Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000214 AA 1 1 1 1 4 AG 0 0 0 1 1 GG 24 19 17 19 79 25.000 20.000 18.000 8.629 65.434 000874 CC 1 6 5 16 28 CT 5 2 1 0 8 TT 17 12 10 4 43 0.571 12.175 11.874 20.000 49.291 001306 CC 1 0 0 0 1 CT 7 1 0 0 8 TT 17 20 17 21 75 0.066 0.012 0.000 0.000 1.874 001403 CC 24 20 17 18 79 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 001404 CC 1 0 0 4 5 CG 5 5 6 8 24 GG 18 15 11 6 50 0.644 0.408 0.781 0.180 0.799 001614 AA 18 16 12 6 52 AG 4 5 6 9 24 GG 1 0 0 4 5 1.252 0.383 0.720 0.034 0.921 001682 AA 19 14 7 8 48 AG 2 3 9 10 24 GG 0 4 3 2 9 0.053 8.348 0.001 0.196 4.232 002250 CC 22 22 22 24 90 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.181 0.000 0.000 0.000 0.044 002278 AA 19 22 22 24 87 AG 5 0 0 0 5 GG 1 0 0 0 1 0.718 0.000 0.000 0.000 6.180 002403 GG 22 15 9 11 57 GT 4 3 10 10 27 TT 0 4 3 3 10 0.181 8.909 0.007 0.094 5.149 002408 CC 1 0 0 0 1 CG 8 1 0 0 9 GG 17 21 22 24 84 0.002 0.012 0.000 0.000 1.612 002444 AA 26 22 20 22 90 AG 0 0 2 2 4 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.050 0.045 0.044 002531 -- 1 4 5 11 21 +- 7 7 7 3 24 ++ 14 8 3 3 28 0.011 0.996 0.037 5.080 8.259 003329 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 25 16 18 18 77 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 003595 AA 0 0 0 0 0 AG 1 1 0 0 2 GG 24 15 15 15 69 0.010 0.017 0.000 0.000 0.014 004017 CC 26 18 19 24 87 CT 0 1 0 0 1 TT 1 0 0 0 1 27.000 0.014 0.000 0.000 38.880 004110 CC 22 22 22 24 90 CT 5 0 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.281 0.000 0.000 0.000 0.069 004299 AA 3 7 1 2 13 AG 8 10 15 11 44 GG 16 5 6 11 38 1.411 0.153 4.219 0.107 0.002 004304 AA 23 15 9 11 58 AG 4 3 10 10 27 GG 0 4 3 3 10 0.173 8.909 0.007 0.094 5.323 004352 AA 0 0 0 0 0 AG 0 2 0 0 2 GG 27 20 22 24 93 0.000 0.050 0.000 0.000 0.011 004356 CC 20 12 8 18 58 CT 6 9 12 3 30 TT 1 1 2 3 7 0.386 0.182 0.702 8.347 1.207 004759 CC 25 17 16 15 73 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.014 004896 AA 21 15 11 23 70 AG 6 0 0 0 6 GG 0 0 0 0 0 0.422 0.000 0.000 0.000 0.128 005001 CC 26 16 11 23 76 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 008189 CC 26 21 21 24 92 CT 0 1 1 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 008350 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 008403 CC 12 8 4 1 25 CT 12 8 13 7 40 TT 3 6 5 16 30 0.000 1.564 0.747 0.044 2.299 008486 CC 3 6 5 17 31 CT 15 8 13 6 42 TT 9 8 4 1 22 0.770 1.564 0.747 0.240 1.104 008506 AA 24 22 22 24 92 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 008639 CC 14 15 9 7 45 CT 12 3 11 12 38 TT 1 4 2 5 12 0.667 8.909 0.279 0.001 0.773 008702 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 27 21 22 24 94 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 008772 CC 3 6 5 16 30 CG 12 8 13 7 40 GG 12 7 4 1 24 0.000 1.173 0.747 0.044 1.989 008830 AA 3 6 5 16 30 AC 10 8 13 7 38 CC 14 8 4 1 27 0.338 1.564 0.747 0.044 3.770 008912 AA 0 0 0 0 0 AT 3 0 0 0 3 TT 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 008937 CC 13 8 4 1 26 CT 11 7 13 5 36 TT 3 6 5 16 30 0.084 2.249 0.747 0.499 4.289 009700 AA 0 0 0 0 0 AC 0 2 0 0 2 CC 26 19 22 21 88 0.000 0.053 0.000 0.000 0.011 009890 AA 25 20 20 20 85 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.012 010050 CC 15 8 4 1 28 CT 10 8 13 7 38 TT 2 6 5 16 29 0.034 