Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000530 A 0.01 T 0.99 0.01 000662 G 0.48 A 0.52 0.50 000990 G 0.01 C 0.99 0.01 001020 G 0.47 T 0.53 0.50 001213 T 0.01 C 0.99 0.03 001632 - 0.46 + 0.54 0.50 002102 C 0.49 T 0.51 0.50 002112 T 0.12 C 0.88 0.22 002162 + 0.42 - 0.58 0.49 002239 T 0.47 C 0.53 0.50 002332 - 0.21 + 0.79 0.33 002367 G 0.01 A 0.99 0.01 002370 A 0.03 G 0.97 0.06 002379 C 0.33 T 0.67 0.44 002867 A 0.32 C 0.68 0.44 002952 C 0.01 T 0.99 0.01 002974 T 0.01 G 0.99 0.01 002980 A 0.17 C 0.83 0.28 003022 T 0.32 A 0.68 0.43 003078 G 0.48 A 0.52 0.50 003503 C 0.01 T 0.99 0.01 003541 T 0.01 C 0.99 0.01 003719 G 0.03 C 0.97 0.06 003833 T 0.01 C 0.99 0.01 003980 G 0.01 T 0.99 0.02 004026 G 0.46 A 0.54 0.50 006033 T 0.01 C 0.99 0.01 006095 + 0.47 - 0.53 0.50 006144 T 0.01 C 0.99 0.02 006244 - 0.33 + 0.67 0.44 006298 T 0.01 C 0.99 0.01 006786 + 0.01 - 0.99 0.01 006856 C 0.47 T 0.53 0.50 006857 C 0.47 G 0.53 0.50 007526 G 0.30 C 0.70 0.42 007701 - 0.46 + 0.54 0.50 007754 + 0.01 - 0.99 0.01 007802 G 0.47 A 0.53 0.50 008001 T 0.01 C 0.99 0.01 008010 T 0.02 C 0.98 0.04 008021 G 0.01 C 0.99 0.01 008047 C 0.01 G 0.99 0.01 008113 T 0.47 C 0.53 0.50 008492 C 0.48 A 0.52 0.50 008597* 008671 C 0.43 T 0.57 0.49 008829 C 0.01 A 0.99 0.01 008873 A 0.47 G 0.53 0.50 008906 G 0.47 A 0.53 0.50 008938 A 0.01 G 0.99 0.01 008967 A 0.48 G 0.52 0.50 009093 A 0.03 G 0.97 0.06 009401 C 0.01 A 0.99 0.01 009484 T 0.19 C 0.81 0.31 009525 - 0.01 + 0.99 0.02 009687 T 0.47 C 0.53 0.50 010399 A 0.33 G 0.67 0.44 012354 A 0.47 G 0.53 0.50 013081 T 0.01 G 0.99 0.02 013174 A 0.01 C 0.99 0.02 013179 T 0.01 C 0.99 0.01 013184 A 0.47 G 0.53 0.50 013616 T 0.16 C 0.84 0.27 013853 A 0.50 G 0.50 0.50 014024 T 0.01 G 0.99 0.02 014229 A 0.47 G 0.53 0.50 014299 C 0.01 T 0.99 0.01 014300 T 0.01 C 0.99 0.01 014469 T 0.01 C 0.99 0.01 014790 C 0.48 T 0.52 0.50 016008 G 0.49 A 0.51 0.50 018080 C 0.20 T 0.80 0.33 018237 C 0.47 T 0.53 0.50 018368 C 0.09 T 0.91 0.17 018431 C 0.47 T 0.53 0.50 018456 A 0.01 G 0.99 0.01 018568 A 0.47 G 0.53 0.50 018623 T 0.01 C 0.99 0.01 018820 G 0.47 A 0.53 0.50 019037 A 0.01 G 0.99 0.01 019222 A 0.01 G 0.99 0.02 019383 A 0.02 G 0.98 0.03 019528 A 0.01 G 0.99 0.01 019538 T 0.01 G 0.99 0.01 019821 G 0.42 A 0.58 0.49 019852 T 0.01 C 0.99 0.01 020185 A 0.48 G 0.52 0.50 020303 C 0.01 G 0.99 0.01 020345 C 0.47 A 0.53 0.50 020447 A 0.33 G 0.67 0.44 020499 T 0.19 C 0.81 0.31 020618 C 0.01 A 0.99 0.02 020661 C 0.50 