = = I = = = G = = A G = = 0 P078 = T = T G A G G = = = = = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G A C = = = = = = = = I = = = G = = A G = = 0 P079 G C = = = G A = T C G = A = = T = G = C = D D ? G T = C T = = = A G = G T A = G = = C = T = G = I I ? A G = 0 P080 = = = = = = = = = ? = A A = = = = = = = = = = = = = (G) = = = = = = = = = ? = T G = = = = = = = = = = = = = (A) 0 P081 = = = T G A = G = = = = = = = = ? = = ? ? ? = G A = = = = = C C G = C = = = = = = = = ? = = ? ? ? = A G = = 0 P082 = T = T G A G G = = = = = = = ? D = = = A = = G A = = = C = C C G A C = = = = = = = ? I = = = G = = A G = = 0 P083 = T = T G A = G = = = = = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G = C = = = = = = = = I = = = G = = A G = = 0 P084 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P085 G = = T G = = G = C G = A = = T D = = C A D D ? = = = C = = C C = = C = T A = G = = C I = = G G I I ? = = = 0 P086 = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P087 G C = = = G = = = = G = = = = ? = = = C = D D ? G = = C T = = = A = = = = A = = = = ? = = = G = I I ? A = = 0 P088 = T = T G A = G = = = = = = = = D = = = A = = G A = = = C = C C G = C = = = = = = = = I = = = G = = A G = = 0 P089 = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P090 G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = ? ? ? ? ? 1.00 ? ? ? ? ? = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = = ? 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 0.72 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 0.98 = = = = 1.00 = = = 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = ? = = = ? ? = = = = = = = ? = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 ? = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = 0.97 = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = ? ? = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 ? = = = = = = = = 1.00 0.98 = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = ? ? = = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? ? = = = = = ? ? = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = ? ? 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 0.70 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? = = = = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = ? ? 1.00 1.00 0.61 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = ? = = ? = = = ? ? = = = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? ? = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? = = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = ? = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 ? ? = = 1.00 ? = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 0.70 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = ? = 0.97 0.97 = = = = = = = = = = = = = 0.79 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = ? = = ? ? ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = ? = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS