Site Allele1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Allele2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-hz ED-hz HD-hz XD-hz Total-hz 000175 T 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 C 0.92 1.00 0.98 1.00 0.97 0.14 0.00 0.04 0.00 0.06 000357 T 0.23 0.00 0.23 0.26 0.18 C 0.77 1.00 0.77 0.74 0.82 0.36 0.00 0.35 0.39 0.30 000397 G 0.08 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.92 1.00 1.00 1.00 0.98 0.14 0.00 0.00 0.00 0.04 000550 T 0.13 0.00 0.11 0.13 0.10 C 0.87 1.00 0.89 0.87 0.90 0.23 0.00 0.20 0.23 0.17 000553 G 0.10 0.00 0.11 0.11 0.08 A 0.90 1.00 0.89 0.89 0.92 0.17 0.00 0.20 0.19 0.15 000574 T 0.13 0.00 0.11 0.13 0.10 C 0.87 1.00 0.89 0.87 0.90 0.23 0.00 0.20 0.23 0.17 000725 C 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.96 1.00 1.00 1.00 0.99 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 001411 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 001469 C 0.44 0.11 0.25 0.21 0.26 G 0.56 0.89 0.75 0.79 0.74 0.49 0.20 0.38 0.33 0.39 001524 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 A 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 001570 G 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 A 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 002126 C 0.12 0.00 0.11 0.00 0.06 G 0.88 1.00 0.89 1.00 0.94 0.21 0.00 0.20 0.00 0.11 002496 C 0.00 0.00 0.09 0.02 0.03 G 1.00 1.00 0.91 0.98 0.97 0.00 0.00 0.17 0.04 0.05 003190 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 A 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 003298 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 003687 C 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 003811 G 0.00 0.00 0.11 0.00 0.03 C 1.00 1.00 0.89 1.00 0.97 0.00 0.00 0.20 0.00 0.05 003877 A 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 C 1.00 0.90 1.00 1.00 0.98 0.00 0.17 0.00 0.00 0.04 004239 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 004382 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 004461 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 004560 T 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 C 0.98 1.00 0.98 1.00 0.99 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 004706 A 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 004805 T 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 C 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 004806 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 004889 T 0.13 0.00 0.11 0.13 0.10 C 0.87 1.00 0.89 0.87 0.90 0.23 0.00 0.20 0.23 0.18 005284 C 0.24 0.00 0.23 0.17 0.16 A 0.76 1.00 0.77 0.83 0.84 0.37 0.00 0.35 0.28 0.27 005349 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 005605 G 0.23 0.00 0.23 0.17 0.16 A 0.77 1.00 0.78 0.83 0.84 0.36 0.00 0.35 0.28 0.27 005719 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 005761 A 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.95 1.00 1.00 0.99 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 005804 A 0.04 0.11 0.02 0.00 0.04 C 0.96 0.89 0.98 1.00 0.96 0.07 0.20 0.05 0.00 0.08 005982 C 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 T 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 006021 T 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 G 1.00 0.98 1.00 1.00 0.99 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 006181 T 0.13 0.00 0.11 0.15 0.10 C 0.87 1.00 0.89 0.85 0.90 0.23 0.00 0.20 0.25 0.18 006215 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 006350 + 0.02 0.10 0.05 0.03 0.05 - 0.98 0.90 0.95 0.97 0.95 0.04 0.17 0.10 0.06 0.10 006579 G 0.16 0.00 0.12 0.14 0.11 A 0.84 1.00 0.88 0.86 0.89 0.27 0.00 0.22 0.24 0.19 006938 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 007180 C 0.14 0.00 0.12 0.15 0.11 T 0.86 1.00 0.88 0.85 0.89 0.24 0.00 0.22 0.26 0.19 007345 C 0.14 0.00 0.12 0.15 0.10 T 0.86 1.00 0.88 0.85 0.90 0.24 0.00 0.21 0.25 0.19 007510 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007575 G 0.00 0.12 0.02 0.00 0.03 A 1.00 0.88 0.98 1.00 0.97 0.00 0.21 0.05 0.00 0.06 007611 C 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 T 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 007649 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007768 T 0.13 0.00 0.13 0.15 0.10 C 0.87 1.00 0.87 0.85 0.90 0.23 0.00 0.23 0.25 0.19 007846 T 0.11 0.00 0.13 0.02 0.07 C 0.89 1.00 0.87 0.98 0.93 0.20 0.00 0.23 0.04 0.12 007957 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 007990 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 G 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 008039 A 0.13 0.00 0.12 0.15 0.10 G 0.87 1.00 0.88 0.85 0.90 0.23 0.00 0.21 0.25 0.18 008336 T 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 C 0.94 1.00 1.00 1.00 0.98 0.10 0.00 0.00 0.00 0.03 008371 C 0.24 0.00 0.24 0.17 0.17 T 0.76 1.00 0.76 0.83 0.83 0.37 0.00 0.36 0.28 0.28 008405 T 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 008443 A 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 G 1.00 1.00 0.98 1.00 0.99 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 008772 - 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 + 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 008873 A 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 008877 C 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 T 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009253 G 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 A 1.00 0.91 1.00 1.00 0.98 0.00 0.17 0.00 0.00 0.04 009319 C 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 T 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 009372 A 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 G 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009547 G 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 C 0.98 1.00 1.00 1.00 0.99 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 009613 A 0.00 0.00 0.12 0.00 0.03 G 1.00 1.00 0.88 1.00 0.97 0.00 0.00 0.21 0.00 0.05 009724 T 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 C 1.00 1.00 1.00 0.98 0.99 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 010084 T 0.11 0.00 0.02 0.00 0.04 C 0.89 1.00 0.98 1.00 0.96 0.20 0.00 0.05 0.00 0.07 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 006350: C 008772: gctttaaggagatgggggtagttta