Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000214 A 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05 G 0.96 0.95 0.94 0.93 0.95 0.08 0.10 0.10 0.13 0.10 000874 C 0.15 0.35 0.34 0.80 0.41 T 0.85 0.65 0.66 0.20 0.59 0.26 0.45 0.45 0.32 0.48 001306 C 0.18 0.02 0.00 0.00 0.06 T 0.82 0.98 1.00 1.00 0.94 0.30 0.05 0.00 0.00 0.11 001403 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 001404 C 0.15 0.12 0.18 0.44 0.22 G 0.85 0.88 0.82 0.56 0.78 0.25 0.22 0.29 0.49 0.34 001614 G 0.13 0.12 0.17 0.45 0.21 A 0.87 0.88 0.83 0.55 0.79 0.23 0.21 0.28 0.49 0.33 001682 G 0.05 0.26 0.39 0.35 0.26 A 0.95 0.74 0.61 0.65 0.74 0.09 0.39 0.48 0.45 0.38 002250 T 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 002278 G 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 A 0.86 1.00 1.00 1.00 0.96 0.24 0.00 0.00 0.00 0.07 002403 T 0.08 0.25 0.36 0.33 0.25 G 0.92 0.75 0.64 0.67 0.75 0.14 0.38 0.46 0.44 0.38 002408 C 0.19 0.02 0.00 0.00 0.06 G 0.81 0.98 1.00 1.00 0.94 0.31 0.04 0.00 0.00 0.11 002444 G 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 A 1.00 1.00 0.95 0.96 0.98 0.00 0.00 0.09 0.08 0.04 002531 - 0.20 0.39 0.57 0.74 0.45 + 0.80 0.61 0.43 0.26 0.55 0.33 0.48 0.49 0.39 0.50 003329 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003595 A 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 G 0.98 0.97 1.00 1.00 0.99 0.04 0.06 0.00 0.00 0.03 004017 T 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 C 0.96 0.97 1.00 1.00 0.98 0.07 0.05 0.00 0.00 0.03 004110 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 004299 A 0.26 0.55 0.39 0.31 0.37 G 0.74 0.45 0.61 0.69 0.63 0.38 0.50 0.47 0.43 0.47 004304 G 0.07 0.25 0.36 0.33 0.25 A 0.93 0.75 0.64 0.67 0.75 0.14 0.38 0.46 0.44 0.37 004352 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 004356 T 0.15 0.25 0.36 0.19 0.23 C 0.85 0.75 0.64 0.81 0.77 0.25 0.38 0.46 0.30 0.36 004759 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.03 004896 G 0.11 0.00 0.00 0.00 0.04 A 0.89 1.00 1.00 1.00 0.96 0.20 0.00 0.00 0.00 0.08 005001 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 008189 T 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 C 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 008350 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 008403 C 0.67 0.55 0.48 0.19 0.47 T 0.33 0.45 0.52 0.81 0.53 0.44 0.50 0.50 0.30 0.50 008486 T 0.61 0.55 0.48 0.17 0.45 C 0.39 0.45 0.52 0.83 0.55 0.48 0.50 0.50 0.28 0.50 008506 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 008639 T 0.26 0.25 0.34 0.46 0.33 C 0.74 0.75 0.66 0.54 0.67 0.38 0.38 0.45 0.50 0.44 008702 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 008772 G 0.67 0.52 0.48 0.19 0.47 C 0.33 0.48 0.52 0.81 0.53 0.44 0.50 0.50 0.30 0.50 008830 C 0.70 0.55 0.48 0.19 0.48 A 0.30 0.45 0.52 0.81 0.52 0.42 0.50 0.50 0.30 0.50 008912 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 008937 C 0.69 0.55 0.48 0.16 0.48 T 0.31 0.45 0.52 0.84 0.52 0.43 0.50 0.50 0.27 0.50 009700 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 009890 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 010050 C 0.74 0.55 0.48 0.19 0.49 T 0.26 0.45 0.52 0.81 0.51 0.38 0.50 0.50 0.30 0.50 010051 G 0.70 0.55 0.48 0.19 0.48 A 0.30 0.45 0.52 0.81 0.52 0.42 0.50 0.50 0.30 0.50 010056 T 0.04 0.18 0.16 0.35 0.18 C 0.96 0.82 0.84 0.65 0.82 0.07 0.30 0.27 0.46 0.29 010157 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 010248 T 0.04 0.20 0.18 0.35 0.19 C 0.96 0.80 0.82 0.65 0.81 0.07 0.33 0.30 0.46 0.31 010331 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 010486 T 0.21 0.32 0.40 0.11 0.26 C 0.79 0.68 0.60 0.89 0.74 0.33 0.44 0.48 0.20 0.39 010511 T 0.14 0.14 0.17 0.50 0.24 C 0.86 0.86 0.83 0.50 0.76 0.24 0.24 0.28 0.50 0.37 010750 C 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.18 0.00 0.00 0.00 0.05 010952 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010990 C 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 G 0.92 1.00 0.97 1.00 0.97 0.15 0.00 0.05 0.00 0.06 011341 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011368 