Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000217 G 0.45 A 0.55 0.50 000328 + 0.34 - 0.66 0.45 000340 G 0.01 A 0.99 0.02 000392 A 0.02 T 0.98 0.04 000503 G 0.01 A 0.99 0.01 000571 A 0.01 G 0.99 0.01 000922 - 0.01 + 0.99 0.01 001149 G 0.48 C 0.52 0.50 001384 T 0.01 C 0.99 0.01 001988 G 0.32 A 0.68 0.44 002089 C 0.33 T 0.67 0.44 002146 - 0.01 + 0.99 0.01 002504 T 0.01 C 0.99 0.01 002534 T 0.01 C 0.99 0.01 002535 A 0.01 G 0.99 0.01 002691 C 0.32 T 0.68 0.43 003185 G 0.30 C 0.70 0.42 003430 T 0.45 C 0.55 0.50 003547 A 0.01 G 0.99 0.01 003558 T 0.32 C 0.68 0.43 007670 T 0.34 G 0.66 0.45 007873 T 0.34 C 0.66 0.45 007894 T 0.02 C 0.98 0.03 007918 G 0.01 C 0.99 0.02 008059 A 0.32 G 0.68 0.44 008107 C 0.34 A 0.66 0.45 008401 C 0.01 A 0.99 0.01 009026 T 0.01 A 0.99 0.01 009590 T 0.01 C 0.99 0.01 009738 A 0.03 G 0.97 0.06 009818 A 0.01 G 0.99 0.01 010128 + 0.33 - 0.67 0.44 010131 G 0.33 T 0.67 0.44 010574 A 0.01 G 0.99 0.01 010705 T 0.01 C 0.99 0.02 010796 T 0.02 A 0.98 0.03 011157 A 0.01 G 0.99 0.01 011287 T 0.34 C 0.66 0.45 011340 A 0.01 G 0.99 0.02 011381 A 0.01 G 0.99 0.01 012227 A 0.01 C 0.99 0.01 012273 A 0.01 G 0.99 0.01 012383 T 0.11 C 0.89 0.20 012531 G 0.03 C 0.97 0.05 012562 C 0.33 T 0.67 0.44 013441 G 0.01 A 0.99 0.01 013578 - 0.44 + 0.56 0.49 013622 T 0.01 C 0.99 0.01 013862 G 0.01 T 0.99 0.02 013974 C 0.33 T 0.67 0.44 014248 T 0.01 A 0.99 0.01 014493 G 0.01 T 0.99 0.01 014772 G 0.33 A 0.67 0.44 014908 T 0.01 C 0.99 0.01 016236 T 0.01 C 0.99 0.01 016775 A 0.03 T 0.97 0.05 017105 A 0.31 G 0.69 0.43 017233 G 0.02 C 0.98 0.04 017280 + 0.32 - 0.68 0.44 017546 C 0.34 T 0.66 0.45 018573 A 0.04 G 0.96 0.09 018798 A 0.01 G 0.99 0.02 018863 G 0.01 T 0.99 0.02 019305 A 0.33 G 0.67 0.44 019408 G 0.07 A 0.93 0.13 019528 G 0.01 A 0.99 0.01 019904 A 0.01 T 0.99 0.01 020143 A 0.01 C 0.99 0.01 020311 A 0.28 G 0.72 0.41 020395 A 0.01 G 0.99 0.01 020538 G 0.02 A 0.98 0.04 020896 G 0.30 T 0.70 0.42 021115 G 0.03 A 0.97 0.05 021220 G 0.48 A 0.52 0.50 022035 C 0.01 T 0.99 0.01 022433 T 0.01 G 0.99 0.01 022495 A 0.01 G 0.99 0.02 026121 - 0.01 + 0.99 0.02 026422 T 0.07 C 0.93 0.13 026453 G 0.01 T 0.99 0.01 026707 T 0.33 A 0.67 0.44 026845 T 0.03 C 0.97 0.05 026858 C 0.32 G 0.68 0.43 027586 A 0.01 G 0.99 0.01 028966 C 0.02 T 0.98 0.03 028988 - 0.33 + 0.67 0.44 029258 C 0.33 T 0.67 0.44 029448 T 0.01 C 0.99 0.02 030188 A 0.32 G 0.68 0.44 030257 C 0.01 T 0.99 0.01 030630 A 0.01 T 0.99 0.01 030748 G 0.36 T 0.64 0.46 031230 + 0.35 - 0.65 0.45 031300 A 0.01 G 0.99 0.01 031466 + 0.01 - 0.99 0.01 031631 A 0.01 G 0.99 0.01 031875 G 0.01 A 0.99 0.02 032686 G 0.01 A 0.99 0.01 032885 A 0.05 G 0.95 0.10 032890 T 0.35 C 0.65 0.46 033119 C 0.29 T 0.71 0.41 033420 T 0.43 C 0.57 0.49 033921 G 0.32 A 0.68 0.44 033927 A 0.01 G 0.99 0.01 034226 G 0.02 A 0.98 0.03 034356 G 0.33 