************************************************************* **** **** **** Output from PHASE v2.0 **** **** Code by M Stephens, with contributions from N Li **** **** **** ************************************************************* BEGIN COMMAND_LINE /usr/local/genome/lib/phase/PHASE2 -d1 adprt.phase.inp adprt.phase.out END COMMAND_LINE BEGIN OUTFILE_LIST adprt.phase.out_freqs : haplotype frequency estimates adprt.phase.out_pairs : most likely haplotype pairs for each individual adprt.phase.out_recom : estimates of recombination parameters adprt.phase.out_monitor : file for monitoring convergence END OUTFILE_LIST BEGIN INPUT_SUMMARY Number of Individuals: 90 Number of Loci: 59 Positions of loci: 4734 4856 4921 5005 5564 6019 6144 6268 6581 15590 15790 15884 15956 17168 17878 17930 18383 18671 19681 19707 19850 20228 20674 21423 22575 22613 23183 25137 25767 26603 26719 27313 28415 28806 28970 29252 29577 31287 32096 32119 33357 34217 34430 34575 38100 38474 39037 39535 40676 41027 42044 43910 44449 44472 44518 44800 45054 46480 47424 END INPUT_SUMMARY List of haplotypes found in best reconstruction, with counts. (See file adprt.phase.out_freqs for haplotype population frequency estimates) BEGIN LIST_SUMMARY 1 AGAACCAGGAAGCAGCAGCTAACGATGGACIGGGGGAGGAGGCTGGGATGGCCAGTGCT 1.000000 2 AGAACCAGGAAGCAGCAGCTGACGATGGACIGGGGGAGGAGGCTGGGATAGCCAGTGCT 9.000000 3 AGAACCAGGAAGCAGCAGCTGACGATGGACIGGGGGAGGAGGCTGGGATAGCCAGTGCC 1.000000 4 AGAACCAGGAAGCAGCAGCTGACGATGGACIGGGGGAGGAGGCTGGGATGGCCAGTGCT 8.000000 5 AGAACCAGGAAGCGGCAGCTAACGATGGACIAGTGGAGAAGGCTGGGATAGCCAGTGCT 18.000000 6 AGAACCAGGAAGCGGCAGCTAACGATGGACIAGTGGAGAAGGCTGGGATAGTCAGTGCT 31.000000 7 AGAACCAGGAAGCGGCAGCTAACGATGGACIACTGGAAAAGGCTATGTTAGTCAGTCCT 2.000000 8 AGAACCAGGAAGCGGCAGCTGACGATGGACIGGGGGAGGAGGCTGGGATAGCCAGTGCT 2.000000 9 AGAACCAGGAAGCGACAGCTAATGATGGACIAGTGGAGAAGGCTAGGATAGCCAGTGTC 24.000000 10 AGAGCCAAGAAGCGGCAGCTAACGATGGACIAGTGGAGAAGGCTATGTTAGCCAGTGCT 2.000000 11 CGAGCCAAGAAGCGGCAGCCAGCGACGGGCIACTGTAAAGGCTTATGTTATCCAATCCT 2.000000 12 CGAGCCGAAAAGCGGCAGCTAGCGATGGACIAGTGTAAAAGCCTATGTTAGCCAGTGCT 1.000000 13 CGAGCTAAGAAGCGGAAGCCAGCGACGAGCIAGTGTAAAGTCTTATGTTATCGAATCCT 3.000000 14 CGAGCTAAGAAGCGGAAGCCAGCGACGAGCIAGTGTCAAGTCTTATGTCATCGAATCCT 1.000000 15 CGAGCTAAGAAGCGGAAACCAGCGACGAGCIAGTGTAAAGTCTTATGTCATCGAATCCT 2.000000 16 CGAGCTAAGAAGCGGAAACCAGCGACGAGCIAGTGTCAAGTCTTATGTCATCGAATCCT 30.000000 17 CAGGTCGAACGGAGGCGGTTAGCAGCAGAGDACTCGAAAAGGCAATATTAGCCGGCCCT 6.000000 18 CAGGTCGAACGAAGGCGGTTAGCGGCAGAGDACTCGAAAAGGCAATATTAGCCGGCCCT 1.000000 19 CAGGTCGAACGAAGGCGGTTAGCAGCAGAGDACTCGAAAAGGCAATATTAGCCGGCCCT 36.000000 END LIST_SUMMARY Summary of best reconstruction (numbers refer to the list of haplotypes given above) BEGIN BESTPAIRS_SUMMARY P001: (2,6) P002: (16,19) P003: (5,19) P004: (17,17) P005: (2,19) P006: (9,19) P007: (2,16) P008: (16,19) P009: (1,16) P010: (4,5) P011: (6,19) P012: (6,19) P013: (6,16) P014: (15,15) P015: (6,19) P016: (9,16) P017: (5,9) P018: (5,5) P019: (9,16) P020: (6,16) P021: (7,19) P022: (4,16) P023: (6,19) P024: (6,16) P025: (2,19) P026: (16,19) P027: (9,11) P028: (16,19) P029: (13,13) P030: (16,18) P031: (4,16) P032: (5,13) P033: (9,9) P034: (16,19) P035: (6,9) P036: (16,16) P037: (5,19) P038: (12,19) P039: (9,16) P040: (6,6) P041: (5,5) P042: (5,10) P043: (9,9) P044: (2,6) P045: (19,19) P046: (9,19) P047: (16,19) P048: (5,11) P049: (4,9) P050: (19,19) P051: (6,19) P052: (9,9) P053: (6,6) P054: (6,19) P055: (4,9) P056: (2,17) P057: (5,17) P058: (6,9) P059: (6,7) P060: (9,19) P061: (5,16) P062: (6,6) P063: (6,19) P064: (5,8) P065: (17,19) P066: (16,16) P067: (2,6) P068: (6,6) P069: (6,16) P070: (4,16) P071: (19,19) P072: (2,9) P073: (3,9) P074: (2,19) P075: (16,16) P076: (19,19) P077: (5,9) P078: (9,16) P079: (6,19) P080: (5,8) P081: (6,16) P082: (19,19) P083: (9,16) P084: (5,6) P085: (5,6) P086: (4,16) P087: (9,10) P088: (14,17) P089: (4,6) P090: (6,19) END BESTPAIRS_SUMMARY Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in []: BEGIN BESTPAIRS1 0 P001 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G [T] C A G T G C T 0 P002 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C A G G T C G A A C G [A] A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P003 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C A G G T C G A A C G [A] A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P004 C A G G T C G A A C G G A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T C A G G