Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop 000217 G 78 A 94 000328 + 55 - 109 000340 G 2 A 166 000392 A 3 T 165 000503 G 1 A 167 000571 A 1 G 167 000922 - 1 + 175 001149 G 85 C 91 001384 T 1 C 157 001988 G 57 A 119 002089 C 58 T 120 002146 - 1 + 177 002504 T 1 C 173 002534 T 1 C 169 002535 A 1 G 171 002691 C 54 T 116 003185 G 53 C 123 003430 T 78 C 94 003547 A 1 G 175 003558 T 56 C 120 007670 T 57 G 113 007873 T 58 C 112 007894 T 3 C 167 007918 G 2 C 168 008059 A 58 G 122 008107 C 59 A 117 008401 C 1 A 175 009026 T 1 A 163 009590 T 1 C 163 009738 A 5 G 165 009818 A 1 G 169 010128 + 58 - 120 010131 G 58 T 120 010574 A 1 G 175 010705 T 1 C 129 010796 T 3 A 169 011157 A 1 G 169 011287 T 57 C 109 011340 A 2 G 166 011381 A 1 G 169 012227 A 1 C 157 012273 A 1 G 179 012383 T 20 C 160 012531 G 5 C 175 012562 C 59 T 121 013441 G 1 A 163 013578 - 74 + 94 013622 T 1 C 173 013862 G 1 T 97 013974 C 32 T 66 014248 T 1 A 173 014493 G 1 T 169 014772 G 56 A 114 014908 T 1 C 167 016236 T 1 C 165 016775 A 5 T 175 017105 A 55 G 121 017233 G 4 C 174 017280 + 53 - 111 017546 C 59 T 113 018573 A 7 G 149 018798 A 1 G 115 018863 G 1 T 111 019305 A 58 G 118 019408 G 13 A 167 019528 G 1 A 179 019904 A 1 T 171 020143 A 1 C 179 020311 A 42 G 106 020395 A 1 G 147 020538 G 3 A 149 020896 G 49 T 115 021115 G 5 A 175 021220 G 86 A 94 022035 C 1 T 173 022433 T 1 G 177 022495 A 2 G 176 026121 - 2 + 158 026422 T 13 C 167 026453 G 1 T 179 026707 T 59 A 121 026845 T 5 C 175 026858 C 57 G 123 027586 A 1 G 167 028966 C 3 T 173 028988 - 57 + 115 029258 C 59 T 119 029448 T 2 C 178 030188 A 57 G 121 030257 C 1 T 163 030630 A 1 T 179 030748 G 50 T 90 031230 + 56 - 106 031300 A 1 G 159 031466 + 1 - 173 031631 A 1 G 171 031875 G 2 A 170 032686 G 1 A 175 032885 A 8 G 152 032890 T 57 C 105 033119 C 45 T 109 033420 T 58 C 78 033921 G 56 A 118 033927 A 1 G 173 034226 G 3 A 173 034356 G 56 A 114 035166 C 68 A 82 035507 A 14 C 158 035964 G 1 A 173 036077 C 59 A 119 036284 - 52 + 114 036703 T 1 C 163 036793 G 52 A 116 036842 C 1 A 167 036859 G 53 A 115 036972 T 57 G 111 037188 G 1 T 179 037447 C 2 T 166 037552 C 1 T 167 037612 T 1 C 165 038085 G 23 A 147 038382 G 2 A 166 038734 C 59 T 121 038735 A 2 G 178 038871 G 58 A 120 038890 T 56 C 120 039291 A 1 C 179 039743 A 1 G 169 040350 T 1 A 175 040409 T 59 C 117 040669 + 4 - 170 040919 C 2 T 162 041288 G 1 A 161 041721 G 3 A 171 041952 T 1 C 169 042060 T 1 A 169 042320 T 3 C 171 042524 T 1 A 175 042564 C 88 T 88 043670 G 1 T 179 043893 C 56 T 118 044059 A 16 G 160 044322 G 1 A 173 044736 A 1 G 173 045154 C 1 T 173 045505 G 1 T 179 045605 T 1 C 179 045665 A 20 G 160 046019 C 4 G 176 046101 G 1 A 179 046461 T 55 C 119 046665 G 20 C 154 046847 A 59 G 121 047142 G 57 T 121 047365 A 1 G 177 047373 C 79 T 97 047381 A 1 G 177 047826 A 74 T 96 047839 C 42 A 138 047987 C 58 T 122 048027 C 58 T 122 048135 T 56 C 122 048455 T 75 A 81 048506 C 78 T 78 048551 C 72 