Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Total-hz 000557 C 0.01 T 0.99 0.02 000852 A 0.01 G 0.99 0.01 001085 G 0.01 C 0.99 0.02 001096 T 0.01 C 0.99 0.02 001327 T 0.04 C 0.96 0.08 001383 T 0.01 A 0.99 0.02 001559 G 0.02 A 0.98 0.04 001609 T 0.02 C 0.98 0.04 001750 A 0.01 G 0.99 0.02 001776 C 0.17 G 0.83 0.29 001868 T 0.01 C 0.99 0.01 001876 G 0.02 C 0.98 0.03 001910 C 0.01 T 0.99 0.01 001921 T 0.01 C 0.99 0.01 001945 G 0.01 A 0.99 0.01 002076 C 0.01 T 0.99 0.01 002465 T 0.01 G 0.99 0.01 002549 A 0.02 G 0.98 0.04 002794 G 0.01 C 0.99 0.01 003421 A 0.01 G 0.99 0.02 003640 T 0.01 A 0.99 0.01 003641 G 0.02 A 0.98 0.03 004467 A 0.02 T 0.98 0.04 004551 A 0.02 G 0.98 0.04 004706 A 0.01 G 0.99 0.03 004737 C 0.24 T 0.76 0.36 005289 C 0.02 T 0.98 0.04 005702 G 0.02 A 0.98 0.04 006080 A 0.05 G 0.95 0.10 006093 A 0.01 G 0.99 0.01 006199 A 0.02 G 0.98 0.04 006238 C 0.02 G 0.98 0.04 006430 C 0.01 T 0.99 0.02 006445 G 0.02 T 0.98 0.05 007317 T 0.01 C 0.99 0.02 007353 T 0.01 C 0.99 0.01 007544 C 0.49 T 0.51 0.50 007548 A 0.02 G 0.98 0.04 007597 C 0.43 G 0.57 0.49 007743 T 0.02 G 0.98 0.04 007830 G 0.03 A 0.97 0.06 008023 G 0.02 A 0.98 0.03 008127 T 0.01 C 0.99 0.01 008132 C 0.01 T 0.99 0.01 008515 A 0.04 G 0.96 0.08 008632 C 0.02 A 0.98 0.04 008737 G 0.02 A 0.98 0.03 008746 G 0.02 A 0.98 0.04 008756 T 0.02 C 0.98 0.04 008828 C 0.01 T 0.99 0.01 009010 G 0.03 A 0.97 0.05 009595 A 0.02 G 0.98 0.05 010263 T 0.01 C 0.99 0.01 010317 T 0.01 A 0.99 0.01 010439 G 0.26 A 0.74 0.38 010473 A 0.12 G 0.88 0.22 010513 A 0.01 G 0.99 0.02 010552 G 0.01 A 0.99 0.02 010554 A 0.02 G 0.98 0.03 010588 T 0.01 C 0.99 0.01 010676 + 0.01 - 0.99 0.02 011209 C 0.44 G 0.56 0.49 011223 T 0.01 C 0.99 0.01 011239 G 0.03 A 0.97 0.05 011240 G 0.06 T 0.94 0.12 013022 T 0.01 C 0.99 0.02 013064 T 0.01 C 0.99 0.01 013065 * 013814 C 0.01 T 0.99 0.02 013876 G 0.01 A 0.99 0.01 014248 T 0.10 C 0.90 0.18 014759 A 0.01 G 0.99 0.01 014968 C 0.01 T 0.99 0.03 015257 A 0.01 G 0.99 0.01 015337 A 0.16 G 0.84 0.27 015396 G 0.02 A 0.98 0.03 015532 G 0.01 A 0.99 0.02 015548 C 0.02 T 0.98 0.03 015560 G 0.01 A 0.99 0.02 015948 A 0.01 G 0.99 0.02 015958 T 0.01 C 0.99 0.01 015967 G 0.02 A 0.98 0.04 016071 T 0.10 A 0.90 0.17 016878 A 0.01 G 0.99 0.01 017475 G 0.01 A 0.99 0.01 017520 C 0.01 A 0.99 0.02 017662 T 0.01 C 0.99 0.01 017774 C 0.03 T 0.97 0.06 017779 C 0.01 T 0.99 0.01 017969 T 0.01 C 0.99 0.01 018125 C 0.02 T 0.98 0.03 018257 A 0.02 G 0.98 0.03 018272 