************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 atf3x.phase.inp atf3x.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST atf3x.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates atf3x.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual atf3x.phase.out_recom : estimates of recombination parameters atf3x.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 26 Positions of loci: 354 744 909 1272 2383 3824 5297 5343 6046 6133 6766 6803 6975 8450 8945 9303 9433 11364 11525 13409 13517 13753 14454 14777 15596 15920 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file atf3x.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 ACGGTGGCTGTGACGGCATCCACTCD 49.000000 2 ACGGTGGCTGTGACGGCATCTACTCD 1.000000 3 ACGGTGGCCGTGACGGCGCCCATGTI 7.000000 4 ACGGTGGCCGTGACGGTATCCACTCD 3.000000 5 ACGGTGGGTGTGACGGCATCTACTCD 1.000000 6 ACGGTGGGTGTGACGGTATCCACTCD 1.000000 7 ACGGTGGGTGTGACGGTATCTACTCD 15.000000 8 ACGGTGGGTGTGACGGTATCTGCTCD 10.000000 9 ACGGTGGGTCTGACGGCATCTACTCD 28.000000 10 ACGGTGGGCGTGACGGCATCCACTCD 4.000000 11 ACGGTGGGCGTGACGGCATCCATGTI 1.000000 12 ACGGCGGGTGTGACGACATTCACTCD 1.000000 13 ACGGCGGGCGTAGCGGTATCCACTCD 9.000000 14 ACGGCGGGCGTAGCGGTATTCACTCD 2.000000 15 ACGTTATGCGCGATAGCACCCACTCD 1.000000 16 ACCGTGGGTGTGACGACATTCACTCD 16.000000 17 GCGGTGGGCGTGACGGCGCCCACGTI 1.000000 18 GCGGTGGGCGTGACGGCGCCCATGTI 1.000000 19 GCGTTATGCGCGACAGCACCCACTCD 1.000000 20 GCGTTATGCGCGATAGCACCCACTCD 19.000000 21 GTGTTGGCTGTGACGGCATCCACTCD 1.000000 22 GTGTTAGGCGCGACGGCATCCACTCD 8.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (1,16) P002: (1,9) P003: (9,10) P004: (9,13) P005: (1,1) P006: (1,16) P007: (8,15) P008: (20,20) P009: (1,13) P010: (1,4) P011: (1,14) P012: (1,1) P013: (1,1) P014: (7,8) P015: (1,16) P016: (20,22) P017: (7,7) P018: (13,22) P019: (1,9) P020: (1,20) P021: (9,9) P022: (1,20) P023: (20,20) P024: (7,9) P025: (1,9) P026: (7,8) P027: (9,9) P028: (1,8) P029: (9,11) P030: (7,16) P031: (3,20) P032: (10,12) P033: (1,8) P034: (9,20) P035: (7,20) P036: (7,8) P037: (9,9) P038: (6,18) P039: (1,16) P040: (4,9) P041: (1,22) P042: (3,22) P043: (3,8) P044: (1,1) P045: (1,1) P046: (9,16) P047: (7,9) P048: (1,3) P049: (1,13) P050: (9,16) P051: (4,20) P052: (1,9) P053: (1,16) P054: (20,20) P055: (1,1) P056: (1,9) P057: (13,22) P058: (1,8) P059: (9,22) P060: (9,16) P061: (1,1) P062: (1,21) P063: (1,20) P064: (1,10) P065: (22,22) P066: (7,16) P067: (7,16) P068: (16,20) P069: (16,20) P070: (9,20) P071: (5,19) P072: (13,17) P073: (1,3) P074: (1,16) P075: (7,20) P076: (1,7) P077: (1,13) P078: (1,1) P079: (7,20) P080: (9,9) P081: (8,9) P082: (8,13) P083: (2,16) P084: (1,1) P085: (1,1) P086: (1,9) P087: (9,10) P088: (3,14) P089: (3,13) P090: (7,16) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P002 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P003 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C G G T G G G C G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P004 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D 0 P005 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P006 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P007 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D A C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P008 G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P009 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D 0 P010 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C C G T G A C G G T A T C C A C T C D 0 P011 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G C G G G C G T A G C G G T A T T C A C T C D 0 P012 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P013 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P014 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D 0 P015 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P016 G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D G T G T T A G G C G C G A C G G C A T C C A C T C D 0 P017 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D 0 P018 A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D G T G T T A G G C G C G A C G G C A T C C A C T C D 0 P019 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P020 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P021 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P022 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P023 G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P024 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P025 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P026 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D 0 P027 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P028 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D 0 P029 A C G G T G G G (T) (C) T G A C G G C A T C (T) A C T C D A C G G T G G G (C) (G) T G A C G G C A T C (C) A T G T I 0 P030 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P031 A C G G T G G C C G T G A C G G C G C C C A T G T I G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P032 A C G G (T) G G G C G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G (C) G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P033 