Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 000105 A 0.46 C 0.54 0.50 000112 - 0.01 + 0.99 0.01 000393 G 0.01 C 0.99 0.02 000577 G 0.01 A 0.99 0.01 000670 A 0.01 G 0.99 0.01 001063 G 0.27 A 0.73 0.40 001169 A 0.01 G 0.99 0.03 001688 A 0.01 G 0.99 0.01 001766 G 0.01 C 0.99 0.01 001978 T 0.44 G 0.56 0.49 002228 C 0.01 T 0.99 0.01 011501 T 0.01 C 0.99 0.01 012594 G 0.01 A 0.99 0.01 012613 + 0.02 - 0.98 0.04 025964 T 0.02 G 0.98 0.04 026570 T 0.01 C 0.99 0.01 026585 T 0.26 C 0.74 0.38 026633 A 0.01 G 0.99 0.02 032781 T 0.01 C 0.99 0.01 032880 G 0.23 A 0.77 0.35 033424 A 0.01 G 0.99 0.02 033435 G 0.01 A 0.99 0.02 033664 A 0.04 G 0.96 0.08 033786 A 0.04 G 0.96 0.09 033789 A 0.02 G 0.98 0.04 033804 T 0.01 C 0.99 0.01 034018 - 0.06 + 0.94 0.11 034329 G 0.01 A 0.99 0.01 034468 T 0.04 G 0.96 0.07 034530 A 0.32 G 0.68 0.43 034547 G 0.01 A 0.99 0.01 034744 G 0.01 C 0.99 0.02 034882 + 0.47 - 0.53 0.50 035065 - 0.01 + 0.99 0.01 046424 T 0.01 G 0.99 0.01 046629 C 0.35 T 0.65 0.45 046637 C 0.01 T 0.99 0.03 046986 C 0.01 T 0.99 0.01 047213 A 0.10 G 0.90 0.18 047376 G 0.01 C 0.99 0.01 047783 T 0.01 C 0.99 0.01 059085 T 0.01 C 0.99 0.02 059086 A 0.05 G 0.95 0.09 060138 T 0.01 C 0.99 0.02 060322 A 0.03 G 0.97 0.06 060430 A 0.44 T 0.56 0.49 067767 C 0.02 A 0.98 0.04 067888 T 0.01 C 0.99 0.01 068201 A 0.12 G 0.88 0.21 068788 C 0.09 T 0.91 0.17 068798 A 0.01 G 0.99 0.01 068830 G 0.03 A 0.97 0.05 068873 G 0.02 A 0.98 0.04 069114 C 0.10 A 0.90 0.18 069123 C 0.01 G 0.99 0.01 069172 C 0.22 T 0.78 0.34 069299 G 0.01 C 0.99 0.01 077588 - 0.27 + 0.73 0.39 077837 C 0.01 T 0.99 0.01 077871 A 0.02 G 0.98 0.04 077877 A 0.01 G 0.99 0.01 078040 T 0.04 G 0.96 0.08 078086 G 0.35 T 0.65 0.46 078491 A 0.01 G 0.99 0.01 078582 A 0.01 G 0.99 0.01 078719 A 0.01 G 0.99 0.01 078787 G 0.01 T 0.99 0.01 078816 C 0.09 T 0.91 0.16 081926 G 0.02 A 0.98 0.03 082085 C 0.01 T 0.99 0.01 082396 G 0.02 A 0.98 0.03 082431 T 0.27 G 0.73 0.40 082458 + 0.01 - 0.99 0.01 082594 A 0.11 G 0.89 0.19 082898 C 0.06 T 0.94 0.11 082913 T 0.02 C 0.98 0.03 082971 C 0.33 G 0.67 0.44 082980 A 0.09 C 0.91 0.16 082996 - 0.08 + 0.92 0.14 083085 T 0.01 C 0.99 0.01 094588 C 0.12 T 0.88 0.22 095191 A 0.14 T 0.86 0.24 095343 G 0.01 A 0.99 0.01 095423 G 0.01 A 0.99 0.01 095486 A 0.13 T 0.87 0.23 095496 T 0.02 C 0.98 0.05 095685 G 0.01 A 0.99 0.02 105039 A 0.02 G 0.98 0.03 105048 T 0.01 C 0.99 0.01 105579 C 0.01 T 0.99 0.01 105731 A 0.01 G 0.99 0.03 105823 G 0.01 A 0.99 0.01 106113 T 0.01 C 0.99 0.01 112619 G 0.10 T 0.90 0.17 113499 C 0.07 A 0.93 0.13 113513 A 0.07 C 0.93 0.12 113661 A 0.01 C 0.99 0.01 125371 A 0.40 C 0.60 0.48 134994 G 0.49 A 0.51 0.50 135063 A 0.01 G 