Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000148 C 0.24 0.00 0.00 0.00 0.06 T 0.76 1.00 1.00 1.00 0.94 0.36 0.00 0.00 0.00 0.11 000282 T 0.55 0.25 0.26 0.28 0.33 C 0.45 0.75 0.74 0.72 0.67 0.50 0.38 0.39 0.41 0.44 000292 A 0.24 0.00 0.00 0.00 0.06 G 0.76 1.00 1.00 1.00 0.94 0.36 0.00 0.00 0.00 0.11 000594 T 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 G 0.91 1.00 1.00 1.00 0.97 0.17 0.00 0.00 0.00 0.05 000598 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000622 C 0.22 0.00 0.00 0.00 0.06 T 0.78 1.00 1.00 1.00 0.94 0.35 0.00 0.00 0.00 0.12 000664 T 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 A 1.00 0.95 0.98 1.00 0.98 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 000694 G 0.23 0.00 0.00 0.00 0.06 C 0.77 1.00 1.00 1.00 0.94 0.36 0.00 0.00 0.00 0.12 000848 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 001009 A 0.23 0.00 0.00 0.00 0.06 G 0.77 1.00 1.00 1.00 0.94 0.35 0.00 0.00 0.00 0.12 001076 T 0.23 0.00 0.00 0.00 0.06 C 0.77 1.00 1.00 1.00 0.94 0.35 0.00 0.00 0.00 0.12 001141 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001156 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 001935 T 0.23 0.00 0.00 0.00 0.06 A 0.77 1.00 1.00 1.00 0.94 0.35 0.00 0.00 0.00 0.11 001969 G 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 A 0.98 0.98 1.00 0.98 0.98 0.04 0.04 0.00 0.04 0.03 001975 A 0.23 0.00 0.00 0.00 0.06 G 0.77 1.00 1.00 1.00 0.94 0.35 0.00 0.00 0.00 0.11 002303 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002395 G 0.58 0.36 0.50 0.29 0.44 A 0.42 0.64 0.50 0.71 0.56 0.49 0.46 0.50 0.41 0.49 002519 C 0.56 0.25 0.25 0.31 0.35 T 0.44 0.75 0.75 0.69 0.65 0.49 0.38 0.38 0.43 0.46 002605 C 0.56 0.25 0.25 0.29 0.35 G 0.44 0.75 0.75 0.71 0.65 0.49 0.38 0.38 0.41 0.45 002780 T 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 C 0.77 1.00 1.00 1.00 0.93 0.36 0.00 0.00 0.00 0.13 003021 C 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 T 0.90 1.00 1.00 1.00 0.97 0.18 0.00 0.00 0.00 0.05 003083 C 0.24 0.00 0.00 0.00 0.06 T 0.76 1.00 1.00 1.00 0.94 0.36 0.00 0.00 0.00 0.12 003275 T 0.24 0.00 0.00 0.00 0.06 C 0.76 1.00 1.00 1.00 0.94 0.36 0.00 0.00 0.00 0.12 003598 T 0.06 0.05 0.02 0.00 0.03 A 0.94 0.95 0.98 1.00 0.97 0.12 0.09 0.04 0.00 0.06 003633 - 0.15 0.00 0.00 0.00 0.04 + 0.85 1.00 1.00 1.00 0.96 0.25 0.00 0.00 0.00 0.07 003685 T 0.06 0.05 0.02 0.00 0.03 C 0.94 0.95 0.98 1.00 0.97 0.12 0.09 0.04 0.00 0.06 004575 G 0.08 0.05 0.02 0.00 0.04 A 0.92 0.95 0.98 1.00 0.96 0.14 0.09 0.04 0.00 0.07 004796 C 0.13 0.00 0.00 0.00 0.04 T 0.87 1.00 1.00 1.00 0.96 0.23 0.00 0.00 0.00 0.07 005312 A 0.23 0.00 0.00 0.00 0.06 G 0.77 1.00 1.00 1.00 0.94 0.36 0.00 0.00 0.00 0.12 005353 T 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 C 1.00 0.98 0.95 1.00 0.98 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 005496 G 0.10 0.09 0.05 0.10 0.09 T 0.90 0.91 0.95 0.90 0.91 0.17 0.17 0.09 0.19 0.16 005565 T 0.15 0.09 0.07 0.08 0.10 C 0.85 0.91 0.93 0.92 0.90 0.26 0.17 0.13 0.15 0.18 005841 G 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.10 0.00 0.02 005891 T 0.20 0.00 0.00 0.00 0.05 C 0.80 1.00 1.00 1.00 0.95 0.33 0.00 0.00 0.00 0.10 006143 + 0.43 0.05 0.03 0.11 0.16 - 0.57 0.95 0.97 0.89 0.84 0.49 0.10 0.05 0.20 0.28 006283 A 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 G 0.89 1.00 1.00 1.00 0.98 0.19 0.00 