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D 0 P034 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P035 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P036 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D 0 P037 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P038 (A) C G G T G G G (T) G T G A C G G (T) A T C C A C T C D (G) C G G T G G G (C) G T G A C G G (C) G C C C A T G T I 0 P039 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P040 A C G G T G G C C G T G A C G G T A T C C A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P041 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D G T G T T A G G C G C G A C G G C A T C C A C T C D 0 P042 A C G G T G G C C G T G A C G G C G C C C A T G T I G T G T T A G G C G C G A C G G C A T C C A C T C D 0 P043 A C G G T G G C C G T G A C G G C G C C C A T G T I A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D 0 P044 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P045 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P046 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P047 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P048 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C C G T G A C G G C G C C C A T G T I 0 P049 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D 0 P050 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P051 A C G G T G G C C G T G A C G G T A T C C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P052 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P053 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P054 G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P055 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P056 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P057 A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D G T G T T A G G C G C G A C G G C A T C C A C T C D 0 P058 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D 0 P059 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D G T G T T A G G C G C G A C G G C A T C C A C T C D 0 P060 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P061 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P062 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D G T G T T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P063 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P064 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G C G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P065 G T G T T A G G C G C G A C G G C A T C C A C T C D G T G T T A G G C G C G A C G G C A T C C A C T C D 0 P066 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P067 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P068 A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P069 A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P070 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P071 A C G G T G G G T G T G A C G G C A T C T A C T C D G C G T T A T G C G C G A C A G C A C C C A C T C D 0 P072 A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D G C G G T G G G C G T G A C G G C G C C C A C G T I 0 P073 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C C G T G A C G G C G C C C A T G T I 0 P074 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D 0 P075 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P076 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D 0 P077 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D 0 P078 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P079 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D G C G T T A T G C G C G A T A G C A C C C A C T C D 0 P080 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P081 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P082 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T G C T C D A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D 0 P083 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C (T) A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T (C) A C T C D 0 P084 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P085 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P086 A C G G T G G C T G T G A C G G C A T C C A C T C D A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D 0 P087 A C G G T G G G T C T G A C G G C A T C T A C T C D A C G G T G G G C G T G A C G G C A T C C A C T C D 0 P088 A C G G T G G C C G T G A C G G C G C C C A T G T I A C G G C G G G C G T A G C G G T A T T C A C T C D 0 P089 A C G G T G G C C G T G A C G G C G C C C A T G T I A C G G C G G G C G T A G C G G T A T C C A C T C D 0 P090 A C G G T G G G T G T G A C G G T A T C T A C T C D A C C G T G G G T G T G A C G A C A T T C A C T C D END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = ? = ? = = C = = = = = = = G ? ? ? C = = = = = = = = ? = ? = = G = = = = = = = A ? ? ? T = = = = = = 0 P002 = = ? = = = = C = G = = = = = ? = = = = C = = = = = = = ? = = = = G = C = = = = = ? = = = = T = = = = = 0 P003 = = ? = = = = = T C = = = = ? = = = = = T = = = = = = = ? = = = = = C G = = = = ? = = = = = C = = = = = 0 P004 = = = = T = = = T C = G A = = = C = = = T = = = = = = = = = C = = = C G = A G = = = T = = = C = = = = = 0 P005 = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = 0 P006 ? = ? = = = = C = = = = = = ? G = = = C = = = = = = ? = ? = = = = G = = = = = = ? A = = = T = = = = = = 0 P007 = = = G = G G = T = T = = C G = T = T = T G = = = = = = = T = A T = C = C = = T A = C = C = C A = = = = 0 P008 = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P009 = = = = T = = C T = = G A = = = C = = = = = = = = = = = = = C = = G C = = A G = = = T = = = = = = = = = 0 P010 = = = = ? = = = T = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = ? = = = C = = = = = = = ? = = = = = = = = ? 