C 0.01 T 0.99 0.02 018401 T 0.01 C 0.99 0.01 018599 C 0.01 G 0.99 0.02 018694 G 0.01 A 0.99 0.02 018711 A 0.01 G 0.99 0.02 019287 A 0.02 G 0.98 0.05 019299 T 0.02 C 0.98 0.03 019305 C 0.01 T 0.99 0.01 019329 G 0.01 C 0.99 0.02 019344 A 0.02 G 0.98 0.03 019546 G 0.01 T 0.99 0.01 019597 G 0.01 A 0.99 0.02 019725 T 0.01 G 0.99 0.01 019879 C 0.03 T 0.97 0.06 020012 G 0.13 A 0.87 0.22 020160 G 0.05 A 0.95 0.10 020671 G 0.02 A 0.98 0.05 020750 A 0.01 G 0.99 0.02 020938 C 0.01 A 0.99 0.02 020992 A 0.05 G 0.95 0.10 021027 T 0.01 C 0.99 0.01 021108 G 0.04 T 0.96 0.08 021140 A 0.01 G 0.99 0.02 021652 G 0.01 A 0.99 0.01 021735 T 0.01 C 0.99 0.02 021864 T 0.01 G 0.99 0.03 021922 C 0.19 T 0.81 0.31 022575 + 0.44 - 0.56 0.49 023396 C 0.02 A 0.98 0.03 023653 A 0.01 C 0.99 0.01 023826 A 0.01 G 0.99 0.01 023879 A 0.01 G 0.99 0.01 023936 C 0.01 T 0.99 0.01 024230 G 0.02 A 0.98 0.04 024551 C 0.01 T 0.99 0.03 024692 C 0.01 G 0.99 0.02 025107 T 0.05 C 0.95 0.09 025126 C 0.01 T 0.99 0.01 025153 G 0.01 A 0.99 0.02 025295 T 0.07 G 0.93 0.12 027099 T 0.05 C 0.95 0.10 029152 G 0.17 C 0.83 0.28 029319 A 0.02 G 0.98 0.03 029364 A 0.01 G 0.99 0.02 029490 G 0.43 A 0.57 0.49 029541 + 0.17 - 0.83 0.28 029910 G 0.02 A 0.98 0.03 030131 + 0.15 - 0.85 0.26 030256 A 0.36 G 0.64 0.46 030459 A 0.02 G 0.98 0.04 030876 + 0.02 - 0.98 0.03 031212 A 0.01 G 0.99 0.02 031233 G 0.01 A 0.99 0.01 031253 G 0.26 A 0.74 0.39 031541 G 0.01 A 0.99 0.01 033932 C 0.01 T 0.99 0.01 034028 C 0.02 T 0.98 0.04 034107 A 0.04 T 0.96 0.08 034136 T 0.01 C 0.99 0.01 034232 - 0.02 + 0.98 0.04 034348 A 0.04 G 0.96 0.08 034413 G 0.04 A 0.96 0.08 034706 G 0.06 T 0.94 0.12 034769 A 0.01 G 0.99 0.01 034772 A 0.01 G 0.99 0.01 034794 + 0.01 - 0.99 0.01 034828 C 0.01 T 0.99 0.02 034866 G 0.02 A 0.98 0.05 034972 C 0.01 T 0.99 0.02 035105 G 0.01 A 0.99 0.02 035160 G 0.01 C 0.99 0.02 035315 C 0.01 G 0.99 0.01 035453 A 0.01 C 0.99 0.01 035584 T 0.01 C 0.99 0.02 035753 G 0.06 A 0.94 0.11 035794 C 0.01 A 0.99 0.02 035800 A 0.01 G 0.99 0.01 035963 A 0.01 G 0.99 0.01 036326 T 0.01 C 0.99 0.02 036353 G 0.01 C 0.99 0.01 036414 A 0.01 T 0.99 0.01 036518 G 0.01 A 0.99 0.01 036684 T 0.01 C 0.99 0.02 036786 C 0.04 T 0.96 0.08 036802 T 0.01 C 0.99 0.01 Note: Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 010676: T 022575: T 029541: AAGGA 030131: GT 030876: A 034232: gaaaa 034794: TG Tri-allelic sites: Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 013065 T 0.01 G 0.01 C 0.99