Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000148 CC 1 0 0 0 1 CT 8 0 0 0 8 TT 12 22 21 23 78 0.053 0.000 0.000 0.000 1.989 000282 CC 4 12 10 11 37 CT 11 9 11 11 42 TT 6 1 0 1 8 0.069 0.182 2.644 0.741 0.647 000292 AA 1 0 0 0 1 AG 8 0 0 0 8 GG 12 22 21 23 78 0.053 0.000 0.000 0.000 1.989 000594 GG 22 22 21 24 89 GT 5 0 0 0 5 TT 0 0 0 0 0 0.281 0.000 0.000 0.000 0.070 000598 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 0 0 1 CC 26 22 21 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 000622 CC 1 0 0 0 1 CT 10 0 0 0 10 TT 16 22 21 24 83 0.138 0.000 0.000 0.000 1.134 000664 AA 26 20 20 24 90 AT 0 2 1 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.012 0.000 0.025 000694 CC 15 22 21 24 82 CG 10 0 0 0 10 GG 1 0 0 0 1 0.181 0.000 0.000 0.000 1.109 000848 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 001009 AA 1 0 0 0 1 AG 9 0 0 0 9 GG 14 22 20 22 78 0.091 0.000 0.000 0.000 1.425 001076 CC 14 22 20 22 78 CT 9 0 0 0 9 TT 1 0 0 0 1 0.091 0.000 0.000 0.000 1.425 001141 CC 23 22 20 22 87 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 001156 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 24 22 20 21 87 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 001935 AA 15 22 21 24 82 AT 7 0 0 0 7 TT 2 0 0 0 2 0.730 0.000 0.000 0.000 9.476 001969 AA 23 21 21 23 88 AG 1 1 0 1 3 GG 0 0 0 0 0 0.011 0.012 0.000 0.011 0.026 001975 AA 2 0 0 0 2 AG 7 0 0 0 7 GG 15 22 21 24 82 0.730 0.000 0.000 0.000 9.476 002303 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 0 0 1 TT 25 22 22 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 002395 AA 4 7 6 11 28 AG 14 14 10 12 50 GG 8 1 6 1 16 0.276 3.094 0.182 1.059 0.624 002519 CC 7 1 0 1 9 CT 16 9 11 13 49 TT 4 12 11 10 37 1.080 0.182 2.444 1.630 1.599 002605 CC 7 1 0 1 9 CG 15 9 10 10 44 GG 4 12 10 10 36 0.746 0.182 2.222 0.583 0.705 002780 CC 15 22 20 21 78 CT 10 0 0 0 10 TT 1 0 0 0 1 0.181 0.000 0.000 0.000 1.008 003021 CC 0 0 0 0 0 CT 5 0 0 0 5 TT 20 22 22 24 88 0.309 0.000 0.000 0.000 0.071 003083 CC 1 0 0 0 1 CT 10 0 0 0 10 TT 14 22 22 24 82 0.233 0.000 0.000 0.000 1.109 003275 CC 14 22 22 24 82 CT 10 0 0 0 10 TT 1 0 0 0 1 0.233 0.000 0.000 0.000 1.109 003598 AA 21 20 21 24 86 AT 3 2 1 0 6 TT 0 0 0 0 0 0.107 0.050 0.012 0.000 0.105 003633 -- 1 0 0 0 1 +- 5 0 0 0 5 ++ 18 22 22 24 86 0.644 0.000 0.000 0.000 6.099 003685 CC 21 20 21 24 86 CT 3 2 1 0 6 TT 0 0 0 0 0 0.107 0.050 0.012 0.000 0.105 004575 AA 22 20 21 24 87 AG 4 2 1 0 7 GG 0 0 0 0 0 0.181 0.050 0.012 0.000 0.141 004796 CC 1 0 0 0 1 CT 5 0 0 0 5 TT 20 22 22 24 88 0.793 0.000 0.000 0.000 6.261 005312 AA 1 0 0 0 1 AG 10 0 0 0 10 GG 15 22 22 24 83 0.181 0.000 0.000 0.000 1.134 005353 CC 26 21 20 24 91 CT 0 1 2 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.050 0.000 0.025 005496 GG 0 1 0 0 1 GT 5 2 2 5 14 TT 21 19 20 19 79 0.294 4.455 0.050 0.324 0.179 005565 CC 19 19 19 20 77 CT 6 2 3 4 15 TT 1 1 0 0 2 0.336 4.455 0.118 0.198 1.394 005841 CC 22 20 17 24 83 CG 0 0 2 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.059 0.000 0.012 005891 CC 14 20 19 24 77 CT 7 0 0 0 7 TT 1 0 0 0 1 0.011 0.000 0.000 0.000 2.716 006143 -- 8 18 17 17 60 +- 9 2 1 5 17 ++ 5 0 0 0 5 0.609 0.055 0.015 0.362 4.974 006283 AA 0 0 0 0 0 AG 4 0 0 0 4 GG 15 22 21 20 78 0.263 0.000 0.000 0.000 0.051 006566 AA 16 20 19 17 72 AT 7 1 0 4 12 TT 0 0 0 0 0 0.741 0.012 0.000 0.233 0.497 006774 AA 0 0 0 0 0 AT 2 5 5 0 12 TT 20 16 14 24 74 0.050 0.383 0.436 0.000 0.484 006829 -- 0 0 0 0 0 +- 1 3 1 0 5 ++ 22 18 17 24 81 0.011 0.124 0.015 0.000 0.077 007501 CC 0 0 0 0 0 CG 5 0 2 0 7 GG 22 22 20 23 87 0.281 0.000 0.050 0.000 0.141 007687 -- 20 22 20 23 85 +- 4 0 2 0 6 ++ 