Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000142 G 0.02 A 0.98 0.04 001010 T 0.20 G 0.80 0.32 001241 A 0.23 C 0.77 0.35 001312 A 0.10 G 0.90 0.18 001770 C 0.41 T 0.59 0.48 001865 T 0.03 C 0.97 0.05 002018 T 0.01 C 0.99 0.01 002191 G 0.01 A 0.99 0.01 002739 C 0.01 A 0.99 0.01 002805 A 0.01 G 0.99 0.01 002929 G 0.45 C 0.55 0.49 003080 C 0.11 T 0.89 0.19 003111 A 0.33 G 0.67 0.44 003139 G 0.01 C 0.99 0.02 003346 G 0.01 A 0.99 0.01 003381 T 0.01 C 0.99 0.01 003539 G 0.03 A 0.97 0.06 003794 T 0.01 C 0.99 0.01 004211 A 0.32 G 0.68 0.44 004261 A 0.32 G 0.68 0.44 004434 C 0.02 G 0.98 0.03 007289 A 0.01 G 0.99 0.01 007327 G 0.04 C 0.96 0.07 007399 G 0.01 A 0.99 0.02 007423 T 0.01 C 0.99 0.02 007548 - 0.01 + 0.99 0.01 007573 T 0.11 C 0.89 0.19 007594 A 0.11 G 0.89 0.19 007606 T 0.11 C 0.89 0.19 007815 G 0.40 C 0.60 0.48 008038 T 0.25 C 0.75 0.37 008202 G 0.02 A 0.98 0.03 008845 A 0.01 G 0.99 0.01 008874 G 0.02 A 0.98 0.03 009029 C 0.02 A 0.98 0.05 009036 A 0.04 G 0.96 0.08 009215 A 0.10 G 0.90 0.17 009339 T 0.01 G 0.99 0.01 009529 G 0.02 C 0.98 0.04 009549 G 0.01 A 0.99 0.01 009593 G 0.01 A 0.99 0.01 009622 C 0.01 T 0.99 0.01 009628 C 0.05 T 0.95 0.09 009652 C 0.02 A 0.98 0.04 009825 T 0.01 C 0.99 0.01 009865 C 0.40 A 0.60 0.48 010218 A 0.03 T 0.97 0.07 010297 G 0.01 A 0.99 0.01 010392 C 0.01 T 0.99 0.01 010783 G 0.02 A 0.98 0.03 010829 T 0.02 C 0.98 0.04 010853 T 0.01 C 0.99 0.01 011153 C 0.01 A 0.99 0.01 011555 C 0.13 G 0.87 0.22 011964 C 0.36 T 0.64 0.46 012162 A 0.01 T 0.99 0.01 012299 G 0.01 A 0.99 0.02 012358 T 0.31 C 0.69 0.43 012486 C 0.01 T 0.99 0.01 012496 T 0.01 C 0.99 0.01 012955 T 0.46 C 0.54 0.50 013144 + 0.29 - 0.71 0.41 013221 T 0.01 C 0.99 0.02 013471 G 0.15 T 0.85 0.25 013564 A 0.02 G 0.98 0.04 013792 T 0.01 A 0.99 0.02 013844 A 0.01 C 0.99 0.01 013978 C 0.01 T 0.99 0.01 014024 G 0.01 A 0.99 0.01 014201 T 0.11 C 0.89 0.20 014420 C 0.01 T 0.99 0.01 014434 A 0.12 G 0.88 0.21 014773 T 0.10 C 0.90 0.18 015040 G 0.01 C 0.99 0.01 015186 C 0.06 T 0.94 0.12 015218 G 0.10 C 0.90 0.18 015406 G 0.12 A 0.88 0.20 015427 T 0.02 C 0.98 0.04 015702 G 0.01 A 0.99 0.01 015730 G 0.12 T 0.88 0.21 015817 G 0.11 C 0.89 0.20 015856 A 0.02 G 0.98 0.03 015986 T 0.11 C 0.89 0.20 016067 G 0.02 C 0.98 0.04 016089 T 0.02 A 0.98 0.04 016662 T 0.03 C 0.97 0.06 016753 A 0.41 G 0.59 0.48 016778 T 0.01 C 0.99 0.01 016920 A 0.01 T 0.99 0.01 016970 A 0.01 T 0.99 0.01 017066 A 0.01 G 0.99 0.01 017089 - 0.01 + 0.99 0.01 017269 T 0.01 C 0.99 0.01 017316 T 0.01 A 0.99 0.01 017700 A 0.38 T 0.62 0.47 017772 C 0.01 G 0.99 0.01 017826 A 0.01 G 0.99 0.01 017955 A 0.43 C 0.57 0.49 018275 C 0.02 T 0.98 0.04 018465 A 0.32 G 0.68 0.43 018482 T 0.01 C 0.99 0.03 018483 A 0.10 G 0.90 0.18 018708 A 0.11 T 0.89 0.20 018918 A 0.11 G 0.89 0.20 019087 A 0.44 G 0.56 0.49 019904 G 0.01 A 0.99 0.01 019912 C 0.01 T 0.99 0.01 019981 - 0.01 + 0.99 0.01 020221 T 0.01 C 0.99 0.02 020289 G 0.45 A 0.55 0.49 020931 C 0.01 A 0.99 0.02 020964 C 0.45 T 0.55 0.50 021101 T 0.01 C 0.99 0.01 021196 + 0.11 - 0.89 0.19 021618 C 0.01 G 0.99 0.01 021839 A 0.01 G 0.99 0.02 021898 A 0.01 G 0.99 0.01 021926 C 0.38 A 0.62 0.47 022048 G 0.01 A 0.99 0.02 022105 C 0.11 T 0.89 0.19 022574 - 0.12 + 0.88 0.21 023031 A 0.02 G 0.98 0.04 023041 T 0.01 C 0.99 0.02 023225 - 0.01 + 0.99 0.02 023260 A 0.01 G 0.99 0.02 023308 A 0.01 G 0.99 0.02 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 007548: C 013144: TTCAGGATTT 017089: TG 019981: TC 021196: AAT 022574: CTC 023225: G