Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000046 G 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 000099 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000476 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000725 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 000939 T 0.33 0.12 0.21 0.00 0.17 C 0.67 0.88 0.79 1.00 0.83 0.44 0.22 0.34 0.00 0.28 001323 T 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 001710 C 0.56 0.39 0.65 0.20 0.46 T 0.44 0.61 0.35 0.80 0.54 0.49 0.48 0.45 0.32 0.50 002236 A 0.09 0.14 0.30 0.02 0.13 C 0.91 0.86 0.70 0.98 0.87 0.17 0.24 0.42 0.04 0.23 002755 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 002812 T 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 002844 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003300 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003318 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003553 A 0.19 0.14 0.20 0.00 0.13 G 0.81 0.86 0.80 1.00 0.87 0.30 0.24 0.32 0.00 0.23 003561 A 0.10 0.00 0.02 0.00 0.03 G 0.90 1.00 0.98 1.00 0.97 0.17 0.00 0.05 0.00 0.06 003590 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 003640 A 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.98 1.00 0.97 0.14 0.00 0.04 0.00 0.05 003714 T 0.22 0.14 0.24 0.00 0.15 C 0.78 0.86 0.76 1.00 0.85 0.35 0.24 0.36 0.00 0.26 003730 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 003773 G 0.64 0.31 0.62 0.17 0.44 A 0.36 0.69 0.38 0.83 0.56 0.46 0.42 0.47 0.29 0.49 004451 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 004462 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 C 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 004523 A 0.19 0.00 0.07 0.02 0.07 G 0.81 1.00 0.93 0.98 0.93 0.30 0.00 0.13 0.04 0.14 004926 G 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.97 1.00 1.00 1.00 0.99 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 005207 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 005478 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 005482 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 005483 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 006121 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 T 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 006226 G 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.93 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 006656 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 006831 G 0.09 0.00 0.02 0.00 0.03 C 0.91 1.00 0.98 1.00 0.97 0.17 0.00 0.05 0.00 0.06 006916 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007153 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 007306 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 007782 G 0.02 0.17 0.08 0.00 0.06 A 0.98 0.83 0.92 1.00 0.94 0.04 0.28 0.15 0.00 0.12 007881 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 009020 C 0.02 0.18 0.31 0.14 0.16 A 0.98 0.82 0.69 0.86 0.84 0.04 0.30 0.43 0.24 0.26 010961 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 011018 T 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 C 0.98 0.98 0.98 1.00 0.98 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 011019 A 0.07 0.00 0.05 0.00 0.03 G 0.93 1.00 0.95 1.00 0.97 0.14 0.00 0.09 0.00 0.07 011032 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011176 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011570 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 011683 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 011707 C 0.56 0.36 0.61 0.21 0.45 G 0.44 0.64 0.39 0.79 0.55 0.49 0.46 0.47 0.34 0.49 011728 A 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 G 1.00 0.98 1.00 0.98 0.99 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 011757 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 011985 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 012185 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012909 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 012982 G 0.15 0.00 0.02 0.00 0.05 A 0.85 1.00 0.98 1.00 0.95 0.26 0.00 0.04 0.00 0.10 013048 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 013057 + 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 - 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: deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 013057: TAAA