Site Genotype1 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype2 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop Genotype3 AD-pop ED-pop HD-pop XD-pop Total-pop AD-chi2 ED-chi2 HD-chi2 XD-chi2 Total-chi2 000067 AA 24 8 8 16 56 AG 3 11 13 6 33 GG 0 3 0 0 3 0.093 0.065 4.220 0.548 0.500 000328 CC 27 21 21 22 91 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 000488 AA 25 22 22 24 93 AC 1 0 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 001243 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 001364 -- 0 0 0 0 0 +- 4 0 0 0 4 ++ 23 21 22 23 89 0.173 0.000 0.000 0.000 0.045 001527 CC 27 20 22 23 92 CG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 001817 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 2 0 3 GG 26 22 20 24 92 0.010 0.000 0.050 0.000 0.024 001988 CC 27 21 22 24 94 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 002449 AA 0 0 0 0 0 AG 3 0 0 0 3 GG 24 22 22 24 92 0.093 0.000 0.000 0.000 0.024 002498 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 2 0 3 GG 26 22 20 24 92 0.010 0.000 0.050 0.000 0.024 002533 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 23 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 002791 AA 26 22 20 24 92 AG 1 0 2 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.024 002858 CC 4 0 2 5 11 CT 11 4 8 8 31 TT 12 18 12 11 53 0.308 0.220 0.153 2.003 3.387 002909 CC 8 18 9 10 45 CT 10 4 11 9 34 TT 9 0 2 5 16 1.801 0.220 0.279 1.119 4.216 003080 CC 0 0 0 0 0 CG 1 0 2 0 3 GG 26 22 20 24 92 0.010 0.000 0.050 0.000 0.024 004271 AA 24 8 8 16 56 AG 2 11 14 7 34 GG 0 3 0 1 4 0.042 0.065 4.791 0.044 0.169 004445 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 2 0 3 ++ 25 22 20 24 91 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 004744 AA 25 22 20 23 90 AC 0 0 0 1 1 CC 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 016607 GG 25 22 22 23 92 GT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 017103 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 2 0 3 ++ 24 22 20 23 89 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 017542 CC 27 22 21 23 93 CT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 017554 AA 27 22 21 23 93 AT 0 0 1 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 017898 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 26 22 22 23 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 018181 AA 1 2 0 2 5 AG 6 13 11 10 40 GG 20 7 11 11 49 0.386 1.333 2.444 0.017 0.759 018228 AA 26 22 20 23 91 AT 1 0 2 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 018387 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 27 21 22 23 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 019253 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 21 21 22 91 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 019254 AA 0 0 0 0 0 AT 1 0 1 0 2 TT 26 21 20 22 89 0.010 0.000 0.012 0.000 0.011 019395 GG 8 0 2 4 14 GT 11 4 10 8 33 TT 8 17 8 10 43 0.926 0.233 0.196 1.010 2.972 019506 AA 26 21 19 23 89 AG 1 0 1 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.013 0.000 0.011 019655 AA 9 0 2 5 16 AG 10 4 12 9 35 GG 8 18 8 10 44 1.801 0.220 0.702 1.119 3.541 019791 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 1 1 3 TT 27 21 21 23 92 0.000 0.012 0.012 0.011 0.024 019927 AA 0 0 0 0 0 AG 5 0 0 0 5 GG 22 22 22 24 90 0.281 0.000 0.000 0.000 0.069 019928 AA 0 0 0 0 0 AC 0 0 1 0 1 CC 27 22 21 24 94 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 019939 AA 27 19 22 24 92 AG 0 3 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.118 0.000 0.000 0.024 027605 CC 26 22 19 22 89 CG 1 0 2 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.053 