0 0 0 0 0 0.198 0.000 0.050 0.000 0.106 007808 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 1 0 1 TT 26 22 21 23 92 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 008066 CC 26 22 22 22 92 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 008141 * 008653 CC 20 19 18 23 80 CG 5 0 2 0 7 GG 0 0 0 0 0 0.309 0.000 0.055 0.000 0.153 008707 CC 0 0 0 0 0 CT 5 0 2 0 7 TT 20 19 18 23 80 0.309 0.000 0.055 0.000 0.153 008826 AA 20 19 20 21 80 AT 5 0 0 2 7 TT 0 0 0 0 0 0.309 0.000 0.000 0.048 0.153 008908 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 24 19 20 23 86 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 008944 AA 24 19 20 23 86 AC 1 0 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 009008 CC 19 17 20 24 80 CT 7 4 2 0 13 TT 0 0 0 0 0 0.629 0.233 0.050 0.000 0.525 009137 CC 1 0 0 0 1 CT 6 0 0 0 6 TT 18 21 21 23 83 0.287 0.000 0.000 0.000 4.165 009283 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 1 0 1 GG 25 21 20 23 89 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 009385 AA 0 0 0 0 0 AG 6 4 2 0 12 GG 20 17 20 24 81 0.442 0.233 0.050 0.000 0.442 009468 AA 22 21 21 24 88 AT 2 0 0 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.045 0.000 0.000 0.000 0.011 009728 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 24 20 21 24 89 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 009810 CC 24 21 19 24 88 CT 0 0 2 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.053 0.000 0.011 010199 CC 0 0 0 0 0 CG 1 0 0 0 1 GG 22 22 21 21 86 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 010374 CC 25 22 22 22 91 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010386 CC 0 0 0 0 0 CG 1 0 0 0 1 GG 25 22 22 23 92 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 010622 CC 6 5 12 0 23 CG 14 9 9 11 43 GG 6 8 1 11 26 0.154 0.609 0.182 2.444 0.379 010679 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 1 0 3 GG 24 22 21 22 89 0.042 0.000 0.012 0.000 0.025 010748 GG 0 0 0 0 0 GT 0 1 0 0 1 TT 26 21 22 22 91 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 010889 CC 23 22 21 21 87 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 010897 CC 19 22 19 20 80 CT 4 0 2 0 6 TT 0 0 0 0 0 0.209 0.000 0.053 0.000 0.112 011070 CC 0 0 0 0 0 CT 5 4 4 0 13 TT 19 18 18 24 79 0.324 0.220 0.220 0.000 0.532 011099 CC 1 5 10 0 16 CT 13 5 8 12 38 TT 9 12 4 12 37 1.882 5.374 1.010 2.667 1.264 011230 CC 18 22 22 22 84 CG 6 0 0 2 8 GG 0 0 0 0 0 0.490 0.000 0.000 0.045 0.190 011249 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 2 5 GG 21 22 22 22 87 0.107 0.000 0.000 0.045 0.072 011267 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 22 22 22 24 90 0.045 0.000 0.000 0.000 0.011 011297 CC 23 22 21 24 90 CT 1 0 1 0 2 TT 0 0 0 0 0 0.011 0.000 0.012 0.000 0.011 011422 CC 24 22 21 24 91 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 011468 AA 24 22 22 22 90 AT 3 0 0 2 5 TT 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.045 0.069 011522 AA 0 0 0 0 0 AG 6 0 0 2 8 GG 20 22 21 22 85 0.442 0.000 0.000 0.045 0.188 011566 CC 0 0 0 0 0 CT 2 0 1 0 3 TT 25 21 19 24 89 0.040 0.000 0.013 0.000 0.025 011669 AA 21 11 4 11 47 AT 5 6 8 12 31 TT 0 4 8 0 12 0.294 2.679 0.556 2.865 3.193 011757 GG 0 0 0 0 0 GT 0 1 0 0 1 TT 27 21 22 24 94 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 011802 CC 0 0 0 0 0 CG 5 0 2 0 7 GG 22 22 20 24 88 0.281 0.000 0.050 0.000 0.139 012096 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 20 22 22 23 87 0.050 0.000 0.000 0.000 0.011 012112 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 2 0 3 TT 21 22 20 23 86 0.012 0.000 0.050 0.000 0.026 012158 CC 0 0 0 0 0 CG 0 0 1 0 1 GG 22 22 21 23 88 