************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ccnb1.phase.inp ccnb1.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ccnb1.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ccnb1.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ccnb1.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ccnb1.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 23 Positions of loci: 57 155 402 637 1213 1805 2433 2557 2743 3109 3112 4768 5611 5706 7886 7992 8014 8122 8568 8726 8758 8804 9450 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ccnb1.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ITCTGGAIACGGCTGGCGIGCDG 5.000000 2 ITCTGGAIGCGGCTGGCGIGCIG 2.000000 3 ITCTGGAIGCGGTTGGCGIGCIA 1.000000 4 ITCTGGAIGCTGTTGGCGDGCIA 26.000000 5 ICCTGGAIGCTGTTGGCGDGCDA 1.000000 6 ICTTGGGDGTTTCTTGCTIGCIG 1.000000 7 ICTTTAGDGTTTCTTTGTIACIG 57.000000 8 ICTTTAGDGTTTCCTTGTIACIG 36.000000 9 DTCCGGAIACGGCTGGCGIGTDG 49.000000 10 DTCCGGAIACGGCTTTGTIACIG 1.000000 11 DTCCGGGIACGGCTGGCGIGTDG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (4,9) P002: (1,7) P003: (2,7) P004: (4,7) P005: (7,8) P006: (7,11) P007: (4,4) P008: (8,8) P009: (7,9) P010: (7,9) P011: (8,8) P012: (9,9) P013: (8,9) P014: (7,7) P015: (8,9) P016: (1,9) P017: (7,7) P018: (4,7) P019: (4,8) P020: (8,9) P021: (6,7) P022: (7,9) P023: (8,8) P024: (8,9) P025: (8,8) P026: (7,7) P027: (4,7) P028: (7,9) P029: (8,9) P030: (1,7) P031: (7,9) P032: (2,9) P033: (8,9) P034: (9,9) P035: (8,8) P036: (7,7) P037: (7,7) P038: (7,7) P039: (7,7) P040: (9,9) P041: (7,7) P042: (4,7) P043: (4,7) P044: (9,9) P045: (1,9) P046: (7,8) P047: (7,8) P048: (7,7) P049: (8,8) P050: (4,9) P051: (4,7) P052: (9,9) P053: (7,7) P054: (7,7) P055: (7,8) P056: (7,8) P057: (4,4) P058: (8,9) P059: (8,9) P060: (9,9) P061: (4,7) P062: (4,9) P063: (8,8) P064: (7,9) P065: (4,4) P066: (7,8) P067: (7,9) P068: (4,8) P069: (4,8) P070: (8,9) P071: (1,7) P072: (7,9) P073: (9,9) P074: (7,7) P075: (9,9) P076: (7,8) P077: (4,9) P078: (9,9) P079: (8,8) P080: (3,7) P081: (4,7) P082: (5,10) P083: (4,9) P084: (4,9) P085: (4,7) P086: (9,9) P087: (7,8) P088: (4,4) P089: (7,9) P090: (9,9) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P002 I T C T G G A I A C G G C T G G C G I G C D G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P003 I T C T G G A I G C G G C T G G C G I G C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P004 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P005 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P006 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G G I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P007 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A 0 P008 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P009 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P010 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P011 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P012 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P013 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P014 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P015 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P016 I T C T G G A I A C G G C T G G C G I G C D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P017 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P018 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P019 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P020 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P021 I C T T (G) (G) G D G T T T C T T G C T I (G) C I G I C T T (T) (A) G D G T T T C T T T G T I (A) C I G 0 P022 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P023 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P024 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P025 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P026 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P027 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P028 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P029 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P030 I T C T G G A I A C G G C T G G C G I G C D G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P031 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P032 I T C T G G A I G C G G C T G G C G I G C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P033 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P034 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P035 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P036 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P037 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P038 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P039 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P040 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P041 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P042 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P043 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P044 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P045 I T C T G G A I A C G G C T G G C G I G C D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P046 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P047 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P048 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P049 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P050 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P051 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P052 