1.564 0.747 0.044 3.797 010051 AA 4 6 5 16 31 AG 8 8 13 7 36 GG 15 8 4 1 28 2.262 1.564 0.747 0.044 5.534 010056 CC 25 15 15 10 65 CT 2 6 7 11 26 TT 0 1 0 3 4 0.040 0.153 0.787 0.000 0.447 010157 AA 24 22 22 24 92 AG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 010248 CC 25 14 14 10 63 CT 2 7 8 11 28 TT 0 1 0 3 4 0.040 0.011 1.086 0.000 0.155 010331 AA 27 21 22 24 94 AC 0 1 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 010486 CC 13 6 6 14 39 CT 4 7 12 4 27 TT 2 1 2 0 5 2.554 0.299 1.250 0.281 0.012 010511 CC 9 5 10 3 27 CT 1 2 5 6 14 TT 1 0 0 3 4 4.147 0.194 0.600 0.000 1.120 010750 CC 0 0 0 0 0 CT 3 0 0 0 3 TT 12 10 14 20 56 0.185 0.000 0.000 0.000 0.040 010952 AA 0 0 0 0 0 AT 1 0 0 0 1 TT 24 21 19 23 87 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010990 CC 0 0 0 0 0 CG 4 0 1 0 5 GG 21 21 18 22 82 0.189 0.000 0.014 0.000 0.076 011341 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 20 20 24 90 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 011368 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 25 20 20 24 89 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 011437 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 0 0 1 TT 26 22 20 24 92 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 011447 AA 25 22 20 24 91 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 011745 AA 19 12 6 14 51 AG 4 9 12 9 34 GG 3 1 3 0 7 6.624 0.182 0.583 1.361 0.160 011871 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 25 22 21 20 88 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 012014 AA 1 12 6 15 34 AG 15 9 12 8 44 GG 10 1 4 1 16 2.514 0.182 0.220 0.003 0.075 012029 CC 25 22 22 24 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 012101 AA 0 0 0 0 0 AG 1 1 1 0 3 GG 25 21 21 24 91 0.010 0.012 0.012 0.000 0.025 012158 CC 3 1 4 1 9 CT 13 9 12 8 42 TT 10 12 6 14 42 0.159 0.182 0.220 0.011 0.103 012603 -- 3 10 6 12 31 +- 15 7 10 6 38 ++ 8 1 3 1 13 1.021 0.025 0.120 0.048 0.057 012657 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 21 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 012664 CC 9 12 6 15 42 CT 15 9 11 8 43 TT 3 1 4 1 9 0.770 0.182 0.069 0.003 0.178 015779 CC 0 4 7 0 11 CT 2 9 7 9 27 TT 17 6 3 11 37 0.059 0.034 0.279 1.686 2.475 016695 AA 24 19 18 20 81 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 016768 AA 2 0 0 0 2 AG 11 3 1 8 23 GG 12 16 16 12 56 0.057 0.140 0.016 1.250 0.040 016912 AA 10 5 8 5 28 AG 14 12 6 12 44 GG 1 2 3 2 8 2.056 1.659 0.878 1.659 2.404 017053 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 25 18 16 18 77 0.000 0.014 0.000 0.000 0.003 018382 AA 2 0 0 0 2 AT 8 3 1 10 22 TT 10 17 21 13 61 0.045 0.131 0.012 1.775 0.000 018460 CC 1 0 0 0 1 CG 7 2 1 10 20 GG 12 17 20 13 62 0.000 0.059 0.012 1.775 0.191 018674 AA 12 19 20 9 60 AC 10 3 1 7 21 CC 2 0 0 0 2 0.002 0.118 0.012 1.254 0.010 018734 -- 0 0 1 1 2 +- 0 0 1 7 8 ++ 24 22 20 13 79 0.000 0.000 9.075 0.002 7.236 020003 CC 23 22 21 24 90 CT 4 0 0 0 4 TT 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 020877 AA 3 0 0 0 3 AT 10 2 1 8 21 TT 11 11 15 14 51 0.094 0.090 0.017 1.086 0.199 020891 AA 0 0 0 1 1 AT 6 0 0 3 9 TT 20 13 16 18 67 0.442 0.000 0.000 2.296 1.088 021054 AA 2 3 5 2 12 AG 7 9 8 11 35 GG 17 4 4 9 34 0.968 0.268 0.052 0.279 0.363 021343 CC 23 21 22 24 90 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 