T C G A A C G G A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P005 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P006 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P007 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P008 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P009 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T A A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P010 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T 0 P011 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C A G G T C G A A C G [A] A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P012 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P013 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P014 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T A A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C G A G C T A A G A A G C G G A A [A] C C A G C G A C G A G C I A G T G T A A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P015 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G [T] C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P016 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P017 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P018 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T 0 P019 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P020 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P021 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A C T G G A A A A G G C T A T G T T A G T C A G T C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P022 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P023 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P024 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P025 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P026 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P027 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C G A G C C A A G A A G C G G C A G C C A G C G A C G G G C I A C T G T A A A G G C T T A T G T T A T C C A A T C C T 0 P028 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P029 C G A G C T A A G A A G C G G A A G C C A G C G A C G A G C I A G T G T A A A G T C T T A T G T T A T C G A A T C C T C G A G C T A A G A A G C G G A A G C C A G C G A C G A G C I A G T G T A A A G T C T T A T G T T A T C G A A T C C T 0 P030 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C G G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P031 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P032 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A G C C A G C G A C G A G C I A G T G T A A A G T C T T A T G T T A T C G A A T C C T 0 P033 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P034 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P035 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G [T] C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P036 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P037 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P038 C (G) (A) G (C) C G A A A A G C G G C A G C T A G C G A T G G A C I A G T G T A A A A G (C) C T A T G T T A G C C A G T G C T C (A) (G) G (T) C G A A C G [A] A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G (G) C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P039 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P040 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T 0 P041 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T 0 P042 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A [G] C C A [A] G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A T G T T A G C C A G T G C T 0 P043 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P044 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G [T] C A G T G C T 0 P045 C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P046 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P047 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P048 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C G A G C C A A G A A G C G G C A G C C A G C G A C G G G C I A C T G T A A A G G C T T A T G T T A T C C A A T C C T 0 P049 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P050 C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T C A G G T C G A A C G [A] A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P051 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C A G G T C G A A C G [A] A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P052 