0.00 0.00 0.05 006566 T 0.15 0.02 0.00 0.10 0.07 A 0.85 0.98 1.00 0.90 0.93 0.26 0.05 0.00 0.17 0.13 006774 A 0.05 0.12 0.13 0.00 0.07 T 0.95 0.88 0.87 1.00 0.93 0.09 0.21 0.23 0.00 0.13 006829 - 0.02 0.07 0.03 0.00 0.03 + 0.98 0.93 0.97 1.00 0.97 0.04 0.13 0.05 0.00 0.06 007501 C 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 007687 + 0.08 0.00 0.05 0.00 0.03 - 0.92 1.00 0.95 1.00 0.97 0.15 0.00 0.09 0.00 0.06 007808 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 008066 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 008141 * 008653 G 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 C 0.90 1.00 0.95 1.00 0.96 0.18 0.00 0.10 0.00 0.08 008707 C 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 T 0.90 1.00 0.95 1.00 0.96 0.18 0.00 0.10 0.00 0.08 008826 T 0.10 0.00 0.00 0.04 0.04 A 0.90 1.00 1.00 0.96 0.96 0.18 0.00 0.00 0.08 0.08 008908 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 008944 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009008 T 0.13 0.10 0.05 0.00 0.07 C 0.87 0.90 0.95 1.00 0.93 0.23 0.17 0.09 0.00 0.13 009137 C 0.16 0.00 0.00 0.00 0.04 T 0.84 1.00 1.00 1.00 0.96 0.27 0.00 0.00 0.00 0.08 009283 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 009385 A 0.12 0.10 0.05 0.00 0.06 G 0.88 0.90 0.95 1.00 0.94 0.20 0.17 0.09 0.00 0.12 009468 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 009728 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 009810 T 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.95 1.00 0.99 0.00 0.00 0.09 0.00 0.02 010199 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010374 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010386 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010622 C 0.50 0.43 0.75 0.25 0.48 G 0.50 0.57 0.25 0.75 0.52 0.50 0.49 0.38 0.38 0.50 010679 A 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 G 0.96 1.00 0.98 1.00 0.98 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 010748 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 010889 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 010897 T 0.09 0.00 0.05 0.00 0.03 C 0.91 1.00 0.95 1.00 0.97 0.16 0.00 0.09 0.00 0.07 011070 C 0.10 0.09 0.09 0.00 0.07 T 0.90 0.91 0.91 1.00 0.93 0.19 0.17 0.17 0.00 0.13 011099 C 0.33 0.34 0.64 0.25 0.38 T 0.67 0.66 0.36 0.75 0.62 0.44 0.45 0.46 0.38 0.47 011230 G 0.12 0.00 0.00 0.04 0.04 C 0.88 1.00 1.00 0.96 0.96 0.22 0.00 0.00 0.08 0.08 011249 A 0.06 0.00 0.00 0.04 0.03 G 0.94 1.00 1.00 0.96 0.97 0.12 0.00 0.00 0.08 0.05 011267 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 011297 T 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 011422 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 011468 T 0.06 0.00 0.00 0.04 0.03 A 0.94 1.00 1.00 0.96 0.97 0.10 0.00 0.00 0.08 0.05 011522 A 0.12 0.00 0.00 0.04 0.04 G 0.88 1.00 1.00 0.96 0.96 0.20 0.00 0.00 0.08 0.08 011566 C 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 T 0.96 1.00 0.97 1.00 0.98 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 011669 T 0.10 0.33 0.60 0.26 0.31 A 0.90 0.67 0.40 0.74 0.69 0.17 0.44 0.48 0.39 0.42 011757 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 011802 C 0.09 0.00 0.05 0.00 0.04 G 0.91 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 012096 A 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.95 1.00 1.00 1.00 0.99 