0.99 0.01 135199 T 0.41 C 0.59 0.48 135865 A 0.01 G 0.99 0.01 136185 C 0.01 T 0.99 0.02 136302 T 0.10 C 0.90 0.19 136313 C 0.10 G 0.90 0.18 136437 A 0.11 G 0.89 0.20 136448 C 0.09 T 0.91 0.17 141462 A 0.01 G 0.99 0.01 141742 G 0.01 A 0.99 0.02 141791 G 0.33 A 0.67 0.44 141983 G 0.03 A 0.97 0.06 142359 C 0.23 G 0.77 0.36 142372 T 0.01 C 0.99 0.01 158094 T 0.01 C 0.99 0.01 158196 C 0.01 T 0.99 0.01 159063 + 0.32 - 0.68 0.43 159129 T 0.02 G 0.98 0.05 159296 A 0.31 G 0.69 0.43 159499 A 0.22 C 0.78 0.34 162860 A 0.01 G 0.99 0.01 162947 A 0.01 G 0.99 0.01 163509 T 0.01 G 0.99 0.01 163533 C 0.42 T 0.58 0.49 164202 G 0.01 C 0.99 0.01 164311 - 0.01 + 0.99 0.01 173350 A 0.01 G 0.99 0.01 173429 G 0.01 C 0.99 0.01 173492 C 0.01 G 0.99 0.01 173541 T 0.02 C 0.98 0.04 173542 A 0.01 G 0.99 0.02 173594 A 0.03 C 0.97 0.05 173732 C 0.01 A 0.99 0.01 173872 A 0.05 G 0.95 0.09 174453 - 0.08 + 0.92 0.15 174486 C 0.15 T 0.85 0.26 174491 + 0.17 - 0.83 0.28 174547 C 0.19 G 0.81 0.30 174575 A 0.04 C 0.96 0.08 174718 G 0.01 T 0.99 0.01 174958 G 0.30 A 0.70 0.42 180190 A 0.22 C 0.78 0.35 180216 A 0.20 G 0.80 0.32 180482 T 0.26 A 0.74 0.38 180674 T 0.16 C 0.84 0.28 180712 C 0.04 T 0.96 0.08 180716 T 0.46 C 0.54 0.50 180811 T 0.01 C 0.99 0.02 180829 - 0.01 + 0.99 0.01 180835 A 0.22 G 0.78 0.34 180873 G 0.23 A 0.77 0.36 180902 A 0.01 G 0.99 0.01 180939 T 0.01 G 0.99 0.01 181289 T 0.01 C 0.99 0.01 181339 G 0.14 A 0.86 0.25 181422 A 0.01 G 0.99 0.01 190901 A 0.01 G 0.99 0.03 191494 A 0.01 T 0.99 0.01 191553 A 0.12 G 0.88 0.21 191821 C 0.01 A 0.99 0.01 191906 A 0.04 G 0.96 0.07 191916 A 0.03 G 0.97 0.06 192020 A 0.11 G 0.89 0.19 192073 G 0.01 A 0.99 0.01 192178 A 0.01 G 0.99 0.01 192414 A 0.03 G 0.97 0.06 192422 T 0.01 G 0.99 0.01 192440 A 0.23 G 0.77 0.36 192578 A 0.02 G 0.98 0.04 192835 A 0.04 G 0.96 0.08 193173 G 0.02 A 0.98 0.04 193439 G 0.18 A 0.82 0.29 193468 A 0.01 G 0.99 0.02 193545 A 0.04 G 0.96 0.08 193600 A 0.04 G 0.96 0.08 193650 T 0.01 C 0.99 0.01 194300 C 0.01 T 0.99 0.02 194437 A 0.03 G 0.97 0.07 194507 A 0.01 G 0.99 0.01 194530 T 0.02 C 0.98 0.04 194787 G 0.01 A 0.99 0.01 195017 T 0.01 G 0.99 0.01 195360 T 0.02 G 0.98 0.03 195537 A 0.02 G 0.98 0.03 195773 G 0.01 A 0.99 0.01 196022 A 0.01 G 0.99 0.01 196285 A 0.01 C 0.99 0.01 196364 C 0.02 A 0.98 0.03 196407 - 0.01 + 0.99 0.01 196696 A 0.01 G 0.99 0.01 197096 C 0.12 T 0.88 0.21 197097 T 0.12 A 0.88 0.21 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 000112: CT 012613: T 034018: GAG 034882: T 035065: t 077588: C 082458: T 082996: ggccccttcctcc 159063: ACG 164311: GCGCCCACC 174453: ccaccccctggatctcttgggcagtggggcgagtggccCagggaagccccc 174491: C 180829: GCAGGT 196407: t