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P053 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T 0 P054 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P055 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P056 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C A G G T C G A A C G G A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P057 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C A G G T C G A A C G G A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P058 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P059 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G [T] C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A C T G G A A A A G G C T A T G T T A G T C A G T C C T 0 P060 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P061 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P062 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T 0 P063 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P064 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T 0 P065 C A G G T C G A A C G G A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P066 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P067 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T 0 P068 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T 0 P069 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P070 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P071 C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P072 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P073 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C C A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P074 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T C A G G T C G A A C G [A] A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P075 C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P076 C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P077 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C 0 P078 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P079 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P080 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T 0 P081 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P082 C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T C A G G T C G A A C G [A] A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P083 A G A A C C A G G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P084 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T 0 P085 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T 0 P086 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T G A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T C G A G C T A A G A A G C G G A A A C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T 0 P087 A G A (A) C C A (G) G A A G C G A C A G C T A A T G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A G G A T A G C C A G T G T C A G A (G) C C A (A) G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T A T G T T A G C C A G T G C T 0 P088 C G A G C T A A G A A G C G G A A G C C A G C G A C G A G C I A G T G T C A A G T C T T A T G T C A T C G A A T C C T C A G G T C G A A C G G A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T 0 P089 A G A A C C A G G A A G C A G C A G C T [G] A C G A T G G A C I G G G G G A G G A G G C T G G G A T G G C C A G T G C T A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T 0 P090 A G A A C C A G G A A G C G G C A G C T A A C G A T G G A C I A G T G G A G A A G G C T G G G A T A G T C A G T G C T C A G G T C G A A C G A A G G C G G T T A G C A G C A G A G D A C T C G A A A A G G C A A T A T T A G C C G G C C C T END BESTPAIRS1 Haplotype estimates for each individual, with uncertain phases enclosed in () and uncertain genotypes enclosed in [] with phase known positions indicated by = BEGIN BESTPAIRS2 0 P001 = = = = = = = = = = = = = A = ? = = = = G = = = = = = = = = = G ? G = = ? = G = ? = = = ? = = = = = = ? = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = ? = = = = A = = = = = = = = = = A ? T = = ? = A = ? = = = ? = = = = = = ? = = ? ? = = = 0 P002 = ? ? = ? T A = G ? ? ? ? = = A A ? ? ? = = = G A = ? ? G C I = ? = G T C = = G T ? T T = = G = C = ? = G A A T = = = = ? ? = ? C G = A ? ? ? ? = = C G ? ? ? = = = A G = ? ? A G D = ? = C G A = = A G ? C A = = A = T = ? = C G G C = = = 0 P003 A G A ? C = ? ? G ? ? ? ? = = ? A = C ? ? A = G A T G = = C I = ? = G = = G = = = = = T G G G ? = = = = = A = T G = = C A G ? T = ? ? A ? ? ? ? = = ? G = T ? ? G = A G C A = = G D = ? = C = = A = = = = = A A T A ? = = = = = G = C C = = 0 P004 = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 0 P005 A G A A ? = A G G A A G C A = ? ? = C ? G A = G A T G = = C I G ? G G = = G ? ? = ? = T G G G A = = ? ? = A = T G = = C A G G ? = G A A C G A A G = ? ? = T ? A G = A G C A = = G D A ? T C = = A ? ? = ? = A A T A T = = ? ? = G = C C = = 0 P006 A G A A ? = A G G A A G C = A ? A = C ? = ? T G A T ? = = C I = ? = ? ? ? G = = = = = T = G G A = = = = = A = ? G T C C A G G ? = G A A C G A A = G ? G = T ? = ? C A G C ? = = G D = ? = ? ? ? A = = = = = A = T A T = = = = = G = ? C C T 0 P007 A = = A = C = G = = = = = ? = ? = G = ? G A = = = T ? G A = = G ? G = G ? G G A G G C = G G = A T = G ? C = G = G = = C = = G = T = A = = = = = ? = ? = A = ? A G = = = C ? A G = = A ? T = T ? A A G T C T = A T = T C = T ? G = A = C = = 0 P008 = G A = C T A = G A A G C = ? ? A ? ? ? = = = G A = ? A G C I = ? = G T ? ? = G T C T T = = G = C = T = G A A T = = = = A G = T C G = A C G A A = ? ? G ? ? ? = = = A G = ? G A G D = ? = C G ? ? = A G G C A = = A = T = G = C G G C = = = 0 P009 A = = A = C = G = = = = = A = ? = G ? T = A = = = T ? G A = = G = ? = G A G G A ? G C = G G = A T G G = C = ? ? ? = = C = = G = T = A = = = = = G = ? = A ? C = G = = = C ? A G = = A = ? = T C A A G ? C T = A T = T C A T = G = ? ? ? = = 0 P010 ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? A = = = ? = = G = = = ? ? = = = = = G = G = = = = G = = ? ? ? = = = = = G = = = = = = = = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? G = = = ? = = A = = = ? ? = = = = = A = T = = = = A = = ? ? ? = = = = = A = = = = = = = = = 0 P011 ? ? ? ? C ? ? ? ? ? A ? ? = = = A = C = = A = G A T G = = ? ? = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = T = A = T G = = ? ? ? ? T ? ? ? ? ? G ? ? = = = G = T = = G = A G C A = = ? ? = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = C = G = C C = = 0 P012 A G A A C = A G G A A G C = = = A = C = = A = G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = T = A = T G = = C A G G T = G A A C G A A = = = G = T = = G = A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = C = G = C C = = 0 P013 A = = A ? C = G = = = = = = = C = G = T = A = = = T = G A = = = = = = G A G = A G G ? ? G G = A T = G T C = G = G = = C = = G ? T = A = = = = = = = A = A = C = G = = = C = A G = = = = = = T C A = G T C ? ? A T = T C = T C G = A = C = = 0 P014 = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P015 A G A A C = A G G A A G C ? = = A ? C = = A ? G A T ? = = C I = G = G = = G = = = ? ? ? G G G A = = = ? = A = T G = = C A G G T = G A A C G A A ? = = G ? T = = G ? A G C ? = = G D = C = C = = A = = = ? ? ? A T A T = = = ? = G = C C = = 0 P016 A = = A = C = G = = = = = ? A C = G = T = A T = = T ? G A = = = = = = G ? G = A G G C = = G = A T = G = C = G = G T C C = = G = T = A = = = = = ? G A = A = C = G C = = C ? A G = = = = = = T ? A = G T C T = = T = T C = T = G = A = C C T 0 P017 = = = = = = = = = = = = = = G = = = ? = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? G = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = = = = = A = = = ? = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? A = = = = = = = = = = = = T C 0 P018 = = = = ? ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P019 ? ? ? ? = C ? ? = ? ? ? ? = A C = G = T = A T = = T ? G A = = = = = = G A G = A G G C = = G = A T = G = C = G = G T C ? ? ? ? = T ? ? = ? ? ? ? = G A = A = C = G C = = C ? A G = = = = = = T C A = G T C T = = T = T C = T = G = A = C C T 0 P020 A = = A = C = G = = = = = = = C = G = T = A = = = T = G A = = = = = = G A G = A G G C = G G = A T = G T C = G = G = = C = = G = T = A = = = = = = = A = A = C = G = = = C = A G = = = = = = T C A = G T C T = A T = T C = T C G = A = C = = 0 P021 A G A A C = A G G A A G C = = = A = C = = A = ? A T G = = ? I ? = = G = = = = = = = = T = = G = = = ? ? = A = T = = ? C A G G T = G A A C G A A = = = G = T = = G = ? G C A = = ? D ? = = C = = = = = = = = A = = A = = = ? ? = G = C = = ? 