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 012112 C 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 T 0.98 1.00 0.95 1.00 0.98 0.04 0.00 0.09 0.00 0.03 012158 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 012496 G 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 012539 A 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 G 0.90 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 012699 G 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 012727 G 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 A 0.90 1.00 0.95 1.00 0.96 0.18 0.00 0.10 0.00 0.07 013384 G 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 A 0.89 1.00 0.95 1.00 0.96 0.19 0.00 0.09 0.00 0.08 013443 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 013460 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 013512 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 013587 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 013722 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 013869 A 0.12 0.57 0.20 0.68 0.38 T 0.88 0.43 0.80 0.32 0.62 0.20 0.49 0.33 0.43 0.47 013913 A 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 G 0.90 1.00 0.95 1.00 0.96 0.17 0.00 0.09 0.00 0.07 013946 A 0.10 0.09 0.09 0.00 0.07 T 0.90 0.91 0.91 1.00 0.93 0.17 0.17 0.17 0.00 0.13 014284 A 0.29 0.57 0.20 0.73 0.44 G 0.71 0.43 0.80 0.27 0.56 0.41 0.49 0.33 0.40 0.49 014321 A 0.00 0.00 0.16 0.00 0.04 C 1.00 1.00 0.84 1.00 0.96 0.00 0.00 0.27 0.00 0.07 014379 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 014551 - 0.10 0.00 0.00 0.04 0.04 + 0.90 1.00 1.00 0.96 0.96 0.17 0.00 0.00 0.08 0.07 014711 A 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 014872 G 0.12 0.00 0.00 0.04 0.04 C 0.88 1.00 1.00 0.96 0.96 0.21 0.00 0.00 0.08 0.08 014874 T 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 G 0.90 1.00 0.95 1.00 0.96 0.18 0.00 0.09 0.00 0.07 014892 G 0.06 0.00 0.00 0.04 0.03 A 0.94 1.00 1.00 0.96 0.97 0.11 0.00 0.00 0.08 0.05 014940 G 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 A 1.00 0.93 1.00 1.00 0.98 0.00 0.13 0.00 0.00 0.03 014955 - 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 + 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015161 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 015364 A 0.04 0.00 0.00 0.05 0.02 T 0.96 1.00 1.00 0.95 0.98 0.08 0.00 0.00 0.09 0.04 015435 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 015445 T 0.12 0.07 0.09 0.00 0.07 G 0.88 0.93 0.91 1.00 0.93 0.21 0.13 0.17 0.00 0.13 015579 G 0.10 0.00 0.05 0.00 0.04 C 0.90 1.00 0.95 1.00 0.96 0.18 0.00 0.09 0.00 0.07 016781 T 0.50 0.43 0.75 0.24 0.46 C 0.50 0.57 0.25 0.76 0.54 0.50 0.49 0.38 0.36 0.50 016793 C 0.13 0.00 0.05 0.00 0.04 T 0.87 1.00 0.95 1.00 0.96 0.23 0.00 0.09 0.00 0.08 016802 A 0.05 0.00 0.00 0.04 0.02 G 0.95 1.00 1.00 0.96 0.98 0.10 0.00 0.00 0.08 0.05 016927 G 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 A 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 017276 G 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 A 1.00 1.00 1.00 0.90 0.97 0.00 0.00 0.00 0.19 0.05 017296 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 003633: a 006143: TC 006829: tttttt 007687: CGTGTG 014551: c 014955: ca Tri-allelic sites: Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop 008141 C 0.13 0.00 0.00 0.02 0.04 A 0.15 0.00 0.00 0.02 0.05 G 0.71 1.00 1.00 0.95 0.91