Site Allele1 Total-pop Allele2 Total-pop hz 004734 C 0.47 A 0.53 0.50 004739 T 0.01 C 0.99 0.02 004849 C 0.01 G 0.99 0.01 004855 T 0.01 C 0.99 0.01 004856 A 0.23 G 0.77 0.35 004921 G 0.23 A 0.77 0.35 004980 T 0.01 C 0.99 0.01 005005 G 0.46 A 0.54 0.50 005203 A 0.03 G 0.97 0.05 005261 T 0.01 C 0.99 0.01 005564 T 0.23 C 0.77 0.36 005703 A 0.01 G 0.99 0.01 006019 T 0.20 C 0.80 0.33 006144 G 0.25 A 0.75 0.37 006268 A 0.46 G 0.54 0.50 006504 C 0.01 T 0.99 0.01 006544 G 0.01 A 0.99 0.01 006581 A 0.24 G 0.76 0.37 015590 C 0.23 A 0.77 0.36 015637 A 0.01 G 0.99 0.01 015790 G 0.22 A 0.78 0.35 015795 G 0.01 C 0.99 0.02 015884 A 0.18 G 0.82 0.30 015956 A 0.23 C 0.77 0.35 016187 A 0.01 G 0.99 0.01 016271 A 0.01 G 0.99 0.02 017036 A 0.01 G 0.99 0.01 017089 A 0.01 G 0.99 0.01 017115 C 0.01 T 0.99 0.01 017168 A 0.10 G 0.90 0.19 017811 A 0.01 G 0.99 0.01 017873 A 0.01 G 0.99 0.01 017878 A 0.14 G 0.86 0.24 017930 A 0.20 C 0.80 0.32 018039 A 0.01 G 0.99 0.02 018213 G 0.01 A 0.99 0.02 018251 A 0.01 C 0.99 0.01 018383 G 0.24 A 0.76 0.36 018474 A 0.01 G 0.99 0.01 018671 A 0.16 G 0.84 0.27 018792 A 0.04 G 0.96 0.08 019267 T 0.01 C 0.99 0.01 019641 T 0.01 C 0.99 0.01 019642 C 0.01 T 0.99 0.01 019681 T 0.23 C 0.77 0.35 019707 C 0.20 T 0.80 0.32 019850 G 0.11 A 0.89 0.19 020228 G 0.46 A 0.54 0.50 020429 T 0.01 C 0.99 0.01 020494 G 0.01 A 0.99 0.02 020674 T 0.13 C 0.87 0.23 021386 - 0.01 + 0.99 0.01 021423 A 0.23 G 0.77 0.35 021992 A 0.01 G 0.99 0.02 022063 G 0.01 A 0.99 0.01 022145 T 0.01 C 0.99 0.02 022575 G 0.24 A 0.76 0.37 022613 C 0.45 T 0.55 0.50 022761 A 0.01 G 0.99 0.02 023183 A 0.25 G 0.75 0.38 023205 T 0.01 C 0.99 0.01 023494 A 0.05 C 0.95 0.09 025137 A 0.20 G 0.80 0.32 025229 A 0.01 C 0.99 0.01 025583 A 0.04 G 0.96 0.08 025723 + 0.01 - 0.99 0.01 025767 G 0.20 A 0.80 0.32 025841 G 0.05 A 0.95 0.09 025844 A 0.01 G 0.99 0.01 025905 A 0.01 G 0.99 0.01 025991 T 0.02 C 0.98 0.04 026212 T 0.01 C 0.99 0.02 026272 A 0.01 G 0.99 0.01 026292 G 0.01 A 0.99 0.02 026603 G 0.23 C 0.77 0.35 026719 - 0.23 + 0.77 0.36 026737 A 0.01 G 0.99 0.02 026821 T 0.01 C 0.99 0.03 026994 G 0.01 T 0.99 0.01 027313 G 0.11 A 0.89 0.20 027596 C 0.01 T 0.99 0.01 027615 T 0.01 G 0.99 0.01 028415 C 0.24 G 0.76 0.37 028424 A 0.03 G 0.97 0.06 028737 A 0.02 G 0.98 0.03 028806 G 0.11 T 0.89 0.20 028944 A 0.01 G 0.99 0.01 028951 C 0.01 T 0.99 0.01 028970 C 0.24 G 0.76 0.36 029252 T 0.22 G 0.78 0.34 029577 C 0.16 A 0.84 0.27 029640 A 0.01 G 0.99 0.01 029883 T 0.01 C 