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 011437 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011447 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 011745 G 0.19 0.25 0.43 0.20 0.26 A 0.81 0.75 0.57 0.80 0.74 0.31 0.38 0.49 0.31 0.39 011871 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012014 G 0.67 0.25 0.45 0.21 0.40 A 0.33 0.75 0.55 0.79 0.60 0.44 0.38 0.50 0.33 0.48 012029 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012101 A 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 G 0.98 0.98 0.98 1.00 0.98 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 012158 C 0.37 0.25 0.45 0.22 0.32 T 0.63 0.75 0.55 0.78 0.68 0.46 0.38 0.50 0.34 0.44 012603 + 0.60 0.25 0.42 0.21 0.39 - 0.40 0.75 0.58 0.79 0.61 0.48 0.38 0.49 0.33 0.48 012657 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012664 T 0.39 0.25 0.45 0.21 0.32 C 0.61 0.75 0.55 0.79 0.68 0.48 0.38 0.50 0.33 0.44 015779 C 0.05 0.45 0.62 0.23 0.33 T 0.95 0.55 0.38 0.78 0.67 0.10 0.49 0.47 0.35 0.44 016695 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 016768 A 0.30 0.08 0.03 0.20 0.17 G 0.70 0.92 0.97 0.80 0.83 0.42 0.15 0.06 0.32 0.28 016912 G 0.32 0.42 0.35 0.42 0.38 A 0.68 0.58 0.65 0.58 0.62 0.44 0.49 0.46 0.49 0.47 017053 A 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 018382 A 0.30 0.07 0.02 0.22 0.15 T 0.70 0.93 0.98 0.78 0.85 0.42 0.14 0.04 0.34 0.26 018460 C 0.23 0.05 0.02 0.22 0.13 G 0.78 0.95 0.98 0.78 0.87 0.35 0.10 0.05 0.34 0.23 018674 C 0.29 0.07 0.02 0.22 0.15 A 0.71 0.93 0.98 0.78 0.85 0.41 0.13 0.05 0.34 0.26 018734 - 0.00 0.00 0.07 0.21 0.07 + 1.00 1.00 0.93 0.79 0.93 0.00 0.00 0.13 0.34 0.13 020003 T 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 020877 A 0.33 0.08 0.03 0.18 0.18 T 0.67 0.92 0.97 0.82 0.82 0.44 0.14 0.06 0.30 0.30 020891 A 0.12 0.00 0.00 0.11 0.07 T 0.88 1.00 1.00 0.89 0.93 0.20 0.00 0.00 0.20 0.13 021054 A 0.21 0.47 0.53 0.34 0.36 G 0.79 0.53 0.47 0.66 0.64 0.33 0.50 0.50 0.45 0.46 021343 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 021418 G 0.30 0.07 0.02 0.19 0.15 A 0.70 0.93 0.98 0.81 0.85 0.42 0.13 0.04 0.30 0.26 021682 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 022422 T 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 022530 A 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 022541 C 0.17 0.09 0.03 0.15 0.12 G 0.83 0.91 0.97 0.85 0.88 0.29 0.17 0.06 0.26 0.21 022792 G 0.33 0.07 0.02 0.20 0.16 A 0.67 0.93 0.98 0.80 0.84 0.44 0.13 0.04 0.31 0.28 022899 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 023074 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 C 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 023488 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 023530 A 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.97 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 023650 + 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 - 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 023757 - 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 024181 A 0.26 0.07 0.02 0.19 0.14 G 0.74 0.93 0.98 0.81 0.86 0.38 0.13 0.04 0.30 0.24 024196 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 024197 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 024619 C 0.27 0.07 0.02 0.20 0.14 T 0.73 0.93 0.98 0.80 0.86 0.39 0.13 0.05 0.31 0.25 025648 C 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.97 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 025718 T 0.07 0.39 0.57 0.23 0.30 A 0.93 0.61 0.43 0.77 0.70 0.14 0.47 0.49 0.35 0.42 025926 G 0.22 0.39 0.23 0.07 0.22 T 0.78 0.61 0.77 0.93 0.78 0.35 0.47 0.35 0.12 0.35 026165 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 026242 A 0.20 0.45 0.59 0.34 0.39 G 0.80 0.55 0.41 0.66 0.61 0.32 0.50 0.48 0.45 0.47 026325 A 0.17 0.03 0.00 0.11 0.07 T 0.82 0.97 1.00 0.89 0.93 0.29 0.05 0.00 0.19 0.14 026505 + 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 - 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 026511 G 0.26 0.07 0.02 0.20 0.14 C 0.74 0.93 0.98 0.80 0.86 