0 P022 A = = A ? C = G = = = = = A = C = G = T G A = = = T = G A = = G = G = G A G G A G G C = G G = A T G G = C = G = G = = C = = G ? T = A = = = = = G = A = A = C A G = = = C = A G = = A = T = T C A A G T C T = A T = T C A T = G = A = C = = 0 P023 A G A A C = A G G A A G C = = = A = C = = A = G A T G = = ? ? = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = T = A = T G = = C A G G T = G A A C G A A = = = G = T = = G = A G C A = = ? ? = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = C = G = C C = = 0 P024 A = = A = C = G = = = = = = = C = G = ? = A = = = T ? G A = = = = = = G A ? = A G G C = G G = A T = G T C = G = G = = C = = G = T = A = = = = = = = A = A = ? = G = = = C ? A G = = = = = = T C ? = G T C T = A T = T C = T C G = A = C = = 0 P025 A G A A C = A G G A A G C A = = A ? C = G A = G A T G = = C I G G G G = = G G = ? = = T G G G A = = = = = A = T G = = C A G G T = G A A C G A A G = = G ? T = A G = A G C A = = G D A C T C = = A A = ? = = A A T A T = = = = = G = C C = = 0 P026 = G A = ? ? ? ? ? A A G C = = A A A C C = = = G A = G A G C I = G = G T C = = G T ? ? ? = = G = C = T = G A A T = = = = A G = ? ? ? ? ? C G A A = = C G G T T = = = A G = A G A G D = C = C G A = = A G ? ? ? = = A = T = G = C G G C = = = 0 P027 A = = A = = ? ? ? = = = = = A = = = = T = A T = = T = = A = = = G = = G = G = A = G C = = G = A = = G = = = G = G T C C = = G = = ? ? ? = = = = = G = = = = C = G C = = C = = G = = = C = = T = A = G = C T = = T = T = = T = = = A = C C T 0 P028 = G A = C T A = G A A G C = = A A A C C = = = G A = ? A G C I = G = G T C = = G T C T T = = G = C = T = G A A T = = = = A G = T C G = A C G A A = = C G G T T = = = A G = ? G A G D = C = C G A = = A G G C A = = A = T = G = C G G C = = = 0 P029 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P030 = G A = ? T A = G A A G C = = A A A C C = = = = A = G A G C I = G = G T C = = G T C T T = = G = C = T = G A A ? ? = = = A G = ? C G = A C G A A = = C G G T T = = = = G = A G A G D = C = C G A = = A G G C A = = A = T = G = C G G ? ? = = 0 P031 A = = A = C = G = = = = = A = C = ? = T G A = = = T = G A = = G = G = G A G G A G ? ? ? G G = A T G G = C = G = G = = C = = G = T = A = = = = = G = A = ? = C A G = = = C = A G = = A = T = T C A A G T ? ? ? A T = T C A T = G = A = C = = 0 P032 A = = A ? C = G = = = = = = = C = = = T = A = = = T = G ? = = = = = = G = G = A G G C = G G = A = = ? = C = G = G = = C = = G ? T = A = = = = = = = A = = = C = G = = = C = A ? = = = = = = T = A = G T C T = A T = T = = ? = G = A = C = = 0 P033 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P034 = G A = ? T ? ? G A A G C = = A A A C C = = = G A = G A ? C I = G = G T C = = G T C T T = ? G = C = T = G A A T = = = = A G = ? C ? ? A C G A A = = C G G T T = = = A G = A G ? G D = C = C G A = = A G G C A = ? A = T = G = C G G C = = = 0 P035 = = = = = ? ? ? ? = = = ? = G = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = ? = = = = = C T = = = = = ? ? ? ? = = = ? = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = ? = = = = = T C 0 P036 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P037 A G A A C = A G G A A G C = = = A = C = = A = G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = = = A = T G = = C A G G T = G A A C G A A = = = G = T = = G = A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = = = G = C C = = 0 P038 = (G) (A) = (C) = = = = A ? ? C = = = A = C = = = = ? ? ? G = = C I = G = G T = = = = = (C) = T = ? G = = = = = = A ? ? ? = = = (A) (G) = (T) = = = = C ? ? A = = = G = T = = = = ? ? ? A = = G D = C = C G = = = = = (G) = A = ? A = = = = = = G ? ? ? = = 0 P039 A = = A = C = G = = = = = = A C = G = T = A T = = T = G A = = = = = = G A G = A G G C = = G = A T = G = C = ? = G T C C = = G = T = A = = = = = = G A = A = C = G C = = C = A G = = = = = = T C A = G T C T = = T = T C = T = G = ? = C C T 0 P040 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P041 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P042 ? ? ? ? = ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G G = ? = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = A T = ? = = = = = = = = = = = 0 P043 = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P044 = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = A = = = = = = = = = = A = T = = = = A = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = 0 P045 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P046 A G A A C = A G G A A G C = A = A = ? = = A T G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T = G G A = = = = = A = T G T C C A G G T = G A A C G A A = G = G = ? = = G C A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A = T A T = = = = = G = C C C T 0 P047 = G A = C T A = G A A G C = = A A ? C C = = = G A = ? A G C I = G = G T C = = G T C T T = ? G = C = T = G A A T = = = = A G = T C G = A C G A A = = C G ? T T = = = A G = ? G A G D = C = C G A = = A G G C A = ? A = T = G = C G G C = = = 0 P048 A = = A = = = G = = = = = = = = = = = T = A = = = T = = A = = = G = = G = G = A = G C = G G = A ? = G = = = G = G = = C = = G = = = A = = = = = = = = = = = C = G = = = C = = G = = = C = = T = A = G = C T = A T = T ? = T = = = A = C = = 0 P049 = = = = = = = = = = = = = A G = = = = = G = C = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = G = = = = G = = = = = = = C T = = = = = = = = = = = = = G A = = = = = A = T = = = = = = = = A = T = = = = A = = = = = A = = = = A = = = = = = = T C 0 P050 = ? ? ? = = ? ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? ? ? = = ? ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = 0 P051 ? ? ? ? C = ? ? ? ? ? ? ? = = = A = ? ? = A = G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = T = A = T G = = ? ? ? ? T = ? ? ? ? ? ? ? = = = G = ? ? = G = A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = C = G = C C = = 0 P052 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P053 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 0 P054 A G A A ? = A G G A A G C = = = A = C = = A = G A T G ? = C I = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = T = A = T G = = C A G G ? = G A A C G A A = = = G = T = = G = A G C A ? = G D = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = C = G = C C = = 0 P055 = = ? = = = = = = = = = = A G = = = = = G = C = ? = = = = = = G = G = = = = G = = = = = G = = = = G = = = = = = = C T = = ? = = = = = = = = = = G A = = = = = A = T = ? = = = = = = A = T = = = = A = = = = = A = = = = A = = = = = = = T C 0 P056 A G A A C = A G G A A = C A = = A = ? = G A = G A T G = = C I G G G G = = G G = = = = T G G G A = = = = = A = T G ? = C A G G T = G A A C G = A G = = G = ? = A G = A G C A = = G D A C T C = = A A = = = = A A T A T = = = = = G = C C ? = 0 P057 A G A A C = A G G A A = C = = = A = C = = A = G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T G G G ? = = = = = A = T G = = C A G G T = G A A C G = A = = = G = T = = G = A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A A T A ? = = = = = G = C C = = 0 P058 ? ? ? ? = = ? ? ? = ? ? ? = G = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = T = = = = = C T ? ? ? ? = = ? ? ? = ? ? ? = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = C = = = = = T C 0 P059 ? ? ? ? = = ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = G = = = = G = = = = = = G G = A = = = ? = = = = G = = ? ? ? ? = = ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = A = = = = = = A T = T = = = ? = = = = C = = 0 P060 A G A A C = A G G A A G C = A = A = C = = A T G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T = G G A = = = = = A = T G T C C A G G T = G A A C G A A = G = G = T = = G C A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A = T A T = = = = = G = C C C T 0 P061 A = = A = C = G = = = = = = = C = G = T = A = = = T ? G A = = = = = = G A G = A G G C = G G = ? T = G = C = G = G = = C = = G = T = A = = = = = = = A = A = C = G = = = C ? A G = = = = = = T C A = G T C T = A T = ? C = T = G = A = C = = 0 P062 = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P063 A G A A C = A G G A A G C = = = A = ? = = A = G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = T = A = T G = = C A G G T = G A A C G A A = = = G = ? = = G = A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = C = G = C C = = 0 P064 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? A = = = = = = = = = = A = T = = = = A = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? G = = = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = 0 P065 = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P066 ? ? ? ? = = ? ? ? = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = ? ? ? = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P067 = = = = = = ? = = = = = = A = = = = = = G = = = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = G = = = = = = A = = = = = = = = = = A = T = = = = A = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = 0 P068 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P069 A = = A = C = G = = = = = = = C = G = T = A = = = T = G A = = = = = ? G A G = A G G C = G G = A T = G T C = G = G = = C = = G = T = A = = = = = = = A = A = C = G = = = C = A G = = = = = ? T C A = G T C T = A T = T C = T C G = A = C = = 0 P070 A = = A = C = G = = = = = A = C = G = T G A = = = T = G A = = ? = G = G A G G A