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P053 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P054 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P055 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P056 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P057 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A 0 P058 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P059 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P060 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P061 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P062 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P063 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P064 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P065 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A 0 P066 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P067 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P068 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P069 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P070 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P071 I T C T G G A I A C G G C T G G C G I G C D G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P072 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P073 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P074 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P075 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P076 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P077 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P078 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P079 I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P080 I T C T G G A I G C (G) G T T G G C G I G C I A I C T T T A G D G T (T) T C T T T G T I A C I G 0 P081 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P082 I (C) C T G G A I G C T G T T G G C G D G C (D) A D (T) C C G G A I A C G G C T T T G T I A C (I) G 0 P083 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P084 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P085 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G 0 P086 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P087 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G I C T T T A G D G T T T C C T T G T I A C I G 0 P088 I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A I T C T G G A I G C T G T T G G C G D G C I A 0 P089 I C T T T A G D G T T T C T T T G T I A C I G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G 0 P090 D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G D T C C G G A I A C G G C T G G C G I G T D G END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 ? = = ? = = = = G = T = T = ? = = = D ? ? ? A ? = = ? = = = = A = G = C = ? = = = I ? ? ? G 0 P002 = T C = G G A I A C G ? = = G G C G = G ? D = = C T = T A G D G T T ? = = T T G T = A ? I = 0 P003 = T C = G G A I = C G G = = G G C G = G ? ? = = C T = T A G D = T T T = = T T G T = A ? ? = 0 P004 = T C = G G A I = C = ? T = ? ? ? ? D ? = = A = C T = T A G D = T = ? C = ? ? ? ? I ? = = G 0 P005 = = = = = = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = = = = 0 P006 I C T T T A = ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? = A ? I = D T C C G G = ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? = G ? D = 0 P007 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P008 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P009 I C T ? T A G D G T T T = = T T G T = A ? I = D T C ? G G A I A C G G = = G G C G = G ? D = 0 P010 I C T T T A ? D G T T T = = T T G T = A ? I = D T C C G G ? I A C G G = = G G C G = G ? D = 0 P011 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P012 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P013 I C T T T A G D G T T T = C T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = T G G C G = G ? D = 0 P014 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 0 P015 I C T T T A G D G T T T = C T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = T G G C G = G ? D = 0 P016 I = = T = = = = = = = = = = = = = = = = C = = D = = C = = = = = = = = = = = = = = = = T = = 0 P017 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P018 = T C = G G A I = C = G T = G G C G D ? = = A = C T = T A G D = T = T C = T T G T I ? = = G 0 P019 = T C = G G A I = C = G T T G G C G D ? = = A = C T = T A G D = T = T C C T T G T I ? = = G 0 P020 I C T T T A ? D G T T T = C T T G ? = A ? I = D T C C G G ? I A C G G = T G G C ? = G ? D = 0 P021 = = = = (G) (G) = = = = = = = = = G C = = (G) = = = = = = = (T) (A) = = = = = = = = = T G = = (A) = = = 0 P022 I C T T T A G D G T T T = = T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = = G G C G = G ? D = 0 P023 = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 0 P024 I C T T T A G D G T T ? = C T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G ? = T G G C G = G ? D = 0 P025 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P026 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P027 = T C = G G A I = C = G T = G G C G D ? = = A = C T = T A G D = T = T C = T T G T I ? = = G 0 P028 I C T T T A G D G T T T = = T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = = G G C G = G ? D = 0 P029 I C T T T A G D G T T T = C ? T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = T ? G C G = G ? D = 0 P030 = T C = G G A I A C G G = = G G C G = G ? D = = C T = T A G D G T T T = = T T G T = A ? I = 0 P031 I C T T T A G D G