T 0.50 0.50 020736 C 0.48 T 0.52 0.50 020851 T 0.02 C 0.98 0.04 020945 G 0.49 A 0.51 0.50 021075 A 0.01 G 0.99 0.01 021268 G 0.10 A 0.90 0.17 021363 A 0.01 G 0.99 0.01 021437 G 0.01 A 0.99 0.01 021456 G 0.01 A 0.99 0.01 021690 T 0.01 C 0.99 0.01 021726 G 0.01 A 0.99 0.01 021754 A 0.01 C 0.99 0.01 021865 A 0.02 G 0.98 0.04 021887 C 0.01 T 0.99 0.01 022142 A 0.01 G 0.99 0.01 022175 T 0.01 C 0.99 0.02 022458 G 0.48 T 0.52 0.50 022669 T 0.48 G 0.52 0.50 022768 G 0.01 C 0.99 0.01 022812 T 0.32 C 0.68 0.43 022836 G 0.01 A 0.99 0.03 022915 T 0.16 C 0.84 0.27 022925 A 0.01 G 0.99 0.03 022959 T 0.01 G 0.99 0.01 023502 A 0.45 G 0.55 0.50 023541 T 0.32 C 0.68 0.44 023966 A 0.02 G 0.98 0.03 024024 G 0.31 A 0.69 0.43 024025 G 0.01 T 0.99 0.02 024134 C 0.03 G 0.97 0.06 024844 T 0.02 A 0.98 0.03 025017 T 0.20 C 0.80 0.32 025102 G 0.01 A 0.99 0.02 025260 T 0.01 C 0.99 0.02 025267 G 0.06 A 0.94 0.11 025353 + 0.19 - 0.81 0.31 025593 A 0.02 G 0.98 0.04 025660 T 0.01 C 0.99 0.02 025716 G 0.01 A 0.99 0.02 026102 A 0.17 T 0.83 0.28 026108 + 0.17 - 0.83 0.29 026299 C 0.03 A 0.97 0.06 026438 T 0.20 C 0.80 0.32 027166 T 0.20 C 0.80 0.33 027263 A 0.01 G 0.99 0.02 027319 A 0.20 T 0.80 0.32 028006 T 0.01 G 0.99 0.01 030326 C 0.21 T 0.79 0.33 030612 T 0.02 C 0.98 0.04 030613 A 0.03 G 0.97 0.06 030657 C 0.31 T 0.69 0.43 030687 G 0.20 A 0.80 0.32 031057 A 0.17 G 0.83 0.28 031145 G 0.48 A 0.52 0.50 031330 T 0.32 G 0.68 0.43 031873 C 0.01 G 0.99 0.01 031899 T 0.01 C 0.99 0.01 031972 C 0.19 T 0.81 0.31 032112 T 0.44 C 0.56 0.49 032123 T 0.46 C 0.54 0.50 032148 T 0.03 C 0.97 0.06 032154 A 0.44 T 0.56 0.49 032418 C 0.03 T 0.97 0.05 032423 + 0.20 - 0.80 0.32 032680 A 0.03 C 0.97 0.05 032690 A 0.32 G 0.68 0.43 032742 T 0.01 C 0.99 0.01 032762 A 0.01 G 0.99 0.01 032904 T 0.20 A 0.80 0.32 032963 G 0.43 T 0.57 0.49 033613 - 0.01 + 0.99 0.01 033678 G 0.01 C 0.99 0.02 034521 T 0.01 C 0.99 0.01 034582 T 0.19 A 0.81 0.31 034752 A 0.01 C 0.99 0.01 035397 T 0.32 C 0.68 0.43 035412 G 0.20 A 0.80 0.32 035413 A 0.20 T 0.80 0.31 035476 A 0.01 G 0.99 0.01 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001632: CGTGAGGTCAGTGCGGGGA 002162: CGCCCCC 002332: tcag 006095: ct 006244: a 006786: T 007701: CTCA 007754: A 009525: T 025353: C 026108: A 032423: G 033613: at *Site 008597 was observed to have three alleles. The number of occurance for each allele is given below. Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 008597 T 0.1 G 0.1 C 0.98