G G C = G G = A T G G = C = G = G = = C = = G = T = A = = = = = G = A = A = C A G = = = C = A G = = ? = T = T C A A G T C T = A T = T C A T = G = A = C = = 0 P071 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P072 = = = = = = = = = = = = = A G = = = = = G = C = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = G = = = = = = ? = = = = = C T = = = = = = = = = = = = = G A = = = = = A = T = = = = = = = = A = T = = = = A = = = = = A = = = = = = ? = = = = = T C 0 P073 = = = = = = = = = = = = = A G = = ? = = G = C = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = G = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = G A = = ? = = A = T = = = = = = = = A = T = = = = A = = = = = A = = = = = = = = = = = = T = 0 P074 ? ? ? ? C = ? ? ? ? ? ? ? A = = A = C = G A = G A T G = = C I G G G G = = G G = = = = T G G G A = = = = = A = T G = = ? ? ? ? T = ? ? ? ? ? ? ? G = = G = T = A G = A G C A = = G D A C T C = = A A = = = = A A T A T = = = = = G = C C = = 0 P075 = = = ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P076 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P077 = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = = = = = = = = = C T = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = T = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = A = = = = = = = = = = = = T C 0 P078 A = = A = C = G = = = = = = A C = G = T = A T = = T ? G A = = = = = = G A G = A G G C = = G = A T = G = C = G = G T C C = = G = T = A = = = = = = G A = A = C = G C = = C ? A G = = = = = = T C A = G T C T = = T = T C = T = G = A = C C T 0 P079 A G A A C = A G G A A G C = = = A = C = = A = G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = T = A = T G = = C A G G T = G A A C G A A = = = G = T = = G = A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = C = G = C C = = 0 P080 = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = A = = = = = = = = = = A = T = = = = A = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = G = = = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P081 A = = A = C = G = = = = = = = C = G = T = A = = = T = G A = = = = = = G ? G = A G G C = G G = A T = G T C = G = G = = C = = G = T = A = = = = = = = A = A = C = G = = = C = A G = = = = = = T ? A = G T C T = A T = T C = T C G = A = C = = 0 P082 = ? ? = = = ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 0 P083 A = = A = C ? ? = = = ? = = A C = G = ? = A T = = T = ? ? = = = = = = G A G = A G G C = = ? = A T = G = C = G = G T C C = = G = T ? ? = = = ? = = G A = A = ? = G C = = C = ? ? = = = = = = T C A = G T C T = = ? = T C = T = G = A = C C T 0 P084 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = T = = = = = = = 0 P085 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = T = = = = = = = 0 P086 A = = A = ? ? ? ? = = = = A = C = G = T G A = = = T = G A = = G = G = G A G G A G G C = G ? = A T G G = C = G = G = = C = = G = ? ? ? ? = = = = G = A = A = C A G = = = C = A G = = A = T = T C A A G T C T = A ? = T C A T = G = A = C = = 0 P087 = = = (A) = = = (G) = = = = = = A = = = = = = = T = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = G = A = = = ? = = = = = T C = = = (G) = = = (A) = = = = = = G = = = = = = = C = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = T = T = = = ? = = = = = C T 0 P088 = G A = C T A = G A A = C = = A A = C C = = = G A = G A G C I = G = G T C = = G T C ? T = = G = C = T = G A A T = = = = A G = T C G = A C G = A = = C G = T T = = = A G = A G A G D = C = C G A = = A G G ? A = = A = T = G = C G G C = = = 0 P089 = = = = = = = = = = = = = A = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = G = G = = = = G = = = = = = = = = = G = C = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = G = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = A = T = = = = A = = = = = = = = = = A = T = = = = = = = 0 P090 A G ? A C = ? ? ? A A G C = = = A = C = = A = G A T G = = C I = G = G = = G = = = = = T G G G A = = = T = A = T G = = C A ? G T = ? ? ? C G A A = = = G = T = = G = A G C A = = G D = C = C = = A = = = = = A A T A T = = = C = G = C C = = END BESTPAIRS2 Phase probabilities at each site with phase known positions indicated by = and missing data positions indicated by ? BEGIN PHASEPROBS = = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 ? 1.00 = = ? = 1.00 = ? = = = ? = = = = = = ? = = ? ? = = = = ? ? = ? 1.00 1.00 = 1.00 ? ? ? ? = = 1.00 1.00 ? ? ? = = = 1.00 1.00 = ? ? 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = ? ? 