0 P011 = = ? = T = = C T = = G A = = = C = = C = = = = = = = = ? = C = = G C = = A G = = = T = = T = = = = = = 0 P012 = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 0 P013 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P014 = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = 0 P015 = = G = = = = C = = = = = = = G = = = C = = = = = ? = = C = = = = G = = = = = = = A = = = T = = = = = ? 0 P016 = C = = = = T = = = = = = T A = = = C = = = = = = = = T = = = = G = = = = = = C G = = = T = = = = = = = 0 P017 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 P018 A C = G C G = = = = T A G = = = T = = ? = = = = = = G T = T T A = = = = C G A = = = C = = ? = = = = = = 0 P019 = = = = = = = C = G = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = T = = = = = 0 P020 A = = G = G G C T = T = = C ? = = = T = = = = = = = G = = T = A T G C = C = = T ? = = = C = = = = = = = 0 P021 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 0 P022 A = = G = G G C T = T = = C G = = = T = = = = = = = G = = T = A T G C = C = = T A = = = C = = = = = = = 0 P023 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P024 = = = = = = = = = G = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = C = = = = = = = = = 0 P025 = = = = = = = C = G = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = T = = = = = 0 P026 = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = A = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = G = ? = = 0 P027 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P028 = = = = = = = C = = = = = = ? = C = = = C A = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = T = = = T G = = = = 0 P029 = = = = = = = = (T) (C) = = = = = = = = = = (T) = C T C D = = = = = = = = (C) (G) = = = = = = = = = = (C) = T G T I 0 P030 = = G = = = = = = = = = = = ? G T = = C T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = ? A C = = T C = = = = = 0 P031 A = = G = G G C = = T = = C G = = G = = = = T G T I G = = T = A T G = = C = = T A = = A = = = = C T C D 0 P032 = = = = (T) = = = C = ? ? ? = = G = = = C = = = = = = = = = = (C) = = = T = ? ? ? = = A = = = T = = = = = = 0 P033 = = = = = = = C = = = = = = = = C = = = C A = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = T G = = = = 0 P034 A = = G = G G = T C T = = C G = = = T = T = = = = = G = = T = A T = C G C = = T A = = = C = C = = = = = 0 P035 A = = G = G G = T = T = = C ? = T = T = T = = = = = G = = T = A T = C = C = = T ? = C = C = C = = = = = 0 P036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = 0 P037 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P038 (A) = = = = = = = (T) = = = = = = = (T) A T = = = C T C D (G) = = = = = = = (C) = = = = = = = (C) G C = = = T G T I 0 P039 = = G = = = = C = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = C = = = = G = = = = = = = A = = = T = = = = = = 0 P040 = = = = = = = C C G = = = = = = T = = = C = = = = = = = = = = = = G T C = = = = = = C = = = T = = = = = 0 P041 A C = G = G = C T = T = = = = = = = = = = = = = = = G T = T = A = G C = C = = = = = = = = = = = = = = = 0 P042 A C = G = G = C = = T = = = = ? = G C = = = T G T I G T = T = A = G = = C = = = = ? = A T = = = C T C D 0 P043 = = = = = = = C C = = = = = = = C G C = C A T G T I = = = = = = = G T = = = = = = = T A T = T G C T C D 0 P044 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P045 = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P046 = = G = = = = = = C = = = = = G = = = C T = = = = = = = C = = = = = = G = = = = = A = = = T C = = = = = 0 P047 = = = = = = = = = G = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = C = = = = = = = = = 0 P048 = = = = = = = = T = = = = = = = = A T = = = C T C D = = = = = = = = C = = = = = = = = G C = = = T G T I 0 P049 = = = = T = = C T = ? ? ? = = ? C = = = = = = = = = = = = = C = = G C = ? ? ? = = ? T = = = = = = = = = 0 P050 = = G = = = = = = C = = = = = G = = = C T = = = = = = = C = = = = = = G = = = = = A = = = T C = = = = = 0 P051 A = = G = G G C = = T = = C G = T = T = = = = = = = G = = T = A T G = = C = = T A = C = C = = = = = = = 0 P052 = = = = = = = C = G = = = ? ? ? = = = = C = = = = = = = = = = = = G = C = = = ? ? ? = = = = T = = = = = 0 P053 = = G = = = = C = = = = = = = G ? = = C = = = = = = = = C = = = = G = = = = = = = A ? = = T = = = = = = 0 P054 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P055 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P056 = = = = = = = C = G = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = T = = = = = 0 P057 A C = G C G = = = = T A G = = = T = = = = = = = = = G T = T T A = = = = C G A = = = C = = = = = = = = = 0 P058 = = = = = = = C = = = = = = = = C = = = C A = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = T = = = T G = = = = 0 P059 A C = G = G = = T C T = = ? ? ? = = = = T = = = = = G T = T = A = = C G C = = ? ? ? = = = = C = = = = = 0 P060 = = G = = = = = = C = = = ? ? ? = = = C T = = = = = = = C = = = = = = G = = = ? ? ? = = = T C = = = = = 0 P061 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P062 A C = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G T = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P063 A = = G = G G C T = T = = C G = = = T = = = = = = = G = = T = A T G C = C = = T A = = = C = = = = = = = 0 P064 = = = = = = = C T = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = G C = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P065 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P066 = = G = = = = = = = = = = = = G T = = C T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A C = = T C = = = = = 0 P067 = = G = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = C T = = = = = = = C = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = T C = = = = = 0 P068 A = C G = G G = T = T = = ? ? ? = = T T = = = = = = G = G T = A T = C = C = = ? ? ? = = C C = = = = = = 0 P069 A = C G = G G = T = T = = C G A ? = T T = = = = = = G = G T = A T = C = C = = T A G ? = C C = = = = = = 0 P070 A = = G = G G = T C T = = C G = = = T = T = = = = = G = = T = A T = C G C = = T A = = = C = C = = = = = 0 P071 A = = G = G G = T = T = = = G = = = T = T = = = = = G = = T = A T = C = C = = = A = = = C = C = = = = = 0 P072 A = = = ? = = = = = = A G = = = T A T = = = = T C D G = = = ? = = = = = = G A = = = C G C = = = = G T I 0 P073 = = = = = = ? ? T = = = = = = = ? A T = = = C T C D = = = = = = ? ? C = = = = = = = ? G C = = = T G T I 0 P074 = = G = = = = C = = = = = = = G = = = C = = = = = = = = C = = = = G = = = = = = = A = = = T = = = = = = 0 P075 A = = G = G G = T = T = = C G = T = T = T = = = = = G = = T = A T = C = C = = T A = C = C = C = = = = = 0 P076 = = = = = = = C = = = = = ? ? ? C = = = C = = = = = = = = = = = = G = = = = = ? ? ? T = = = T = = = = = 0 P077 = = = = T = = C T = = G A = = = C = = = = = = = = = = = = = C = = G C = = A G = = = T = = = = = = = = = 0 P078 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P079 A = = G = G G = T = T = = C G = T = T = T = = = = = G = = T = A T = C = C = = T A = C = C = C = = = = = 0 P080 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P081 = = = = = = ? ? = G = = = = = = T ? = = = G = = = = = = = = = = ? ? = C = = = = = = C ? = = = A = = = = 0 P082 = = = = T = = = T = = G A = = = = = = = T G = = = = = = = = C = = = C = = A G = = = = = = = C A = = = = 0 P083 = = G = = = = C = = = = = = = G = = = C (T) = = = = = = = C = = = = G = = = = = = = A = = = T (C) = = = = = 0 P084 = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = 0 P085 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P086 = = = = = = = C = G = = ? = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = G = C = = ? = = = = = = = T = = = = = 0 P087 = = = = = = = = T C = = = = ? = = = = = T = = = = = = = = = = = = = C G = = = = ? = = = = = C = = = = = 0 P088 = = = = T = = C = = = G A = = = C G C C = = T G T I = = = = C = = G = = = A G = = = T A T T = = C T C D 0 P089 = = = = T = = C = = = G A = = = C G C = = = T G ? ? = = = = C = = G = = = A G = = = T A T = = = C T ? ? 0 P090 = = G = = = = = = = = = = = = G T = = C T = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = A C = = T C = = = = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = ? = ? = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? ? ? 1.00 = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = ? = ? = = = = 1.00 = = = = = = ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = ? = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = ? = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = 0.72 0.72 = = = = = = = = = = 0.72 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 0.75 = = = 1.00 = ? ? ? = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0.87 = = = = = = = 0.84 = = = = = = = 0.85 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = ? = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = ? ? ? = = ? 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 = = ? ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = ? ? ? = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = ? ? ? = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 0.99 = = = 0.99 = 0.98 = = = = = 0.99 = = = ? = = = = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 0.98 0.98 = = = = 0.98 0.98 0.98 = = = = = = ? ? 1.00 = = = = = = = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = ? ? ? 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = 1.00 = = = = = = 1.00 ? = = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 0.77 = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = ? = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = = END PHASEPROBS