T T ? = = T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G ? = = G G C G = G ? D = 0 P032 I = = T = = = = G = = ? = = ? = = = = = ? I = D = = C = = = = A = = ? = = ? = = = = = ? D = 0 P033 I C T T ? A G D G T T T = C T T G T = A ? I = D T C C ? G A I A C G G = T G G C G = G ? D = 0 P034 = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = 0 P035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P037 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P038 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P039 ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P041 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P042 = T C = G G ? I ? ? ? ? T = G G C G D ? ? ? A = C T = T A ? D ? ? ? ? C = T T G T I ? ? ? G 0 P043 = T C = G G A I = C = G T = G G C G D ? = = A = C T = T A G D = T = T C = T T G T I ? = = G 0 P044 = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 0 P045 I = = T = = = = = = = ? = = = = = = = = C = = D = = C = = = = = = = ? = = = = = = = = T = = 0 P046 = = = = = = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = = = = 0 P047 = = = = = = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = = = = 0 P048 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P049 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P050 I = = T = = ? = G = T = T = = = = = D ? ? I A D = = C = = ? = A = G = C = = = = = I ? ? D G 0 P051 = T C = G G A I = C = G T = G G C G D ? = = A = C T = T A G D = T = T C = T T G T I ? = = G 0 P052 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P053 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P054 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P055 = = = = = = = = = = = ? = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = C = = = = = = = = = 0 P056 = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = 0 P057 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P058 I C T T T A G D G T T T = C T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = T G G C G = G ? D = 0 P059 I C T T T A G D G T T T = C T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = T G G C G = G ? D = 0 P060 = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = 0 P061 = T C = G G A I = C = G T = G G C G D ? = = A = C T = T A G D = T = T C = T T G T I ? = = G 0 P062 I = = T = = = = G = T = T = = = = = D ? ? I A D = = C = = = = A = G = C = = = = = I ? ? D G 0 P063 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P064 I C T T T A G D G T T T = = T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = = G G C G = G ? D = 0 P065 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P066 = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = 0 P067 I C T T T A G D G T T T = = T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G G = = G G C G = G ? D = 0 P068 = T C = G G A I = C = G T T G G C G D ? = = A = C T = T A G D = T = T C C T T G T I ? = = G 0 P069 = T C = G G A I = ? ? G T T G G C G D ? = = A = C T = T A G D = ? ? T C C T T G T I ? = = G 0 P070 I C T T T A G D G T T ? = C T T G T = A ? I = D T C C G G A I A C G ? = T G G C G = G ? D = 0 P071 = T C = G G A I A C G ? = = G G C G = G ? D = = C T = T A G D G T T ? = = T T G T = A ? I = 0 P072 I C T T T ? ? ? ? ? ? T = = T T G T = A ? I = D T C C G ? ? ? ? ? ? G = = G G C G = G ? D = 0 P073 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P074 = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P075 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P076 = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = 0 P077 I = = T = = = = G = T = T = = = = = D ? ? I A D = = C = = = = A = G = C = = = = = I ? ? D G 0 P078 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P079 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P080 = T C = G G A I = C (G) G T = G G C G = G = = A = C T = T A G D = T (T) T C = T T G T = A = = G 0 P081 = T C ? G G A I = C = G T = G G C G D ? = = A = C T ? T A G D = T = T C = T T G T I ? = = G 0 P082 I (C) = T ? = = = G = T = T = G G C G D ? = (D) A D (T) = C ? = = = A = G = C = T T G T I ? = (I) G 0 P083 I = = T = = = = G = T = T = = = = = D ? ? I A D = = C = = = = A = G = C = = = = = I ? ? D G 0 P084 I = = T = = = = G = T ? T = = = = = D ? ? I A D = = C = = = = A = G ? C = = = = = I ? ? D G 0 P085 = T C = G G A I = C = G T = G G C G D ? = = A = C T = T A G D = T = T C = T T G T I ? = = G 0 P086 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P087 = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = 0 P088 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P089 I C T T T A ? D G T T T = = T T G ? = A ? I = D T C C G G ? I A C G G = = G G C ? = G ? D = 0 P090 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS ? = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = = 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? 1.00 = ? ? ? ? 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? = = ? ? ? ? = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 = = = = = 0.75 0.75 = = = = = = = = = 0.93 0.93 = = 0.76 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = ? = = ? = = = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 ? ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 0.69 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 0.62 = 1.00 ? = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 0.58 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = = = 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 ? 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS