************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 ccna2.phase.inp ccna2.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST ccna2.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates ccna2.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual ccna2.phase.out_recom : estimates of recombination parameters ccna2.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 21 Positions of loci: 52 91 648 987 1184 1339 1435 2310 4570 5034 5388 5923 6215 6762 6894 7194 7256 8412 8504 8905 9099 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file ccna2.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 CIGDTGTTGCCCATTGCCTGG 18.000000 2 CIADTGTTGCCCATCGTCTGA 1.000000 3 CIADTGTTGCCCATTGCCTGA 1.000000 4 CIADTGTTGCCCATTGCCTGG 34.000000 5 TIGITGCTGCCCATCGTCTGA 2.000000 6 TIGITGCTGCCCGTCGTCTGA 1.000000 7 TIGITGCTGTCAGTCGTCTGA 37.000000 8 TIGITGCGGCCAGTCGTCCAA 6.000000 9 TIGIGGCGGCCAGCCGTCCAA 11.000000 10 TIGDTGCTACCCATCGTGTGA 5.000000 11 TIGDTGCTACTCATCGTGTGA 10.000000 12 TDGITACTGTCAGTCCTCTGA 53.000000 13 TDGITACTGTCAGTCCTCTGG 1.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (1,7) P002: (8,11) P003: (7,11) P004: (6,9) P005: (1,7) P006: (4,7) P007: (12,12) P008: (12,12) P009: (1,4) P010: (4,12) P011: (4,9) P012: (4,12) P013: (4,12) P014: (7,12) P015: (7,12) P016: (1,4) P017: (7,9) P018: (4,5) P019: (4,12) P020: (1,10) P021: (9,11) P022: (7,12) P023: (1,4) P024: (7,12) P025: (4,12) P026: (8,12) P027: (4,12) P028: (4,7) P029: (4,7) P030: (4,12) P031: (4,12) P032: (7,7) P033: (7,7) P034: (1,12) P035: (12,12) P036: (4,7) P037: (8,12) P038: (5,7) P039: (10,11) P040: (7,12) P041: (9,12) P042: (4,10) P043: (7,11) P044: (4,4) P045: (1,7) P046: (7,12) P047: (8,12) P048: (4,12) P049: (4,7) P050: (4,9) P051: (10,12) P052: (7,12) P053: (7,12) P054: (3,4) P055: (1,12) P056: (11,11) P057: (4,7) P058: (7,12) P059: (1,12) P060: (1,12) P061: (1,11) P062: (1,12) P063: (1,4) P064: (1,9) P065: (4,9) P066: (12,12) P067: (4,12) P068: (7,12) P069: (7,12) P070: (1,12) P071: (4,8) P072: (12,12) P073: (1,1) P074: (7,12) P075: (8,12) P076: (12,12) P077: (2,13) P078: (4,7) P079: (7,12) P080: (10,11) P081: (4,12) P082: (4,12) P083: (7,7) P084: (4,12) P085: (7,12) P086: (4,7) P087: (7,9) P088: (7,11) P089: (9,9) P090: (12,12) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P002 T I G I T G C G G C C A G T C G T C C A A T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A 0 P003 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T I G D T G C T A C [T] C A T C G T G T G A 0 P004 T I G I T G C T G C C C G T C G T C T G A T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A 0 P005 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P006 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P007 T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P008 T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P009 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G 0 P010 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P011 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A 0 P012 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P013 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P014 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P015 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P016 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G 0 P017 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A 0 P018 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G C C C A T C G T C T G A 0 P019 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P020 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G D T G C T A C C C A T C G T G T G A 0 P021 T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A 0 P022 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P023 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G 0 P024 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P025 C I [A] D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P026 T I G I T G C G G C C A G T C G T C C A A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P027 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P028 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P029 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P030 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P031 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P032 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P033 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P034 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P035 T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P036 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P037 T I G I T G C G G C C A G T C G T C C A A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P038 T I G I T G C T G C C C A T C G T C T G A T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P039 T I G D T G C T A C C C A T C G T G T G A T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A 0 P040 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P041 T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P042 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G D T G C T A C C C A T C G T G T G A 0 P043 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A 0 P044 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G 0 P045 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P046 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P047 T I G I T G C G G C C A G T C G T C C A A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P048 C I [A] D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P049 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P050 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A 0 P051 T I G D T G C T A C C C A T C G T G T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P052 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P053 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P054 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G A C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G 0 P055 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P056 T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A 0 P057 C I [A] D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P058 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P059 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P060 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P061 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A 0 P062 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P063 C I [G] D T G T T G C C C A T T G C C T G G C I [A] D T G T T G C C C A T T G C C T G G 0 P064 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A 0 P065 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A 0 P066 T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P067 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P068 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P069 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P070 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P071 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C G G C C A G T C G T C C A A 0 P072 T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P073 C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G C I G D T G T T G C C C A T T G C C T G G 0 P074 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P075 T I G I T G C G G C C A G T C G T C C A A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P076 T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P077 C I A D T G T T G C C C A T C G [T] C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G G 0 P078 C I [A] D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P079 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P080 T I G D T G C T A C C C A T C G T G T G A T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A 0 P081 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P082 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P083 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P084 C I A D T G T T G C C C A T T G C C T G G T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P085 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A 0 P086 C I [A] D T G T T G C C C A T T G C C T G G T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A 0 P087 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A 0 P088 T I G I T G C T G T C A G T C G T C T G A T I G D T G C T A C T C A T C G T G T G A 0 P089 T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A T I G I G G C G G C C A G C C G T C C A A 0 P090 T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A T D G I T A C T G T C A G T C C T C T G A END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 C = = D ? = T ? = C = C ? ? T = C = = = G T = = I ? = C ? = T = A ? ? C = T = = = A 0 P002 = = = I = = = ? G = C A G = = = = C C A = = = = D = = = ? A = T C A = = = = G T G = 0 P003 = = = I ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? C = = = = = = D ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? G = = = 0 P004 = = = = T ? = T = = = C = ? ? ? ? ? T G = = = = = G ? = G = = = A = ? ? ? ? ? C A = 0 P005 C = = D ? = T = = C = C A = T = C = = = G T = = I ? = C = = T = A G = C = T = = = A 0 P006 C = A D ? ? T = = C = C A = T = C = = = G T = G I ? ? C = = T = A G = C = T = = = A 0 P007 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P008 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P009 = = G = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 P010 C I A D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P011 C = A D T = T T ? = = C A T T = ? = T G G T = G I G = C G ? = = A G C C = ? = C A A 0 P012 C I A D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P013 C I A D ? G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I ? A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P014 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P015 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P016 = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P017 = = = = T = = T ? ? = = = T = = = = T G = = = = = G = = G ? ? = = = C = = = = C A = 0 P018 C = A D = = T = = = = = = = T = C = = = G T = G I = = C = = = = = = = C = T = = = A 0 P019 C I A D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P020 C = = = = = T = G = = = = = T = C C = = G T = = = = = C = A = = = = = C = T G = = A 0 P021 = = = ? ? ? ? G G = C A G C = = = C C A = = = = ? ? ? ? T A = T C A T = = = G T G = 0 P022 = I = ? ? ? ? = = = = = = = = G = = = = = = D = ? ? ? ? = = = = = = = = C = = = = = 0 P023 = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P024 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P025 ? I ? D = G T = = ? = C A = T G C = = = G ? D ? I = A C = = ? = A G = C C T = = = A 0 P026 = I = = = G = G = C = = = = = G = = C A = = D = = = A = T = T = = = = = C = = T G = 0 P027 C I A D ? G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I ? A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P028 C = A D = = T = = C = C A = T ? ? = = = G T = G I = = C = = T = A G = C ? ? = = = A 0 P029 C = A ? = = T = = C = C A = T = C = = = G T = G ? = = C = = T = A G = C = T = = = A 0 P030 C I A D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P031 C I A D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P032 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P033 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = 0 P034 ? ? = D = G T = = C = C A = T G C = = = G ? ? = I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P035 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P036 C = A D = = T = = ? = C A = T ? ? = = = G T = G I = = C = = ? = A G = C ? ? = = = A 0 P037 = I = ? = G = G = C = = = = = G = = C A = = D = ? = A = T = T = = = = = C = = T G = 0 P038 = = = = = = = = = C = C A = = = = = = = = = = = = = = = = = T = A G = = = = = = = = 0 P039 = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = = = = 0 P040 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P041 = I = = G G = G = ? ? ? = C = ? ? = C A = = D = = T A = T = ? ? ? = T = ? ? = T G = 0 P042 C = A = = = T = G = = = = = T = C C = = G T = G = = = C = A = = = = = C = T G = = A 0 P043 = = = I = = = = ? T C A G = = = = ? ? ? = = = = D = = = = ? C T C A = = = = ? ? ? = 0 P044 = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = 0 P045 C = = D = = T = = C = C A = T = C = = = G T = = I = = C = = T = A G = C = T = = = A 0 P046 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P047 = I = = = G = G = C = = = = = G = = C A = = D = = = A = T = T = = = = = C = = T G = 0 P048 ? I ? D = G T = = C = C A = T ? C = = = G ? D ? I = A C = = T = A G = C ? T = = = A 0 P049 C = A ? = = T = = C = C A = T = C = = = G T = G ? = = C = = T = A G = C = T = = = A 0 P050 C = A D T = T T = = = C A T T = C = T G G T = G I G = C G = = = A G C C = T = C A A 0 P051 = I = D = G = = A C = C A = = G = G = = = = D = I = A = = G T = A G = = C = C = = = 0 P052 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P053 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P054 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G 0 P055 C I = D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D = I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P056 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = 0 P057 C = ? D ? ? ? = = C = C A = T = C = = = G T = ? I ? ? ? = = T = A G = C = T = = = A 0 P058 = I = ? = G = = = = = = = = = ? ? = = = = = D = ? = A = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 P059 C I = D ? G T = = C = C A = T G C = = = G T D = I ? A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P060 C I = D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D = I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P061 C = = = = = T = G ? C = = = T = C C = = G T = = = = = C = A ? T = = = C = T G = = A 0 P062 C I = D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D = I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P063 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P064 C = = D T = T T = = = C A T T = C = T G G T = = I G = C G = = = A G C C = T = C A A 0 P065 C = A D ? = T T = = = C A T T = C = T G G T = G I ? = C G = = = A G C C = T = C A A 0 P066 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P067 C I A D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P068 = I = = = G = = = = = = = = = ? ? = = = = = D = = = A = = = = = = = = = ? ? = = = = 0 P069 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P070 C I = D = G T = = C = C A = T ? ? = = = G T D = I = A C = = T = A G = C ? ? = = = A 0 P071 C = A ? ? ? T T = = = C A = T = C = T G G T = G ? ? ? C G = = = A G = C = T = C A A 0 P072 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P073 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P074 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P075 = I = = = G = G = C = = = = = G = = C A = = D = = = A = T = T = = = = = C = = T G = 0 P076 = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P077 ? I A D = G T = = C = C A ? = G ? = = = A ? D G I = A C = = T = A G ? = C ? = = = G 0 P078 ? ? ? D = = T = ? C = C A = T = C = = = G ? ? ? I = = C = ? T = A G = C = T = = = A 0 P079 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P080 = = = = = = ? = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = T = = = = = = = = = = 0 P081 C I A D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P082 C I A D ? ? ? = = C = C A = T G C = = = G T D G I ? ? ? = = T = A G = C C T = = = A 0 P083 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P084 C I A D = G T = = C = C A = T G C = = = G T D G I = A C = = T = A G = C C T = = = A 0 P085 = I = = = G = = = = = = = = = G = = = = = = D = = = A = = = = = = = = = C = = = = = 0 P086 ? ? ? D = = T = = C = C A = T = C = = = G ? ? ? I = = C = = T = A G = C = T = = = A 0 P087 = = = = T = = T = T = = = T = = = = T G = = = = = G = = G = C = = = C = = = = C A = 0 P088 = = = I ? ? ? = G T C A G = = = = C = = = = = = D ? ? ? = A C T C A = = = = G = = = 0 P089 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P090 ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 ? ? = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = ? ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = = = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = 1.00 = ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = ? = = = ? ? = = = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? ? = = = 1.00 = ? 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? = = = 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 0.98 ? = = = 0.98 ? ? ? 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 ? ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = END PHASEPROBS