0.000 0.025 028019 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 2 0 3 TT 23 22 20 24 89 0.011 0.000 0.050 0.000 0.025 028088 -- 23 21 22 22 88 +- 1 1 0 2 4 ++ 0 0 0 0 0 0.011 0.012 0.000 0.045 0.045 028489 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 2 0 3 TT 22 20 18 22 82 0.011 0.000 0.055 0.000 0.027 029377 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 26 22 22 21 91 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 029593 AA 0 0 0 0 0 AC 0 1 0 0 1 CC 27 21 22 24 94 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 029657 GG 24 8 8 16 56 GT 3 11 14 7 35 TT 0 3 0 1 4 0.093 0.065 4.791 0.044 0.257 029891 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 20 22 21 22 85 0.012 0.000 0.000 0.000 0.003 029937 CC 20 22 19 22 83 CT 1 0 2 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.012 0.000 0.053 0.000 0.027 030145 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 26 20 22 24 92 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 034832 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 27 21 22 23 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 034904 -- 0 0 0 0 0 +- 2 0 0 0 2 ++ 25 22 22 23 92 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 034991 CC 26 22 20 23 91 CT 1 0 2 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 035135 AA 26 22 22 23 93 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 035177 CC 0 0 0 0 0 CT 0 1 0 0 1 TT 27 21 22 23 93 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 035645 AA 23 21 22 24 90 AG 4 0 0 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.044 035653 AA 0 0 0 0 0 AG 1 4 1 0 6 GG 26 17 21 24 88 0.010 0.233 0.012 0.000 0.102 036169 CC 0 0 0 0 0 CT 2 0 1 0 3 TT 25 22 21 24 92 0.040 0.000 0.012 0.000 0.024 036182 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 26 22 22 24 94 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 036430 GG 24 8 8 16 56 GT 3 11 14 7 35 TT 0 3 0 1 4 0.093 0.065 4.791 0.044 0.257 036645 -- 0 0 0 0 0 +- 3 0 0 0 3 ++ 23 22 22 24 91 0.097 0.000 0.000 0.000 0.025 036907 AA 0 0 0 0 0 AG 0 1 0 0 1 GG 27 21 22 24 94 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 037091 CC 26 22 22 24 94 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 040198 AA 27 22 22 23 94 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 040258 -- 27 22 22 23 94 +- 0 0 0 1 1 ++ 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 040487 AA 27 21 22 24 94 AG 0 1 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 040659 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 2 2 TT 27 22 22 22 93 0.000 0.000 0.000 0.045 0.011 040660 CC 27 22 22 22 93 CT 0 0 0 2 2 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.045 0.011 041250 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 2 0 3 GG 26 22 19 23 90 0.010 0.000 0.053 0.000 0.025 041276 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 2 0 3 TT 26 22 19 23 90 0.010 0.000 0.053 0.000 0.025 041467 AA 25 21 22 24 92 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 041701 -- 25 21 20 24 90 +- 1 0 2 0 3 ++ 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 042118 AA 27 22 21 24 94 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 042212 AA 26 22 20 24 92 AC 1 0 2 0 3 CC 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.024 042320 CC 0 0 0 0 0 CT 3 0 0 0 3 TT 24 22 21 24 91 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 042387 AA 9 0 2 4 15 AC 11 4 10 9 34 CC 6 17 8 10 41 0.527 0.233 0.196 0.591 2.777 042655 AA 24 21 22 24 91 AG 3 0 0 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 042697 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 2 0 3 ++ 26 21 20 