0.99 0.02 030287 A 0.01 C 0.99 0.01 030608 A 0.01 G 0.99 0.01 030706 T 0.01 C 0.99 0.01 030916 A 0.01 C 0.99 0.02 030929 C 0.01 A 0.99 0.02 030942 - 0.01 + 0.99 0.01 031287 A 0.47 G 0.53 0.50 031425 C 0.01 T 0.99 0.01 031473 A 0.01 G 0.99 0.02 031687 T 0.01 C 0.99 0.01 031965 A 0.01 T 0.99 0.02 032096 G 0.11 A 0.89 0.20 032119 G 0.21 A 0.79 0.34 032163 G 0.01 A 0.99 0.01 032248 G 0.01 A 0.99 0.01 032435 T 0.01 C 0.99 0.01 032589 G 0.01 A 0.99 0.02 033129 G 0.01 T 0.99 0.01 033199 C 0.01 T 0.99 0.02 033217 G 0.01 C 0.99 0.02 033354 G 0.02 A 0.98 0.04 033357 T 0.21 G 0.79 0.33 033533 C 0.01 T 0.99 0.01 033811 - 0.01 + 0.99 0.01 033866 C 0.03 G 0.97 0.06 034217 C 0.22 G 0.78 0.34 034375 T 0.01 C 0.99 0.01 034430 T 0.20 C 0.80 0.33 034461 T 0.01 C 0.99 0.01 034575 A 0.24 T 0.76 0.37 038100 G 0.38 A 0.62 0.47 038102 A 0.02 G 0.98 0.04 038474 T 0.47 G 0.53 0.50 038721 G 0.01 T 0.99 0.01 039007 A 0.01 G 0.99 0.01 039037 A 0.23 G 0.77 0.35 039254 G 0.01 C 0.99 0.02 039302 T 0.01 A 0.99 0.01 039396 T 0.01 C 0.99 0.01 039535 T 0.48 A 0.52 0.50 039814 T 0.01 C 0.99 0.01 039823 C 0.01 T 0.99 0.01 039828 T 0.01 C 0.99 0.02 039864 T 0.01 G 0.99 0.02 039884 A 0.02 G 0.98 0.03 040141 T 0.02 C 0.98 0.05 040630 T 0.01 C 0.99 0.02 040676 C 0.19 T 0.81 0.30 040944 T 0.01 C 0.99 0.02 041027 G 0.05 A 0.95 0.10 041184 A 0.01 G 0.99 0.02 041198 G 0.01 A 0.99 0.01 041232 G 0.01 A 0.99 0.02 041242 C 0.01 G 0.99 0.02 041370 T 0.01 C 0.99 0.01 041440 G 0.01 T 0.99 0.01 041564 C 0.01 G 0.99 0.01 041603 T 0.01 C 0.99 0.02 041706 G 0.01 T 0.99 0.01 041713 G 0.01 A 0.99 0.01 041718 G 0.01 A 0.99 0.01 041772 G 0.01 A 0.99 0.01 042033 A 0.01 G 0.99 0.02 042044 T 0.21 G 0.79 0.33 042398 C 0.01 T 0.99 0.01 042795 G 0.04 T 0.96 0.08 042936 A 0.01 G 0.99 0.02 043613 - 0.01 + 0.99 0.03 043910 T 0.16 C 0.84 0.27 044081 C 0.01 T 0.99 0.01 044449 G 0.20 C 0.80 0.32 044472 G 0.24 A 0.76 0.36 044518 A 0.21 G 0.79 0.33 044556 A 0.01 G 0.99 0.01 044800 C 0.24 T 0.76 0.36 045054 C 0.45 G 0.55 0.50 045149 G 0.01 A 0.99 0.02 046317 - 0.01 + 0.99 0.01 046480 T 0.13 C 0.87 0.23 046832 T 0.01 C 0.99 0.01 047187 C 0.01 T 0.99 0.01 047424 C 0.14 T 0.86 0.24 047561 T 0.03 G 0.97 0.07 047665 C 0.03 G 0.97 0.06 Note: pop : population Diallelic insertion/deletion polymorphisms are represented as: + : insertion allele - : deletion allele The + (inserted) allele for each site is listed below: 021386: ctga 025723: A 026719: t 030942: AT 033811: T 043613: cag 046317: t