0.38 0.13 0.04 0.31 0.25 026687 T 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 C 0.96 1.00 1.00 0.98 0.98 0.07 0.00 0.00 0.05 0.03 026756 T 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.96 0.99 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 026940 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027056 T 0.27 0.07 0.03 0.19 0.15 C 0.73 0.93 0.97 0.81 0.85 0.39 0.13 0.05 0.31 0.25 027196 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027334 T 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 C 0.96 0.98 1.00 1.00 0.98 0.07 0.04 0.00 0.00 0.03 027347 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027373 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027522 C 0.65 0.45 0.25 0.28 0.42 T 0.35 0.55 0.75 0.72 0.58 0.46 0.50 0.38 0.41 0.49 027559 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 027711 T 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 C 1.00 0.98 0.98 1.00 0.99 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 027849 G 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 027886 A 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 027943 C 0.64 0.45 0.25 0.28 0.41 A 0.36 0.55 0.75 0.72 0.59 0.46 0.50 0.38 0.41 0.48 028052 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028519 C 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 028538 T 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 028547 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028550 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 028632 T 0.25 0.00 0.00 0.05 0.08 C 0.75 1.00 1.00 0.95 0.92 0.38 0.00 0.00 0.10 0.15 029073 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029206 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 029588 T 0.26 0.39 0.23 0.04 0.23 C 0.74 0.61 0.77 0.96 0.77 0.38 0.47 0.35 0.08 0.35 029896 G 0.15 0.07 0.02 0.12 0.10 A 0.85 0.93 0.98 0.88 0.90 0.25 0.13 0.04 0.22 0.17 031234 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 031300 T 0.20 0.41 0.23 0.04 0.22 C 0.80 0.59 0.77 0.96 0.78 0.32 0.48 0.35 0.08 0.34 031324 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 031350 - 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 + 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 031361 A 0.50 0.45 0.25 0.17 0.35 G 0.50 0.55 0.75 0.83 0.65 0.50 0.50 0.38 0.28 0.45 031408 - 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 031439 T 0.57 0.16 0.18 0.52 0.37 C 0.43 0.84 0.82 0.48 0.63 0.49 0.27 0.30 0.50 0.47 031711 T 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 031794 A 0.17 0.07 0.02 0.11 0.09 T 0.83 0.93 0.98 0.89 0.91 0.28 0.13 0.04 0.19 0.17 031972 C 0.25 0.40 0.23 0.04 0.23 T 0.75 0.60 0.77 0.96 0.77 0.38 0.48 0.35 0.08 0.35 032005 A 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 032130 G 0.31 0.16 0.18 0.46 0.28 A 0.69 0.84 0.82 0.54 0.72 0.43 0.27 0.30 0.50 0.41 032138 G 0.31 0.16 0.18 0.46 0.28 A 0.69 0.84 0.82 0.54 0.72 0.43 0.27 0.30 0.50 0.41 032220 + 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 - 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.12 0.00 0.00 0.00 0.04 032245 A 0.33 0.43 0.59 0.46 0.45 G 0.67 0.57 0.41 0.54 0.55 0.44 0.49 0.48 0.50 0.49 032630 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 032658 G 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.96 1.00 0.99 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 032740 T 0.32 0.17 0.18 0.42 0.28 C 0.68 0.82 0.82 0.57 0.72 0.43 0.29 0.29 0.49 0.40 032864 C 0.33 0.16 0.15 0.42 0.28 T 0.67 0.84 0.85 0.57 0.72 0.44 0.27 0.26 0.49 0.40 033139 A 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.95 0.99 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 033181 T 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 033337 A 0.25 0.10 0.14 0.32 0.20 G 0.75 0.90 0.86 0.68 0.80 0.38 0.18 0.24 0.44 0.33 033432 C 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 T 1.00 0.97 1.00 0.97 0.99 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 002531: G 012603: G 018734: ccaggctg 023650: G 023757: aga 026505: C 031350: ggga 031408: t 032220: An