1.00 ? ? ? ? = = ? 1.00 = 1.00 ? ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = ? = = = = = = ? = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? = 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? ? = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = ? = ? ? ? 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? = ? = 1.00 = ? 1.00 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? ? 1.00 ? ? ? = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? = 1.00 1.00 ? ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = ? = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = ? ? ? = = ? ? ? = ? ? ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = = ? = = 1.00 = = = ? ? = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 ? ? ? ? ? 1.00 ? ? = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 ? 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 1.00 ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = ? = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = ? ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = 1.00 ? ? = ? ? ? ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 = = ? 1.00 ? = = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = = = ? ? = 1.00 = 1.00 = = ? 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? ? = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? ? ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? ? ? = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = ? ? ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 ? ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 ? ? ? 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = ? ? ? ? = = = ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = 0.81 0.81 = 0.81 = = = = 1.00 ? ? 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = ? ? ? 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = 0.78 = 1.00 = ? 1.00 = = = = = = 1.00 ? ? ? = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = ? ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = ? = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 = ? ? ? = = ? ? ? = ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? = = = 1.00 = ? ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = ? = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = ? = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 ? = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? ? ? ? = = ? ? ? = ? ? ? = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 ? ? ? ? = = ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = ? 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = ? = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? ? ? = = ? ? ? = = ? = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = 1.00 = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = ? = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 = = ? = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 = ? ? ? ? 1.00 = ? ? ? ? ? ? ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = ? = = ? ? ? ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 ? 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = ? ? = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = = = = = 1.00 ? 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = ? ? = = = ? ? = ? ? ? ? = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = 1.00 ? ? = = = ? = = 1.00 1.00 = 1.00 = ? = 1.00 1.00 = = 1.00 = ? ? = = = = = = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = ? = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = ? = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = 1.00 = ? ? ? ? = = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 ? = 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 = = = = = 0.86 = = = 0.87 = = = = = = 1.00 = = = = = = = 1.00 = = = ? = ? = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = ? = = = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 = = = 1.00 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 1.00 ? 1.00 = = 1.00 = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = = = = = = = = = = = = = = 1.00 = = = = ? ? ? = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = 1.00 = = = = = = = = = = 1.00 = 1.00 = = = = = = = 1.00 1.00 ? 1.00 1.00 = ? ? ? 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = 1.00 1.00 1.00 1.00 = = 1.00 1.00 = 1.00 = 1.00 = = 1.00 = = = = = 1.00 1.00 1.00 1.00 1.00 = = = 1.00 = 1.00 = 1.00 1.00 = = END PHASEPROBS