A 0.67 0.44 035166 C 0.45 A 0.55 0.50 035507 A 0.08 C 0.92 0.15 035964 G 0.01 A 0.99 0.01 036077 C 0.33 A 0.67 0.44 036284 - 0.31 + 0.69 0.43 036703 T 0.01 C 0.99 0.01 036793 G 0.31 A 0.69 0.43 036842 C 0.01 A 0.99 0.01 036859 G 0.32 A 0.68 0.43 036972 T 0.34 G 0.66 0.45 037188 G 0.01 T 0.99 0.01 037447 C 0.01 T 0.99 0.02 037552 C 0.01 T 0.99 0.01 037612 T 0.01 C 0.99 0.01 038085 G 0.14 A 0.86 0.23 038382 G 0.01 A 0.99 0.02 038734 C 0.33 T 0.67 0.44 038735 A 0.01 G 0.99 0.02 038871 G 0.33 A 0.67 0.44 038890 T 0.32 C 0.68 0.43 039291 A 0.01 C 0.99 0.01 039743 A 0.01 G 0.99 0.01 040350 T 0.01 A 0.99 0.01 040409 T 0.34 C 0.66 0.45 040669 + 0.02 - 0.98 0.04 040919 C 0.01 T 0.99 0.02 041288 G 0.01 A 0.99 0.01 041721 G 0.02 A 0.98 0.03 041952 T 0.01 C 0.99 0.01 042060 T 0.01 A 0.99 0.01 042320 T 0.02 C 0.98 0.03 042524 T 0.01 A 0.99 0.01 042564 C 0.50 T 0.50 0.50 043670 G 0.01 T 0.99 0.01 043893 C 0.32 T 0.68 0.44 044059 A 0.09 G 0.91 0.17 044322 G 0.01 A 0.99 0.01 044736 A 0.01 G 0.99 0.01 045154 C 0.01 T 0.99 0.01 045505 G 0.01 T 0.99 0.01 045605 T 0.01 C 0.99 0.01 045665 A 0.11 G 0.89 0.20 046019 C 0.02 G 0.98 0.04 046101 G 0.01 A 0.99 0.01 046461 T 0.32 C 0.68 0.43 046665 G 0.11 C 0.89 0.20 046847 A 0.33 G 0.67 0.44 047142 G 0.32 T 0.68 0.44 047365 A 0.01 G 0.99 0.01 047373 C 0.45 T 0.55 0.49 047381 A 0.01 G 0.99 0.01 047826 A 0.44 T 0.56 0.49 047839 C 0.23 A 0.77 0.36 047987 C 0.32 T 0.68 0.44 048027 C 0.32 T 0.68 0.44 048135 T 0.31 C 0.69 0.43 048455 T 0.48 A 0.52 0.50 048506 C 0.50 T 0.50 0.50 048551 C 0.45 T 0.55 0.50 048591 G 0.33 A 0.67 0.44 048601 T 0.35 A 0.65 0.45 048603 - 0.35 + 0.65 0.45 050244 G 0.02 A 0.98 0.03 051281 + 0.35 - 0.65 0.45 051416 - 0.01 + 0.99 0.01 051490 A 0.02 G 0.98 0.03 051538 A 0.01 G 0.99 0.01 051628 - 0.32 + 0.68 0.44 051693 A 0.42 T 0.58 0.49 051767 G 0.32 C 0.68 0.44 052125 A 0.01 G 0.99 0.02 052529 G 0.33 A 0.67 0.44 052585 A 0.35 T 0.65 0.46 052587 A 0.30 T 0.70 0.42 052601 C 0.05 T 0.95 0.10 054830 + 0.33 - 0.67 0.44 055298 G 0.33 A 0.67 0.44 055319 G 0.01 A 0.99 0.01 055669 G 0.33 A 0.67 0.44 055930 C 0.34 T 0.66 0.45 055931 T 0.02 A 0.98 0.04 056293 A 0.05 G 0.95 0.10 056356 A 0.01 G 0.99 0.01 056718 G 0.01 A 0.99 0.01 056796 T 0.03 G 0.97 0.06 057214 A 0.02 G 0.98 0.03 057254 G 0.01 C 0.99 0.01 058072 T 0.03 G 0.97 0.07 058104 A 0.01 G 0.99 0.01 058120 A 0.01 G 0.99 0.01 058169 C 0.32 T 0.68 0.43 058369 T 0.01 C 0.99 0.01 058590 G 0.32 A 0.68 0.44 058614 G 0.32 A 0.68 0.44 058834 A 0.27 G 0.73 0.40 059589 C 0.06 T 0.94 0.12 059647 A 0.09 G 0.91 0.17 059687* 059822 G 0.33 A 0.67 0.44 059968* 060022 C 0.03 T 0.97 0.05 060061 T 0.33 C 0.67 0.44 060190 G 0.01 A 0.99 0.01 060520 A 0.32 G 0.68 0.44 060842 G 0.01 T 0.99 0.02 060880 G 0.01 A 0.99 0.01 061014 C 0.02 T 0.98 0.03 061283 A 0.01 G 0.99 0.01 061287 - 0.03 + 0.97 0.06 061291 A 0.01 G 0.99 0.01 061293 C 0.01 G 0.99 0.01 061353 A 0.01 C 0.99 0.01 061461 G 0.33 A 0.67 0.44 061681 T 0.02 A 0.98 0.04 061684 A 0.01 T 0.99 0.01 062050 T 0.02 C 0.98 0.03 062053 T 0.07 C 0.93 0.12 062188 G 0.05 A 0.95 0.10 062189 A 0.24 C 0.76 0.37 062373 T 0.01 C 0.99 0.01 062569 A 0.31 G 0.69 0.43 062588 - 0.01 + 0.99 0.02 063066 T 0.01 C 0.99 0.01 063326 A 0.01 G 0.99 0.01 063913 G 0.01 C 0.99 0.02 064183 - 0.30 + 0.70 0.42 064315 G 0.02 A 0.98 0.03 064398 A 0.28 G 0.72 0.41 064501 A 0.29 G 0.71 0.41 064634 A 0.05 G 0.95 0.09 064646 G 0.18 A 0.82 0.30 064734 G 0.29 A 0.71 0.41 064768 A 0.29 C 0.71 0.41 064774 T 0.01 C 0.99 0.01 064820 T 0.01 C 0.99 0.01 065030 G 0.01 A 0.99 0.02 066741 C 0.30 T 0.70 0.42 067367 G 0.01 T 0.99 0.01 067611 G 0.01 T 0.99 0.01 067792 G 0.01 A 0.99 0.01 067968 C 0.01 T 0.99 0.01 067978 G 0.12 A 0.88 0.21 067998 G 0.39 T 0.61 0.47 068063 T 0.03 G 0.97 0.07 068767 T 0.01 G 0.99 0.01 068776 A 0.01 G 0.99 0.03 068816 G 0.12 A 0.88 0.22 068904 G 0.01 A 0.99 0.01 069511 C 0.01 T 0.99 0.01 069916 G 0.01 C 0.99 0.01 069927 C 0.01 T 0.99 0.01 071542 G 0.12 A 0.88 0.21 072263 C 0.01 T 0.99 0.02 072338 G 0.30 A 0.70 0.42 072453 C 0.42 T 0.58 0.49 072622 T 0.32 C 0.68 0.44 072673 T 0.12 C 0.88 0.21 072757 A 0.01 G 0.99 0.01 073023 - 0.02 + 0.98 0.04 073297 T 0.01 C 0.99 0.01 073386 A 0.02 G 0.98 0.04 074008 G 0.31 A 0.69 0.43 074021 C 0.30 T 0.70 0.42 074807 G 0.30 A 0.70 0.42 075073 T 0.30 A 0.70 0.42 075503 C 0.01 A 0.99 0.02 075957 A 0.01 G 0.99 0.01 076103 C 0.01 T 0.99 0.01 076375 A 0.01 C 0.99 0.01 076561 C 0.01 A 0.99 0.02 076696 A 0.28 G 0.72 0.40 076933 G 0.01 A 0.99 0.01 076966 A 0.01 C 0.99 0.01 077034 G 0.04 A 0.96 0.07 077053 A 0.01 C 0.99 0.01 077328 C 0.01 T 0.99 0.01 078028 T 0.01 G 0.99 0.01 078289 G 0.31 A 0.69 0.42 078485 G 0.46 A 0.54 0.50 079220 T 0.02 C 0.98 0.04 079259 A 0.01 G 0.99 0.01 079275 G 0.07 A 0.93 0.13 079396 A 0.01 G 0.99 0.02 079777 C 0.26 T 0.74 0.38 079851 G 0.01 A 0.99 0.01 080570 A 0.01 C 0.99 0.01 080740 G 0.01 C 0.99 0.01 080976 G 0.01 A 0.99 0.01 081125 T 0.30 G 0.70 0.42 081485 T 0.02 C 0.98 0.03 081990 T 0.32 C 0.68 0.43 082035 A 0.01 G 0.99 0.02 082199 A 0.01 G 0.99 0.01 082625 C 0.31 T 0.69 0.43 082687 G 0.30 C 0.70 0.42 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000328: ACA 000922: t 002146: TGT 010128: A 013578: GTTTCAAGCTTGTGATAGTCAG 017280: GTAGGTAGATAGATAGAG 026121: a 028988: T 031230: AGG 031466: T 036284: ctt 040669: T 048603: a 051281: TTCC 051416: CCTTTCCTTTCTTTC 051628: acccca 054830: ACAAGCATTGTTACAGTGAACATT 061287: T 062588: T 064183: TT 073023: a *Sites were observed to have 3 alleles. The frequency for each allele is given below. Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 059687 C 0.01 A 0.02 G 0.97 059968 G 0.01 A 0.01 C 0.98