021418 AA 11 18 21 15 65 AG 10 3 1 9 23 GG 2 0 0 0 2 0.017 0.124 0.012 1.278 0.000 021682 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 20 21 21 21 83 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 022422 CC 22 15 15 20 72 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.017 0.000 0.000 0.003 022530 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 20 16 17 21 74 0.050 0.000 0.000 0.000 0.014 022541 CC 1 0 0 0 1 CG 6 3 1 6 16 GG 16 13 16 14 59 0.195 0.171 0.016 0.623 0.005 022792 AA 12 19 21 14 66 AG 12 3 1 9 25 GG 3 0 0 0 3 0.000 0.118 0.012 1.361 0.111 022899 GG 25 22 22 23 92 GT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 023074 CC 22 22 22 24 90 CT 5 0 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.281 0.000 0.000 0.000 0.069 023488 AA 25 22 22 24 93 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 023530 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 27 19 22 24 92 0.000 0.013 0.000 0.000 0.003 023650 -- 26 19 21 23 89 +- 1 0 0 0 1 ++ 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 023757 -- 0 0 0 0 0 +- 0 0 0 1 1 ++ 26 19 21 22 88 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 024181 AA 1 0 0 0 1 AG 12 3 1 9 25 GG 14 19 21 15 69 0.667 0.118 0.012 1.278 0.597 024196 CC 25 22 22 24 93 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 024197 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 024619 CC 1 0 0 0 1 CT 11 3 1 9 24 TT 12 19 20 14 65 0.618 0.118 0.012 1.361 0.561 025648 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 22 21 19 89 0.000 0.000 0.000 0.013 0.003 025718 AA 23 8 5 13 49 AT 4 11 8 8 31 TT 0 3 8 1 12 0.173 0.065 1.037 0.027 3.536 025926 GG 1 2 0 0 3 GT 10 13 10 3 36 TT 16 7 12 20 55 0.138 1.333 1.903 0.112 1.011 026165 CC 27 22 22 21 92 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 026242 AA 2 3 8 2 15 AG 7 14 10 11 42 GG 18 5 4 9 36 1.089 1.766 0.079 0.279 0.216 026325 AA 1 0 0 0 1 AT 5 1 0 4 10 TT 14 19 21 15 69 0.360 0.013 0.000 0.263 0.786 026505 -- 27 21 22 21 91 +- 0 0 0 2 2 ++ 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.048 0.011 026511 CC 14 19 21 14 68 CG 12 3 1 9 25 GG 1 0 0 0 1 0.667 0.118 0.012 1.361 0.620 026687 CC 25 22 22 20 89 CT 2 0 0 1 3 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.012 0.025 026756 CC 27 22 22 22 93 CT 0 0 0 2 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.045 0.011 026940 AA 25 22 21 22 90 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 027056 CC 13 18 19 13 63 CT 12 3 1 8 24 TT 1 0 0 0 1 0.778 0.124 0.013 1.163 0.607 027196 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 027334 CC 25 21 22 24 92 CT 2 1 0 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.040 0.012 0.000 0.000 0.024 027347 AA 26 22 22 24 94 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 027373 CC 26 22 22 23 93 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 027522 CC 11 3 1 0 15 CT 13 14 9 13 49 TT 3 5 12 10 30 0.084 1.766 0.182 3.569 0.458 027559 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 23 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 027711 CC 27 21 21 23 92 CT 0 1 1 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.012 0.000 0.011 027849 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 1 0 1 TT 26 22 21 23 92 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 