24 91 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 042956 AA 27 21 22 23 93 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 055671 GG 23 22 21 23 89 GT 0 0 0 0 0 TT 0 0 1 0 1 0.000 0.000 22.000 0.000 90.000 055763 CC 0 0 0 0 0 CT 5 0 0 0 5 TT 19 22 22 23 86 0.324 0.000 0.000 0.000 0.073 056184 AA 26 22 20 24 92 AG 1 0 2 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.024 056491 AA 24 21 22 24 91 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 056527 AA 26 20 22 24 92 AT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 056730 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 24 21 21 22 88 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 056812 CC 0 0 0 0 0 CT 5 0 0 0 5 TT 20 21 21 22 84 0.309 0.000 0.000 0.000 0.074 056863 -- 0 0 0 0 0 +- 4 0 0 0 4 ++ 21 21 21 22 85 0.189 0.000 0.000 0.000 0.047 057026 AA 25 22 22 24 93 AG 1 0 0 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 057078 -- 26 22 21 24 93 +- 0 0 1 0 1 ++ 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 057150 GG 0 0 0 0 0 GT 2 0 0 0 2 TT 24 22 22 24 92 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 057228 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 2 2 5 ++ 25 22 20 22 89 0.010 0.000 0.050 0.045 0.070 057429 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 0 1 1 TT 24 22 22 23 91 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 057491 AA 10 3 8 7 28 AG 11 15 14 14 54 GG 3 4 0 3 10 0.000 2.954 4.791 0.960 4.479 058037 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 2 0 3 GG 25 22 20 24 91 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 058640 CC 26 20 22 23 91 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 058718 GG 0 0 0 0 0 GT 1 0 0 0 1 TT 25 20 22 24 91 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 063099 AA 22 22 22 24 90 AG 4 0 0 0 4 GG 0 0 0 0 0 0.181 0.000 0.000 0.000 0.044 063106 CC 1 4 0 3 8 CT 8 8 6 10 32 TT 17 10 16 11 54 0.002 1.010 0.548 0.094 1.032 063365 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 0 0 1 TT 26 22 21 24 93 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 063395 AA 0 0 0 0 0 AT 0 0 1 0 1 TT 27 22 20 24 93 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 063439 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 2 0 3 TT 26 22 19 24 91 0.010 0.000 0.053 0.000 0.025 063513 GG 27 22 21 23 93 GT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 063617 -- 0 0 1 0 1 +- 0 0 6 0 6 ++ 27 22 14 24 87 0.000 0.000 0.114 0.000 4.413 064050 CC 0 0 0 0 0 CG 4 3 3 1 11 GG 22 19 19 23 83 0.181 0.118 0.118 0.011 0.363 064264 -- 0 0 0 0 0 +- 0 0 0 1 1 ++ 27 22 22 21 92 0.000 0.000 0.000 0.012 0.003 064467 CC 0 0 0 0 0 CT 4 0 0 0 4 TT 23 22 22 22 89 0.173 0.000 0.000 0.000 0.045 064644 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 27 22 22 23 94 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 064753 AA 0 0 0 0 0 AC 1 0 2 0 3 CC 23 22 20 23 88 0.011 0.000 0.050 0.000 0.026 064851 AA 24 22 21 23 90 AG 0 0 1 0 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 064853 CC 0 0 0 0 0 CT 1 0 2 0 3 TT 23 22 20 23 88 0.011 0.000 0.050 0.000 0.026 064871 GG 0 0 0 0 0 GT 0 0 1 0 1 TT 24 22 21 23 90 0.000 0.000 0.012 0.000 0.003 064889 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 24 21 22 22 89 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 064977 AA 0 0 0 0 0 AG 0 2 0 0 2 GG 25 19 22 24 90 0.000 0.053 0.000 0.000 0.011 064984 CC 24 21 22 24 91 CT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 065196 CC 25 22 20 24 91 CT 1 0 2 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 065316 GG 26 22 20 24 92 GT 1 0 2 0 3 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.024 