T 88 048591 G 51 A 103 048601 T 58 A 110 048603 - 58 + 110 050244 G 3 A 171 051281 + 52 - 98 051416 - 1 + 175 051490 A 3 G 173 051538 A 1 G 177 051628 - 57 + 121 051693 A 62 T 86 051767 G 55 C 117 052125 A 2 G 176 052529 G 57 A 117 052585 A 61 T 113 052587 A 53 T 121 052601 C 9 T 163 054830 + 59 - 121 055298 G 60 A 120 055319 G 1 A 179 055669 G 59 A 121 055930 C 48 T 92 055931 T 3 A 141 056293 A 9 G 171 056356 A 1 G 177 056718 G 1 A 159 056796 T 5 G 151 057214 A 3 G 175 057254 G 1 C 177 058072 T 6 G 168 058104 A 1 G 171 058120 A 1 G 171 058169 C 54 T 116 058369 T 1 C 171 058590 G 57 A 119 058614 G 57 A 119 058834 A 47 G 125 059589 C 11 T 161 059647 A 16 G 156 059687* 059822 G 56 A 116 059968* 060022 C 5 T 173 060061 T 59 C 119 060190 G 1 A 175 060520 A 58 G 122 060842 G 2 T 176 060880 G 1 A 179 061014 C 3 T 175 061283 A 1 G 171 061287 - 5 + 167 061291 A 1 G 161 061293 C 1 G 161 061353 A 1 C 161 061461 G 53 A 109 061681 T 4 A 176 061684 A 1 T 179 062050 T 3 C 177 062053 T 12 C 168 062188 G 9 A 161 062189 A 41 C 127 062373 T 1 C 169 062569 A 54 G 122 062588 - 2 + 172 063066 T 1 C 161 063326 A 1 G 173 063913 G 1 C 121 064183 - 52 + 122 064315 G 3 A 171 064398 A 49 G 123 064501 A 50 G 124 064634 A 8 G 168 064646 G 32 A 142 064734 G 50 A 122 064768 A 50 C 124 064774 T 1 C 175 064820 T 1 C 175 065030 G 2 A 174 066741 C 54 T 126 067367 G 1 T 179 067611 G 1 T 179 067792 G 1 A 179 067968 C 1 T 179 067978 G 21 A 159 067998 G 69 T 109 068063 T 6 G 170 068767 T 1 G 151 068776 A 2 G 150 068816 G 16 A 112 068904 G 1 A 171 069511 C 1 T 179 069916 G 1 C 175 069927 C 1 T 175 071542 G 21 A 153 072263 C 2 T 178 072338 G 53 A 125 072453 C 60 T 82 072622 T 52 C 110 072673 T 19 C 141 072757 A 1 G 173 073023 - 3 + 149 073297 T 1 C 171 073386 A 3 G 165 074008 G 51 A 115 074021 C 50 T 114 074807 G 53 A 121 075073 T 52 A 124 075503 C 1 A 97 075957 A 1 G 175 076103 C 1 T 179 076375 A 1 C 161 076561 C 1 A 123 076696 A 44 G 114 076933 G 1 A 153 076966 A 1 C 147 077034 G 6 A 150 077053 A 1 C 149 077328 C 1 T 167 078028 T 1 G 177 078289 G 55 A 125 078485 G 82 A 98 079220 T 4 C 176 079259 A 1 G 179 079275 G 13 A 167 079396 A 2 G 178 079777 C 35 T 101 079851 G 1 A 137 080570 A 1 C 179 080740 G 1 C 177 080976 G 1 A 177 081125 T 53 G 123 081485 T 3 C 167 081990 T 54 C 116 082035 A 2 G 168 082199 A 1 G 171 082625 C 47 T 105 082687 G 51 C 117 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000328: ACA 000922: t 002146: TGT 010128: A 013578: GTTTCAAGCTTGTGATAGTCAG 017280: GTAGGTAGATAGATAGAG 026121: a 028988: T 031230: AGG 031466: T 036284: ctt 040669: T 048603: a 051281: TTCC 051416: CCTTTCCTTTCTTTC 051628: acccca 054830: ACAAGCATTGTTACAGTGAACATT 061287: T 062588: T 064183: TT 073023: a *Sites were observed to have 3 alleles. The number of occurance for each allele is given below. Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop Allele3 Total-pop 059687 C 1 A 3 G 168 059968 G 1 A 1 C 174