027886 AA 0 0 0 0 0 AG 4 0 0 0 4 GG 21 22 22 23 88 0.189 0.000 0.000 0.000 0.045 027943 AA 3 5 12 10 30 AC 12 14 9 13 48 CC 10 3 1 0 14 0.043 1.766 0.182 3.569 0.532 028052 CC 21 22 22 23 88 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 028519 CC 0 0 0 0 0 CT 5 0 0 0 5 TT 21 22 22 21 86 0.294 0.000 0.000 0.000 0.073 028538 GG 21 22 22 22 87 GT 5 0 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.294 0.000 0.000 0.000 0.072 028547 CC 25 22 22 21 90 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 028550 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 25 22 22 22 91 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 028632 CC 14 22 22 18 76 CT 11 0 0 2 13 TT 1 0 0 0 1 0.427 0.000 0.000 0.055 0.268 029073 CC 25 22 21 23 91 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 029206 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 21 23 92 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 029588 CC 15 7 12 22 56 CT 10 13 10 2 35 TT 2 2 0 0 4 0.034 1.333 1.903 0.045 0.257 029896 AA 19 18 21 18 76 AG 8 3 1 6 18 GG 0 0 0 0 0 0.817 0.124 0.012 0.490 1.054 031234 AA 26 22 22 24 94 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 031300 CC 16 6 12 22 56 CT 11 14 10 2 37 TT 0 2 0 0 2 1.767 2.200 1.903 0.045 2.159 031324 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 031350 -- 0 0 0 0 0 +- 2 0 0 0 2 ++ 24 22 20 22 88 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 031361 AA 5 3 1 0 9 AG 16 14 9 8 47 GG 5 5 12 16 38 1.385 1.766 0.182 0.960 1.040 031408 -- 0 0 0 0 0 +- 0 0 0 1 1 ++ 24 22 22 21 89 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 031439 CC 5 15 14 6 40 CT 13 7 8 11 39 TT 9 0 0 7 16 0.006 0.787 1.086 0.160 1.437 031711 CC 24 21 20 20 85 CT 0 0 0 2 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.050 0.012 031794 AA 1 0 0 0 1 AT 6 3 1 5 15 TT 17 19 21 18 75 0.240 0.118 0.012 0.342 0.065 031972 CC 2 2 0 0 4 CT 9 13 10 2 34 TT 15 6 12 22 55 0.154 1.702 1.903 0.045 0.194 032005 AA 0 0 0 0 0 AT 3 0 0 0 3 TT 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 032130 AA 12 15 14 6 47 AG 13 7 8 14 42 GG 2 0 0 4 6 0.364 0.787 1.086 0.734 0.712 032138 AA 12 15 14 6 47 AG 13 7 8 14 42 GG 2 0 0 4 6 0.364 0.787 1.086 0.734 0.712 032220 -- 21 21 21 18 81 +- 3 0 0 0 3 ++ 0 0 0 0 0 0.107 0.000 0.000 0.000 0.028 032245 AA 3 4 8 5 20 AG 12 11 10 11 44 GG 12 7 4 7 30 0.000 0.008 0.079 0.030 0.265 032630 GG 21 20 14 20 75 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 032658 CC 22 20 13 20 75 CG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.019 0.000 0.003 032740 CC 8 13 9 5 35 CT 10 7 5 13 35 TT 1 0 0 2 3 0.903 0.900 0.662 2.177 2.553 032864 CC 1 0 0 2 3 CT 12 6 4 13 35 TT 8 13 9 5 35 1.714 0.668 0.430 2.177 2.553 033139 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 2 2 GG 22 20 14 17 73 0.000 0.000 0.000 0.059 0.014 033181 CC 20 20 14 19 73 CT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.050 0.000 0.000 0.000 0.014 033337 AA 2 0 0 0 2 AG 6 4 4 11 25 GG 12 16 10 6 44 0.800 0.247 0.389 3.888 0.493 033432 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 1 2 TT 19 19 14 18 70 0.000 0.013 0.000 0.014 0.014 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002531: G 012603: G 018734: ccaggctg 023650: G 023757: aga 026505: C 031350: ggga 031408: t 032220: An