086845 -- 0 0 0 0 0 +- 1 0 0 0 1 ++ 19 15 17 20 71 0.013 0.000 0.000 0.000 0.004 087209 AA 19 17 16 20 72 AG 0 1 1 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.015 0.016 0.000 0.014 087389 GG 0 0 1 0 1 GT 1 2 0 0 3 TT 19 17 16 20 72 0.013 0.059 17.000 0.000 10.951 087583 AA 0 0 0 0 0 AG 0 0 0 1 1 GG 26 22 22 22 92 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 088548 GG 25 22 21 20 88 GT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 088554 AA 21 22 21 20 84 AG 5 0 0 0 5 GG 0 0 0 0 0 0.294 0.000 0.000 0.000 0.074 088621 CC 26 21 21 20 88 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 088750 CC 26 22 20 21 89 CG 0 0 0 0 0 GG 0 0 1 0 1 0.000 0.000 21.000 0.000 90.000 097585 AA 26 22 19 23 90 AG 1 0 2 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.053 0.000 0.025 097622 AA 27 20 18 23 88 AC 0 2 2 0 4 CC 0 0 0 0 0 0.000 0.050 0.055 0.000 0.045 097672 -- 6 0 2 5 13 +- 10 4 10 9 33 ++ 11 18 9 9 47 1.465 0.220 0.107 0.857 3.041 097975 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 2 0 3 GG 25 21 19 23 88 0.010 0.000 0.053 0.000 0.026 098000 CC 26 20 22 23 91 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 098137 AA 0 0 0 0 0 AT 1 0 2 0 3 TT 25 22 20 23 90 0.010 0.000 0.050 0.000 0.025 098168 AA 24 22 22 23 91 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.042 0.000 0.000 0.000 0.011 098569 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 24 22 22 22 90 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 103694 AA 0 0 0 0 0 AG 4 0 0 0 4 GG 22 22 22 23 89 0.181 0.000 0.000 0.000 0.045 103741 AA 4 4 0 2 10 AG 12 15 11 14 52 GG 10 3 11 7 31 0.016 2.954 2.444 1.775 2.959 104144 AA 26 22 22 23 93 AT 1 0 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.000 0.000 0.003 104193 CC 25 9 8 16 58 CT 2 11 14 6 33 TT 0 2 0 1 3 0.040 0.279 4.791 0.195 0.430 104412 AA 27 22 22 23 94 AG 0 0 0 1 1 GG 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 104436 CC 27 22 22 23 94 CT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 104788 AA 0 0 0 0 0 AG 1 0 0 0 1 GG 22 21 22 15 80 0.011 0.000 0.000 0.000 0.003 104792 -- 0 0 0 0 0 +- 0 4 2 0 6 ++ 23 17 20 15 75 0.000 0.233 0.050 0.000 0.120 105074 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 27 21 22 23 93 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 105078 -- 23 20 22 24 89 +- 4 0 0 0 4 ++ 0 0 0 0 0 0.173 0.000 0.000 0.000 0.045 105151 AA 25 21 22 24 92 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 105293 CC 0 0 0 0 0 CG 2 0 0 0 2 GG 25 20 22 24 91 0.040 0.000 0.000 0.000 0.011 105587 GG 0 0 0 0 0 GT 3 0 0 0 3 TT 24 22 22 23 91 0.093 0.000 0.000 0.000 0.025 105698 CC 27 21 22 23 93 CT 0 1 0 0 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 105801 CC 0 0 0 0 0 CT 0 0 0 1 1 TT 24 21 22 22 89 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 105941 AA 24 21 20 23 88 AG 1 0 2 0 3 GG 0 0 0 0 0 0.010 0.000 0.050 0.000 0.026 106015 AA 23 21 22 23 89 AG 2 0 0 0 2 GG 0 0 0 0 0 0.043 0.000 0.000 0.000 0.011 106308 AA 27 21 22 24 94 AC 0 1 0 0 1 CC 0 0 0 0 0 0.000 0.012 0.000 0.000 0.003 106552 CC 9 0 2 5 16 CT 10 4 10 9 33 TT 8 18 10 10 46 1.801 0.220 0.050 1.119 4.952 106850 AA 26 22 22 22 92 AT 0 0 0 1 1 TT 0 0 0 0 0 0.000 0.000 0.000 0.011 0.003 Note: AD: African_Descent ED: European_Descent HD: Hispanic_Descent XD: Asian_Descent Total: All_population pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 001364: ttcctctccagcagg 004445: ATATT 017103: at 028088: t 034904: agaa 036645: at 040258: t 041701: tggaatattgtgtttaaaaacacaa 042697: A 056863: gttt 057078: a 057228: t 063617: a 064264: AG 086845: attt 097672: tt 104792: A 105078: gt