Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000214 T 0.04 G 0.96 0.08 000217 G 0.01 A 0.99 0.01 000241 T 0.05 C 0.95 0.09 000614 T 0.04 A 0.96 0.08 000958 A 0.01 G 0.99 0.03 001327 A 0.01 C 0.99 0.01 002257 C 0.02 T 0.98 0.03 003054 T 0.13 C 0.87 0.23 003540 G 0.01 C 0.99 0.02 003556 + 0.01 - 0.99 0.01 004285 T 0.01 C 0.99 0.01 004364 T 0.01 C 0.99 0.01 004525 C 0.04 T 0.96 0.07 004526 A 0.04 G 0.96 0.07 004549 G 0.07 C 0.93 0.13 004559 G 0.02 A 0.98 0.03 004617 G 0.04 C 0.96 0.08 004662 A 0.04 G 0.96 0.08 004924 G 0.01 C 0.99 0.03 006093 A 0.03 G 0.97 0.06 006695 T 0.03 C 0.97 0.07 006713 A 0.01 C 0.99 0.01 006726 T 0.01 C 0.99 0.02 006887 C 0.46 G 0.54 0.50 007244 T 0.44 C 0.56 0.49 007450 C 0.01 T 0.99 0.01 007503 - 0.01 + 0.99 0.02 007603 A 0.01 T 0.99 0.01 007699 G 0.01 C 0.99 0.01 007715* 007933 T 0.01 C 0.99 0.01 008155 A 0.44 G 0.56 0.49 008369 T 0.04 C 0.96 0.08 008423 A 0.40 G 0.60 0.48 008786 A 0.07 G 0.93 0.14 008844 A 0.01 G 0.99 0.03 008862 - 0.01 + 0.99 0.02 008952 A 0.01 G 0.99 0.01 008994 + 0.49 - 0.51 0.50 009192 G 0.04 A 0.96 0.08 009576 T 0.01 C 0.99 0.02 009867 A 0.01 G 0.99 0.01 009873 A 0.01 G 0.99 0.01 009898 T 0.02 C 0.98 0.03 010306 G 0.48 A 0.52 0.50 010410 T 0.01 C 0.99 0.01 010497 T 0.01 C 0.99 0.01 010606 T 0.01 C 0.99 0.02 010607 A 0.01 G 0.99 0.01 010849 A 0.01 G 0.99 0.02 010919 T 0.01 C 0.99 0.01 010925 G 0.01 A 0.99 0.01 011020 C 0.42 A 0.58 0.49 011194 A 0.36 G 0.64 0.46 011373 G 0.14 A 0.86 0.24 011628 A 0.46 C 0.54 0.50 012250 C 0.49 G 0.51 0.50 012269 T 0.01 C 0.99 0.01 012385 T 0.01 C 0.99 0.01 012397 A 0.01 G 0.99 0.02 012475 T 0.01 G 0.99 0.02 012679 G 0.01 T 0.99 0.01 012850 T 0.01 C 0.99 0.01 013435 A 0.01 G 0.99 0.01 013482 A 0.01 G 0.99 0.01 013687 + 0.02 - 0.98 0.03 013746 C 0.01 A 0.99 0.01 013874 A 0.01 G 0.99 0.02 013878 A 0.01 G 0.99 0.01 013892 T 0.01 C 0.99 0.02 014102 A 0.01 G 0.99 0.01 014184 A 0.01 T 0.99 0.01 014292 T 0.02 C 0.98 0.04 014327 T 0.01 C 0.99 0.01 014354 G 0.01 T 0.99 0.01 014546 G 0.03 A 0.97 0.06 014851 T 0.01 C 0.99 0.02 014944 A 0.01 G 0.99 0.01 014994 T 0.01 C 0.99 0.01 015065 C 0.02 G 0.98 0.04 015166 - 0.02 + 0.98 0.04 015268 T 0.01 C 0.99 0.01 015363 A 0.01 G 0.99 0.01 015419 T 0.01 C 0.99 0.01 015441 A 0.02 G 0.98 0.05 015450 A 0.01 T 0.99 0.01 015502 G 0.10 A 0.90 0.18 015809 A 0.01 G 0.99 0.01 015899 G 0.08 A 0.92 0.15 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003556: cCCCCCG 007503: GAG 008862: tTg 008994: G 013687: A 015166: gtgac *Site 7715 was observed to have three alleles. The frequency for each allele is given below: Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 7715 A 0.01 T 0.02 C 0.97