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 012496 AA 22 22 20 23 87 AG 4 0 0 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.181 0.000 0.000 0.000 0.046 012539 AA 0 0 0 0 0 AG 5 0 2 0 7 GG 21 22 19 23 85 0.294 0.000 0.053 0.000 0.144 012699 AA 24 22 20 23 89 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 012727 AA 20 22 18 23 83 AG 5 0 2 0 7 GG 0 0 0 0 0 0.309 0.000 0.055 0.000 0.147 013384 AA 18 22 20 18 78 AG 5 0 2 0 7 GG 0 0 0 0 0 0.342 0.000 0.050 0.000 0.157 013443 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 23 21 22 18 84 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 013460 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 0 0 1 TT 23 22 22 18 85 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 013512 AA 25 22 22 23 92 AT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 013587 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 1 1 TT 26 22 22 22 92 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 013722 CC 26 21 22 22 91 CG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 013869 AA 0 8 1 9 18 AT 6 9 7 12 34 TT 20 5 14 1 40 0.442 0.609 0.011 1.455 4.294 013913 AA 0 0 0 0 0 AG 5 0 2 0 7 GG 21 22 20 22 85 0.294 0.000 0.050 0.000 0.144 013946 AA 0 0 0 0 0 AT 5 4 4 0 13 TT 21 18 18 22 79 0.294 0.220 0.220 0.000 0.532 014284 AA 2 8 1 10 21 AG 11 8 7 12 38 GG 13 5 14 0 32 0.024 1.037 0.011 3.094 2.115 014321 AA 0 0 1 0 1 AC 0 0 5 0 5 CC 26 22 16 24 88 0.000 0.000 0.499 0.000 6.261 014379 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 25 22 22 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 014551 -- 0 0 0 0 0 +- 5 0 0 2 7 ++ 21 22 22 22 87 0.294 0.000 0.000 0.045 0.141 014711 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 0 2 GG 25 22 22 24 93 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 014872 CC 19 22 22 21 84 CG 6 0 0 2 8 GG 0 0 0 0 0 0.465 0.000 0.000 0.048 0.190 014874 GG 20 22 20 23 85 GT 5 0 2 0 7 TT 0 0 0 0 0 0.309 0.000 0.050 0.000 0.144 014892 AA 22 22 22 21 87 AG 3 0 0 2 5 GG 0 0 0 0 0 0.102 0.000 0.000 0.048 0.072 014940 AA 25 19 22 23 89 AG 0 3 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.118 0.000 0.000 0.025 014955 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 0 0 1 ++ 24 22 22 23 91 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 015161 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 26 21 22 24 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 015364 AA 0 0 0 0 0 AT 2 0 0 2 4 TT 23 22 22 20 87 0.043 0.000 0.000 0.050 0.046 015435 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 24 22 22 22 90 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 015445 GG 19 18 18 22 77 GT 6 3 4 0 13 TT 0 0 0 0 0 0.465 0.124 0.220 0.000 0.545 015579 CC 20 22 20 21 83 CG 5 0 2 0 7 GG 0 0 0 0 0 0.309 0.000 0.050 0.000 0.147 016781 CC 3 8 2 11 24 CT 10 8 4 10 32 TT 3 5 10 0 18 1.000 1.037 1.778 2.051 1.239 016793 CC 0 0 0 0 0 CT 5 0 2 0 7 TT 14 22 19 23 78 0.436 0.000 0.053 0.000 0.157 016802 AA 0 0 0 0 0 AG 2 0 0 2 4 GG 17 22 21 22 82 0.059 0.000 0.000 0.045 0.049 016927 AA 22 21 22 24 89 AG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 017276 AA 22 22 22 19 85 AG 0 0 0 5 5 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.324 0.073 017296 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 21 22 22 24 89 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003633: a 006143: TC 006829: tttttt 007687: CGTGTG 014551: c 014955: ca Tri-allelic sites: Site Genotype AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 008141 AA 1 0 0 0 1 008141 AC 0 0 0 0 0 008141 AG 6 0 0 1 7 008141 CC 1 0 0 0 1 008141 CG 5 0 0 1 6 008141 GG 13 21 22 19 75